View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12252_low_1 (Length: 1035)

Name: NF12252_low_1
Description: NF12252
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12252_low_1
NF12252_low_1
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (5-635)||(23258521-23259151)
chr4 (2-635)||(23276399-23277032)
chr4 (1-592)||(27542967-27543558)
chr4 (2-592)||(11136116-11136706)
chr4 (936-1023)||(23258168-23258254)
chr4 (936-1023)||(23276046-23276132)
chr4 (931-1009)||(27542821-27542898)
chr4 (938-1023)||(11136751-11136836)
chr4 (714-807)||(23258350-23258443)
chr4 (714-807)||(23276228-23276321)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (57-640)||(8986003-8986586)
chr5 (892-1018)||(8985390-8985519)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (622-896)||(12280248-12280522)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (2-303)||(33125050-33125353)
chr2 (383-444)||(33124983-33125044)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 23259151 - 23258521
Alignment:
Q  5 gatacttcaaaggcacacaaggctggtgagtttactgattttttccttactggtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtcggaaggg 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |    
T  23259151 gatacttcaaaagcacacaaggctggtgagtttactgattttttcctgactggtcctaatggaatctttaccggattttcaactgaatttgtcggaagag 23259052  T
Q  105 cttgggacttggacgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcaatctgctaaagggattgtgaagcttgacgggaaaatcagccttcctcagcctaa 204  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23259051 cttgggacttggatgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcaatccgctaaagggattgtgaagcttgacggaaaaatcagccttcctcagcctaa 23258952  T
Q  205 agaggaacacaagaaaggcatggctttgaactgtctggaggcaccattggatgttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacaccaagaat 304  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23258951 agaggaacataagaaaggcatggctttgaattgtctggaggcaccattggatgttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacaccaagaac 23258852  T
Q  305 cttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgaccttgtgaggattgatggaagatccatgtgctctcctggattctcttgtgattctgctttgcagg 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23258851 cttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgatcttgtgaggattgatggaagatccatgtgctctcctggattctcttgcgattctgctttgcagg 23258752  T
Q  405 ttacttacattgttagggggagcggccgtgttcaggttgttggtgttgatggtaagagagttttggagaccactttgaaggctggagatttgttcattgt 504  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23258751 ttacttacattgttaggggaagcggccgtgttcaggttgttggtgttgatggtaagagagtcttggagaccactttgaaggctggagatttgttcattgt 23258652  T
Q  505 gccgaggtttttcgttgtctcaaagattgctaacaatgatggaatggagtggttctctatcatcactacccctaagtgagtttttcttgacttctaatct 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||     
T  23258651 gccgaggtttttcgttgtctcaaagattgctaacaatgatggaatggagtggttctctatcatcactacccctaagtaagtttttcttaacttttaatca 23258552  T
Q  605 cattgcaaatactgttatcctattattgttt 635  Q
     |||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  23258551 aattgcagatactgttatccttttgttgttt 23258521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 23277032 - 23276399
Alignment:
Q  2 ggcgatacttcaaaggcacacaaggctggtgagtttactgattttttccttactggtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtcggaa 101  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  23277032 ggcgatacttctaaagcacacaaggctggtgagtttactgattttttcctgactggtcctaatggaatctttaccggattttcaactgaatttgtcggaa 23276933  T
Q  102 gggcttgggacttggacgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcaatctgctaaagggattgtgaagcttgacgggaaaatcagccttcctcagcc 201  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23276932 gagcttgggacttggatgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcaatccgctaaagggattgtgaagcttgacggaaaaatcagccttcctcagcc 23276833  T
Q  202 taaagaggaacacaagaaaggcatggctttgaactgtctggaggcaccattggatgttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacaccaag 301  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23276832 taaagaggaacataagaaaggcatggctttgaattgtctggaggcaccattggatgttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacaccaag 23276733  T
