View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12261_low_2 (Length: 734)

Name: NF12261_low_2
Description: NF12261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12261_low_2
NF12261_low_2
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (9-715)||(9118580-9119286)
chr1 (9-715)||(9169993-9170698)
chr1 (9-702)||(9218089-9218781)
chr1 (13-702)||(9199573-9200261)
chr1 (9-715)||(9161167-9161872)
chr1 (9-715)||(9155255-9155960)
chr1 (22-532)||(9229143-9229653)
chr1 (34-526)||(1843008-1843500)
chr1 (18-526)||(1868601-1869109)
chr1 (34-526)||(1857019-1857511)
chr1 (18-526)||(1815533-1816041)
chr1 (612-700)||(9146410-9146497)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (229-290)||(40573369-40573430)
chr3 (229-287)||(40579826-40579884)
chr3 (232-281)||(40602327-40602376)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (194-275)||(11845445-11845526)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (229-266)||(41703820-41703857)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 715
Target Start/End: Original strand, 9118580 - 9119286
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118580 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9118679  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9118680 tacactgcaaaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtacaaggaacacttggatacttagacc 9118779  T
Q  209 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9118780 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctcttgattt 9118879  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgat 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118880 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgat 9118979  T
Q  409 gataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  9118980 gataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaaatagctatggagt 9119079  T
Q  509 tggatggtataaggttaaaggagatgcatccatggaatgatacagagctaaattttggggaaagccaacgcttacttcatgaggcatcttctagctttta 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9119080 tggatggtataaggttaaaggagatgcatccatggaatgatacagagctaaattttggggaaagccaacgcttacttcatgaggcatcttctagctttta 9119179  T
Q  609 tgatgaaactggtgatagctataaccttggatatagtggggt---atgatagcttgaaagatcaaccgttaattgccgaggatgatggaagatgattctg 705  Q
    |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9119180 tgatgaaac---tgatagctataaccttggatatagtggggtatgatgatagcttgaaagatcaaccgttaattgccgaggatgatggaagatgattgtg 9119276  T
Q  706 acatgtcaaa 715  Q
    ||||||||||    
T  9119277 acatgtcaaa 9119286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 9170698 - 9169993
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170698 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9170599  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 208  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9170598 tacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatc 9170499  T
Q  209 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattt 308  Q
    | ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||    
T  9170498 ccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttt 9170399  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgat 408  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| |||    
T  9170398 taataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaattttttgaagctattcaagttggatttgtgaacgat 9170299  T
Q  409 gataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagt 508  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  9170298 gataacaagaaagagattaaggaggttgctattcttgcttcaaggtgtttaagacttagaggggatgaaagaccttgtatgaaggaagtggcaatggagt 9170199  T
Q  509 tggatggtataaggttaaaggagatgcatccatggaatgatacagagctaaattttggggaaagccaacgcttacttcatgaggcatcttctagctttta 608  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||    
T  9170198 tggatggcataaggttaatggagaagcatccttggaatgatacagagcaaaattttgaggagagtcaacgcttacttcatgaggcatcttgtagtattta 9170099  T
Q  609 tgatgaaactggtgatagctataaccttggatatagtggggtatgatagcttgaaagatcaaccgttaattgccgaggatgatggaagatgattctgaca 708  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| | || ||||||  |||||||||||||||||| ||| |    
T  9170098 taatgaaactggtgatagctataaccttggatataat-ggatatgatagcttgaaagatcaatcattgattgccttggatgatggaagatgattgtgata 9170000  T
Q  709 tgtcaaa 715  Q
    |||||||    
T  9169999 tgtcaaa 9169993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 9218781 - 9218089
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218781 agcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 9218682  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 208  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  9218681 tacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcgacaatggtacaaggaactcttggatacttagatc 9218582  T
Q  209 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattt 308  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||    
T  9218581 cagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtgtatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttt 9218482  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgat 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  9218481 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgat 9218382  T
Q  409 gataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagt 508  Q
    || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  9218381 gaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacctagtatgagggaagtagctatggagt 9218282  T
Q  509 tggatggtataaggttaaaggagatgcatccatggaatgatacagagctaaattttggggaaagccaacgcttacttcatgaggcatcttctagctttta 608  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||  | ||    
