View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12214_low_18 (Length: 322)

Name: NF12214_low_18
Description: NF12214
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12214_low_18
NF12214_low_18
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (16-159)||(28312391-28312534)
chr2 (51-295)||(10925173-10925416)
chr2 (16-289)||(26263777-26264051)
chr2 (27-295)||(19990433-19990701)
chr2 (120-304)||(16041719-16041903)
chr2 (28-169)||(23939036-23939177)
chr2 (16-111)||(21198317-21198412)
chr2 (161-295)||(21197604-21197738)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (16-295)||(13425882-13426161)
chr3 (51-295)||(5159117-5159363)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (27-295)||(10548716-10548988)
chr1 (115-304)||(19029372-19029560)
chr1 (27-295)||(16766731-16766999)
chr1 (31-84)||(25370807-25370860)
chr1 (27-111)||(33802735-33802819)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (27-294)||(24132134-24132401)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (27-295)||(31049387-31049655)
chr5 (27-279)||(3780650-3780902)
chr5 (16-295)||(31044731-31045010)
chr5 (201-295)||(31060074-31060168)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (29-283)||(10349863-10350117)
chr7 (55-207)||(8106934-8107086)
chr7 (27-111)||(15891400-15891484)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (30-212)||(21883758-21883940)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (27-252)||(30757919-30758143)
chr8 (52-289)||(12839784-12840021)
chr8 (27-111)||(23709659-23709743)
chr8 (240-286)||(755276-755322)
chr8 (27-84)||(14822739-14822796)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (51-141)||(20817-20907)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (104-225)||(73766-73887)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 136; Significance: 6e-71; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 28312534 - 28312391
Alignment:
Q  16 caaatggtactaagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctgg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  28312534 caaatggtactaagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgcttgagtttgttgg 28312435  T
Q  116 tgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28312434 tgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatt 28312391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 51 - 295
Target Start/End: Original strand, 10925173 - 10925416
Alignment:
Q  51 gtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcacttttactgagttgactttctctgttgcat 150  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||  |||| |||||||||| ||||||||| ||||  ||||| ||  ||||  || |||||  ||| ||    
T  10925173 gtgcttgtgttggattccatttataa-accaacaagtatcgtcttctgttgcttgagtttgttggttacacttctatcgagtacacgttctcaattggat 10925271  T
Q  151 ttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagttgt 250  Q
    ||||||||   |||| | |||||||| ||||  |||||||  || |||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  10925272 ttgcttataaaatgtctaagaaggaagataatgttacttggtctcttgagaggtgtcgtgaaatgttgcatttcaaagatatttcacccaaagtagttgt 10925371  T
Q  251 cattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  10925372 cactgatcaggacaatgctttgatgaatgacgtggataccgtttt 10925416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Original strand, 26263777 - 26264051
Alignment:
Q  16 caaatggtactaagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctgg 115  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||||||| | | || ||||||| |||||||||||||||| |||||  |||  |||||||||| ||||||||  | |    
T  26263777 caaatggtatcaagttgtttaacacgttctcaacgatgattgtgttggattccacttataagagcaacaagtattgtcttctgttgcttgagtttatttg 26263876  T
Q  116 tgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctg 215  Q
    |   |||| |||  || |||| |||||| ||| |||||||||| |||||| | | |||||| ||||| |||||||  || |||||||||||| ||| ||     
T  26263877 taatacttctacccagctgacgttctctattggatttgcttatatgatgtctaaaaaggaagataacgttacttggactcttgagaggtgtcgtgaacta 26263976  T
Q  216 ttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatg-aatgttgtggatac 289  Q
    |||||||  |||| |||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  26263977 ttgcattccaaagctatttaccctaaagtagttgtcactgattgggacaatgctttgatgaaatgttgtagatac 26264051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 19990701 - 19990433
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcactttta 126  Q
    |||||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||  || | |||||||||  |||||||||  |||  ||||| ||    
T  19990701 aagttgtttaacacgttctttacggtgcttgtgttggattccacatataagaccaacaagtaccgtcttctgtttcttgagtttgtcggtaacacttcta 19990602  T
Q  127 ctgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaa 226  Q
    |  || |||| |||||  ||| | | |||||| |||||| ||| |||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||| |||  |||||||||  ||    