Q  302 aatcttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgaccttgtgaggattgatggaagatccatgtgctctcctggattctcttgtgattctgctttgc 401  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23276732 aaccttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgatcttgtgaggattgatggaagatccatgtgctctcctggattctcttgcgattctgctttgc 23276633  T
Q  402 aggttacttacattgttagggggagcggccgtgttcaggttgttggtgttgatggtaagagagttttggagaccactttgaaggctggagatttgttcat 501  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23276632 aggttacttacattgttaggggaagcggccgtgttcaggttgttggtgttgatggtaagagagtcttggagaccactttgaaggctggagatttgttcat 23276533  T
Q  502 tgtgccgaggtttttcgttgtctcaaagattgctaacaatgatggaatggagtggttctctatcatcactacccctaagtgagtttttcttgacttctaa 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||    
T  23276532 tgtgccgaggtttttcgttgtctcaaagattgctaacaatgatggaatggagtggttctctatcatcactacccctaagtaagtttttcttaacttttaa 23276433  T
Q  602 tctcattgcaaatactgttatcctattattgttt 635  Q
    ||  |||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  23276432 tcaaattgcagatactgttatccttttgttgttt 23276399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 27543558 - 27542967
Alignment:
Q  1 tggcgatacttcaaaggcacacaaggctggtgagtttactgattttttccttactggtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtcgga 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27543558 tggcgatacttcaaaagcacacaaagctggtgagtttactgattttttcctgactggtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtggga 27543459  T
Q  101 agggcttgggacttggacgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcaatctgctaaagggattgtgaagcttgacgggaaaatcagccttcctcagc 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27543458 agagcttgggacttggacgagaacaatgtgaagactcttgttggaaagcaatctgctaaagggattgtgaagcttgacggaaaaataagccttcctcagc 27543359  T
Q  201 ctaaagaggaacacaagaaaggcatggctttgaactgtctggaggcaccattggatgttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacaccaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27543358 ctaaagaggaacacaagaaaggcatggctttgaactgtttggaggcaccattggatgttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacaccaa 27543259  T
Q  301 gaatcttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgaccttgtgaggattgatggaagatccatgtgctctcctggattctcttgtgattctgctttg 400  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  27543258 gaaccttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgaccttgtgaggattgatggaagatccatgtgctctcctggtttctcttgtgattctgcttta 27543159  T
Q  401 caggttacttacattgttagggggagcggccgtgttcaggttgttggtgttgatggtaagagagttttggagaccactttgaaggctggagatttgttca 500  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  27543158 caggttacttacattgttagagggagcggccgtgttcaggttgttggtgttgatggtaagagagttttggagacaactttgaagtccggagatttgttca 27543059  T
Q  501 ttgtgccgaggtttttcgttgtctcaaagattgctaacaatgatggaatggagtggttctctatcatcactacccctaagtgagtttttctt 592  Q
    |||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27543058 ttgttccaaggttcttcgtcgtctcgaagattgctgacaatgatggaatggagtggttttctatcatcaccacccctaagtgagtttttctt 27542967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 592
Target Start/End: Original strand, 11136116 - 11136706
Alignment:
Q  2 ggcgatacttcaaaggcacacaaggctggtgagtttactgattttttccttactggtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtcggaa 101  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11136116 ggcgacacttcaaaagcacacaaagccggtgagtttactgattttttcctgaccggtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtcggaa 11136215  T
Q  102 gggcttgggacttggacgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcaatctgctaaagggattgtgaagcttgacgggaaaatcagccttcctcagcc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  11136216 gggcttgggacttggacgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcagtccgctaaagggattgtgaagcttgacggtaaaataagccttcctcaacc 11136315  T
Q  202 taaagaggaacacaagaaaggcatggctttgaactgtctggaggcaccattggatgttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacaccaag 301  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  11136316 tatagaggaacacaagaaaggcatggctttgaactgtctggaggcaccattggatgttgatattaagaatggtggaagggttgttgtattgaacactaag 11136415  T