T  9218281 tggatggcataaggttaatggagaagcatccttggaatgatacagagcaaaattttgaggagagtcaacgcttacttcatgaggcatcttgtagtatcta 9218182  T
Q  609 tgatgaaactggtgatagctataaccttggatatagtggggtatgatagcttgaaagatcaaccgttaattgccgaggatgatggaagatgatt 702  Q
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| || || |||| |  ||||||||||||||||||    
T  9218181 caatgaaactgatgatagctataaccctggatataat-gggtatgatagcttgaaagatcagccattgattgtcttggatgatggaagatgatt 9218089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 9200261 - 9199573
Alignment:
Q  13 gagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattaca 112  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9200261 gagacagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattaca 9200162  T
Q  113 ctgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccaga 212  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  9200161 ccgcaaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatcccga 9200062  T
Q  213 gtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattttaac 312  Q
    ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  9200061 gtatatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtggttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttttaac 9199962  T
Q  313 aggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgatgata 412  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  9199961 aggcaagaagaaaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttggatgatgaaa 9199862  T
Q  413 acaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagttgga 512  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  9199861 acaagaaagagattaaggaggttgctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacctagtatgagggaagtagctatggagttgga 9199762  T
Q  513 tggtataaggttaaaggagatgcatccatggaatgatacagagctaaattttggggaaagccaacgcttacttcatgaggcatcttctagcttttatgat 612  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| | ||| ||||  || || |||| |||||||||||||||||||| |||  | ||  ||    
T  9199761 tggtataaggttaatggagaagcatccttggaatgatacagaacaaaactttgaagagagtcaacacttacttcatgaggcatcttgtagtatctacaat 9199662  T
Q  613 gaaactggtgatagctataaccttggatatagtggggtatgatagcttgaaagatcaaccgttaattgccgaggatgatggaagatgatt 702  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |  ||||  ||||||||||||    
T  9199661 gaaactggtgatagctacaaccctggatatagt-gggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattgtcttggatagtggaagatgatt 9199573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 9161872 - 9161167
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9161872 agcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgacaat 9161773  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 208  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| |    
T  9161772 tacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggttacttagatc 9161673  T
Q  209 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattt 308  Q
    | ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||  |||    
T  9161672 cggagtatatgcaaacacatcaactaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttcttt 9161573  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgat 408  Q
    ||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9161572 taataggccagaagagaatatcagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtattttaaatgat 9161473  T
Q  409 gataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagt 508  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  9161472 gaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatggagt 9161373  T
Q  509 tggatggtataaggttaaaggagatgcatccatggaatgatacagagctaaattttggggaaagccaacgcttacttcatgaggcatcttctagctttta 608  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||  ||||    
T  9161372 tggatggtataaggttaatggagaaccatccttggaatgattcagagctaaattttgaggagagacaacacttacttaaagaggcatcttctagtattta 9161273  T
Q  609 tgatgaaactggtgatagctataaccttggatatagtggggtatgatagcttgaaagatcaaccgttaattgccgaggatgatggaagatgattctgaca 708  Q
    | |||||| |||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||   ||||||||||||||||| ||| |    
T  9161272 taatgaaattggtgaaagcattaaccttggatatagt-gggtatgatagcttgaaagatcaaccattgattgccttagatgatggaagatgattgtgata 9161174  T
Q  709 tgtcaaa 715  Q
    |||||||    
T  9161173 tgtcaaa 9161167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 9155960 - 9155255
Alignment:
Q  9 agcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaat 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9155960 agcagagacagccggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgacaat 9155861  T
Q  109 tacactgcaaaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacc 208  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| |    
T  9155860 tacacagcgaaagtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggttcaaggaactcttggatacctagatc 9155761  T
Q  209 cagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattt 308  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||   |||    
T  9155760 cagagtatatgcaaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgtctatagctttggagtagtgcttgcggagcttctgacaggagataaacctctatcttt 9155661  T
Q  309 taacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgat 408  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  9155660 taataggccagaagagagtattagtcttgcaatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtatcttaaatgat 9155561  T
Q  409 gataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagt 508  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  9155560 gaaaacaaggaggagattaaagaggttgctattctggcagcacggtgtttacgacttcgaggtgaggaaagacctagtatgaaggaaatagctatggagt 9155461  T
