View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12285_low_1 (Length: 715)

Name: NF12285_low_1
Description: NF12285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12285_low_1
NF12285_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-715)||(12944899-12945613)
chr8 (58-688)||(12937254-12937884)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 611; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 611; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 12945613 - 12944899
Alignment:
Q  1 cttcctcgctcattttccaccatccctgctctacattagctgctcaaattcctgccattgttgcctcggttgattatcgtctctcgcctgagcatcgcct 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12945613 cttcctcgctcattttccaccacccctgctctacattagctgctcaaattcctgccattgttgcctccgttgattatcgtctctcgcctgagcatcgcct 12945514  T
Q  101 cccagcagcctacgatgatgcagttgattctcttctctggctcaaatcccaagcgcaaaatccaacggaatctgatccatggatcagagaccatgtggac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12945513 cccagcagcctacgatgatgcagttgattctcttctctggctcaaatcccaagctcaaaatccaacagaatctgatccatggatcagagaccacgtggac 12945414  T
Q  201 tttgataaatgtttcttgatgggagacagtgccggaggtaacatagcctatttcgcaggtctacgtgctcttgacgttgatctctctcccattaaaatcc 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  12945413 tttgataaatgcttcttgatgggagacagtgccggaggtaacatagcctatttcgcaggtctacgtgctctcgaccttgatctctctcacattaaaatcc 12945314  T
Q  301 gagggatcataatgcaatatccattttttagtggggtccaaagaacggaatctgagcttcgtttggtcaacgatcgtatattaccattaccagcaggtga 400  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12945313 gagggatcataatgaaatatccattttttagtggggtccagagaacggaatctgagcttcgtttggtcaacgatcgtatattaccattaccagcaggtga 12945214  T
Q  401 tctcatgtggtccctgtgtttgcctgagggcaaagacagggaccacgagtattgcaatccaacaactttggatcacgtatacggtgaaaagataggacgg 500  Q
     |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12945213 cctcatgtggttcctatgtttgcccgagggcaaagacagggaccacgagtattgcaatccaacaactttggatcacgtatacggtgaaaagattggacgg 12945114  T
Q  501 ttgccaaggtgttttgtaaatggctacggtggtgatccattggtggataagcaaaaggagctggcgaagatttttgcagcacgcggggtgcacgtggagt 600  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  12945113 ttgccaaggtgctttgttaatggctacggtggagatccattggtggataagcagaaggagctggcgaagattttggcggcacgtggggtgcacgtggagt 12945014  T
Q  601 cctgttttgatgaggatgggtatcatgctgtggaaatctttgatcgttctaaggcacaagttttgcttgaaaatgttaagaaatttatactctctgctgt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12945013 cctgttttgatgaggatgggtatcatgctgtggaaatctttgatcgttctaaggcacaagttttgcttgaaaatgttaagaaatttatactctctgctgt 12944914  T
Q  701 ctctgctcctcctca 715  Q
     |||| | |||||||    
T  12944913 ttctgttgctcctca 12944899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 58 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 12937884 - 12937254
Alignment:
Q  58 ttgttgcctcggttgattatcgtctctcgcctgagcatcgcctcccagcagcctacgatgatgcagttgattctcttctctggctcaaatcccaagcgca 157  Q
    |||| ||||| |||| | |||||||| | || ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||  |||||||  |  ||||||||| | ||||||| ||    
T  12937884 ttgtagcctcagttgctcatcgtctcactccagagcaccgtctccctgctgcctatgatgacgctattgattcattgttctggctcagagcccaagcaca 12937785  T
Q  158 aaatccaacggaatctgatccatggatcagagaccatgtggactttgataaatgtttcttgatgggagacagtgccggaggtaacatagcctatttcgca 257  Q
    ||||||||  |  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  12937784 aaatccaagtgtctctgatccatggatcagagacaacgtggactttgataactgcttcttgatgggaagtagtgcaggaggtaacatagcgtacttcgca 12937685  T
Q  258 ggtctacgtgctcttgacgttgatctctctcccattaaaatccgagggatcataatgcaatatccattttttagtggggtccaaagaacggaatctgagc 357  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||  |||| |||| |||| | |||||| |   ||| |||||| ||||||| || |||||  |||||||||    
T  12937684 ggtctacgtgctcttgacctcgatctctctcctcttaagatccaagggcttataatgaatgctccgttttttggtggggttcagagaacaaaatctgagc 12937585  T
Q  358 ttcgtttggtcaacgatcgtatattaccattaccagcaggtgatctcatgtggtccctgtgtttgcctgagggcaaagacagggaccacgagtattgcaa 457  Q
    |||||||  | ||||||  |||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| |||| | |||||||||||| | |||  |||| |||| |||||| ||    
T  12937584 ttcgtttcattaacgataatatactacccttatcagcaagtgatctcatgtgggccctatctttgcctgagggtacagatcgggatcacgtgtattgtaa 12937485  T
Q  458 tccaacaactttggatcacgtatacggtgaaaagataggacggttgccaaggtgttttgtaaatggctacggtggtgatccattggtggataagcaaaag 557  Q
    ||||| |  || ||||    || | ||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  12937484 tccaaaagtttcggatgtgatacatggtgagaagatcggacggctgccgaggtgctttgttaacggctacggtggggatcccttggtggataggcaaaag 12937385  T
Q  558 gagctggcgaagatttttgcagcacgcggggtgcacgtggagtcctgttttgatgaggatgggtatcatgctgtggaaatctttgatcgttctaaggcac 657  Q
    ||||| | ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||   ||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  12937384 gagctagtgaagattttggaggcacgtggggtgcacgtggagtctgttttttgtgaggatgggtttcatgctgtggaactctttgatcctgctaaggcac 12937285  T
Q  658 aagttttgcttgaaaatgttaagaaatttat 688  Q
    |||  || |||||  | ||||||||||||||    
T  12937284 aagcattacttgattacgttaagaaatttat 12937254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University