View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12275_low_2 (Length: 558)

Name: NF12275_low_2
Description: NF12275
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12275_low_2
NF12275_low_2
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (11-508)||(5159999-5160497)
chr4 (14-508)||(5182247-5182739)
chr4 (14-508)||(5195641-5196139)
chr4 (18-508)||(5172915-5173400)
chr4 (108-508)||(4856686-4857084)
chr4 (21-508)||(4842125-4842610)
chr4 (14-508)||(5213807-5214296)
chr4 (92-431)||(7142256-7142598)
chr4 (234-287)||(5203271-5203324)
chr4 (17-72)||(4856621-4856676)
chr4 (403-508)||(5202783-5202885)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 5160497 - 5159999
Alignment:
Q  11 cagaacctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtat 110  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  5160497 cagaatctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagtttttttatcttaccaattgatgaaggtat 5160398  T
Q  111 atttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgat 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160397 atttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgat 5160298  T
Q  211 atatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 310  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160297 atatccaaataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 5160198  T
Q  311 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgtttt 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5160197 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccactttgtttt 5160098  T
Q  410 ttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 508  Q
    |||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160097 ttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 5159999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 14 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 5182739 - 5182247
Alignment:
Q  14 aacctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5182739 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaagtactcaagttgtttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5182640  T
Q  114 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |   || |||| |||||||||| | ||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5182639 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaaatacttaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgtttgatata 5182540  T
Q  214 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataag 313  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||| ||| |||||||  || |||||||| |||||||| |    
T  5182539 tccaaataattcatgttatgattatctatcaaccaacttgggaatgaaccaactaaattgtttctggagaggtccaagaatatcaaattatattgatatg 5182440  T
Q  314 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttc 412  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  5182439 aaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccactttgtcttttc 5182340  T
Q  413 agtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 508  Q
    |||||||||| | ||||||   ||||||| || |||||||||||||  | |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182339 agtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 5182247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 14 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 5196139 - 5195641
Alignment:
Q  14 aacctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||   |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5196139 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattttgagagaagtccaagagttgaagttgtttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5196040  T
Q  114 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| || | |||||||||| | | | ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5196039 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaaataggtaacattaggaaggaatataccgatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgtttgatata 5195940  T
Q  214 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaa---cttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 310  Q
    |||| |||  | |||| || ||||||||||||||||   ||||||  |||||||  ||| ||||| | ||| ||| |||   | | |||||| |||||||    
T  5195939 tccaaatatatcatgtcatcattatgtatcaaccaattacttgggagtgagccatttatattgttgctggagaggaccaagtataccaaattatattgat 5195840  T
Q  311 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgtttt 409  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5195839 atgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttaggaaaccactttgtttt 5195740  T
Q  410 ttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 508  Q
    |||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195739 ttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 5195641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 18 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 5173400 - 5172915
Alignment:
Q  18 tgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatttcct 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173400 tgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaattattatgagagaggtcaaagtactcaagatttttcatcttaccaattgatgaaggtatatttcct 5173301  T
Q  118 tcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatatatcca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||  |||||||||||||| |||      || ||  ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  5173300 tcaaagctattccatgaaaagttcaaataggtaatacttggaaggaatatatc------ttctggaagcaaaccactaaaattgttgtttgatagatcca 5173207  T
Q  218 tataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataagaaag 317  Q
     ||| |  |||  || ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| |  || ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||    
T  5173206 aatattgtatggcatcattatttatcaaccaacttgggagtgagccaacaatattgttgctagagaggtccatcagtatcaaattatattgataagaaag 5173107  T
Q  318 aaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttcagtt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5173106 aaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccactttgttttttcagtt 5173007  T
Q  417 tcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||| | |||||||||||| || | | |||||||||||||||    
T  5173006 tcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataagtgaaaatgatccttg 5172915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 108 - 508
Target Start/End: Original strand, 4856686 - 4857084
Alignment:
Q  108 tatatttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||    
T  4856686 tatatttccttcaaagctattccatgaaatgttcaaataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgttt 4856785  T
