View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12239_high_4 (Length: 518)

Name: NF12239_high_4
Description: NF12239
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12239_high_4
NF12239_high_4
[»] chr1 (32 HSPs)
chr1 (14-473)||(3340390-3340849)
chr1 (14-503)||(2948127-2948616)
chr1 (14-501)||(3349264-3349751)
chr1 (14-503)||(9818569-9819058)
chr1 (47-424)||(3361633-3362007)
chr1 (330-473)||(3340856-3340999)
chr1 (330-457)||(3341156-3341283)
chr1 (331-503)||(3341308-3341482)
chr1 (331-445)||(3341007-3341121)
chr1 (299-457)||(9820163-9820324)
chr1 (29-129)||(4323147-4323247)
chr1 (46-133)||(3372604-3372691)
chr1 (218-503)||(3372773-3373058)
chr1 (46-124)||(3378648-3378726)
chr1 (264-377)||(3378863-3378976)
chr1 (323-503)||(3218179-3218359)
chr1 (271-503)||(4334666-4334898)
chr1 (264-503)||(2006580-2006819)
chr1 (64-129)||(4335037-4335102)
chr1 (42-133)||(6592536-6592627)
chr1 (84-133)||(3218549-3218598)
chr1 (84-133)||(6601788-6601837)
chr1 (86-133)||(2006414-2006461)
chr1 (86-133)||(2010503-2010550)
chr1 (86-133)||(2019716-2019763)
chr1 (264-503)||(2019876-2020115)
chr1 (401-503)||(4322776-4322878)
chr1 (258-314)||(6601625-6601681)
chr1 (96-133)||(2011923-2011960)
chr1 (264-305)||(2012073-2012114)
chr1 (264-308)||(2010663-2010707)
chr1 (258-314)||(6592370-6592426)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (267-503)||(20953124-20953360)
chr2 (29-501)||(20923374-20923843)
chr2 (267-451)||(20927202-20927386)
chr2 (267-459)||(20934586-20934778)
chr2 (263-373)||(39274180-39274290)
chr2 (62-129)||(20952928-20952995)
chr2 (47-148)||(39273964-39274065)
chr2 (18-129)||(20926962-20927073)
chr2 (410-503)||(39274327-39274420)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (264-426)||(21237664-21237826)
chr4 (74-134)||(21237477-21237537)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-311)||(17969743-17970037)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 473
Target Start/End: Original strand, 3340390 - 3340849
Alignment:
Q  14 tgtgtttgatcgtcgatgtgtatctactgaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcat 113  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3340390 tgtgtttgatcgtgaatgtgtatctactgaaacttccaaacacccttcagttattgagagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcat 3340489  T
Q  114 tctgggccaatcaacaagtttgaggtctcagactccaatcaatatttcactattggtgtgaactctatggctgatattgattggtggatttttcagaaat 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||    
T  3340490 tctgggccaatcaacaagtttgaggtctcggactccaatcaatatttcactattggtgtgaactctatggctgatattgatcagtggatttttcagatat 3340589  T
Q  214 ccaaaaggtatattaaagagcttgtgctggacagtaggttaaaacaacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttaga 313  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  3340590 ccaaaaggtatattaaagagtttgtgctggacattaggttaaaaccacgctataaaataccttgctgcttattctcttgtcaaagtttgcaacatttaga 3340689  T
Q  314 actgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgatttt 413  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  3340690 actgaattattgttgccttaatcctccaacgacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttctttgtttgaagttacaatgactcaagatgctttt 3340789  T
Q  414 gaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgata-aaaattgatggt 473  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  3340790 gaaaacatgatatgtggctgccccctgcttgaagaattgacatt-atataaaattgatggt 3340849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 2948616 - 2948127
Alignment:
Q  14 tgtgtttgatcgtcgatgtgtatctactgaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcat 113  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2948616 tgtgtttgatagtcgatgtgtatctactgcaatttccaaagacccttcagttattgagagcaagtttttgagaattgttgatcatgtacttttacttcat 2948517  T
Q  114 tctgggccaatcaacaagtttgaggtctcagactccaatcaatatttcactattggtgtgaactctatggctgatattgattggtggatttttcagaaat 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||   |  ||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  |||   |     
T  2948516 tctgggccaatcaacaagtttgaggtctctgactcctatcgtgacatcattattgatgtgaacgctatggcagatattgatcggtggattcgtcatctaa 2948417  T
Q  214 ccaaaaggtatattaaagagcttgtgctggacagtaggttaaaacaacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttaga 313  Q
    ||  |||| ||||||||||| ||||| |||||| | | ||  | |||||||||||||||||||  | ||||| ||| || ||| ||||||||||||||||    
T  2948416 ccggaaggcatattaaagagtttgtgttggacatttgttttgatcaacgctataagataccttcatccttattctcctgccaaggtttacatcatttaga 2948317  T
Q  314 actgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgatttt 413  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||  |   |||||||||| |||||||| |||     