Q  302 aatcttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgaccttgtgaggattgatggaagatccatgtgctctcctggattctcttgtgattctgctttgc 401  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  11136416 aaccttcctttggtcggtgaggttggtttaggagccgaccttgtgaggatcgatggaagatccatgtgctcgcccggattctcttgtgattctgctttac 11136515  T
Q  402 aggttacttacattgttagggggagcggccgtgttcaggttgttggtgttgatggtaagagagttttggagaccactttgaaggctggagatttgttcat 501  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11136516 aggttacttacattgttaggggaagtggccgtgttcaagttgttggtgttgatggtaagagagttttggagacaactttgaaggctggagatttgttcat 11136615  T
Q  502 tgtgccgaggtttttcgttgtctcaaagattgctaacaatgatggaatggagtggttctctatcatcactacccctaagtgagtttttctt 592  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11136616 tgtgccgaggtttttcgttgtctcgaaaattgctgacaatgatggaatggagtggttttctatcatcactacccctaagtgagtttttctt 11136706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 936 - 1023
Target Start/End: Complemental strand, 23258254 - 23258168
Alignment:
Q  936 actgtggttatgattgttgttttttgcagtcctgtatttacacacatggctggaagttcttcggtgtggaaggcactgtcacccacag 1023  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  23258254 actgtggttatgattgttgttttt-gcagtcctgtatttacacacatggctggaagttcttcggtgtggaaggcactatcacctacag 23258168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 936 - 1023
Target Start/End: Complemental strand, 23276132 - 23276046
Alignment:
Q  936 actgtggttatgattgttgttttttgcagtcctgtatttacacacatggctggaagttcttcggtgtggaaggcactgtcacccacag 1023  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  23276132 actgtggttatgattgttgttttt-gcagtcctgtatttacacacatggctggaagttcttcggtgtggaaggcactatcacctacag 23276046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 931 - 1009
Target Start/End: Complemental strand, 27542898 - 27542821
Alignment:
Q  931 tactgactgtggttatgattgttgttttttgcagtcctgtatttacacacatggctggaagttcttcggtgtggaaggc 1009  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27542898 tacttactgtggttatgattgttgttttt-gcagtcctgtatttacacacatggctggaagttcttcggtgtggaaggc 27542821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 938 - 1023
Target Start/End: Original strand, 11136751 - 11136836
Alignment:
Q  938 tgtggttatgattgttgttttttgcagtcctgtatttacacacatggctggaagttcttcggtgtggaaggcactgtcacccacag 1023  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  11136751 tgtgattattattgttgtttttcgcagtcctgtatttacacacatggctggaagctcttcggtgtggaaggcgctatcacctacag 11136836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 714 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 23258443 - 23258350
Alignment:
Q  714 attctatactcccaaatttgtgtgtttgaaatgtttatttggaatttgaagtcactctctgcatgacataacatctttcatgattctttatctt 807  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||| | |||||||| |||||| ||||    
T  23258443 attctatactcccaagtttgtgtcttcgagatgtttatttagaatttgaagtcactctcaacataacataagagctttcatgtttctttttctt 23258350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 714 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 23276321 - 23276228
Alignment:
Q  714 attctatactcccaaatttgtgtgtttgaaatgtttatttggaatttgaagtcactctctgcatgacataacatctttcatgattctttatctt 807  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||| | |||||||| |||||| ||||    
T  23276321 attctatactcccaagtttgtgtcttcgagatgtttatttagaatttgaagtcactctcaacataacataagagctttcatgtttctttttctt 23276228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 57 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 8986586 - 8986003
Alignment:
Q  57 gtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtcggaagggcttgggacttggacgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcaatctgc 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  8986586 gtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtgggaagagcttgggacttggacgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcagtccgc 8986487  T
Q  157 taaagggattgtgaagcttgacgggaaaatcagccttcctcagcctaaagaggaacacaagaaaggcatggctttgaactgtctggaggcaccattggat 256  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8986486 taaagggattgtgaagcttgatggaaaaatcagccttcctcagcccaaggagaaacacaagaatggcatggctttgaactgtctggaggcaccattggat 8986387  T
Q  257 gttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacaccaagaatcttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgaccttgtgaggattgatg 356  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||     
