View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12267_high_1 (Length: 1153)
Name: NF12267_high_1
Description: NF12267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12267_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 594
Target Start/End: Original strand, 38630107 - 38630701
Alignment:
| Q |
8 |
agaacctgtgaagaatattgattttggttttcactatcaatgaatagatgccgtagcaaggtatgtgaactagcgccatgcagatatacctatagacaag |
107 |
Q |
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|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38630107 |
agaatctgtgaagaatattgattttggttttcactatcaatgaatagatgccgtagcaaggtatgtgaactagcgccatgcagatatacctatagacaag |
38630206 |
T |
|
| Q |
108 |
atacattagtgagaataacaagtattttgtatagaaagaaaaatggagaagacatggcatttgtatgttaatagtatatcttaccataagggagcccatg |
207 |
Q |
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| T |
38630207 |
atacattagtgagaataacaagtatttggtatagaaagaaaaatggagaagacatggcatttgtatgttaatagtatatcttaccataagggagcccatg |
38630306 |
T |
|
| Q |
208 |
gaatattaagctcaagaaatgggtatggccacctgttagaggaagaaagttttagctgctgctgatgatacaaagaaggtaaaaatacagttacatttaa |
307 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38630307 |
gaatattaagctcaagaaatgggtatggccacctgttagaggaagaaagctttagctgctgctgatgatacaaagaaggtaaaaatacagttacatttaa |
38630406 |
T |
|
| Q |
308 |
atttacatcttaccatgtggaaccacatgcgtggataacccattggaaaataacgtaggagcagctccagagcacaaaatatgctattctaaaccacgga |
407 |
Q |
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| T |
38630407 |
atttacatcttaccatgtggaaccacatgcgtggataacccattggaaaataacgtaggagcagctccagagcacaaaatatgctattctaaaccacgga |
38630506 |
T |
|
| Q |
408 |
aaaggctgaaaaaagaacacatatacatacaacaaattgaaaccattaattacatgtgcctcagtgttctataaaattagtgcttagttttatg------ |
501 |
Q |
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| T |
38630507 |
aaaggctgaaaaaagaacacatatacatacaacaaattgaaaccattaattacatgtgcctcagtgttctataaaattggtgcttagttttatgctctac |
38630606 |
T |
|
| Q |
502 |
--ttctagtgagtgtgttacttacaagattgttcagcatggtatccaaaagaaggaaaatggcgttcaaggtatgcatgcaacccatcaactgta |
594 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38630607 |
ttctctagtgagtgtgttacttacaagattgttcagcatagtatccaaaagaaggaaaatggcgttcaaggtatgcatgcaacccatcaactgta |
38630701 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 593 - 1135
Target Start/End: Original strand, 38630731 - 38631273
Alignment:
| Q |
593 |
tacttccaagttccaaagatcaattatcaatctatcatgcaaatatttgttgaatttcattcatattattatgtaaattactaagaatatgtgatatata |
692 |
Q |
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|
|
| T |
38630731 |
tacttccaagttccaaagatcaattatcaatctatcatacaaatatttgttgaatttcattcatattattatgtaaattactaagaatatgtgatatata |
38630830 |
T |
|
| Q |
693 |
tagaagaagtgcacataccatgtttagcttaaaacgagaaatggataaaaatgggacaataacgcaccaaaagacaatatctgttaatatgacagcccct |
792 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38630831 |
tagaagaagtgcacataccatgtttagcttaaaacgagaaatggataaaaatgggacaataacgcaccaaaagacaatatctgttaatatgatagaccct |
38630930 |
T |
|
| Q |
793 |
gcactggtctgccaaatgcagaatatcagtttcaactggattagaatattggtgacaaattagaaaacaaatattcatcataattaatgttctggaagaa |
892 |
Q |
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|
| T |
38630931 |
gcactggtctgccaaatgcagaatatcagtttcaactggattagaatattggtgacaaattagaaaacaaatattcatcataattaatgttcttgaagaa |
38631030 |
T |
|
| Q |
893 |
acttaacctgatatgtaatttgcatgaggtaaccccagaatcctgctgtttgttcaaactcctcttcagtatagcggctttgaaacgtgaagatggaacc |
992 |
Q |
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||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38631031 |
acttaacctgaaatgtaatttgcatgaggtaaccccagaatcctgctgtttgttcaaactcctcttcagcatagcggctttgaaacgtgaagatggaacc |
38631130 |
T |
|
| Q |
993 |
tttagtttccaaatcccttctcagaaactctgtcatttccccaatttgaagcggaggaggtttgttcaaaaccttccaacatccgtatgcagataccgtt |
1092 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38631131 |
tttagtttccaaatcccttctcagaaactctgtcatttccccattttgaagcggaggaggtttgttcaaaaccttccaacatccgtatgcagataccgtt |
38631230 |
T |
|
| Q |
1093 |
gtccccaactgcattccaaaaacaatacaagcgcgtacatggt |
1135 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
38631231 |
gtccccaactgcattccaaaaacaatacaagcgcgtacatggt |
38631273 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 38695825 - 38695745
Alignment:
| Q |
36 |
tttcactatcaatgaatagatgccgtagcaaggtatgtgaactagcgccatgcagatatacctatagacaagatacattagtga |
119 |
Q |
| |
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| T |
38695825 |
tttcactatcaataaatacatgtcgtagcagggtatgtgaactagcgcaaggcagat---cctatagacacgatgcattggtga |
38695745 |
T |
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