View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12262_low_1 (Length: 749)

Name: NF12262_low_1
Description: NF12262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12262_low_1
NF12262_low_1
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (13-727)||(53491223-53491937)
chr3 (13-665)||(53498819-53499468)
chr3 (68-414)||(16069958-16070303)
chr3 (479-665)||(16070390-16070576)
chr3 (679-727)||(53499888-53499936)
chr3 (154-192)||(53516478-53516516)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (121-656)||(45354908-45355440)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 711; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 711; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 727
Target Start/End: Original strand, 53491223 - 53491937
Alignment:
Q  13 aacctgtgaaaaattgaagtgatttatttggtatctcattgaacataaacagtagaagcaaaatgacatatgtaagaatataagagcaacaacaagacaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491223 aacctgtgaaaaattgaagtgatttatttggtatctcattgaacataaacagtagaagcaaaatgacatatgtaagaatataagagcaacaacaagacaa 53491322  T
Q  113 catagataacctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaaca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491323 catagataacctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaaca 53491422  T
Q  213 gttatctctagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatcttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491423 gttatctctagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatcttt 53491522  T
Q  313 gtaaggcactggaatcacaatgacttgagtcgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491523 gtaaggcactggaatcacaatgacttgagttgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgt 53491622  T
Q  413 taaaaaagcggacaaaaatataaatgcaatcgtacataagaggaatccttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491623 taaaaaagcggacaaaaatataaatgcaatcgtacataagaggaatccttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatag 53491722  T
Q  513 ccccatgaattctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491723 ccccatgaattctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttg 53491822  T
Q  613 caccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaattgaacaggaggaaaggcctcaaatactcattacagatgccaaagatgcatata 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491823 caccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaattgaacaggaggaaaggcctcaaatactcattacagatgccaaagatgcatata 53491922  T
Q  713 ttaaggcagattcct 727  Q
    |||||||||||||||    
T  53491923 ttaaggcagattcct 53491937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 665
Target Start/End: Original strand, 53498819 - 53499468
Alignment:
Q  13 aacctgtgaaaaattgaagtgatttatttggtatctcattgaacataaacagtagaagcaaaatgacatatgtaagaatataagagcaacaacaagacaa 112  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  53498819 aacctgtgcaaaattgaagtgatttatttggtgtctcattgaacatacagggtagaagcaaaatgacatgtg--agaatataagagcaacaacaggacaa 53498916  T
Q  113 catagataacctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaaca 212  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |    
T  53498917 catagataacctgtttattttctaaatccattggcctaatttcaatccttagagggacgcctttcatttcccattcagaatacttcttttcaggagagta 53499016  T
Q  213 gttatctctagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatcttt 312  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53499017 gctatctctagaatctaactcagcacgtatttt-tgcttcacacagcatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatcttt 53499115  T
Q  313 gtaaggcactggaatcacaatgacttgagtcgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53499116 gtaaggcactggaatcacaatgacttgagttgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcgccatgaaccatcaccattgctccaatctgt 53499215  T
Q  413 taaaaaagcggacaaaaatataaatgcaatcgtacataagaggaatccttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatag 512  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53499216 taaataagcggactaaaatataaatgcaatcgtacataaaaggagttcttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatag 53499315  T
Q  513 ccccatgaattctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttg 612  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  53499316 ccccatgagttctgccaaaccattgctttctctcccttcttatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtcccaagcaatgggtagttg 53499415  T
Q  613 caccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaattgaaca 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53499416 caccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaactgaaca 53499468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 68 - 414
Target Start/End: Original strand, 16069958 - 16070303
Alignment:
Q  68 aagcaaaatgacatatgtaagaatataagagcaacaacaagacaacatagataacctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagg 167  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||| || |  |||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||| |||    
T  16069958 aagcataatgacatatgaaagaatacaagtgcaataatataacaacattaataacctgcttatttcctaaaccctttagcccaatttcaaccattaaagg 16070057  T
Q  168 gacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaacagttatctctagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcac 267  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| |||||    
T  16070058 gacacctttcatttcccattcagaatactttctttcaagagaatagttatctctagaatctaactcggcacgaatttttt-cttcacgcaacatcttcac 16070156  T
Q  268 agttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatctttgtaaggcactggaatcacaatgacttgagtcgatgctactttaggaggtagcacc 367  Q
     | ||||||||||| ||||| |||||||| |  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  16070157 ggctgctttacaagcgtcattgattccttcacaatcaacgtttttgtaaggcactggaatcacaatgacttgagttgatgctactttaggcggtagcacc 16070256  T
Q  368 aatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgtta 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16070257 aatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcactccaatctgtta 16070303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 479 - 665
Target Start/End: Original strand, 16070390 - 16070576
Alignment:
Q  479 tagacattaaaagcttacagttcgagtagaatagccccatgaattctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttt 578  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||| ||| |||||     
T  16070390 tagacattgaaagcttacagttcgagtagaaaacccccatgagttctgccaaaccattgttttctctaccttcttatcttcaaagtttatctcaaacttc 16070489  T
Q  579 tcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttgcaccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaattgaaca 665  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  16070490 tcagcaaacttttgtcccaaacaatgggtagctgcaccttgtatcccacgaccaatgtttggaataaaagcctagaaaaattgaaca 16070576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 679 - 727
Target Start/End: Original strand, 53499888 - 53499936
Alignment:
Q  679 caaatactcattacagatgccaaagatgcatatattaaggcagattcct 727  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  53499888 caaagactcattacagatgccaaaaatgcatatagtaaggcagattcct 53499936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 154 - 192
Target Start/End: Original strand, 53516478 - 53516516
Alignment:
Q  154 tcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaa 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  53516478 tcaatccttagagggacacctttcatttcccattcagaa 53516516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 121 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 45355440 - 45354908
Alignment:
Q  121 acctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaacagttatctc 220  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||| |||| | |||||||| |||| ||||    
T  45355440 acctgcttatttgctaaatccttgggcccgatttcaatccttagaggaacacctttcatttcccactgagaatatttccatccaggagaatagttgtctc 45355341  T
Q  221 tagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatctttgtaaggca 320  Q
    | | |||| |||||||||| |||  | |||||  |||||||||||||||||||  |||| |  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45355340 tggcatctgactcagcacgaattcct-gcttccaacaacatattcacagttgcggtacaggcatcaaagattccttgagtatcagcatctttgtaaggca 45355242  T
Q  321 ctggaatcacaatgacttgagtcgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgttaaaaaag 420  Q
    | ||||||||||||||||||   |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||    
T  45355241 caggaatcacaatgacttgaactgatgctactttaggtggcagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcaccccaatctgttgaaaaag 45355142  T
Q  421 cggacaaaaatataaatgcaatcgtacataagaggaatccttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatagccccatga 520  Q
    || | | |||  | ||||||||| ||  | |||  |||  | | || |||||||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  45355141 cgcaaagaaacgttaatgcaatcata-tttagaccaatattgcaatgcatgtatattgaagaaatt-aaagcttacagttcgagtactataggcccacga 45355044  T
Q  521 attctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttgcaccttgt 620  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| | |||| ||| ||| ||| |||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  45355043 gttctgccagaccattgctttctctcccttctcattttcatagtttatctcaaacattttagcaaaattttgtcccaaacaatgagaagttgcaccttgt 45354944  T
Q  621 atcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaa 656  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45354943 ataccacgaccagtgtttggaataaatgcctaggaa 45354908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University