Q  509 tggatggtataaggttaaaggagatgcatccatggaatgatacagagctaaattttggggaaagccaacgcttacttcatgaggcatcttctagctttta 608  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| || |||| ||||||| |  ||||| |||||||  ||||    
T  9155460 tggatggtataaggttaatggagaaacatccttggaatgatacagacctaaaatttgaggagagacaacacttacttaaaaaggcaacttctagtattta 9155361  T
Q  609 tgatgaaactggtgatagctataaccttggatatagtggggtatgatagcttgaaagatcaaccgttaattgccgaggatgatggaagatgattctgaca 708  Q
    |  ||||| ||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || |||  |  |||||||||||||||||||||| |    
T  9155360 tagtgaaattggtgatagcattgaccttggatatagt-gggtatgacagcttgaaagatcaatcattgattatcttggatgatggaagatgattctgata 9155262  T
Q  709 tgtcaaa 715  Q
    | |||||    
T  9155261 tctcaaa 9155255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 22 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 9229653 - 9229143
Alignment:
Q  22 ggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaag 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229653 ggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaag 9229554  T
Q  122 tttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtacatgca 221  Q
    | || |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||   |||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  9229553 tgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgca 9229454  T
Q  222 aacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattttaacaggccagaa 321  Q
    ||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||| ||  |||||| || ||||||    
T  9229453 aacacaccaactaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtactggcagagctcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaa 9229354  T
Q  322 gagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgatgataacaaggaag 421  Q
    || | ||  || ||||| || |||||||| |||||||||| | |  || |  | | ||||| | |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  9229353 gaaaacagaagccttgcaattcacttcttatcttgtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggagg 9229254  T
Q  422 agattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagttggatggtataag 521  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||  ||||    
T  9229253 agattaaggaagttgctattcttgctgcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacctagcatgaaagaagtggctatggagctagaggggttaag 9229154  T
Q  522 gttaaaggaga 532  Q
    ||||| |||||    
T  9229153 gttaatggaga 9229143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 34 - 526
Target Start/End: Original strand, 1843008 - 1843500
Alignment:
Q  34 tatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgattttg 133  Q
    ||||||||||||| ||| ||| | ||||| |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| |||   |   |||| || ||||| || |||||||    
T  1843008 tatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaaagtatcagattttg 1843107  T
Q  134 gagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaatt 233  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||| ||||||||   ||||||    
T  1843108 gagcttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaatt 1843207  T
Q  234 aaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattttaacaggccagaagagaccattagt 333  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||| |||||| ||  ||||   ||||| |||||||  |  |||    
T  1843208 aactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagagagaagaagt 1843307  T
Q  334 cttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgatgataacaaggaagagattaaggagg 433  Q
    ||||| ||| | ||  | ||||| || ||| |||||||  | ||||||| |||||||| |||  | | |||||| || |||||  ||||||| |||||||    
T  1843308 cttgcaatgaatttactatcttgattgaaaaaagataatgtgtttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagatcaaggagg 1843407  T
Q  434 ttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagttggatggtataaggttaa 526  Q
    | ||| ||||||| || | ||||||||||||| |||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  1843408 tggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaa 1843500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 526
Target Start/End: Original strand, 1868601 - 1869109
Alignment:
Q  18 agctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgca 117  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||||| ||| ||| | || || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| |||   |   |||| ||     
T  1868601 agctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgcc 1868700  T
Q  118 aaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtaca 217  Q
    ||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||| |    
T  1868701 aaagtatcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtata 1868800  T
Q  218 tgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattttaacaggcc 317  Q
    |||||||   ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | || || ||||| |||||| ||  ||||   |||||    
T  1868801 tgcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctgacgggggagaaacctttttgttttggtaggcc 1868900  T
Q  318 agaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgatgataacaag 417  Q
     ||||| |  |  |||||||| ||||| ||  | ||||| || ||| |||||||  | ||||||| |||||||| |||  | | |||||| || |||||     
T  1868901 ggaagaaagaagaagtcttgcaatgcatttactatcttgattgaaaaaagataatgtatttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaa 1869000  T
Q  418 gaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagttggatggta 517  Q
     ||||||| |||||||| ||| ||||||| || | ||||||||||||| |||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  1869001 caagagatcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaa 1869100  T
Q  518 taaggttaa 526  Q
    | |||||||    