T  19990601 cctagctgacgttctccattggactagcttatatgatgtctgataaggaagataatgttacttgagctcttgagaggtgtcttgaattgttgcattccaa 19990502  T
Q  227 agatatttcacct-aaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    |||| ||| |||| | |||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19990501 agatcttt-acctcagagtagttgtcatggatcgggaaaatgctttgatgaatgttgtggataccgtttt 19990433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 120 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 16041903 - 16041719
Alignment:
Q  120 acttttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgc 219  Q
    |||| ||||| |||||| |||| | |||||||||||| | | |||| |||||||| | ||||| | ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||     
T  16041903 acttctactgggttgacgttctatattgcatttgcttctataatgtctgagaagggagataacgtcacttgggatcttgagatgtgtcgtgatctgttga 16041804  T
Q  220 atttgaaagatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttttccataggc 304  Q
    |||  |||||||||||||| |||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  16041803 attctaaagatatttcacccaaagtcattgtcattgatcgggacaatgctttgatgaatgttgttgatattgttttcccataggc 16041719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 23939177 - 23939036
Alignment:
Q  28 agttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcacttttac 127  Q
    ||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||| | |||| ||||||||||    
T  23939177 agttgtttaacacgttctcttctgtgcttgtgttggattccatttataagaccaacaaatattatcttatgtagcttgagttagttggtatcacttttac 23939078  T
Q  128 tgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatga 169  Q
    | ||||||| ||||||  ||||||| ||||| ||||||||||    
T  23939077 taagttgacgttctctaatgcattttcttatatgatgtatga 23939036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 21198412 - 21198317
Alignment:
Q  16 caaatggtactaagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttg 111  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||    
T  21198412 caaatgatattaagttgtttagcatgttctctacggtgcttgtgttagaatccacttataagaccaacaaataccatcttccgttgcttgagtttg 21198317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 161 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 21197738 - 21197604
Alignment:
Q  161 gatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagttgtcattgattag 260  Q
    |||||| | ||||||| |||||  |||||| ||| || |||||||||  |||||||||||||  ||||||| || ||| |||||||| |||| |||| ||    
T  21197738 gatgtacgtgaaggaagataacgatacttgggctcttaagaggtgtcgagatctgttgcattccaaagataattgacccaaagtagtggtcactgatcag 21197639  T
Q  261 gacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21197638 gacaatgatttgatgaatgttgtggatactgtttt 21197604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 13426161 - 13425882
Alignment:
Q  16 caaatggtactaagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctgg 115  Q
    ||||||||| |||||| |||| || |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||   | |||||||| ||||||||| |||    
T  13426161 caaatggtattaagttttttaacatgttctctacggtgcttgtgttggattccatttatatgaccaacaaatactgttttctgttgattgagtttgttgg 13426062  T
Q  116 tgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctg 215  Q
    || ||||| ||   || |||  |||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||  |||||||  || || ||||||||| ||||| |    
T  13426061 tgccacttctatcaagatgatgttctctattgcattttcttatatgatgtttgagaaggaagataaagttacttggactcttaagaggtgtcgtgatcag 13425962  T
Q  216 ttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    |||||||  ||||||| |||| | |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13425961 ttgcattccaaagatacttcatccaaagtagttgtcattgatcagaaaaatgctttgatgaatgttgtcgatactgtttt 13425882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 5159363 - 5159117
Alignment:
Q  51 gtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtc--acttttactgagttgactttctctgttgc 148  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||| | || |  |||| ||||||||| || |||   |||| |||  |||| |  |||||| ||||    
T  5159363 gtgcttgtgttggattcgacttataagactaacaaataccgtcgttcgttgcttgagtttgttgttgtataacttctaccaagttaaagttctctattgc 5159264  T
Q  149 atttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagtt 248  Q
    |||||  ||| |||||| |||||||||  ||||  | | ||| | | | ||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||| ||||| |||    
T  5159263 atttgaatatatgatgtttgagaaggatcataatgtcatttgggatttagagaggtgtcatgatttgttgaaatcgaaagatatttcacccaaagttgtt 5159164  T
Q  249 gtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    | || ||| |  |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  5159163 gccactgactttgacaatgctttgataaatgttgttgatattgtttt 5159117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 295
Target Start/End: Original strand, 10548716 - 10548988
