View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12304_high_2 (Length: 705)

Name: NF12304_high_2
Description: NF12304
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12304_high_2
NF12304_high_2
[»] chr3 (51 HSPs)
chr3 (12-686)||(19400339-19401013)
chr3 (51-639)||(19425339-19425927)
chr3 (12-638)||(18109052-18109678)
chr3 (12-637)||(17950445-17951070)
chr3 (11-639)||(19334621-19335249)
chr3 (372-673)||(19381863-19382164)
chr3 (375-662)||(19465326-19465612)
chr3 (378-673)||(18166132-18166427)
chr3 (385-682)||(19352375-19352672)
chr3 (372-657)||(18016992-18017277)
chr3 (375-686)||(14895106-14895417)
chr3 (375-682)||(25464023-25464330)
chr3 (16-287)||(25463667-25463938)
chr3 (372-662)||(19394119-19394409)
chr3 (16-287)||(18116582-18116853)
chr3 (383-682)||(16678191-16678490)
chr3 (420-662)||(17942972-17943214)
chr3 (372-662)||(19376592-19376882)
chr3 (378-682)||(18147806-18148110)
chr3 (421-686)||(19354734-19354999)
chr3 (369-682)||(18116935-18117248)
chr3 (366-662)||(19415148-19415444)
chr3 (378-682)||(19437934-19438238)
chr3 (369-682)||(19462159-19462472)
chr3 (16-287)||(19461804-19462077)
chr3 (375-662)||(17726277-17726564)
chr3 (375-662)||(19027506-19027793)
chr3 (15-251)||(19381509-19381745)
chr3 (385-585)||(18104329-18104529)
chr3 (11-287)||(19376234-19376510)
chr3 (11-278)||(18872999-18873266)
chr3 (368-662)||(18872618-18872912)
chr3 (369-686)||(19456264-19456581)
chr3 (90-278)||(16677901-16678089)
chr3 (12-287)||(17726649-17726924)
chr3 (11-278)||(17942566-17942833)
chr3 (12-287)||(19027878-19028153)
chr3 (16-251)||(18165773-18166008)
chr3 (85-278)||(14895511-14895704)
chr3 (11-287)||(19414796-19415072)
chr3 (63-285)||(18147494-18147716)
chr3 (16-251)||(19464970-19465205)
chr3 (68-253)||(19437627-19437812)
chr3 (11-287)||(19393761-19394037)
chr3 (86-251)||(18016709-18016874)
chr3 (86-251)||(19352079-19352244)
chr3 (86-251)||(19354402-19354567)
chr3 (90-287)||(18104037-18104234)
chr3 (129-202)||(19439374-19439447)
chr3 (208-251)||(19439619-19439662)
chr3 (442-492)||(19428078-19428128)
[»] scaffold0640 (1 HSPs)
scaffold0640 (16-675)||(6020-6679)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (16-631)||(2872-3487)
[»] scaffold0274 (3 HSPs)
scaffold0274 (16-631)||(2340-2956)
scaffold0274 (369-631)||(21552-21814)
scaffold0274 (87-246)||(21312-21470)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (373-686)||(8460537-8460850)
chr8 (18-253)||(8460164-8460399)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (378-643)||(2709332-2709597)
chr4 (375-662)||(15536506-15536793)
chr4 (90-287)||(2709700-2709897)
chr4 (51-287)||(15536185-15536421)
[»] scaffold0271 (1 HSPs)
scaffold0271 (369-675)||(11468-11774)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (368-673)||(13665677-13665984)
chr6 (90-251)||(13666098-13666259)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (467-550)||(1482502-1482585)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 51)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 686
Target Start/End: Original strand, 19400339 - 19401013
Alignment:
Q  12 aacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaa 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400339 aacctgtggcgtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaa 19400438  T
Q  112 ccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttattt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400439 ccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttattt 19400538  T
Q  212 gtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgcca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400539 gtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgcca 19400638  T
Q  312 gtaggtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaattatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400639 gtaggtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaattatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctg 19400738  T
Q  412 gggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacat 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400739 gggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacat 19400838  T
Q  512 gaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatct 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400839 gaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatct 19400938  T
Q  612 tgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagcttcattggaaat 686  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19400939 tgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagcttcattggaaat 19401013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 51 - 639
Target Start/End: Original strand, 19425339 - 19425927
Alignment:
Q  51 cacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtca 150  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |  || |||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  19425339 cacctctctgattggaaacaattgcagatcatgattttgggagaaaataaattttcaggaatcataccaatgaacttatcacaaaaattagaagtcgtca 19425438  T
Q  151 tactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatc 250  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  19425439 tattgagagctaaccaatttgaagggactatcccaaggcaattattcaatcttccttatttgtttcatttggaccttgctctaaacaaactttcaggatc 19425538  T
Q  251 tataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgccagtaggtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaat 350  Q
    ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||  || |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||  ||| ||||| ||    
T  19425539 tataccagaatgtgtctataacttgactgatatggttacatttgaagaggaggaattaccagcaggtaccacaattgagttgtttacaaaaggtcaagat 19425638  T
Q  351 tatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttc 450  Q
    |||  |  || | | |||||| | |||||||  |||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| | ||||||||  |||    
T  19425639 tatatgtatcgagtaagtccaaaaagacgaaccattgacctttcagcaaatagcttgtctggagaagtgcctttggaattgtttaggcttgttcagcttc 19425738  T
Q  451 aaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagtt 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19425739 aaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtgattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgatctctctaataataagtt 19425838  T
Q  551 ttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaa 639  Q
    || |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |   |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  19425839 ttgtggtgaaattcctcagagcatgtctgtcttaacctttttgggttttttgaatttatcttgcaataatttaaacggaaaaatcccaa 19425927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 12 - 638
Target Start/End: Original strand, 18109052 - 18109678
Alignment:
Q  12 aacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaa 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  18109052 aacctttggagtaataggctatctggtgaagttctaggacacctctctgattggagacaattggaaatcatgaacttgggagaaaatgaattttctgcaa 18109151  T
Q  112 ccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttattt 211  Q
    | ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  18109152 caataccaatcaatttatcacaaaaattagaagttgtcatattgagagctaaccaatttgaaggaactattccaacacaattattcattcttccttactt 18109251  T
Q  212 gtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgcca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||| ||| || ||  ||||||||||||    
T  18109252 gtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaagatctataccaaagtgtgtctataacttgactcatatggttacatttgatgcggaggaattgcca 18109351  T
Q  312 gtaggtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaattatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctg 411  Q
    |||| || |||||||||||||||||  ||| ||||| ||||||   ||    |  |    || ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  18109352 gtagatatcataattgagttgtttacaaaaggtcaagattatgttattgatgtacgatgggaaaggagaactattgacctttcagccaatagcttgcctg 18109451  T
Q  412 gggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacat 511  Q
    | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||| |||  | |||||| |||    
T  18109452 gagaagtgccattggaattgtttctgcttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaacaattttgtgggaacaataccgaaaacgattggaggcat 18109551  T
Q  512 gaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatct 611  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||| | |||||| |    ||||||||||||     
T  18109552 gaaaaatatggaatctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattccccagggtatgtctctcttgacctttttgggttatttgaatttatca 18109651  T
Q  612 tgcaataattttgacggaacaatccca 638  Q
    |  ||||||||||| |||| |||||||    
T  18109652 tataataattttgatggaaaaatccca 18109678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 12 - 637
Target Start/End: Original strand, 17950445 - 17951070
Alignment:
Q  12 aacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaa 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  17950445 aacctttggagtaataggctatctggtgaagttctaggacacctctctgattggagacaattggaaatcatgaacttgggagaaaatgaattttctgcaa 17950544  T
Q  112 ccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttattt 211  Q
    | ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  17950545 caataccaatcaatttatcacaaaaattagaagttgtcatattgagagctaaccaattagaaggaactattccaacacaattattcaatcttccttactt 17950644  T
Q  212 gtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgcca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||| |||||||| ||| |  ||  ||||||||||||    
T  17950645 gtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccagagtgtgtctataacttgactcatatggttacatttcatgcggaggaattgcca 17950744  T
Q  312 gtaggtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaattatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctg 411  Q
    |||| ||  |  |||||||||||||  ||| || || |||||| |  |    | |  |   |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17950745 gtagatataacgattgagttgtttacaaaaggttaagattatgtgtatgatgttaacctgtataggcgaactattgacctttcagccaatagcttgtctg 17950844  T
Q  412 gggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacat 511  Q
    |  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||| |||  | |||||| |||    
T  17950845 gaaaagtgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaacaattttgtgggaacaataccgaaaacgattggaggcat 17950944  T
Q  512 gaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggt-tttgaatttatc 610  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||| | |||||| ||| | ||||||||||||    
T  17950945 gaaaaatatggaatctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcatggtatgtctctcttgaccttttt-gagttatttgaatttatc 17951043  T
Q  611 ttgcaataattttgacggaacaatccc 637  Q
     |  ||||||||||| |||| ||||||    
T  17951044 atataataattttgatggaaaaatccc 17951070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 11 - 639