T  1869101 tgaggttaa 1869109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 34 - 526
Target Start/End: Original strand, 1857019 - 1857511
Alignment:
Q  34 tatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgattttg 133  Q
    ||||||||||||| ||| |||   || || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || |||||||    
T  1857019 tatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcggattttg 1857118  T
Q  134 gagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaatt 233  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||| ||||||||   ||||||    
T  1857119 gagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaatt 1857218  T
Q  234 aaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattttaacaggccagaagagaccattagt 333  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| | || || ||||| |||||| ||  ||||   ||||| ||||| |  |  |||    
T  1857219 aactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtggagttgctgacgggggagaaacctttttgttttggtaggccggaagaaagaagaagt 1857318  T
Q  334 cttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgatgataacaaggaagagattaaggagg 433  Q
    ||||||||||| ||  | ||||| || ||| | |||||  | ||||||| |||||||| |||  | | |||||| || |||||  ||||||| |||||||    
T  1857319 cttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaacaagagatcaaggagg 1857418  T
Q  434 ttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagttggatggtataaggttaa 526  Q
    | ||| ||||||| || | ||||||||||||| |||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||    
T  1857419 tggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaa 1857511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 1816041 - 1815533
Alignment:
Q  18 agctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgca 117  Q
    |||||||||| | || ||||| |||||| |||| ||| | || ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  |   |||| ||     
T  1816041 agctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgct 1815942  T
Q  118 aaagtttccgattttggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtgcaaggaacacttggatacttagacccagagtaca 217  Q
    ||||| || ||||||||||| || |  ||| |||||||||||||||| ||  |||| ||| |||||||||||||  |||| ||||| || |||||||| |    
T  1815941 aaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtata 1815842  T
Q  218 tgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggggacaaacctcttgattttaacaggcc 317  Q
    |||||||    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||||| ||  ||||   |||||    
T  1815841 tgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatagctttggagtagttcttgtggagctgctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggcc 1815742  T
Q  318 agaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgatgataacaag 417  Q
     |||||||  |  |||||||||| |||||| || ||||| || ||| | |||||  | ||||||| |||||||| |||  | | |||||| || |||||     
T  1815741 ggaagagagaagaagtcttgctacgcactttttatcttgcttgaaaaaggataatgtgtttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaa 1815642  T
Q  418 gaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaagtggctatggagttggatggta 517  Q
     ||| ||| | |||||| ||| ||||||| || |  ||||||||||||  ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  1815641 caagtgatcatggaggtggctgttcttgcggcgaactgtttgagacttataggggaggaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaa 1815542  T
Q  518 taaggttaa 526  Q
    | |||||||    
T  1815541 tgaggttaa 1815533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 612 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 9146497 - 9146410
Alignment:
Q  612 tgaaactggtgatagctataaccttggatatagtggggtatgatagcttgaaagatcaaccgttaattgccgaggatgatggaagatga 700  Q
    ||||| ||||||||||  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |  ||||||  ||||||||||||||||    
T  9146497 tgaaattggtgatagcattgaccttagatatagtggg-tatgatagcttgaacgatcaaccatcgattgccttggatgatggaagatga 9146410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 229 - 290
Target Start/End: Original strand, 40573369 - 40573430
Alignment:
Q  229 caattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacagg 290  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  40573369 caattaacagagaagagtgatgtttatagatttggagtagtcctagcagagctactgacagg 40573430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 229 - 287
Target Start/End: Original strand, 40579826 - 40579884
Alignment:
Q  229 caattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaac 287  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||  | |||||||| |||||    
T  40579826 caattaacagagaagagtgatgtttatagatttggagtagtcatagcagagctactaac 40579884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 281
Target Start/End: Original strand, 40602327 - 40602376
Alignment:
Q  232 ttaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagct 281  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  40602327 ttaactgagaagagtgatgtttatagctttggggttgttctagcagagct 40602376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 275
Target Start/End: Original strand, 11845445 - 11845526
Alignment:
Q  194 ttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgc 275  Q
    |||| ||||||||||| |||||| | || ||   |||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  11845445 ttggttacttagaccctgagtactttcatacaagtcaatttaccgagaaaagtgatgtatttagcttcggagtagttcttgc 11845526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 229 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 41703857 - 41703820
Alignment:
Q  229 caattaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagt 266  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  41703857 caattaaccgataaaagtgatgtttatagctatggagt 41703820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University