View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12289_high_1 (Length: 855)

Name: NF12289_high_1
Description: NF12289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12289_high_1
NF12289_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-836)||(8457510-8458334)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (284-836)||(6827278-6827820)
chr8 (54-182)||(6827150-6827279)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (284-836)||(9822324-9822866)
chr6 (54-182)||(9822865-9822994)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (427-836)||(27964065-27964463)
chr3 (54-133)||(27963964-27964043)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (46-177)||(25802572-25802704)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (53-170)||(18361145-18361263)
chr2 (285-363)||(18361265-18361345)
chr2 (445-508)||(18361362-18361425)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 789; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 789; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 8458334 - 8457510
Alignment:
Q  12 aacctgtgttgagccagtatcatgattatctacaaatgtgactgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcaga 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8458334 aacctgagttgagccagtatcatgattatctacaaatgtgactgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcaga 8458235  T
Q  112 cgccaaaattctctcttgacagcttcctacaaataatggtaacatgaaaaaatgaattcaatacctgatatacatgagactgcatgcgcatcaaagtttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  8458234 cgccaaaattctctcttgacagcttcctacaaataatggtaacatgaaaaaatgaattcaatacctgatatacatgaaactgcatgcgtatcaaagtttg 8458135  T
Q  212 tacaaagaaattaacttattgactagcaaaaaagggtaagatctaactgcaatgcttagttttcaaaccttcatttaacatacttaggacaaaatgttgg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8458134 tacaaagaaattaacttattgactagcaaaaaagggtaagatctaactgcaatgcttagttttcaaaccttcatttaacatacttaggacaaaatgttgg 8458035  T
Q  312 gtacctggagaattccctttgttgtgaagtcaaatgcagttgaaagctgtccagtgccatcaatccaattgattattcgttgtctatgactatctgcaaa 411  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  8458034 gtacctggagaattcccttcgttgtgaagtcaaatgcagttgaaagctgtccagtgccatcaatccaattgattattcgttgtctatggttatctgcaaa 8457935  T
Q  412 gagtaaaaaataagagagctgagtgtaaaatgaaaaagaaatattgaaaggccaatgtattcatatacttagtaaccaaaaagtattcatttatttgatg 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8457934 gagtaaaaaataagagagctgagtgtaaaatgaaaaagaaatattgaaaggccaatgtattcatatacttagtaaccaaaaagtattcatttatttgatg 8457835  T
Q  512 aattagaattttaagcagtataccttggttatagtccaaagtagaaccgttgtagttgcatgtatcccaatactccccaacagataacagtggctttgct 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  8457834 aattagaattttaagcagtataccttggttatagtccaaagtagaaccgttgtagttgcatgtatcccaatactccccaacagataacattggctttggt 8457735  T
Q  612 ccttcaatatattctttcacatattttggtgaatatctaccaatgacagaattgaggtataaaactatatataactcctgaatatataaagcaagaagcc 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8457734 ccttcaatatattctttcacatattttggtgaatatctacaaatgacagaattgaggtataaaactatatataactcctgaatatataaagcaagaagcc 8457635  T
Q  712 aaaggaaaaccctcaatattctaaaggtgtagtgtagcacatcttacccttttgcataatcaaaacgaaaatcctgaaagcctacattatggcgaagcca 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8457634 aaaggaaaaccctcaatattctaaaggtgtagtgtagcacatcttacccttttgcataatcaaaacgaaaatcctgaaagcctacattatggcgaagcca 8457535  T
Q  812 ctgaagccatcctatgatatccttt 836  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  8457534 ctgaagccatcctatgatatccttt 8457510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 284 - 836
Target Start/End: Original strand, 6827278 - 6827820
Alignment:
Q  284 atttaacatacttaggacaaaatgttgggtacctggagaattccctttgttgtgaagtcaaatgcagttgaaagctgtccagtgccatcaatccaattga 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  6827278 atttaacatacttaggacaaaatgttaggtacctggagaattcccttggttgtgaagtcaaatccagttgaaagatgtccactgccatcaatccatttga 6827377  T