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctg----ttgtttgagtttgctggtgtcact 122  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || | ||||| |    ||| ||||||||  ||||  ||||    
T  10548716 aagttgtttaacacgttctttatggtgcttgtgttggattccacttataagaccaacaagtaccgtcttccggccgttgcttgagtttattggtaacact 10548815  T
Q  123 tttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatt 222  Q
    |||||  |  |||| |||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||  |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  10548816 tttacccaactgacgttctctattggattttcttatatgatgtatgagaaggaaaataccgttacttgggcgcttgagaggtgtcgtgaactgttgcatt 10548915  T
Q  223 tgaaagatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
      |||||| |||  || |||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  10548916 ccaaagatctttatcccaaagtagttgtcacggatcgggacaatgctttgatgaattttgtggataccgtttt 10548988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 115 - 304
Target Start/End: Original strand, 19029372 - 19029560
Alignment:
Q  115 gtgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatct 214  Q
    ||||||||| ||  |||||||| |||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||| ||||||  |||| |||| |    
T  19029372 gtgtcacttctatcgagttgacgttctctattgcatttgttt-tatgatgtatgagaaggaagataacatcatttgtgctcttgagatatgtcgtgatat 19029470  T
Q  215 gttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttttccataggc 304  Q
    |||| |||  || ||||||||||| ||||| ||||||| |  || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  19029471 gttgaattctaaggatatttcacccaaagtcgttgtcactacttgggacaattctttgatgaatgttgttgatactgttttcccataggc 19029560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 16766999 - 16766731
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcactttta 126  Q
    |||||||||| ||| ||||||| || ||||||||| |||||||| ||||| |||||||  || | |||||  ||| |||||||||  | |  ||||||||    
T  16766999 aagttgtttaacacattctctacggggcttgtgttggattccacatataataccaacaagtaccgtcttccattgcttgagtttgtcgctaacactttta 16766900  T
Q  127 ctgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaa 226  Q
    |  || |||  |||||  | | |||| ||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||   | ||||||||||  ||    
T  16766899 cccagctgatattctccataggatttacttatatgatgtatgagaaggaagaacacgttacttgggctcttgagaggtgtcgcaaactgttgcattccaa 16766800  T
Q  227 agatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    |||| |||  || |||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  16766799 agatctttaccccaaagtagttgtcacggatcatgacaatgctttgatgaatgatgtggataccgtttt 16766731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 25370860 - 25370807
Alignment:
Q  31 tgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaaca 84  Q
    |||||| |||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25370860 tgtttaacacgttttctactatgcttgtgttagattccacttataaaaccaaca 25370807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 111
Target Start/End: Original strand, 33802735 - 33802819
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttg 111  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||| || || ||||| ||||  |||| |||||  ||| |||||||||    
T  33802735 aagttgtttaacacgttctccacggtgcttgtgttggattcaacatacaagacaaacaagtatcgtcttccattgcttgagtttg 33802819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 27 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 24132401 - 24132134
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcactttta 126  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||  ||||| |||| |||||||||  |||  ||||| ||    
T  24132401 aagttgtttaacatgttctctacggtgcttgtgttagattccacatataagaccaacaagtattgtcttccgttgcttgagtttgtcggtaacacttcta 24132302  T
Q  127 ctgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaa 226  Q
    |  || |||  |||||   || |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| |||  ||||||||||||||| |||  |||||||||  ||    
T  24132301 cccagctgaagttctccactggatttgcttatatgatgtctgagaaggaagataacgttatttggcctattgagaggtgtcgtgaattgttgcattccaa 24132202  T
Q  227 agatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgttt 294  Q
    | || |||  || | |||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24132201 atatctttaccccagagtagttgtcacagatcgggacaatgctttgatgaatgttgtggataccgttt 24132134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 31049655 - 31049387
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcactttta 126  Q
    |||||||||| ||||||  ||| |||||||||| | | ||||| ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||||||||| ||||  ||||| ||    
T  31049655 aagttgtttaacacgttgcctacggtgcttgtgatgggttccatttataagaccaacaagtatcgtcttccgttacttgagtttgttggtaacacttcta 31049556  T
Q  127 ctgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaa 226  Q
    | ||||  |  ||||||  || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||  ||  ||| ||||||  ||| ||||||||||  ||    