Q  208 gatatatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtatt 307  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||||| ||| |||||||  || | |||||| ||||    
T  4856786 gatatatccaaataattcatgttatgattatctatcaacgaacttgggaatgaaccaactaaattgtttctggagaggtccaagaataccaaattatatt 4856885  T
Q  308 gataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgt 406  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  4856886 gatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccactttgt 4856985  T
Q  407 tttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatcct 506  Q
     ||||||||||||||| | ||||||   ||||||| || |||||||||||||  | |||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4856986 cttttcagtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggtcaatgaaaatgatcct 4857082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 21 - 508
Target Start/End: Original strand, 4842125 - 4842610
Alignment:
Q  21 ggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatttccttca 120  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |  |||       ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4842125 ggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaagtacttaagttttttcatcttacaaattgatgaaggtatatttccttca 4842224  T
Q  121 aagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatatatccatat 220  Q
    ||| ||||  ||||||| ||||  |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||    
T  4842225 aagttatttgatgaaaaattcatataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttctggaagcaaaccactaaaattgttgtttgatagatccaaat 4842324  T
Q  221 aattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataagaaagaaa 320  Q
    | |  |||  |  ||||| ||||||||||||||||  ||||||||   | ||||| |  || ||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  4842325 attgtatgccaacattatttatcaaccaacttgggagtgagccaa---tattgttgctagagaggtccatcactatcaaattatattgataagaaagaaa 4842421  T
Q  321 agtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttcagtttca 419  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4842422 agtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccactttgttttttcagtttca 4842521  T
Q  420 atgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 508  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | |||||||||||| || | | |||||||||||||||    
T  4842522 atgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataagtgaaaatgatccttg 4842610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 5214296 - 5213807
Alignment:
Q  14 aacctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5214296 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattatgagagaggtccaaggactcaagttttttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5214197  T
Q  114 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 213  Q
    |||||||||| ||||  ||||||| ||||  |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||||||  || || ||||||||| ||||| ||||||||    
T  5214196 tccttcaaagttatttgatgaaaaattcatataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagaaaaccacttaaactgttgattgatata 5214097  T
Q  214 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataag 313  Q
    |||| ||| || ||   |  |  |||||| ||||| |||||| || | ||||| | |||||| | ||| ||||||| ||| |||||| | |||||||| |    
T  5214096 tccaaatatttcat---agaagaatgtatgaaccatcttgggaataaaccaaccaatttgttgctggataggtccatcaatatcaaactatattgatatg 5214000  T
Q  314 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttc 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||| |||||    
T  5213999 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggtaaccactttgtcttttc 5213900  T
Q  413 agtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 508  Q
    ||||||||||| | | ||| |||   |||  |||||||||||||||  | | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213899 agtttcaatgtttgcaccaatgc---tttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 5213807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 92 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 7142598 - 7142256
Alignment:
Q  92 taccaattgatgaaggtatatttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaaccc 191  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |    | |||| |||||||||| | ||| ||||| ||  ||||| ||    
T  7142598 taccaattgattaaggtatatttccttgaaagctattcaatgaaaagttcagatagtcaacactaggaaggaatataccaatatcttctggaagcaaacc 7142499  T
Q  192 acttaaattgttgtttgatatatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaa---cttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtcc 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||   || ||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  7142498 acttaaattgttgtttgatatatccaaatgttgtatcccatcattatgtatcaaccaatttcttgggagtgagccaactatattgtttctggagaggtcc 7142399  T
Q  289 accaacatcaaattgtattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaa 388  Q
    |  ||   |||||| | |||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  || ||||  |  | |||||    
T  7142398 aagaatgccaaattatgttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaa-cataagtgtatgtagttgaa 7142300  T
Q  389 atttaggaaaccac-ttgttttttcagtttcaatgtgtactcca 431  Q
    || ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  7142299 atctaggaaaccactttgtattttcagtttcaacgtgtactcca 7142256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 234 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 5203324 - 5203271
Alignment:
Q  234 attatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtc 287  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  5203324 attatgtatcaaccaacttgggaatgagccaactattttgtttctggtaaggtc 5203271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 72
Target Start/End: Original strand, 4856621 - 4856676
Alignment:
Q  17 ctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaag 72  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  4856621 ctgtggccaattgttcaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaag 4856676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 403 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 5202885 - 5202783
Alignment:
Q  403 ttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatga 502  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| | |   || |||||||||||| || ||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||||     
T  5202885 ttgttttttaagtttcaatgtgttctccaatgctttct---gaggaaatatatagatcctgaagcgtgaagtgattagccaaagtgcttactgaaaatgg 5202789  T
Q  503 tccttg 508  Q
    ||||||    
T  5202788 tccttg 5202783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University