View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12252_low_2 (Length: 589)

Name: NF12252_low_2
Description: NF12252
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12252_low_2
NF12252_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-572)||(8524452-8525020)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-574)||(25521060-25521633)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-563)||(42125003-42125565)
chr5 (1-574)||(42130226-42130790)
chr5 (67-443)||(34230918-34231288)
chr5 (6-437)||(41711829-41712256)
chr5 (1-316)||(34238895-34239204)
chr5 (210-507)||(42118489-42118780)
chr5 (68-177)||(42118787-42118897)
chr5 (6-499)||(41570059-41570546)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-437)||(12249956-12250386)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-507)||(11119842-11120339)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 8525020 - 8524452
Alignment:
Q  1 gtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8525020 gtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtct 8524921  T
Q  101 cacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattat 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||    
T  8524920 cacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctctctgggtcttat 8524821  T
Q  201 tattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcat 300  Q
     | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8524820 caatacaatttagtttggaaagagagcaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaaacttgagggagttgtttttggatgatacagatttgtcttcat 8524721  T
Q  301 taagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagcct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |   ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8524720 taagaccaaactccattgctttgctattcaaccaatcttcctctttggtcactcttaatcttgcagagacaagattaagcggaaaactgaaaagaagcct 8524621  T
Q  401 tctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatctta 500  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  8524620 tctttgtttaccaggtattcaagaactagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccagaattaagttgcaacacttctcttagaatcttg 8524521  T
Q  501 aatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctct 572  Q
     ||||||   |||||  |||  | |||| |||||   | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8524520 gatctgtcaaattgtcaattccatggggaaattc---caatgtctttttctaacctaacacaccttacctct 8524452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 574
Target Start/End: Original strand, 25521060 - 25521633
Alignment:
Q  1 gtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtct 100  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||  |||||||| | |||||||||||||||  ||||||    
T  25521060 gtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactggctcccattttcatgctaagtttggtgggtttcagagtct 25521159  T
Q  101 cacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattat 200  Q
     ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |    
T  25521160 tacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacacctttccaaattacaatcacttcatctttctgggtatttt 25521259  T
Q  201 tattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcat 300  Q
      |||   |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||  ||||||| ||   |||||||||||||||| ||||| || |||||||      
T  25521260 ggttatgttttagtttggaaagagaccatcttaaagaggcttttgcaaaatgcaacaaatttacaggagttgtttttggattatacaaatatgtcttcta 25521359  T
Q  301 taagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagcct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||  |||||||||||||||||| | ||||| ||| |    
T  25521360 taagaccaaactccattgctttgcttttcaaccaatcttcctctttggttactctaaatcttaaatcaacaggattaagaggaaaattcaaaaggagcat 25521459  T
Q  401 tctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatctta 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| | ||||| || || ||||||||||||||||| ||     
T  25521460 tctttgtttaccaagtattcaagaaatagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccggaattgagctgtagcacttctcttagaatattg 25521559  T
Q  501 aatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctctct 574  Q
     || |||    ||||  |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  25521560 gatttgtcagcttgtggattcgaaggggaaattcctactatgtctttttctaaccttacatatcttacctctct 25521633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 42125565 - 42125003
Alignment:
Q  1 gtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtct 100  Q
    ||||||||||| |||||| | || |||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  42125565 gtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctcttactctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtct 42125466  T
Q  101 cacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcatta- 199  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||       
T  42125465 tgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctttccaaattacaatcacttcatctctctggatatacc 42125366  T
Q  200 --ttattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtctt 297  Q
      |||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  42125365 ggttatgatcagttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaaatttgagggagctgtttttggataatacaaatatgtctt 42125266  T
Q  298 cattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaag 397  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||  ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  42125265 caataagaccaaactccattgctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttactcttaatcttaaatcaacaggattaactggaaaactgaaaagaag 42125166  T
Q  398 ccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatc 497  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     ||| |||| |||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||||     
T  42125165 cctactttgtttaccaagtattcaagagttagatatgtcatataatcacaaccttgaaggacaactaccagaattgagttgtagtacttctcttagaata 42125066  T
Q  498 ttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacat 563  Q
    ||| || | |    ||| ||||| ||||||| |||||   || |||||||||||||||| ||||||    
T  42125065 ttagatttttcacgttgctcattcaaaggggaaattc---ctttgtctttttctaacctcacacat 42125003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 42130790 - 42130226
Alignment:
Q  1 gtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtct 100  Q
    |||||||||| ||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||  ||||||    
T  42130790 gtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttgactctcattttcattataagttttgtggatttcagagtct 42130691  T
Q  101 cacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattat 200  Q
     ||||||||||||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||   |  ||    
T  42130690 tacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcacctatccaaattacaatcacttcatctctctg---aaaat 42130594  T
Q  201 tattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcat 300  Q
    ||| ||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||  ||||| | ||  | ||| ||||||||||    |||||| ||||||||     
T  42130593 tatgac---ttaatttggaaagagactaccttgaagaggctgttgcaaaatgcaacagatttacgagagctgtttttggactccacagatatgtcttcaa 42130497  T
Q  301 taagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagcct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||   |  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42130496 taagaccaaactccattgctttgctcctcaaccaatctttatctttagtcactcttaatcttcattacacaagattaagcggaaaactgaaaagaagcct 42130397  T
Q  401 tctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatctta 500  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  42130396 tatttgtttagcaagtattcaagagctagatatgtcatataatgatgaacttcaaggccaacttccagaattgagttgtagcacttctcttagaatcata 42130297  T
Q  501 aatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctctct 574  Q
     || |||     ||| ||||  |||||| |||||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42130296 gatttgtcaggatgtgcattcgaaggggaaattc---ctatgtatttttctaacctcacacatcttacctctct 42130226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 67 - 443
Target Start/End: Original strand, 34230918 - 34231288
Alignment:
Q  67 attttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttg 166  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||| ||| |||||||||  ||||||||||  ||||||     
T  34230918 attttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattccttctcaaatctcggacctttc 34231017  T
Q  167 caaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagg 266  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || ||      || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||    
T  34231018 caaattacaatcacttcatctttctgggaatgat------aagttagtttggaaagagactaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaagtttaagg 34231111  T
Q  267 gagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggat 366  Q
    ||| ||||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||||||||    ||||| ||||| | ||||| |||| ||||||||||||| ||| ||     
T  34231112 gagctgtttttggattatacagacatgtctttgataagaccaaactccataaacttgctcttcaatcgatctttctctctggttactcttaatcttagag 34231211  T
Q  367 ttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataat 443  Q
      |||   ||||| |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34231212 agacaatcttaagtggaaaattgaaaaagagcattctttgtttaccaagtattcaagagctagatatgtcatataat 34231288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 6 - 437
Target Start/End: Original strand, 41711829 - 41712256
Alignment:
Q  6 cttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacac 105  Q
    ||||||||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||    
T  41711829 cttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctcttactcccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcac 41711928  T
Q  106 atcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattatta 205  Q
    |||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  | |||||         
T  41711929 atcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctctccaaattacaatcacttcatctctctcagaattat----- 41712023  T
Q  206 caatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaac--aaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaa 303  Q
      | |||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||| ||||  | | || ||  |  | ||||||||| | |||||| |||||||| |||    
T  41712024 -gaattagtttggaaagaaaccaccttaaataggcttatgcaaaacgcaactaatatttaagcaaactatttttggatgacacagatatgtcttcaataa 41712122  T
Q  304 gaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttct 403  Q
     |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||| |  |||||||||||| ||||| || ||||  | | ||||    
T  41712123 aaccaaactccatggatttgctcttcaatcattcttccactttggtgactcttaatcttgcagatacaggattaagcggaaaccttaaaaataacattct 41712222  T
Q  404 ttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 437  Q
     || |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  41712223 ctgcttaccaggcattcaagaactagatatgtca 41712256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Original strand, 34238895 - 34239204
Alignment:
Q  1 gtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtct 100  Q
    ||||||||||| || ||| | || | |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||  || |||||| |||| ||||||||  |||||  ||||||    
T  34238895 gtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctattttgattctaagtttggcaggtttacgagtct 34238994  T
Q  101 cacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattat 200  Q
     ||||||||||||||||||  || |    ||   |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34238995 tacacatcttgacttgtctaatactcatgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttccaaattacaatcacttcatctttctgggcattat 34239094  T
Q  201 tattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcat 300  Q
     | |      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  || |||||| ||||||||||| || ||||| ||||||| |    
T  34239095 gagt------tagtttggaaagagaccaccttaaagagacttgtgcaaaacgcaacaagtttaagggagctgtttttggattattcagatatgtcttctt 34239188  T
Q  301 taagaccaaactccat 316  Q
    ||||||  ||||||||    
T  34239189 taagacataactccat 34239204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 210 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 42118780 - 42118489
Alignment:
Q  210 ttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagattt----gtcttcattaaga 305  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |    ||||||| |||||    
T  42118780 ttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaaatttgagggagatgtttttggataatacaaatatatatgtcttcaataaga 42118681  T
