View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12297_low_2 (Length: 413)

Name: NF12297_low_2
Description: NF12297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12297_low_2
NF12297_low_2
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (11-395)||(960345-960729)
chr1 (11-395)||(942384-942768)
chr1 (11-395)||(949373-949757)
chr1 (11-395)||(971654-972038)
chr1 (19-395)||(936464-936840)
chr1 (19-391)||(419518-419887)
chr1 (19-391)||(975274-975643)
chr1 (19-395)||(909714-910084)
chr1 (34-390)||(924252-924602)
chr1 (311-390)||(916201-916280)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (19-391)||(10684-11053)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 960729 - 960345
Alignment:
Q  11 cctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgaca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  960729 cctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtgtgaca 960630  T
Q  111 aacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataaggg 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960629 aacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataaggg 960530  T
Q  211 taattctctttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatcca 310  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960529 taattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttgcaaaccattactatttttatcca 960430  T
Q  311 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagctt 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960429 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagctt 960345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 942768 - 942384
Alignment:
Q  11 cctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgaca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  942768 cctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtgtgaca 942669  T
Q  111 aacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataaggg 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942668 aacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataaggg 942569  T
Q  211 taattctctttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatcca 310  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942568 taattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttgcaaaccattactatttttatcca 942469  T
Q  311 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagctt 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  942468 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaaccatagattccaatgaagttatacaaagctt 942384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 949757 - 949373
Alignment:
Q  11 cctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgaca 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949757 cctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgaca 949658  T
Q  111 aacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataaggg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  949657 aacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaagggcacagagtaaacttcggttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgtgtaaggg 949558  T
Q  211 taattctctttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatcca 310  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949557 taattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatcca 949458  T
Q  311 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagctt 395  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949457 cttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagttttgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagctt 949373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 972038 - 971654
Alignment:
Q  11 cctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgaca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  972038 cctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtgtgaca 971939  T
Q  111 aacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataaggg 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971938 aacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataaggg 971839  T
Q  211 taattctctttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatcca 310  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971838 taattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatcca 971739  T
Q  311 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagctt 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  971738 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaaccatagattccaatgaagttatacaaagctt 971654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 936840 - 936464
Alignment:
Q  19 aggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaa 118  Q
    |||| ||||||||  |||||||| || |||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||    
T  936840 aggaagtgacaaactggaacagttccaggttgaacattgagcacttgaaaagccaaatgtttaggattccattgtgaagtatcagtgtgacacacagcaa 936741  T
Q  119 tagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctc 218  Q
     || ||||||  |  |||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  936740 cagctttaactctacttccatcaacaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaactctc 936641  T
Q  219 tttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtt 318  Q
    ||||||||| || | |  ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||  || | || | ||| | ||||||||||    
T  936640 tttgtgacacactacagctttattcttttctcccaatttcttcacaccttttgccattacatattcttgcaagtcactgctttcttttttcacttctgtt 936541  T
Q  319 gaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagctt 395  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  936540 gaaacagcttcgacattgtttccaagtttcgaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgttacacaaagctt 936464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 391
Target Start/End: Original strand, 419518 - 419887
Alignment:
Q  19 aggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaa 118  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  419518 aggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaa 419617  T
Q  119 tagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctc 218  Q
    ||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  419618 tagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctc 419717  T
Q  219 tttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtt 318  Q
    ||||||||| |||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||||| | ||| | ||||||||||    
T  419718 tttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaa---attactttctttgttcacttctgtt 419814  T
Q  319 gaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaa 391  Q
    |||||||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  419815 gaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaa 419887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 975643 - 975274
Alignment:
Q  19 aggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaa 118  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  975643 aggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaa 975544  T
Q  119 tagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctc 218  Q
    ||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  975543 tagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctc 975444  T
Q  219 tttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtt 318  Q
    ||||||||| |||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||||| | ||| | ||||||||||    
T  975443 tttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaa---attactttctttgttcacttctgtt 975347  T
Q  319 gaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaa 391  Q
    |||||||| |||||||| || || ||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  975346 gaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtcgtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaa 975274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 910084 - 909714
Alignment:
Q  19 aggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaa 118  Q
    |||||||| ||||  |||| ||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||| ||| |||| | |||    
T  910084 aggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttaaggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaa 909985  T
Q  119 tagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctc 218  Q
     || ||||||  |  |||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  909984 cagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccg 909885  T
Q  219 tttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtt 318  Q
    |||||| || ||||     |||   ||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||   ||| | |  ||  |||||||||    
T  909884 tttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaacc---actttctccatttacttctgtt 909791  T
Q  319 gaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagctt 395  Q
    |||||||  |||||||||||||| || ||| || |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||    
T  909790 gaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaatcatagattccaatgatgtcacacaaagctt 909714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 34 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 924602 - 924252
Alignment:
Q  34 ggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgt 133  Q
    |||||||| || ||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||| ||| |||| | ||| || ||||||  ||     
T  924602 ggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttgg 924503  T
Q  134 ttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacaaacaat 233  Q
    |||||||||||||||| |  |||| | ||||||||| ||||| |     ||| ||||| ||||| |||| ||| || |||| |  |   || || ||||     
T  924502 ttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttgcacgtagtttgtgacaataaaacactgtatatggataatccattggatggcacacaac 924403  T
Q  234 acttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaaca 333  Q
    | |||||||||   ||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| | | ||   || | ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  924402 aattttgttct---cacccaacttcttaactccttttgctattatatattgttgtatatca---ctttctttgttcacttctgttgaaacagcttcaaca 924309  T
Q  334 ttgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaa 390  Q
    |||||||| || || ||| |||||||||||||||| || || ||||| |||||||||    
T  924308 ttgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgactctaatgatgttacacaa 924252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 916280 - 916201
Alignment:
Q  311 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaa 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  916280 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgattctaatgatgttacacaa 916201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 163; Significance: 6e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 11053 - 10684
Alignment:
Q  19 aggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcactagaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaa 118  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  11053 aggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaa 10954  T
Q  119 tagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctc 218  Q
    ||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10953 tagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctc 10854  T
Q  219 tttgtgacaaacaatacttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtt 318  Q
    ||||||||| |||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||||| | ||| | ||||||||||    
T  10853 tttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaa---attactttctttgttcacttctgtt 10757  T
Q  319 gaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaa 391  Q
    |||||||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  10756 gaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaa 10684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University