View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12259_low_2 (Length: 518)

Name: NF12259_low_2
Description: NF12259
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12259_low_2
NF12259_low_2
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (1-468)||(24883701-24884169)
chr8 (3-496)||(25567578-25568086)
chr8 (25-476)||(25464261-25464725)
chr8 (3-315)||(25833461-25833773)
chr8 (1-188)||(25433046-25433233)
chr8 (229-492)||(25334319-25334599)
chr8 (348-496)||(25765341-25765489)
chr8 (278-496)||(25298713-25298946)
chr8 (278-496)||(25437472-25437704)
chr8 (278-353)||(25765257-25765329)
chr8 (408-496)||(23387902-23387993)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (348-496)||(21838-21986)
[»] scaffold1493 (1 HSPs)
scaffold1493 (348-496)||(1587-1735)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (364-496)||(24650791-24650924)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 24884169 - 24883701
Alignment:
1 ccttcccattccacagacgaatcgagtgtccttggcagtgtttgaattaatttttgacccatgacgcctagaagtaaaggctggtttggtgctgttaagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
24884169 ccttcccattccacagacgaatcgagtctccttggcagtgtttgaattactttttgacccatgacgcctagaagtaaaggctgatttgatgctgttaagt 24884070  T
101 atttgttgtaacagcttttgagacggatgatgttgtcgtattatgggatgtgttctacagtccatttagcgttttttgatgatccatttctgtcttggtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24884069 atttgttgtaacagcttttgagacggatgatgttgtcgtattctgggatgtgttctactgtccatttagcgttttttgatgatccatttctgtcttggtt 24883970  T
201 tattgatttttcgttgtcttctgcgtggaggtatttgtcatggtggcc-ttggagtcgaactaccttttctctttggaaaagctccgttgctgagatggt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
24883969 tattgatttttcgttgtcttctgcgtggaggtatttgtcatggcggcctttggagtcgaactaccttttctctttggaaaagctctgttgctgagatggt 24883870  T
300 taagctgttgttgttggaagttttcagcaaaaagttaatcaaaatcatgttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24883869 taagctgttgttgttggaagttttcagcaaaaagttaatcaaaatcatgttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtt 24883770  T
400 tgttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataattactttcttagcaagtaatg 468  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24883769 tcttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataattactttcttagcaagtaatg 24883701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 3 - 496
Target Start/End: Original strand, 25567578 - 25568086
Alignment:
3 ttcccattccacagacgaatcgagtgtccttggcagtgtttgaattaatttttgacccatgacgcctagaagtaaaggctggtttgg-tgctgttaagta 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||| | |||| ||||  |||| || |||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
25567578 ttcccattccacaaacgaatcgagtctccatggaagtgtttgaatcacttttcgacctgtgacaccgagaagtaaaggctgatttgcatgctgttaagta 25567677  T
102 tttgttgtaacagcttttgagacggatgatgttgtcgtattatgggatgtgttctacagtccatttagcgttttttgatgatccatttctgtcttggttt 201  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||    
25567678 tttgttgtaacagctattgacacggatgatgttgtcgtattatgggatgtgttctgctgtccctttagtgttcttttatgatccgtttctgtcttggttt 25567777  T
202 attgatttttcgttgtcttctgcgtggaggtatttgtcatggtggccttggagtcgaactaccttttctctttggaaaagctccgttgctgagatggtta 301  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||   |||||||||||    
25567778 attgattcttcgttgtcttctgcatggaggtatttgtcgtggtggacttggagtcgaactactttttctctttggaaaggttccgt---tgagatggtta 25567874  T
302 agctgttgttgttggaagttttcagcaaaaagttaatcaaaatcat-----------------gttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaa 384  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25567875 agctgttgttgttggaagttttctgcaaaaagttaatcaaaatcatgttagtttttaattcaagttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaa 25567974  T
385 gcggttaaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataattactttcttagcaagtaatgtacatagcttctatat 484  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||    
25567975 gtggttaaaaaagtttcttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgagtaattacttttttagcaagtaatgtacatagcatgtatat 25568074  T
485 aagtatgatgta 496  Q
    ||||||||||||    
25568075 aagtatgatgta 25568086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 25 - 476
Target Start/End: Original strand, 25464261 - 25464725
Alignment:
25 agtgtccttggcagtgtttgaattaatttttgacccatgacgcctagaagtaaaggctggtttggtgctgttaagtatttgttgtaacagcttttgagac 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
25464261 agtgtccttggcagtgtttgaatcaattttcgtcccgttacgcctagaagtaaaggctgatttgatgctgttaagtatttgttgtaacagcttttaagac 25464360  T
