View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12211_low_1 (Length: 1605)

Name: NF12211_low_1
Description: NF12211
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12211_low_1
NF12211_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (6-1600)||(42137933-42139526)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1502; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1600
Target Start/End: Original strand, 42137933 - 42139526
Alignment:
Q  6 cagaacctgtgaaaag-ggaaagttatagccaatcttgtttcatataataaataatgtggacacctaatgacaagtttcttgcaacaggatttgttagtt 104  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42137933 cagaacctgtgaaaaatggaaagttatagccaatcttgtttcatataataaataacgtggacacctaatgacaagtttcttgcaacaggatttgttagtt 42138032  T
Q  105 accgactggtttctggttacaagaagatcaagttcatcaatgagcaaaatacatggtcggtcagcctcttcaccagttttcttcccttctacaaacctct 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42138033 accgactggtttctggttacaagaagatcaagttcatcaatgagcaaaatacatggtcggtcagcctcttcaccagttttcttcccttctacaaacctct 42138132  T
Q  205 catttagcaaacggagagcctctttccatccaaccctgtgtccatttaacgcttcatatatgacctaaaatagtattggaagtcggaaccataaggcaac 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42138133 catttagcaaacggagagcctctttccatccaaccctgtgaccatttaatgcttcatatatgacctaaaatagtattggaagtcggaaccataaggcaac 42138232  T
Q  305 caaggaatttggtcataaaaccaaaaacagtaaaacatttgtgaacttcaccttgtaaatattctccggtgaagccaatttcagaccattgatctccacg 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42138233 caaggaatttggtcataaaaccaaaaacagtaaaagatttgtgaacttcaccttgtaaatattctccggtgaagccaatttcagaccattgatctccacg 42138332  T
Q  405 aaacagtatggtttgatgtttcctgcatcaacttctgacttcaaactcctcatcactgagagtacactcattgtctgcagttacacacataaaaaaggag 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42138333 aaacagtatggtttgatgtttcctgcatcaacttctgacttcaaactcctcatcactgagagtacactcattgtctgcagttacacacataaaaaaggag 42138432  T
Q  505 taataaaataagaattgcttcgtgatatctaaactaaagttctgctgcatattagaccaacaagcaatgtagctagttctagaagatagtaccttgccag 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42138433 taataaaataagaattgcttcgtgatatctaaactaaagttctgctgcatat-agaccaacaagcaatgtagctagttctagaagatagtaccttgccag 42138531  T
Q  605 tgcccggaacaccgtgaatatagaggcaacgccccagacattgattgtcagaaatagcacctttgatgaatgtagttatctcgtccatttctctaaataa 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42138532 tgcccggaacaccgtgaatatagaggcaacgccccagacattgattgtcagaaatagcacctttgatgaatgtagttatctcatccatttctctaaataa 42138631  T
Q  705 aaacatgttttgattagtaatagttgcttaacatagatagataaatgaaatgttaaaaaaccatgttaaacttcaacatacttatttctacaaggtaaag 804  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42138632 aagcatgttttgattagtaatagtcgcttaacatagatagataaatgaaatgttaaaaaaccatgttaaacttcaacatacttatttctacaaggtaaag 42138731  T
Q  805 acttaggcagcgaagctagcagcagtgatgcctttgctctttcaagattagtctgtttgtgagaccttatatgctctggaattctttttgtgcctatctt 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42138732 acttaggcagcgaagctagcagcagtgatgcctttgctctttcaagattagtctgtttgtgagaccttatatgctctggaattctttttgtgcctatctt 42138831  T
Q  905 ctgaagtccaaagaaccgtcccttgtgcagattctgtatcatttacacaacaaaaatttcataggaactcataaacacacaaaataatacaaattaatac 1004  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42138832 ctgaagtccaaagaaccgtcccttgtgcagattctgtatcatttacacaacaaaaatttcataggaactcataaacacaaaaaataatacaaattaatac 42138931  T
Q  1005 aagtgaacaataatgttcatactgcagctaactgatggcttgtcggtggttgcgattgtgaaattttaatattttcctcatcatattcaacatcttcatc 1104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42138932 aagtgaacaataatgttcatactgcagctaactgatggcttgtcggtggttgcgattgtgaaattttaatattttcctcatcatattcaacatcttcatc 42139031  T
Q  1105 tgtgtcagagtctgattccttgtccatgttccagtcttcgtcaccgtcactctcatcagaattctaccatgtaaaaatatacagtcatcagtactagcac 1204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42139032 tgtgtcagagtctgattccttgtccatgttccagtcttcgtcaccgtcactctcatcagaattctaccatgtaaaaatatacagtcatcagtactcgcac 42139131  T
Q  1205 agctaaataatcagtctcatcaccattcaactgtgaatgaataaagtcgtcaatattaccactgctaaatggttaactcttttatgagaagaatggtcct 1304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42139132 agctaaataatcagtctcatcaccattcaactgtgtatgaataaagtcgtcaatattaccactgctaaatggttaactcttttatgagaagaatggtcct 42139231  T
Q  1305 tgtacatattttataagacggttacctctctttcatcatcaatgtcagccaagcgtttgaaactgtgccactggatgtcatattcatattcacacaagaa 1404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42139232 tgtacatattttataagacggttacctctctttcatcatcaatgtcagccaagcgtttgaaactgtgccactggatgtcatattcatattcacacaagaa 42139331  T
Q  1405 aacatcatctccctcattgctagctttggcatactccttagggatcatgacatagcaatgtcgaaggacagattccatctatattgaacagagaagcacc 1504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42139332 aacatcatctccctcattgctagctttggcatactccttagggatcatgacatagcaatgtcgaaggacagattccatctatattgaacagagaagcacc 42139431  T
Q  1505 ataatgagnnnnnnnggagaatgagttctgattaccctgaacattaaaaaacgagactatagaaatacaaataatacagcaccacaggttctgctc 1600  Q
    ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  42139432 ataatgag-aaaaaaggagaatgagttctgattaccctgaacattaaaaaacgagactatagaaatacaaataatacagcaccacaagttatgctc 42139526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University