View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12251_low_2 (Length: 816)

Name: NF12251_low_2
Description: NF12251
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12251_low_2
NF12251_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-816)||(32002377-32003183)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 816
Target Start/End: Complemental strand, 32003183 - 32002377
Alignment:
Q  11 gaacctgtgtgaaggtgtccagcctaacaatatctaggtattgtcagttgagctaggccttaacgactcattttgttccccctttttcctcacatatgag 110  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32003183 gaacctgggtgaaggtgtccagcctaacaatatctaggtattgtcagttgagctaggccttaacgactcattttgttccccctttttcctcacatatgag 32003084  T
Q  111 ctagttaatacttaggaattggatcttcattttttcctcatgtatgtttccaaatatgcaagtcacttattggagcttggttgttttcatgttcagcggg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32003083 ctagttaatacttaggaattggatcttcattttttcctcatgtatgtttccaaatatgcaaatcacttattggagcttggttgttttcatgttcagtggg 32002984  T
Q  211 tgctcc-aaacagatgtccatatggtagcaacaattttttgtttcttactaaacggttgtttggaatgtgtctgcaattgannnnnnnnnnncttttgtt 309  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||    
T  32002983 tgctcccaaacagatgtccatatggtagcaacaattttttgtttcttactaaacggttgtttggaatgtgtctgcaattgatttttttttttcttttgtt 32002884  T
Q  310 agtatgaggcgggtatcctctgtgctttagtgcagagactctgatccctcgagctgtgtaagaccacaatggagggaaaggctatccctcaagagattta 409  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32002883 agtatgaagcgggtatcctctgtgctttagtgcagagactctgatccctcgagctgtgtaagaccacaatggagggaaaggctatccctcaagagattta 32002784  T
Q  410 gcacttttgcatttaacactaaatataatgtctccaacaatataagatatatatctacatttccaattgccgtagtctatgatcagcatggtcttctgca 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32002783 gcacttttgcatttaacactaaatataatgtctccaacaatataagatatatatttacatttccaattgccgtagtctatgatcagcatggtcttctgca 32002684  T
Q  510 ttatgggcaaagttcagcatttctgtccattacatatttggaaaacagcccatgatgaaaatgctgatcaagcttgtgagattgtggattactgagtttg 609  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32002683 ttacgggcaaagttcagcatttctgtccattacatatttggaaaacagcccatgatgaaaatgctgatcaagcttgtgagattgtggattactgagtttg 32002584  T
Q  610 agtgtcttgacgaagaggtgttttgggctggattttgggacttggttgggataaactttagctttcccattatgtatattttcccaattttgagctctcc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32002583 agtgtcttgacgaagaggtgttttgggctggattttgggacttggttgggataaactttagctttcccattatgtatattttcccaattttgagcactcc 32002484  T
Q  710 tctaagctttgccacgtctctgtagcctgtgatatcactcctctctctttcaagatccgtgacctcttcagccgtgcccctgcctcctcactttaaatga 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32002483 tctaagctttgccacgtctctgtagcctgtgatatcactcctctctctttcaagatccgtgacctcttaagccgtgcccctgcctcctcactttaaatga 32002384  T
Q  810 gagcttc 816  Q
    |||||||    
T  32002383 gagcttc 32002377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University