T  8986386 gttgatattaaaaatggtggaagggttgttgtcctgaacaccaagaaccttcctttggttggtgaggttggtttaggagctgatctaatgaggattgatt 8986287  T
Q  357 gaagatccatgtgctctcctggattctcttgtgattctgctttgcaggttacttacattgttagggggagcggccgtgttcaggttgttggtgttgatgg 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  8986286 gaagatccatgtgctctcctggattctcttgtgattctgctttgcaggttacttacattgttagggggagcggacgagttcaggttgttggtgttgatgg 8986187  T
Q  457 taagagagttttggagaccactttgaaggctggagatttgttcattgtgccgaggtttttcgttgtctcaaagattgctaacaatgatggaatggagtgg 556  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  8986186 taagagagtcttggagacaactttgaaggctggagatttgttcattatgccgaggttttttgttgtctcaaagattgctgaaaatgatggaatggagtgg 8986087  T
Q  557 ttctctatcatcactacccctaagtgagtttttcttgacttctaatctcattgcaaatactgttatcctattattgtttgttat 640  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   ||||| ||||||||||||| || || ||||||||    
T  8986086 ttttctataatcactacccctaagtgagtttttcttaacttttaatcaagttgcagatactgttatccttttgttctttgttat 8986003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 892 - 1018
Target Start/End: Complemental strand, 8985519 - 8985390
Alignment:
Q  892 ttactgattgtagtgcaacttgagtagtaatcaaggaat----tactgactgtggttatgattgttgttttttgcagtcctgtatttacacacatggctg 987  Q
    ||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||    |||| ||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8985519 ttactgattgtagtgcaatatgagaaataatcaaggaatattatacttactatgattatgatttttgtttttt-cagtcctgtatttacacacatggctg 8985421  T
Q  988 gaagttcttcggtgtggaaggcactgtcacc 1018  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  8985420 gaagttcttcggtgtggaaggccctatcacc 8985390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 622 - 896
Target Start/End: Original strand, 12280248 - 12280522
Alignment:
Q  622 tcctattattgtttgttatatacatctgataattgattcttannnnnnnnnnnnnnnccttcttctgt-tagtgtacacatagtttattgccaattctat 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12280248 tcctattattgtttgttatatacatctgataattgattcttatttttatttttttt-ccttcttttgtctagtgtatacatagtttattgccaattctat 12280346  T
Q  721 actcccaaatttgtgtgtttgaaatgtttatttggaatttgaagtcactctctgcatgacataacatctttcatgattctttatctttcatgtataaact 820  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12280347 actcccaaatttgtgtctttcaaatgtttatttggaatttgaagtcactctctgcatgacataacatctttcatgattctttatctttcatgtataaact 12280446  T
Q  821 gatatgtgtttgttaagtgtttaattaagttgttaatctatacaaggccttgatctggtatatctttcgaattact 896  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12280447 gatatgtgtttgttaagtgtttaattaagttgttaatctatacaaggccttgatctggtatatctttcgaattact 12280522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 177; Significance: 7e-95; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 33125353 - 33125050
Alignment:
Q  2 ggcgatacttcaaaggcacacaaggctggtgagtttactgattttttccttactggtcctaatggaatctttactggattttcaactgagtttgtcggaa 101  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33125353 ggcgatacttcaaatgcacacaagcctggtgagtttactgattttttcctcacaggtcctaatggaatctttaccggattttcaactgagtttgtcggaa 33125254  T
Q  102 gggcttgggacttggacgagaacaatgtgaagacactcgttggaaagcaatctgctaaagggattgtgaagcttgacgggaaaatcagccttcctcagcc 201  Q
    | |||| |||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| || || || |||| ||||||||| ||    
T  33125253 gagcttaggacttggacaagaacaacgtgaaaaccctcgttggaaaacaatccggtaaagggattgtgaagctggaaggaaacatcaaccttcctcaacc 33125154  T
Q  202 taaagaggaacacaagaaaggcatggctttgaactgtctggaggcaccattggatg--ttgatattaagaatggtggaagggttgttgtcttgaacacca 299  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  33125153 aaaagaggaacacaagaaagggatggccttgaattgtctagaggcatcattggatgttttgatattaagaatggtggaagggttgttcttttgaacacaa 33125054  T
Q  300 agaa 303  Q
    ||||    
T  33125053 agaa 33125050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 383 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 33125044 - 33124983
Alignment:
Q  383 tcttgtgattctgctttgcaggttacttacattgttagggggagcggccgtgttcaggttgt 444  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  33125044 tcttgtgattctgctttacaagttacctacattgttagagggagcggtcgtgttcaggttgt 33124983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University