View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12262_low_2 (Length: 544)

Name: NF12262_low_2
Description: NF12262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12262_low_2
NF12262_low_2
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (81-544)||(38300406-38300869)
chr8 (81-526)||(38309071-38309516)
chr8 (81-534)||(38321161-38321614)
chr8 (81-534)||(38317066-38317519)
chr8 (96-526)||(38325919-38326349)
chr8 (117-526)||(38313665-38314072)
chr8 (81-522)||(38306337-38306766)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (81-522)||(38849817-38850267)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 81 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 38300869 - 38300406
Alignment:
Q  81 cttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagtac 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300869 cttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagtac 38300770  T
Q  181 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaattagc 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300769 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaattagc 38300670  T
Q  281 caatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttca 380  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300669 caatgttgaaagcttaatccttgggtcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttca 38300570  T
Q  381 gccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtg 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300569 gccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtg 38300470  T
Q  481 ttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaaactgttgtac 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  38300469 ttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtac 38300406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 81 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 38309516 - 38309071
Alignment:
Q  81 cttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagtac 180  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| |||||    
T  38309516 cttacatcaaataggccctgagataaagactttaacttcttttgcaatggcacactagaagattggtcctgaattgttctttgcacgccagaagaagtac 38309417  T
Q  181 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaattagc 280  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  38309416 ttttgcaagaattcttgtgaaatagcatgtacaacttgctctttacttgctgcaacttcctttcgcaggttgatgcattaagttttgagtaacaataagc 38309317  T
Q  281 caatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttca 380  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38309316 caatgtggaaagctttatccttgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcttcccaatatttctcaaacttggtcaacatcctttca 38309217  T
Q  381 gccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtg 480  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38309216 accattctctttatatcttcatcttcatctcccaaattatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtacgatgtg 38309117  T
Q  481 ttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaa 526  Q
    |||   |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38309116 ttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaa 38309071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 81 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 38321614 - 38321161
Alignment:
Q  81 cttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagtac 180  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| || || |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| | ||||| | |||    
T  38321614 cttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatac 38321515  T
Q  181 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaattagc 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  |  ||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  38321514 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagc 38321415  T
Q  281 caatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttca 380  Q
    |||||| |||| ||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  38321414 caatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttca 38321315  T
Q  381 gccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtg 480  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  38321314 gccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaagtaggatgtg 38321215  T
Q  481 ttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaa 534  Q
     |||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  38321214 ctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaa 38321161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 81 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 38317519 - 38317066
Alignment:
Q  81 cttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagtac 180  Q
    |||||||  |||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||  | || ||||| ||| |    
T  38317519 cttacattgaataggccgtgagataaagactttaatttcttttgcaatggcatggtagaagattggtcctgagtagttctttttaggccagaagaagtgc 38317420  T
Q  181 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaattagc 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||   || |  ||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  38317419 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaactttctctttactagttgcaacttctgctcgcaggttgatggatcaagttttgagtaacaataagc 38317320  T
Q  281 caatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttca 380  Q
    ||| || |||| ||| |||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||    
T  38317319 caacgtcgaaaacttcatccgtgggtcaagaactgctcccagtgcaagaacaacactatactcatcccaatatttgtcaaactcgctcatcatcctttca 38317220  T
Q  381 gccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtg 480  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |    
T  38317219 gccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtttgaagtaggatgcg 38317120  T
Q  481 ttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaa 534  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||    
T  38317119 ttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaa 38317066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 96 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 38326349 - 38325919
Alignment:
Q  96 ccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagtacttttgctagaatact 195  Q
    |||| ||||||||| ||  | |||| ||| |||| |||| | ||||||||| |||| | | ||||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||    
T  38326349 ccgtgagataaagacttggagttcttttgcaatgacatggtcgaagattggccctgaacagttctttgcatgccagaagaagtacgttggctagaatact 38326250  T
Q  196 tgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaattagccaatgttgaaagctt 295  Q
    || |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  38326249 tgccaaatagcatgtacaacttcgtccttacttgttgcaacttcctttcacaggttgatgcatcaagttttgagtaacaataagccaatgttgaaaattt 38326150  T
Q  296 aatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttata 395  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38326149 aatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactgtactcattccaaaatttgtcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttata 38326050  T
Q  396 tcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatca 495  Q
     ||||||||| ||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  38326049 acttcatcttcatctcccaaagtagcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaattacaaattggaagtaggatgcgttgtgtcattaatca 38325950  T
Q  496 tgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaa 526  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  38325949 tgttagcagtttcacaaaaaggcaacaagaa 38325919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 117 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 38314072 - 38313665
Alignment:
Q  117 ttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagtacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaact 216  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||  ||| || ||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  38314072 ttcttttgcaatggcatggtagaagattggccctaaatagttgtttgcaccctagaagaagtacttttgctagagtacttggcaaatagcatgtacaact 38313973  T
Q  217 tgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaattagccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgc 316  Q
    |  ||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| ||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||  || |||| ||| |||||||| ||    
T  38313972 ttgtctttactttttgcaacttccgttcacaagttgatggatctagttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgc 38313873  T
Q  317 tcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||| ||||||||||  || |  |||||||| ||||||||||    
T  38313872 tcccattgcaagaacaacac--tactcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatacttttagccattctcgctacaaattcatcttcatctcccaaa 38313775  T
Q  417 caatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaag 516  Q
    | |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38313774 ctatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaatacaagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaag 38313675  T
Q  517 gcaacaagaa 526  Q
    | ||||||||    
T  38313674 gtaacaagaa 38313665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 81 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 38306766 - 38306337
Alignment:
Q  81 cttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagtac 180  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| |   | |||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||| | | || ||||||  | ||||| |||||    
T  38306766 cttacatcaaataggccatgagataaagactcagagttcttttgcaatggcatggtagaagattggccctgaacagttgtttgcataccagaagaagtac 38306667  T
Q  181 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaattagc 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| ||| |||||||||||||||| |||    
T  38306666 ttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaactttgtctttactttttgcaacttccgttcacaagttgatggatcgagttttgagtaacaatcagc 38306567  T
Q  281 caatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatcctttca 380  Q
    |||  |||| |  || |||| ||| ||            |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| |    
T  38306566 caaccttgagaatttcatccgtgggtc------------cattgcaagaacaacactatgctcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatcctttta 38306479  T
Q  381 gccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtaggatgtg 480  Q
    |||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38306478 gccattctcgctataacttcatcttcatctcccaaactatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaagtgggatgtg 38306379  T
Q  481 ttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaaca 522  Q
    |||   |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38306378 ttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaaggcaaca 38306337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 81 - 522
Target Start/End: Original strand, 38849817 - 38850267
Alignment:
Q  81 cttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctgg---------ataattctttgcacgcaag 171  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||          ||| ||||||| || | ||    
T  38849817 cttacatcaaataggccatgagataaagactttaatttcttttgtaatggcatgctagaagattggtcctgattctccttaatagttctttgaaccccag 38849916  T
Q  172 aaggagtacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagta 271  Q
     || ||| || |||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| || | |||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||    
T  38849917 cagtagtgctgttgccagaatgcttctcaaatagcatgcacaactttctctttacttgctgtagcttcctttcacaggttgatgcatccagttttgaata 38850016  T
Q  272 acaattagccaatgttgaaagcttaatccttggatcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagc 371  Q
    ||||| |||||| |||| || ||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  38850017 acaataagccaaggttgtaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatc 38850116  T
Q  372 atcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaag 471  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38850117 atcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaatacaagttggaag 38850216  T
Q  472 taggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaaca 522  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38850217 taggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaaca 38850267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University