T  2948316 tctgaattattgttggcttaaacctccaacaaagtttgaaggcttccggagtatgaaaattctttatttgaatcgggttacaatgagtcaagatgctttc 2948217  T
Q  414 gaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
     | |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  2948216 aataacatgatatatggctgccccgtgctagagaaattgacattggcaaaaattgatggtttaactcatattaatattcatgcaccaaat 2948127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 501
Target Start/End: Original strand, 3349264 - 3349751
Alignment:
Q  14 tgtgtttgatcgtcgatgtgtatctactgaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcat 113  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3349264 tgtgtttgatagtctatgtgtatctactgaaacttccctaaaaccttcagttattgagagcaagtttttgagaattattgatcatgtacttttacttcat 3349363  T
Q  114 tctgggccaatcaacaagtttgaggtctcagactccaatcaatatttcactattggtgtgaactctatggctgatattgattggtggatttttcagaaat 213  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||   || ||| ||||  |||| ||||||   ||||||||||| |||||||| ||||   |     
T  3349364 tctgggctaatcaacaagtttgaggtctccgaccccaatcgtgatatcattattaatgtgtactctacaactgatattgatcggtggattcttcatctaa 3349463  T
Q  214 ccaaaaggtatattaaagagcttgtgctggacagtaggttaaaacaacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttaga 313  Q
    ||  |||  ||||||||||| ||||| |||||| ||| ||  | |||||||| | ||||||||  | ||||| ||| || ||| ||||||| |||||| |    
T  3349464 ccggaagacatattaaagagtttgtgttggacattagttttgatcaacgctaaatgataccttcatccttattctcctgccaaggtttacaacatttaaa 3349563  T
Q  314 actgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgatttt 413  Q
     ||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |   |||||||||| |||||||| |||     
T  3349564 tctgaattattgctggcttaaacctccaacaatttttgaaggcttccggaatctgaaaagtctttatttgaatcgggttacaatgactcaagatgctttc 3349663  T
Q  414 gaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaa 501  Q
     | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  3349664 aataacatgatgtctggctgccccctgcttgagagattgacattgacaaaaattgatggtttaacccatattaatatccatgcaccaa 3349751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 14 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 9819058 - 9818569
Alignment:
Q  14 tgtgtttgatcgtcgatgtgtatctactgaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcat 113  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| || ||||||| ||| |||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9819058 tgtgtttgatagtcgatgtgtatctacggcaacctccgaaaacccttcggttgttgagagaaagtttttgagaattattgatcatgtacttttacttcat 9818959  T
Q  114 tctgggccaatcaacaagtttgaggtctcagactccaatcaatatttcactattggtgtgaactctatggctgatattgattggtggatttttcagaaat 213  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||   |  ||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||||   |     
T  9818958 tccgggccaatcaacaagattgaggtctctaactcctatcgggacatcattattgatgtgaacgctatggctgatattaatcagtggattgttcatctaa 9818859  T
Q  214 ccaaaaggtatattaaagagcttgtgctggacagtaggttaaaacaacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttaga 313  Q
    ||  || ||||||||||||| ||||| |||||| | | ||  | |||||||||||||||||||  | ||||| ||| || ||| ||||||||||||||||    
T  9818858 ccggaaagtatattaaagagtttgtgttggacatttgttttgatcaacgctataagataccttcatccttattctcctgccaaggtttacatcatttaga 9818759  T
Q  314 actgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgatttt 413  Q
     || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||  |   |||||||||| |||||  | |||     
T  9818758 tcttaattattgttggcttaaacctccaacaatgtttgaaggctttcggaatcagaaaagtctttatttgaatcgggttacaatgactcaagtagctttc 9818659  T
Q  414 gaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
     | ||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
T  9818658 aataacatgatagctggatgccccctactagagaaattgacattgacaaaaattgatggtttaacccatattaatattgatgcaccaaat 9818569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 47 - 424
Target Start/End: Original strand, 3361633 - 3362007
Alignment:
Q  47 ttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtttgaggtctcagac 146  Q
    |||| |||||||||| |||||  | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||   |||    
T  3361633 ttcccaagacccttcggttatcaataacaagtttttgagaattgttgatcatgtacttttacttcattatgggccaatcaacaagttccagatccgcgac 3361732  T
Q  147 tccaatcaatatttcactattggtgtgaactctatggctgatattgattggtggatttttcagaaatccaaaaggtatattaaagagcttgtgctggaca 246  Q
    | | ||    || ||| ||   || |||  |||||| | |||||| |  |||||||| ||||   | ||  ||||  |||||||||| |||||||| |||    
T  3361733 tactattgtaatctcatta---gtttgagttctatgacagatattcaaaggtggattattcacctaacccgaaggcctattaaagagtttgtgctgcaca 3361829  T
Q  247 gtaggttaaaacaacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaac 346  Q