125 ggatgatgttgtcgtattatgggatgtgttctacagtccatttagcgttttttgatgatccatttctgtcttggtttattgatttttcgttgtcttctgc 224  Q
    ||||||||||||| ||    |||||||| || || |||||| |||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||     
25464361 ggatgatgttgtcata----gggatgtgctcgactgtccatctagcgtgtttggatgttccgtttctgtcttggtttattgattcttcgtcggcttctgt 25464456  T
225 gtggaggtatttgtcatggtggccttggagtcgaactaccttttctctttggaaaagctccgttgctgagatggttaagctgttgttgttggaagttttc 324  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
25464457 gtggaggtatttgtcgtggtggccttggagtcgaactactttttctctttggaaaagctcagttgctaagatggttaagctgttgttgttggaagttttc 25464556  T
325 agcaaaaagttaatcaaaatcat-----------------gttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtttgttatgt 407  Q
     ||||| | ||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
25464557 tgcaaagatttaatcaaaatcatgttagtttttaattcaagttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaagtggttaaaaaagtttgttatgt 25464656  T
408 ttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataattactttcttagcaagtaatgtacatagc 476  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
25464657 ttgttagctacttttaagcaagtttgttagttttcaatagttacttttttagcaagtaatgtacatagc 25464725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 3 - 315
Target Start/End: Original strand, 25833461 - 25833773
Alignment:
3 ttcccattccacagacgaatcgagtgtccttggcagtgtttgaattaatttttgacccatgacgcctagaagtaaaggctggtttggtgctgttaagtat 102  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||| | ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
25833461 ttcccattcaacagacgaatcgagtctccttggcagtgtttgaatcacttttcgacccgttacgccgagaagtaaaggctgatttgatgctgttaagtat 25833560  T
103 ttgttgtaacagcttttgagacggatgatgttgtcgtattatgggatgtgttctacagtccatttagcgttttttgatgatccatttctgtcttggttta 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
25833561 ttgttgtaacagcttttgagacggatgatgttgtcgtattcagggatgtgttcaactgtccatttagcgttttttgatgatccgtttctgtcttggtttg 25833660  T
203 ttgatttttcgttgtcttctgcgtggaggtatttgtcatggtggccttggagtcgaactaccttttctctttggaaaagctccgttgctgagatggttaa 302  Q
    |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |   ||||||||| | ||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||    
25833661 ttgattcttcgtcttcttctgcgtggaggtatttgtcgtggtggcttcttagtcgaactgcttttgctcgttggaaaagctccattgatgagatggtgaa 25833760  T
303 gctgttgttgttg 315  Q
    |||||||||||||    
25833761 gctgttgttgttg 25833773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Original strand, 25433046 - 25433233
Alignment:
1 ccttcccattccacagacgaatcgagtgtccttggcagtgtttgaattaatttttgacccatgacgcctagaagtaaaggctggtttggtgctgttaagt 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
25433046 ccttcccattccacagatgaatcgagtctccttggcagtgtttgaattactttttgacccatgacgcctagaagtaaaggctggtttgatgctgttaagt 25433145  T
101 atttgttgtaacagcttttgagacggatgatgttgtcgtattatgggatgtgttctacagtccatttagcgttttttgatgatccatt 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25433146 atttgttgtaacagcttttgagacggatgatgttgtcgtattctgggatgtgttctacagtccatttagcgttttttgatgatccatt 25433233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 229 - 492
Target Start/End: Original strand, 25334319 - 25334599
Alignment:
229 aggtatttgtcatggtggccttggagtcgaactaccttttctctttggaaaagctccgttgctgagatggttaagctgttgttgttggaagttttcagca 328  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
25334319 aggtatttgttgtggtggccttagagtcgaactactttttctccttggaaaagctccgttgctgagatggttaagctgttgttgttggaagttttctgca 25334418  T
329 aaaagttaatcaaaatcatgtta-----------------gtcgagataagctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtttgttatgtttgt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
25334419 aaaagttaatcaaaatcatgttagttttaaattcaagttagtcgagataagctcaagttctttaagatagaaagtggttaaaaaattttgttatgtttgt 25334518  T
412 taggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataattactttcttagcaagtaatgtacatagcttctatataagtatga 492  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
25334519 tagctacttttaagcaagtttgttagttttgaataattacttgtttagcaagtaatgtacatagcttgtatataagtatga 25334599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 348 - 496
Target Start/End: Original strand, 25765341 - 25765489
Alignment:
348 gttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataa 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
25765341 gttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaaaaggttaaaaaagtttgttatgtttgttagctacttttaagcaagtttgttagttttgaataa 25765440  T
448 ttactttcttagcaagtaatgtacatagcttctatataagtatgatgta 496  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