T  31049555 ccgagtacatgttctctagtggatttggttatatgatgtatgagaaggaagataatgttacttggtcttatgacaggtgttgtgaactgttgcattccaa 31049456  T
Q  227 agatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | || || | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  31049455 agatatttcacccaaagtagttgtcactaatcagtaaaatgctttgatgaatgttgtgtatattgtttt 31049387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 3780902 - 3780650
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcactttta 126  Q
    |||||||||| ||| ||||||   ||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| | ||||  |||  ||||||||| ||| || |||| ||    
T  3780902 aagttgtttaacacattctctcatgtgcttgtgttggatttgacttataagaccaacaaataccgtctttcgtttcttgagtttgttggcgtaacttcta 3780803  T
Q  127 ctgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaa 226  Q
    | |||||||  |||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||  ||||  | | ||| ||||| |||||||| |||||| ||||| | |  ||    
T  3780802 ccgagttgatgttctctattgcatttgcttatatgatgtttgagaaagaggataaggtcagttgggctatagagaggtgccatgatttgttgaaatccaa 3780703  T
Q  227 agatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatg 279  Q
    |||||||||||| |||||  | |||| | ||| | ||||||||||||||||||    
T  3780702 agatatttcacccaaagtcatggtcacttattggaacaatgctttgatgaatg 3780650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 31045010 - 31044731
Alignment:
Q  16 caaatggtactaagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctgg 115  Q
    |||||||||  |||||||||| || |||  ||| |||||||||| | | ||| | ||||||||||||||  |||| ||||| |||  ||||||||| | |    
T  31045010 caaatggtatcaagttgtttaacatgttgcctacggtgcttgtgatgggttcgatttataagaccaacaagtatcgtcttccgttacttgagtttgttag 31044911  T
Q  116 tgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctg 215  Q
    |  ||||| ||  ||||  |  |||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||  ||  ||| ||||||| ||| |||    
T  31044910 taacacttatatcgagtacatgttctctattggatttggttatatgatgtatgagaaggaagataatgttacttggtctcatgacaggtgtcgtgaactg 31044811  T
Q  216 ttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    |||||||  |||||||||||||| || |||| ||||  | ||||  |  |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  31044810 ttgcattccaaagatatttcacccaatgtagctgtctctaattattaacatgctttgatgaatgttgtgtatattgtttt 31044731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 31060168 - 31060074
Alignment:
Q  201 aggtgtcatgatctgttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatactgtttt 295  Q
    ||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| | || || |  |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  31060168 aggtgtcgtgaactgttgcattccaaagatatttcacccaaagtagttgtcactaatcagtaacatgctttgatgaatgttgtgtatattgtttt 31060074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 283
Target Start/End: Original strand, 10349863 - 10350117
Alignment:
Q  29 gttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcacttttact 128  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||  ||||| ||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||| || |    
T  10349863 gttgttta-cacgttctctattgtgcttgtgtcggattccacttataagttcaacaaatatcgtcttttgttgcttgagtttgttggtgtcacttctatt 10349961  T
Q  129 gagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaaag 228  Q
      | | || |||||| |||||||| |||||   ||||||||||||||| ||| | | | ||| ||| |||| |||||||  ||| |||||||||| || |    
T  10349962 atggttacattctctattgcattttcttataaaatgtatgagaaggaagatagcgtcatttgggctcttgaaaggtgtctcgatttgttgcatttcaatg 10350061  T
Q  229 ata-tttcacctaaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgt 283  Q
    ||| ||| | | ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||    
T  10350062 atattttaatccaaagtcgttgtcattgatcaggacaatgatttgatagatgttgt 10350117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 55 - 207
Target Start/End: Original strand, 8106934 - 8107086
Alignment:
Q  55 ttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatttgc 154  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||  || |||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||| ||  | |||||  || ||| ||| ||||||    
T  8106934 ttgtgttggattccacttataagatcaacaagtaccatcttttgttgcttgagtttgttggtgccacttctatcgggttgaggttttctattgtatttgc 8107033  T
Q  155 ttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtc 207  Q
    |||| |||||| | |||| ||| ||||| | |||| | || | ||||||||||    
T  8107034 ttatatgatgtttaagaaagaagataacatcacttaacctctagagaggtgtc 8107086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 27 - 111
Target Start/End: Original strand, 15891400 - 15891484
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttg 111  Q
    ||||| |||| ||||||||| |  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||  ||| |||||||||    