     | ||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |  ||||| |||||||||||||||||    
T  3361830 tttggttagacgaacgctataagatcccttggtgcttattctcttgtcaaagtttacatcatttagaattaaaatgctgttggcttaaacctccaacaac 3361929  T
Q  347 gtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgat 424  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||||||| |  ||  | | |||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  3361930 gtttgaaggcttcaagaacttgaaaagtcttgaattgagtcacgttacaatgactcaagattcttttgaaaacatgat 3362007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 330 - 473
Target Start/End: Original strand, 3340856 - 3340999
Alignment:
Q  330 cttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctg 429  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3340856 cttaaacctccaacaacatttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttctttgtctaaagttagaatgactcaagatgcttttgaaaacatgatatctg 3340955  T
Q  430 gctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggt 473  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| |   |||||||||||    
T  3340956 gctgccccctgcttgaagaattgacattaaatgaaattgatggt 3340999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 330 - 457
Target Start/End: Original strand, 3341156 - 3341283
Alignment:
Q  330 cttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctg 429  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| | |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3341156 cttaaagctccaacaacatttgaaggtttccggaatttgaaaagtctttctttgtttaaagttagaatgactcaagatgcttttgaaaacatgatatctg 3341255  T
Q  430 gctgccccctgcttgagaaattgacatt 457  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  3341256 gctgccccctgcttgaagaattgacatt 3341283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 331 - 503
Target Start/End: Original strand, 3341308 - 3341482
Alignment:
Q  331 ttaaacctccaacaacgt-ttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaag-atgattttgaaaacatgatatct 428  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| | ||||| | ||||||  |||| ||||| || |  ||| |||||||||||||||||||    
T  3341308 ttaaacctccaacaacatcttgaacgcttccggaatttgaatactctttctttgtctgtcgttagaatgactccatcatgcttttgaaaacatgatatct 3341407  T
Q  429 ggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
     |||||||||| |||||  |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3341408 agctgccccctacttgaagaattgacattgaaagaaattgatggtttaacacagattaatattcatgcaccaaat 3341482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 331 - 445
Target Start/End: Original strand, 3341007 - 3341121
Alignment:
Q  331 ttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctgg 430  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  3341007 ttaaacctccaacaacatttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttctttgtctgtcgttagaatgactcaagatgcatttgaaaacatgatatctgg 3341106  T
Q  431 ctgccccctgcttga 445  Q
    |||||| ||||||||    
T  3341107 ctgccctctgcttga 3341121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 299 - 457
Target Start/End: Original strand, 9820163 - 9820324
Alignment:
Q  299 tttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaac--ctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtct-gaagttaca 395  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||  | |   ||| |    
T  9820163 tttacatcatttagatctgaattattgttggcttaaacctctccaacaacgtttgaaggcttccgaaatctaaaaagtctttatttgaatcgggtttaga 9820262  T
Q  396 atgattcaagatgattttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacatt 457  Q
    |||| |||||||| |||  | |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  9820263 atgactcaagatgctttcaataacatgatatttggctgcccccttctagagaaattgacatt 9820324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 4323247 - 4323147
Alignment:
Q  29 atgtgtatctactgaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaac 128  Q
    |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||   ||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4323247 atgtgtgtctgctgaagcttcccaagaccctttagttattgagcccaagttttcgaaaatggttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaac 4323148  T
Q  129 a 129  Q
    |    
T  4323147 a 4323147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 46 - 133
Target Start/End: Original strand, 3372604 - 3372691
Alignment:
Q  46 cttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtt 133  Q
    |||||||| || ||||||||||  | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  3372604 cttccaaatacacttcagttatcaataacaagtttttgagaattgttgatcatgtacttttacaacattctggtccaatcaacaagtt 3372691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 218 - 503
Target Start/End: Original strand, 3372773 - 3373058