25765441 ttacttttttagcaagtaatgtacatagcttgtatatacctatgatgta 25765489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 278 - 496
Target Start/End: Original strand, 25298713 - 25298946
Alignment:
278 aaagctccgttgctgagatggttaagctgttgttgttggaagttttcagcaaaaa-gttaatcaaaatcatgttagt-----------------cgagat 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||                 ||| ||    
25298713 aaagctccgttgctgagatggttaagctgttgctg---gaagttttctgcaaaaaagttaatcaaaatcatgttagtttttaattcaagttagtcgatat 25298809  T
360 aagctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataattactttcttag 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
25298810 aagctcaagttagttaagatagaaattggttgaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaagtttgttagttttgaataattacttttttag 25298909  T
460 caagtaatgtacatagcttctatataagtatgatgta 496  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
25298910 caagtaatgtacatagcttgtatatacctatgatgta 25298946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 278 - 496
Target Start/End: Original strand, 25437472 - 25437704
Alignment:
278 aaagctccgttgctgagatggttaagctgttgttgttggaagttttcagcaaaaagttaatcaaaatcatgtta-----------------gtcgagata 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||    
25437472 aaagctccgttgctgagatggttaagctgatgctt---gaagttttctgcaaaaagttaatcaaaatcatgttagtttttaattcaagttagtcgagata 25437568  T
361 agctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataattactttcttagc 460  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
25437569 agctcaagttagttaagatagaaattggttgaaaaagtttgttatgtttgttagctacttttaagcaagtttgttagttttgaataattacttttttagc 25437668  T
461 aagtaatgtacatagcttctatataagtatgatgta 496  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
25437669 aagtaatgtacatagcttgtatatacctatgatgta 25437704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 278 - 353
Target Start/End: Original strand, 25765257 - 25765329
Alignment:
278 aaagctccgttgctgagatggttaagctgttgttgttggaagttttcagcaaaaagttaatcaaaatcatgttagt 353  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || |    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
25765257 aaagctccgttgctgagatgattaagctgatgcta---gaagttttctgcaaaaagttaatcaaaatcatgttagt 25765329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 408 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 23387993 - 23387902
Alignment:
408 ttgttaggtacttttaagcaaa-tttgttag-ttttgaataattactttcttagcaagtaatgtacata-gcttctatataagtatgatgta 496  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||| | |||||||  | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
23387993 ttgttagctacttttaatcaaagtttgttagcttttgattgattacttgataagcaagtaatgtacataagcttgtatataagtatgatgta 23387902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 348 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 21986 - 21838
Alignment:
348 gttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataa 447  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
21986 gttagtcgagataagctcaagttcgttaagatagaaattggttgaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaagtttgttagttttgaataa 21887  T
448 ttactttcttagcaagtaatgtacatagcttctatataagtatgatgta 496  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
21886 ttactattttagcaagtaatgtacatagcttgtatataagtatgatgta 21838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1493 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold1493
Description:

Target: scaffold1493; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 1735 - 1587
Alignment:
348 gttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttagttttgaataa 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
1735 gttagtcgagataagctcaagttagttaagatagaaattggttgaaaaagtttgttatgtttgttagctacttttaagcaagtttgttagttttgaataa 1636  T
448 ttactttcttagcaagtaatgtacatagcttctatataagtatgatgta 496  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
1635 ttacttttttagcaagtaatgtacatagcttgtatatacctatgatgta 1587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 364 - 496
Target Start/End: Original strand, 24650791 - 24650924
Alignment:
364 tcaagttagttaagatagaaagcggttaaaaaagtttgttatgtttgttaggtacttttaagcaaatttgttag-ttttgaataattactttcttagcaa 462  Q
    ||||||||||| ||||| ||||  | ||||| ||||||| | ||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |  ||||||  |||||||    
24650791 tcaagttagttgagataaaaagtagctaaaatagtttgtaaagttagttagctacttttaagcaagtttgttagtttttgattggttacttgtttagcaa 24650890  T
463 gtaatgtacatagcttctatataagtatgatgta 496  Q
    | |||||||||||||| |||||||| || |||||    
24650891 gcaatgtacatagcttgtatataaggattatgta 24650924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University