Target Start/End: Original strand, 19334621 - 19335249
Alignment:
Q  11 gaacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcggga 110  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||  |  || ||||||||||||| |||||||  |||| | |  |||||||||||||||||||| |||    
T  19334621 gaacctatggagtaataggctgtctggtgaagttcaagagcatctctctgattggaaacaattgagagtcataaatttgggagaaaatgaattttctgga 19334720  T
Q  111 accataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatt 210  Q
    | ||||||||      | |||||||||||| || |  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  ||||||    
T  19334721 agcataccaacagggatgtcacaaaacttacaactgatcatattgagagccaatcaatttgaagggactattccacaacaactattcaatctctcttatt 19334820  T
Q  211 tgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgcc 310  Q
    || || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||| ||| | |||| | || ||| ||    
T  19334821 tgatttacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctataccggattgtgtctataacttgactgaaatggttacattttctgagggggtattacc 19334920  T
Q  311 agtaggtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaattatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtct 410  Q
    || || || || ||||||||||||||  ||| ||||| |||||     || |||| ||  ||||| ||| | ||||||||||||| |||||  |||| ||    
T  19334921 agcagatatcacaattgagttgtttacaaaaggtcaagattatatctatcaaatccgtggagatacacgtactattgacctttcagccaatcacttgact 19335020  T
Q  411 ggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagaca 510  Q
    || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |  ||   | |||||| ||    
T  19335021 ggagaagtgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaatagtttcattggaacaattcagaagacgattggaggca 19335120  T
Q  511 tgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatc 610  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||| |    ||||||||||||    
T  19335121 tgataaatatggaatctctcgatctctctaataataagttttatggtgaaattcctcggagcatgtctgtcttaacctttttgggttatttgaatttatc 19335220  T
Q  611 ttgcaataattttgacggaacaatcccaa 639  Q
    || ||| | |||||| |||| ||||||||    
T  19335221 ttacaacagttttgaaggaaaaatcccaa 19335249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 372 - 673
Target Start/End: Original strand, 19381863 - 19382164
Alignment:
Q  372 gatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcaca 471  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  19381863 gataggcgaactattgacctttcacccaatagcttgtctggagaaatgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaaacattgaacttatctcaca 19381962  T
Q  472 ataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagag 571  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||   | |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19381963 ataatttcattggaacaattccaaagacgattggaggcatgataaatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcaaag 19382062  T
Q  572 catggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatca 671  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||| |||||| |||| || |||||    
T  19382063 catggctctcttaaactttttggaggtgttgaatttatcttgcaataattttgatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaagttttaatgcatca 19382162  T
Q  672 ag 673  Q
    ||    
T  19382163 ag 19382164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 375 - 662
Target Start/End: Original strand, 19465326 - 19465612
Alignment:
Q  375 agacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaata 474  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  19465326 agacgaactattgaccttccagccaatagcttgtctggagaagtgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaaacattgaacttatctcacaata 19465425  T
Q  475 atttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcat 574  Q
     ||||| ||||||||| ||||||  | |||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19465426 gtttgactggaacaattccaaaaacgattggaggcatgattaatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcat 19465525  T
Q  575 ggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  19465526 ggctctc-taaactttttggaggtgttgaatttatcttgcaataattttgatggaaaaattccaataggaactcaacttcaaagtttt 19465612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 378 - 673
Target Start/End: Original strand, 18166132 - 18166427
Alignment:
Q  378 cgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatt 477  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18166132 cgaactattgacatttcaaacaatagcttgtctggagaagtaccattggaaatgtttcggcttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatt 18166231  T
Q  478 tgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggc 577  Q
    |||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  18166232 tgatcggaacaataccaaaagagattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgacctctctagtaataagttttatggtgaaattcctcagagcatctc 18166331  T
Q  578 tctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaag 673  Q
    |||||||| ||||||||    |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| || |||||||    
T  18166332 tctcttaacctttttaggttatttgaatttatcttacaataactttgacggaataatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaag 18166427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 385 - 682
Target Start/End: Original strand, 19352375 - 19352672
Alignment:
Q  385 ttgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattgg 484  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  19352375 ttgacctttcatccaatagcttgtctggagaagttccattggaattgtttcggcttgctcaacttcaaacgttaaacttatatcacaacaatttgattgg 19352474  T