Q  306 ccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttcttt 405  Q
    ||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  42118680 ccaaactc-------------ttcaaccaatcttcctctttggttactcttaatcttgcagagacaggattaagtggaaaactgaaaagaagcctacttt 42118594  T
Q  406 gtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagc------acttctcttagaatctt 499  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||   || | || |||| |||| | ||||||| |||||||||      |||||||||||||||||    
T  42118593 gtttaccaagcatggaagagctagatatgtcatttaa---tgaatttgaaggccaacatccagaattgagttgcagcaatactacttctcttagaatctt 42118497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 68 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 42118897 - 42118787
Alignment:
Q  68 ttttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtag-tttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttg 166  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |     
T  42118897 ttttcattctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacttatc 42118798  T
Q  167 caaattacaat 177  Q
    |||||||||||    
T  42118797 caaattacaat 42118787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 499
Target Start/End: Original strand, 41570059 - 41570546
Alignment:
Q  6 cttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacac 105  Q
    ||||| ||||||||| || | |||  ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||  |||| |||||  |||||||||| |||  |||||| ||||    
T  41570059 ctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaatttgcattctcagtttggtggatttaagagtcttacac 41570158  T
Q  106 atcttgacttgtc-tcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattatt 204  Q
    ||||||||||||| |||| ||  |||| |||| ||| ||||  ||||||||||| ||||||   |||||  |||||||| ||| ||      | |  ||     
T  41570159 atcttgacttgtcttcgt-gtaactttcaaggcgaagttcctcctcaaatctcataccttttgcaattaacatcacttcgtctttc------taaaaatg 41570251  T
Q  205 acaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaag 304  Q
    || | |||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||   ||||| | ||||||| | |||||| || ||||| | |     
T  41570252 acgagttaagttggaaagaaaccactttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaattttgcaagagttatatttggatgaaacagatatgacttcaatcaa 41570351  T
Q  305 accaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctt 404  Q
     |||||||   |   || | | |||||  |||||||||||||| ||| |||||  |||  |   ||||||||||| |||||   |||||  | | |||||    
T  41570352 cccaaacttgttgaattcgatcttcaataaatcttcctctttgattagtcttagtcttcaaagaacaggattaagtggaaattggaaaaataacattctt 41570451  T
Q  405 tgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatctt 499  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||  |   ||| |||| |||||| |||| || || || ||||||||||||||||||||    
T  41570452 tgtttaccaaatattcaagagctagatatgtcaaagaatgataaccttgaaggtcaacttccagatttgagctgtagcacttctcttagaatctt 41570546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 103; Significance: 6e-51; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 12250386 - 12249956
Alignment:
Q  1 gtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtct 100  Q
    ||||||||||| |||||||| || | |||| |||||||||||||  |||| ||||||   ||||  |||||||||| ||||||||||| || || | |||    
T  12250386 gtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattttcattctaagtttggtggattctttaatct 12250287  T
Q  101 cacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattat 200  Q
     ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || | | ||| |    
T  12250286 tacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacctttccaaattagaatcacttcatctctccgagaatttt 12250187  T
Q  201 tattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcat 300  Q
           ||||| |||||   || ||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||  || | ||| |  ||||||||     
T  12250186 ------gatttaatttggggggaaaccacgttgaagaggtttgtgcaaaatgcaacaaatttgagggagctatttttaaatcaaacaaacatgtcttcaa 12250093  T
Q  301 taagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaact-gaaaagaagcc 399  Q
    |||||| |||||||||   ||| || |||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||  |||| |||||| |||||| |  |||||||  |    
T  12250092 taagactaaactccataaattttctcttcaataaatcttcctatttggttactcttaatcttaaatcaacagaattaagtggaaaattaaaaaagaatgc 12249993  T
Q  400 ttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 437  Q
     ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12249992 -tctttgtttgccaagtattcaagagctagacatgtca 12249956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 11120339 - 11119842
Alignment:
Q  1 gtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtct 100  Q
    |||||||||||||||||| | || | |||| ||||||||||    ||||| ||||||  | ||||  ||||||||| |||||||||||||||  ||||||    
T  11120339 gtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttcattctaagtttggtgggtttcagagtct 11120240  T
Q  101 cacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattat 200  Q
     ||||||||| ||||||||  ||||  | || | |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||| |||| |||||| ||       
T  11120239 tacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattccaactcaaatctcatatctttccaaattacaatccctttatctctctgggaat--- 11120143  T
Q  201 tattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcat 300  Q
           | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||  |||||||  ||||| | ||    ||| |||||||| |||  ||  || ||||||||     
T  11120142 ------gagttagttttgaaagagatcaccttgaacagactgctgcaaaatgcaacagatttacaagagctgtttttgtatagaactaatatgtcttcaa 11120049  T
Q  301 taagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagcct 400  Q
    |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  |||  |   || | |||||| || ||  ||||||  | | |    
T  11120048 taagaccaaactcctttcctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttatacttagtcttaaagcaactgaattaagtgggaacttgaaaaataactt 11119949  T
Q  401 tctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatctta 500  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||      || |||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  11119948 tctttgtttaccaagtattcaagagctatatatgtcggataatcccaactttgaaggccaacttccagaattgagttgcagcatttctcttagaatctta 11119849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University