View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12228_high_1 (Length: 1113)

Name: NF12228_high_1
Description: NF12228
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12228_high_1
NF12228_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-1096)||(44575154-44576237)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1052; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1052; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1096
Target Start/End: Complemental strand, 44576237 - 44575154
Alignment:
Q  13 acctgtgatgataatgatagacctaattgtaaacatccaaaagattggcaactaggagttctatttacaggtcttggactattatccattggagctggtg 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44576237 acctgtgatgataatgataggcctaattgtcaacatccaaaagattggcaactaggagttctatttacaggtcttggactattatccattggtgctggtg 44576138  T
Q  113 gaattaggccttgcaacattgcatttggtgctgaccaatttgacaccaacacagcaaagggaaggggacaattagagagcttctttaattggtggtattt 212  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44576137 gaattaggccttgtaacattgcatttggtgctgaccaatttgacaccaacacagcaaagggaaggggacaattagagagcttctttaattggtggtattt 44576038  T
Q  213 cactttcaccattgcacttgttatagtgctcactggtgttgtctatattcaaactaatgtaagctggactttaggatttgcaattccgacggtttgtctt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44576037 cactttcaccattgcacttgttatagtgctcactggtgttgtctatattcaaactaatgtaagctggactttaggatttgcaattccgacggtttgtctt 44575938  T
Q  313 gctttctcgataatcatctttctatttggtcgcggcacttacatttacaaaaaacctcaagggagcgtttttacagacatggcaaaggtgatcgttgcag 412  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575937 gctttctcaataatcatctttctatttggtcgcggcacttacatttacaaaaaacctcaagggagcgtttttacagacatggcaaaggtgatcgttgcag 44575838  T
Q  413 catgtcgaaaacgcaaacttcagctttcaaatagaactttatatgatcatgtttctacattgtcagaatcagaaaacattaggcttgttcaaacagacag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575837 catgtcgaaaacgcaaacttcagctttcaaatagaactttatatgatcatgtttctacattgtcagaatcagaaaacattaggcttgttcaaacagacag 44575738  T
Q  513 gttcaagtttcttgataaggcggctataatagctgaaccaagtgaattgaacaaccaaggaattgctaagaatggttggagactttgtagtttgcaacaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575737 gttcaagtttcttgataaggcggctataatagctgaaccaagtgaattgaacaaccaaggaattgctaagaatggttggagactttgtagtttgcaacaa 44575638  T
Q  613 gtggaacacttgaaatgcttgtttggaattctaccagtatgggtgacaggaatctgttgtttcattgtaatggatcagcagagcacatttggtgtgcttc 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575637 gtggaacacttgaaatgcttgtttggaattctaccagtatgggtgacaggaatttgttgtttcattgtaatggatcagcagagcacatttggtgtgcttc 44575538  T
Q  713 aagttatacaaactgataggtctattggatctcacttcaaggttccaccaggatggatgaacttgatatcaatgacatcactttcattttggatatgcat 812  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575537 aagttatacagactgataggtctattggatctcacttcaaggttccaccaggatggatgaacttgatatcaatgacatcactttcattttggatatgcat 44575438  T
Q  813 ttatgagtgtatctaccttcctataatgaggataatcaataaaagggctacaagaagaatgagcatgggatgcagaatcagaattgggatattattatct 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575437 ttatgagtgtatctaccttcctataatgaggataatcaataaaagggctacaagaagaatgagcatgggatgcagaatcagaattgggatattattatct 44575338  T
Q  913 atcctatgcatgttggtagctgcagttattgagaaaaagcgtcgtgactcggctttgaaacacaattcgtttatttcgcctgtgagctttggtttgctct 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575337 atcctatgcatgttggtagctgcagttgttgagaaaaagcgtcgtgactcggctttgaaacacaattcgtttatttcgcctgtgagctttggtttgctct 44575238  T
Q  1013 tgccgcagtttgcgctgtccggtttaaatgaagcctttgctgctgttgctataatggaattctttacccttcaagtgccggagt 1096  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44575237 tgccgcagtttgcgctgtccggtttaaatgaagcctttgctgctgttgctataatggaattctttacccttcaagtgccggagt 44575154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University