Q  485 aacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctctta 584  Q
    |||||||||||||| | |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | ||    
T  19352475 aacaataccaaaagagattggaggcatgaaaaatgtggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattccgcagaccatggctcgccta 19352574  T
Q  585 aactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagcttcattgg 682  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||  ||| | ||| |||||| |||| || ||||||| | ||||||    
T  19352575 aactttttagaggttttaaatttatcttgcaataatttcaatggaaaaatcccaactggaacacaacttcaaagttttaatgcatcaagttacattgg 19352672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 372 - 657
Target Start/End: Original strand, 18016992 - 18017277
Alignment:
Q  372 gatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcaca 471  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  18016992 gataggcgaactattgacctttcagccaatcacttgactggagaagtgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaatcattaaacttatctcaca 18017091  T
Q  472 ataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagag 571  Q
    ||| ||| |  |||||||| || ||   | |||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18017092 atagtttcaaaggaacaattccgaagacgattggaggcatgaaaaaaatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagag 18017191  T
Q  572 catggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaa 657  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||| ||||||    
T  18017192 catggctctcttaaactttttgggggtgttgaatttatcttgcaataattttgatggaaaaatcccaacaggaactcaacttcaaa 18017277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 375 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 14895417 - 14895106
Alignment:
Q  375 agacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaata 474  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14895417 agacgaactattgacctttcagccaatagcttgtccggagaagtgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaata 14895318  T
Q  475 atttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcat 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||  ||||||  ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  14895317 atttgattggaacaataccaaaagatattggacgcatgaagaatatggaatctcttgacctctctagtaataagttttatggtgaaattccgcagagcat 14895218  T
Q  575 ggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagc 674  Q
    | |||||||||  ||||| |    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||| |||||| |||| ||  ||| |||    
T  14895217 gtctctcttaacatttttgggttatttgaatttatcttacaacaattttgacggaaaaattccaacaggaactcaacttcaaagttttaatgaatcgagc 14895118  T
Q  675 ttcattggaaat 686  Q
    | ||||||||||    
T  14895117 tacattggaaat 14895106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 375 - 682
Target Start/End: Original strand, 25464023 - 25464330
Alignment:
Q  375 agacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaata 474  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25464023 agacgaactattgacctttcagccaataacttgtctggagaagtgccattggaattggttcggctggttcaagttcaaacattaaacttatctcacaata 25464122  T
Q  475 atttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcat 574  Q
    |||| |||||||||||||| |||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||| ||| |    
T  25464123 atttcattggaacaataccgaaagagattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgatctttctaataacaagctttgtggtggaattcctcaaagcct 25464222  T
Q  575 ggctctcttaaactttttagaggt-tttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaag 673  Q
    || ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| || |||| ||    
T  25464223 ggttctcttaaacttttt-gagttatttgaatttatcttacaacaattttgatggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgag 25464321  T
Q  674 cttcattgg 682  Q
    || ||||||    
T  25464322 ctacattgg 25464330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 25463667 - 25463938
Alignment:
Q  16 tgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccat 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25463667 tgtggaataataggctatctggtgaagttctagtacacctctctgattggagacaattggaaatcatgaacttgggagaaaatgaattttctggaaccat 25463766  T
Q  116 accaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgttt 215  Q
    |||||| ||| |  ||| | |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  25463767 accaatgaacatgccactatacttagaagtggtcatattgagagcaaaccaatttgaagggaatattccaccacaactattcaatctcacttatttgttt 25463866  T
Q  216 catttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | || || |||  ||| ||||||||||||||||||    
T  25463867 catttggaccttgcacgtaacaaactttcaggatctctgccaaagtgcaactacaacttgactgatatggtt 25463938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 372 - 662
Target Start/End: Original strand, 19394119 - 19394409
Alignment:
Q  372 gatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcaca 471  Q
    ||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  19394119 gataggcgaactgttgacctttcagccaatagcttgtctggagaagtgccattggaattatttcggcttattcaagttcaaacgttaaatctatctcaca 19394218  T
Q  472 ataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagag 571  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||   | |||||| ||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  19394219 ataatttcattggaacaataccgaacacgattggaggcatgaaaaatttggaatctctcgatctttccaataataagttttatggtgaaattcctcaaag 19394318  T