Alignment:
Q  218 aaggtatattaaagagcttgtgctggacagtaggttaaaacaacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactg 317  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||| ||  | ||||| |  |||| ||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||     
T  3372773 aaggtctataaaagagcttctgctgcacttttggttagacaaacgttataagatacctttgagtttattctcttgtcaaagtttacgtcattta-agctt 3372871  T
Q  318 aattattgttgtc---ttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttg 414  Q
    |  | ||||||||   |||||| |||||||||||||||||| |||  |||  || ||  |||| || ||   || |||||| ||  ||||||||||||||    
T  3372872 a--tcttgttgtcaacttaaacttccaacaacgtttgaaggtttcaagaacctgcaatatcttcatctggaagaggttacactggctcaagatgattttg 3372969  T
Q  415 aaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||  | |||  |||||| |||||||||||  |  |||| |||||| |||| |||||||||    
T  3372970 aaaacatgatatctggctgccctctacttgaccatttggtattgatgaaaattgatggcttctcacaaattaatgttcacgcaccaaat 3373058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 46 - 124
Target Start/End: Original strand, 3378648 - 3378726
Alignment:
Q  46 cttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaat 124  Q
    ||||| ||| |||||| ||||| || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3378648 cttcccaaggcccttcggttatcgagagcaagtttttgagaattatcgatcatgtacttttacttcattctgggccaat 3378726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 264 - 377
Target Start/End: Original strand, 3378863 - 3378976
Alignment:
Q  264 tataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactga-attattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccgg 362  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | || | ||| |||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||  |    
T  3378863 tataagataacatggtgcttattctcttgtcaaagtttacgtcattta-agcttatattgttgtcgacttaaacctccaacaatatttgaaggcttcaag 3378961  T
Q  363 aatttgaaaagtctt 377  Q
    |||||||||||||||    
T  3378962 aatttgaaaagtctt 3378976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 323 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 3218359 - 3218179
Alignment:
Q  323 ttgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatg 422  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||| |  | | | | |||||||||  |||||||| |||||||||| ||    
T  3218359 ttgttgtattcaacctccaacaacgtttaaaggcttcaagaacttgaaaagtcttgaactatatcaggttacaatggctcaagatgcttttgaaaacttg 3218260  T
Q  423 atatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||  | |||| |||| || |  |||| ||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  3218259 atatccggctgccacctgctagaagatttgaaattgttatatcttgaaggtttaacccaacttaatatccatgcaccaaat 3218179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 271 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 4334898 - 4334666
Alignment:
Q  271 taccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaa 370  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||  |||| || | |||   ||||  |||||||||||||| | ||||||||||||  | || |||||    
T  4334898 taccttggtgtttattctcatgtcaaagtttacattctttaaaattaaatgggtgtttgcttaaacctccaacgatgtttgaaggctttagaaacttgaa 4334799  T
Q  371 aagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgat 470  Q
    ||||||| || | | |  ||| |  ||  ||||||||| |||||||||| | || ||| | |||||| ||||||| || |||| ||||| | || || ||    
T  4334798 aagtcttgatctatgtctagtgaatattgttcaagatgcttttgaaaactttatctctaggtgccccttgcttgaaaagttgagattgagagaattttat 4334699  T
Q  471 ggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
    ||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  4334698 ggtttaacgcaaattaatattcatgcaccaaat 4334666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 264 - 503
Target Start/End: Original strand, 2006580 - 2006819
Alignment:
Q  264 tataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccgga 363  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||  | |  |||||||||  |||||||||||| | ||| ||||||||||   ||    
T  2006580 tataagataccttggtgcttattttcttgtcaaagtttacatcatctaacattatattattgtttgcttaaacctccatcgacgattgaaggcttgaaga 2006679  T
Q  364 atttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaa 463  Q
    | || ||||||||| || ||  | | ||||  |||  |||  ||| |||||| ||  |||||||| | ||||| |||||||| || |||||||||| | |    
T  2006680 acttaaaaagtcttgatttggatcatgttagcatgtctcagtatgcttttgagaatttgatatctagttgccctctgcttgaaaatttgacattgacaga 2006779  T
Q  464 aattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
    | |||||||| | || || || || ||||| |||||||||    
T  2006780 acttgatggtttcacccaaataaacattcacgcaccaaat 2006819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 4335102 - 4335037
Alignment:
Q  64 ttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaaca 129  Q
    ||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  4335102 ttattgacaacaagtttttgcaaattgttgatcatgtacttttagttcattctggaccaatcaaca 4335037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 6592627 - 6592536
Alignment:
Q  42 gaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtt 133  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||  | |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||    
T  6592627 gaaacttctaaagaccttttagttatcaagagcaagctttcaagaattattgatcatgtacttttactccgttctggaccaatcaaaaagtt 6592536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 3218598 - 3218549
Alignment:
Q  84 agaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtt 133  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||    
T  3218598 agaattgttgatcatgtacttctacttcattctggaccgatcaacaagtt 3218549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 6601837 - 6601788
Alignment:
Q  84 agaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtt 133  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6601837 agaattattgatcatgtacttttactccattctgggccaatcaaaaagtt 6601788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 133
Target Start/End: Original strand, 2006414 - 2006461
Alignment:
Q  86 aattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtt 133  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2006414 aattattgatcaggtacttttactttattctgggccaatcaacaagtt 2006461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 133
Target Start/End: Original strand, 2010503 - 2010550
Alignment:
Q  86 aattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtt 133  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  2010503 aattattgatcatgtacttttactttattccgggccaatcaacaagtt 2010550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 133
Target Start/End: Original strand, 2019716 - 2019763
Alignment:
Q  86 aattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtt 133  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  2019716 aattattgatcatgtacttttactttattccgggccaatcaacaagtt 2019763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 264 - 503
Target Start/End: Original strand, 2019876 - 2020115
Alignment:
Q  264 tataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccgga 363  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| ||    |   ||||||||  |||||||||||| | ||| ||||||||||   ||    
T  2019876 tataagataccttggtgcttattttcttgtcaaagcttacttcatctaagtttatcttattgtttgcttaaacctccatcgacgattgaaggctttaaga 2019975  T
Q  364 atttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaa 463  Q
    | |||||||||||| |  ||  | |  |||| |||  ||||||||||||||| |   |||||||||| ||||| |||||||| | ||||| ||||||  |    
T  2019976 acttgaaaagtcttaagttggatcacattactatgtctcaagatgattttgagattttgatatctggttgccctctgcttgaaagattgatattgattga 2020075  T
Q  464 aattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
    | |||||||| | ||| | || || ||||| |||||||||    
T  2020076 atttgatggtttcacaaaaataaacattcacgcaccaaat 2020115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 401 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 4322878 - 4322776
Alignment:
Q  401 tcaagatgattttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcacca 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    |||||| ||||||| ||  ||| ||||| | || |||||||| |||| || |||||||| |||||||||    
T  4322878 tcaagatgcttttgaaaacatgatatccaaatgccccttgcttgaaaagatgaaattgacagaagttgatggtttaacccaaattaatatccatgcacca 4322779  T
Q  501 aat 503  Q
    |||    
T  4322778 aat 4322776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 6601681 - 6601625
Alignment:
Q  258 caacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaa 314  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  6601681 caacgctataaaataccttcatgcttattttcttgtcaaggtttacatcatttagaa 6601625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 133
Target Start/End: Original strand, 2011923 - 2011960
Alignment:
Q  96 catgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtt 133  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2011923 catgtacttttactttattatgggccaatcaacaagtt 2011960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 264 - 305
Target Start/End: Original strand, 2012073 - 2012114
Alignment:
Q  264 tataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  2012073 tataagataccttggtgcttattttcttgtcaaagcttacat 2012114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 264 - 308
Target Start/End: Original strand, 2010663 - 2010707
Alignment:
Q  264 tataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||    