T  15891400 aagttttttaacacgttctccaccgtgcttgtgttggattccacctataagaccaacaagtatcatcttccattgcttgagtttg 15891484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 9e-30; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 21883940 - 21883758
Alignment:
Q  30 ttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcacttttactg 129  Q
    ||||||| |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||| | |||||| ||| ||||  ||||  |||| ||||||||| |||||| |||| ||| |    
T  21883940 ttgtttaacacgttttctaccgtgcttgtgttggattccactaagaagaccgacaaatattgtctttcgttgcttgagtttgttggtgtaacttataccg 21883841  T
Q  130 agttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgat 212  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||  || | ||||||| |||||||    
T  21883840 agttgacgttctctattgcatttgcttatatgatgtatgagaaggaagataacgtcacttggactctagagaggtttcatgat 21883758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 27 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30758143 - 30757919
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcactttta 126  Q
    |||||||||| ||||||||||   | | ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||| ||| | ||| ||||| |||||| |||| ||    
T  30758143 aagttgtttaacacgttctctcatgcgtttgcgttagattcgacttataagaccaacatatattgtcttttgt-gcttgggtttgttggtgttacttcta 30758045  T
Q  127 ctgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaa 226  Q
    | ||||| || ||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||  ||||| | |||| | || | |||||||||| |||||| ||| | |  ||    
T  30758044 ccgagttaacgttctctactgcatttgcttgtgtgatgcatgagaaggaggataacgtcacttaaactttagagaggtgtcgtgatcttttgaaatccaa 30757945  T
Q  227 agatatttcacctaaagtagttgtca 252  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||    
T  30757944 agatatttcatctaaagtcgttgtca 30757919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 52 - 289
Target Start/End: Original strand, 12839784 - 12840021
Alignment:
Q  52 tgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatt 151  Q
    |||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||  |||||| ||||| ||||||||  | || || ||| ||| || ||||| | || | | |||||    
T  12839784 tgcttgtgtaggattccacttataaaaccaacaaatgccatcttttgttgcttgagtttatttgtatctcttctaccgatttgacgtactttatggcatt 12839883  T
Q  152 tgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagaggtgtcatgatctgttgcatttgaaagatatttcacctaaagtagttgtc 251  Q
    | ||||| |||||| | |||||||| ||||| | ||||| ||| | ||||| |||| | || ||||| | |   ||||||||||||| ||||| |||| |    
T  12839884 tacttatatgatgtctaagaaggaagataacatcacttgggctttagagagatgtcgtaatttgttgaaatctcaagatatttcacccaaagtcgttgac 12839983  T
Q  252 attgattaggacaatgctttgatgaatgttgtggatac 289  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12839984 attgagtgagacaatgctttgatgaatgttgttgatac 12840021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 23709743 - 23709659
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttg 111  Q
    |||||||||| ||||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  |||| |||||  ||| |||||||||    
T  23709743 aagttgtttaacacgttctccaccgtgcttgtgttggattccacgtataagaccaataagtatcgtcttccattgcttgagtttg 23709659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 240 - 286
Target Start/End: Original strand, 755276 - 755322
Alignment:
Q  240 aaagtagttgtcattgattaggacaatgctttgatgaatgttgtgga 286  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  755276 aaagtagttgtcactgatcgggacaatgctttgatcaatgttgtgga 755322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 84
Target Start/End: Original strand, 14822739 - 14822796
Alignment:
Q  27 aagttgtttagcacgttctctatggtgcttgtgttagattccacttataagaccaaca 84  Q
    |||||||||| || |||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  14822739 aagttgtttaacatgttctccacggtgcttgtgttggattccacctataagacaaaca 14822796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 51 - 141
Target Start/End: Original strand, 20817 - 20907
Alignment:
Q  51 gtgcttgtgttagattccacttataagaccaacacatatcatcttctgttgtttgagtttgctggtgtcacttttactgagttgactttct 141  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||  || | ||||||||| ||||||||||| |||  ||||||| ||||    
T  20817 gtgcttgtgttagaatccacttataagaacaacaaatattatctttcgtcgcttgagtttgttggtgtcacttctacaaagttgacgttct 20907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 104 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 73887 - 73766
Alignment:
Q  104 tgagtttgctggtgtcacttttactgagttgactttctctgttgcatttgcttatttgatgtatgagaaggaatataactttacttgagctattgagagg 203  Q
    |||||||| || |||||| | |||| ||||||| |||||| |||||||||||||  |||| | |||||||||| ||||| | |||||  |   |||||||    
T  73887 tgagtttgttgttgtcacatctactaagttgacgttctctattgcatttgcttagatgatctctgagaaggaagataacatcacttggacatgtgagagg 73788  T
Q  204 tgtcatgatctgttgcatttga 225  Q
    |||  |||| ||||||||||||    
T  73787 tgttgtgatttgttgcatttga 73766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University