Q  384 ttattcgttgtctatgactatctgcaaagagtaaaaaataagagagctgagtgtaaaatgaaaaagaaatattgaaaggccaatgtattcatatacttag 483  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  6827378 ttattcgttgcctatggctatctgcaaaaagtaaaaaataagtgagctaagtgtacaatgcaaaagaagtattgaaagggtaatgtattcacatacttag 6827477  T
Q  484 taaccaaaaagtattcatttatttgatgaattagaattttaagcagtataccttggttatagtccaaagtagaaccgttgtagttgcatgtatcccaata 583  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||    
T  6827478 taaccaaaaagtattcatttatttcatgaatgagaattttaagca---taccttggttatagtccaaagtagaaccgttgtagttgcaaacatccaaata 6827574  T
Q  584 ctccccaacagataacagtggctttgctccttcaatatattctttcacatattttggtgaatatctaccaatgacagaattgag--gtataaaactatat 681  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||||||     
T  6827575 ctccccgacagataacagtggttgtgctccttcaatatagtctttaacatattttggtgaatagctacaaatgacagaattgagaggtgtaaaactatag 6827674  T
Q  682 ataactcctgaatatataaagcaagaagccaaa-ggaaaaccctcaatattctaaaggtgtagtgtagcacatcttacccttttgcataatcaaaacgaa 780  Q
        ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||| ||| ||||||||||     ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6827675 ----ctcctgaatatataaagtaagaagccaaaaggaaaacaatcaattttcaaaaggtgtag-----cacatcttacccttt-gcataatcaaaacgaa 6827764  T
Q  781 aatcctgaaagcctacattatggcgaagccactgaagccatcctatgatatccttt 836  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6827765 aatcctgaaagcccacattatggcgaagccactgaagccatcctatgatatccttt 6827820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 54 - 182
Target Start/End: Original strand, 6827150 - 6827279
Alignment:
Q  54 tgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccaaaattctctcttgacag-cttcctacaaataatggta 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  6827150 tgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccagaattctatcttgacagaattcctacaaataatggta 6827249  T
Q  153 acatgaaaaaatgaattcaatacctgatat 182  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6827250 acatgagaaaatgaattcaatacctgatat 6827279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 284 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 9822866 - 9822324
Alignment:
Q  284 atttaacatacttaggacaaaatgttgggtacctggagaattccctttgttgtgaagtcaaatgcagttgaaagctgtccagtgccatcaatccaattga 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  9822866 atttaacatacttaggacaaaatgttaggtacctggagaattcccttggttgtgaagtcaaatccagttgaaagatgtccactgccatcaatccatttga 9822767  T
Q  384 ttattcgttgtctatgactatctgcaaagagtaaaaaataagagagctgagtgtaaaatgaaaaagaaatattgaaaggccaatgtattcatatacttag 483  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  9822766 ttattcgttgcctatggctatctgcaaaaagtaaaaaataagtgagctaagtgtacaatgcaaaagaagtattgaaagggtaatgtattcacatacttag 9822667  T
Q  484 taaccaaaaagtattcatttatttgatgaattagaattttaagcagtataccttggttatagtccaaagtagaaccgttgtagttgcatgtatcccaata 583  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||    
T  9822666 taaccaaaaagtattcatttatttcatgaatgagaattttaagca---taccttggttatagtccaaagtagaaccgttgtagttgcaaacatccaaata 9822570  T
Q  584 ctccccaacagataacagtggctttgctccttcaatatattctttcacatattttggtgaatatctaccaatgacagaattgag--gtataaaactatat 681  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||||||     
T  9822569 ctccccgacagataacagtggttgtgctccttcaatatagtctttaacatattttggtgaatagctacaaatgacagaattgagaggtgtaaaactatag 9822470  T
Q  682 ataactcctgaatatataaagcaagaagccaaa-ggaaaaccctcaatattctaaaggtgtagtgtagcacatcttacccttttgcataatcaaaacgaa 780  Q
        ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||| ||| ||||||||||     ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9822469 ----ctcctgaatatataaagtaagaagccaaaaggaaaacaatcaattttcaaaaggtgtag-----cacatcttacccttt-gcataatcaaaacgaa 9822380  T
Q  781 aatcctgaaagcctacattatggcgaagccactgaagccatcctatgatatccttt 836  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822379 aatcctgaaagcccacattatggcaaagccactgaagccatcctatgatatccttt 9822324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 54 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 9822994 - 9822865
Alignment:
Q  54 tgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccaaaattctctcttgacag-cttcctacaaataatggta 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  9822994 tgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccataattctatcttgacagaattcctacaaataatggta 9822895  T
Q  153 acatgaaaaaatgaattcaatacctgatat 182  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9822894 acatgagaaaatgaattcaatacctgatat 9822865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 427 - 836
Target Start/End: Original strand, 27964065 - 27964463
Alignment:
Q  427 gagctgagtgtaaaatgaaaaagaaatattgaaaggccaatgtattcatatacttagtaaccaaaaagtattcatttatttgatgaattagaattttaag 526  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  27964065 gagctaagtgtacaatgcaaaagaagtattgaaagggtaatgtattcacatacttagtaaccaaaaagtattcatttattc-atgaatgagaattttaag 27964163  T
Q  527 cagtataccttggttatagtccaaagtagaaccgttgtagttgcatgtatcccaatactccccaacagataacagtggctttgctccttcaatatattct 626  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27964164 ca---taccttggttatagtccaaagtagaaccgttgtagttgcaaacatccaaatactccccgacagataacagtggctttgctccttcaatatactct 27964260  T
Q  627 ttcacatattttggtgaatatctaccaatgacagaatt--gaggtataaaactatatataactcctgaatatataaagcaagaagcc-aaaggaaaaccc 723  Q
    || |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||     |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||      
T  27964261 ttaacatatttaggtgaatagctacaaatgacagaattgagaggtataaaa----ttatagctcctgaatatataaagtaagaagccaaaaggaaaacaa 27964356  T
Q  724 tcaatattctaaaggtgtagtgtagcacatcttacccttttgcataatcaaaacgaaaatcctgaaagcctacattatggcgaagccactgaagccatcc 823  Q
    ||||||||| ||||     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27964357 tcaatattcaaaag-----gtgtagcacatcttaccc-tttgcataatcaaaacgaaaatcctgaaagcccacattatggcgaagccactgaagccatcc 27964450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 54 - 133
Target Start/End: Original strand, 27963964 - 27964043
Alignment:
Q  54 tgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccaaaattctctcttgacag 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27963964 tgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccaaaattctatcttgacag 27964043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 9e-57; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 46 - 177
Target Start/End: Original strand, 25802572 - 25802704
Alignment:
Q  46 aatgtgactgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccaaaattctctcttgacag-cttcctacaaa 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||    
T  25802572 aatgtgactgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccaaaattctatcttgacagaattcctacaaa 25802671  T
Q  145 taatggtaacatgaaaaaatgaattcaatacct 177  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25802672 taatggtaacatgagaaaatgaattcaatacct 25802704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 53 - 170
Target Start/End: Original strand, 18361145 - 18361263
Alignment:
Q  53 ctgatcttgaaggccaccatccaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccaaaattctctcttgaca-gcttcctacaaataatggt 151  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  18361145 ctgatcttgaaggccaccattcaatcacaccaggtggcttcccttgagcatcacgcagacgccaaaattctatcttgacatgattcctacaaataatggt 18361244  T
Q  152 aacatgaaaaaatgaattc 170  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  18361245 aacatgagaaaatgaattc 18361263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 285 - 363
Target Start/End: Original strand, 18361265 - 18361345
Alignment:
Q  285 tttaacatacttaggacaaaatgttgggtacctggaga--attccctttgttgtgaagtcaaatgcagttgaaagctgtcc 363  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  18361265 tttaacatacttaagacaaaatgctgggtacctggagatcattcccttggctgtgaagtcatatgcagttgaaagttgtcc 18361345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 445 - 508
Target Start/End: Original strand, 18361362 - 18361425
Alignment:
Q  445 aaaagaaatattgaaaggccaatgtattcatatacttagtaaccaaaaagtattcatttatttg 508  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18361362 aaaagaagtattgaaagggtaatgtattcacatgcttagtaaccaaaaagtattcatttatttg 18361425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University