T  2010663 tataagataccttggtgcttattttcttgtcaaagcttacttcat 2010707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 258 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 6592426 - 6592370
Alignment:
Q  258 caacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaa 314  Q
    ||||||||||| |||||||  || ||||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  6592426 caacgctataaaataccttcatggttattttcttgtcaaagtttgcatcatttagaa 6592370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 267 - 503
Target Start/End: Original strand, 20953124 - 20953360
Alignment:
Q  267 aagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatt 366  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |  |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||  |    
T  20953124 aagataccttggtgcttattctcttgtcaaagtttacatcatttgaaattacattggtgttgtcttaaacctccaacgacgtttgaaggctttaagaggt 20953223  T
Q  367 tgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaat 466  Q
    |||| |||||| || ||  |  ||| ||| ||  |||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| || |    
T  20953224 tgaagagtcttgatctgaatctagtaacagtggctcaagatgcttttgaaaacttgatctctggctgccctctgcttgaaaaattgaaattgatagaagt 20953323  T
Q  467 tgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
    ||||||| | || || |||||||||| ||||||||||    
T  20953324 tgatggtttcacccaaattaatattcgtgcaccaaat 20953360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 501
Target Start/End: Original strand, 20923374 - 20923843
Alignment:
Q  29 atgtgtatctactgaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaac 128  Q
    |||||||||| ||| |  |||| |||| ||||| ||||| || | ||||||| | || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20923374 atgtgtatctgctgcagtttccgaagatccttctgttatcgagaacaagtttgtgaggactgttgaccatgtacttttacttcattctgggccaatcaac 20923473  T
Q  129 aagtttgaggtctcagactccaatcaatatttcactattggtgtgaactctatggctgatattgattggtggatttttcagaaatccaaaaggtatatta 228  Q
    |||||  || |||| || | |  |    ||||||   ||||| |||  ||| |||| ||| ||||| |||||||| ||||   | | | ||||| |||||    
T  20923474 aagttcaagatctctgatttcggttgtgatttca---ttggtatgatatctgtggcagatgttgatcggtggattcttcatctaacaagaaggtctatta 20923570  T
Q  229 aagagcttgtgctggacagtaggttaaaacaacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttg 328  Q
    || | |||| |||||||| | ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||  || || ||     
T  20923571 aaaatcttgagctggacatttggttcgagcaacgctataacataccttggtgcttattctcttgtcaaagtttacatcatttaaatttgttttgttcttc 20923670  T
Q  329 tcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatct 428  Q
     |||||||||||| | | |||||||||||||  ||| |||||||||||| |  ||    |||||||| ||  | |||||| |||||||||| ||||||||    
T  20923671 gcttaaacctccagcgatgtttgaaggcttcatgaacttgaaaagtcttcaattggaacaagttacagtggctaaagatgcttttgaaaacttgatatct 20923770  T
Q  429 ggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaa 501  Q
    |||| |||  ||||||| ||||||   |||| |||| |||||||  | || || ||||| |||||| ||||||    
T  20923771 ggctcccctttgcttgaaaaattggttttgaaaaaagttgatggattcactcaaattaacattcattcaccaa 20923843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 267 - 451
Target Start/End: Original strand, 20927202 - 20927386
Alignment:
Q  267 aagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatt 366  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||   || ||    
T  20927202 aagataccttggtgcttattctcttgtcaaagtttacatcatttaaaattacattggtgttgtcttaaacctccaacgacgtttgaaagctttaagagtt 20927301  T
Q  367 tgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaatt 451  Q
    |||| |||||| || ||  |  ||| ||| ||  |||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20927302 tgaagagtcttgatctgaatctagtaacagtggctcaaaatgatttcgaaaatttgatatctggctgccccctgcttgaaaaatt 20927386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 267 - 459
Target Start/End: Original strand, 20934586 - 20934778
Alignment:
Q  267 aagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccggaatt 366  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |  |||  ||||||||||||||||||||   |||| |||||||  |||  |    
T  20934586 aagataccttggtgcttattctcttgtcaaagtttacatcatttgaaattacatttctgttgtcttaaacctccaacgttgtttaaaggctttaggagct 20934685  T
Q  367 tgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattga 459  Q
    ||||||||||| || ||  | | ||  || ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  20934686 tgaaaagtcttgatctgaatcatgtagcagtggctcaagatgcttttgaaaacttgatatctggctgccccctgcttgaaaaattgaaattga 20934778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 263 - 373
Target Start/End: Original strand, 39274180 - 39274290
Alignment:
Q  263 ctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccgg 362  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || | |||| |  ||  || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  39274180 ctataagataccttggtgcttattctcctgtcaaagtttgcaacgtttaaagttggcttgttgttggcttaaacctccaacaacatttgaaggcttcagg 39274279  T
Q  363 aatttgaaaag 373  Q
    || ||||||||    
T  39274280 aacttgaaaag 39274290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 129
Target Start/End: Original strand, 20952928 - 20952995
Alignment:
Q  62 agttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaaca 129  Q
    ||||||||| || ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20952928 agttattgagaggaagttattgaaaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaaca 20952995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 148
Target Start/End: Original strand, 39273964 - 39274065
Alignment:
Q  47 ttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagtttgaggtctcagac 146  Q
    |||| ||||||||| || |||||| | |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||| |||    
T  39273964 ttcccaagaccctttagatattgagaacaagcttttgaaaattgttgatcatgtacttttacttcactctggacctatcaacaagttcgagttctctgac 39274063  T
Q  147 tc 148  Q
    ||    
T  39274064 tc 39274065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 129
Target Start/End: Original strand, 20926962 - 20927073
Alignment:
Q  18 tttgatcgtcgatgtgtatctactgaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctg 117  Q
    |||||| ||| |||||| ||| ||| | ||||||||||||  | |||||| |  || |||||||| | | ||| ||||||||| ||||||||||||| ||    
T  20926962 tttgatagtcaatgtgtctctgctgcagcttccaaagacctgttagttatcgctaggaagtttttgaaatttgctgatcatgtccttttacttcattatg 20927061  T
Q  118 ggccaatcaaca 129  Q
    ||||||||||||    
T  20927062 ggccaatcaaca 20927073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 410 - 503
Target Start/End: Original strand, 39274327 - 39274420
Alignment:
Q  410 ttttgaaaacatgatatctggctgccccctgcttgagaaattgacattgataaaaattgatggtgtaacacagattaatattcatgcaccaaat 503  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| || |||||  | ||||  |||||| ||  ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  39274327 ttttgaaaaaatgatatccggctgccctctacttgaatatttgagtttgatagaacctgatggtttaacccaagttaatattcatgcaccaaat 39274420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 83; Significance: 4e-39; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 264 - 426
Target Start/End: Original strand, 21237664 - 21237826
Alignment:
Q  264 tataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcatttagaactgaattattgttgtcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttccgga 363  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21237664 tataagataccttggtgcttattctcttgtcaaagtttacatcatttagaattaacaagttgttggcttaaacctccaacaacgtttgaaggcttcagga 21237763  T
Q  364 atttgaaaagtctttatatgtctgaagttacaatgattcaagatgattttgaaaacatgatat 426  Q
    | ||| ||||||||| | ||   ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||    
T  21237764 acttggaaagtctttctttgatcgaagttacaatgactcaagatgctttcgaaaacttgatat 21237826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 74 - 134
Target Start/End: Original strand, 21237477 - 21237537
Alignment:
Q  74 caagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcattctgggccaatcaacaagttt 134  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  21237477 caagtttttgagaattgttgatcatgtacttctacttcattctgggtcaattgacaagttt 21237537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 311
Target Start/End: Original strand, 17969743 - 17970037
Alignment:
Q  14 tgtgtttgatcgtcgatgtgtatctactgaaacttccaaagacccttcagttattgacagcaagtttttaagaattgttgatcatgtacttttacttcat 113  Q
    |||||||||| | | |||||||||||||| | ||||| |||||  ||||||||| ||  |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  17969743 tgtgtttgatagacaatgtgtatctactgtagcttccgaagacttttcagttatcgagggcaagtttttgagaatcattgatcatgtacttttacttcat 17969842  T
Q  114 tctgggccaatcaacaagtttgaggtctcagactccaatcaatat-ttcactattggtgtgaactctatggctgatattgattggtggatttttcagaaa 212  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| | |||||   | ||| |  || |  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||   |    
T  17969843 tcagggccaatcaacaagtttgaagtcactgactc---tgaatgtgatctc-cttggtgtgaactctatggctgatgttgatcggtggattcttcatcta 17969938  T
Q  213 tccaaaaggtatattaaagagcttgtgctggacagtaggttaaaacaacgctataagataccttggtgcttatactcttgtcaaagtttacatcattta 311  Q
     |   ||| | | |||||||||||||| |||||| | ||  |    ||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  17969939 actggaagatctgttaaagagcttgtgttggacatttgggcaggggaactctataagataccttggtgcttattttcttatcaaagtttacatcattta 17970037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University