Q  572 catggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    ||||||||||||||||||||| |    ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  19394319 catggctctcttaaactttttgggttatttgaatctatcttacaacaattttgacggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagtttt 19394409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 18116582 - 18116853
Alignment:
Q  16 tgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccat 115  Q
    ||||||||||||| || |||||||| | ||| | | ||||||| ||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18116582 tgtggagtaatagactgtctggtgaggttctagtaaacctctccgattggagacaattgcaattcatgaacttgggagaaaatgaattttctggaaccat 18116681  T
Q  116 accaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgttt 215  Q
    |||| | ||| |  ||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  18116682 accattgaacataccacaatatttagaagtagtcatactgagaggtaaccaatttgaagggagtattccaacacaattattcaatctcactaatttgttt 18116781  T
Q  216 catttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||| | |||||||||||| ||||||||    
T  18116782 catttggaccttgcacataacaaactttcaggatctataacggagtgcatttataacttgactcatatggtt 18116853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 383 - 682
Target Start/End: Original strand, 16678191 - 16678490
Alignment:
Q  383 tattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgatt 482  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |    
T  16678191 tattgacctttcagccaataacttgtctggagaagtgccattggaattgtttcggcttgttcaagtccaaaccttaaacttatctcacaataatttcagt 16678290  T
Q  483 ggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctct 582  Q
    |||| |||||||||   | |||| | ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | ||||||    
T  16678291 ggaaaaataccaaagacgattggtggcatgaaaaatatggaatctctcgacttctctaataataagttttctggtgaaattcctcagagtgcgtctctct 16678390  T
Q  583 taaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagcttcattgg 682  Q
    |||||||||| |    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||| |||| || |||| |||| ||||||    
T  16678391 taaactttttgggttatttgaatttgtcttgcaacaattttgacggaaaaatcccgataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcgagctacattgg 16678490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 420 - 662
Target Start/End: Original strand, 17942972 - 17943214
Alignment:
Q  420 ccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacata 519  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||     |||||| ||||| | |||    
T  17942972 ccattggaattgtttcggcttattcaagttcaaacattgaacttatctcacaataatttgactggaagaattccaaagaccattggaggcatgacaaata 17943071  T
Q  520 tggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataa 619  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  17943072 tggaatctctagatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaattttttgggggtgttgaatttatcttgcaataa 17943171  T
Q  620 ttttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||| ||||| |||||| ||||    
T  17943172 ttttgatggaaaaatcccaattggaactcaacttcaaagtttt 17943214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 372 - 662
Target Start/End: Original strand, 19376592 - 19376882
Alignment:
Q  372 gatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcaca 471  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19376592 gataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaattgccattggaattgtttcaccttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcaca 19376691  T
Q  472 ataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagag 571  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||   |||||  ||||||  ||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  19376692 ataattttgttggaacaataccaaaagatattggatgcatgaagaatatggaatctcttgacctctctagtaataagttttatggtgaaattcctcagac 19376791  T
Q  572 catggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    |||| || |||||| |||||| |    ||||||| |||||| ||| |||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  19376792 catgtctatcttaacctttttgggttatttgaatctatcttacaacaattttgatggaaaaattccaataggaactcaacttcaaagtttt 19376882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 378 - 682
Target Start/End: Original strand, 18147806 - 18148110
Alignment:
Q  378 cgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatt 477  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18147806 cgaactattgacctttcaggcaatagcttgtctggagaattgccattggaattgtttcagcttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaataatt 18147905  T
Q  478 tgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggc 577  Q
    |  ||||||||||||| ||   | |||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  18147906 ttgttggaacaataccgaagacgattggaggcatgaaaaatatgaaatctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcagggcatgtc 18148005  T
Q  578 tctcttaaactttttagaggt-tttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagctt 676  Q
    |||||||| |||||| ||| | |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| || ||| | ||| |||||| |||| || |||| ||||     
T  18148006 tctcttaaccttttt-gagttatttgaatttatcatataataattttgacggaagaatcccgatcggaacacaacttcaaagttttaatgcatcgagcta 18148104  T
Q  677 cattgg 682  Q
    ||||||    
T  18148105 cattgg 18148110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 421 - 686
Target Start/End: Original strand, 19354734 - 19354999
Alignment:
Q  421 cattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatat 520  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || | |||||| ||||||| ||||    
T  19354734 cattggaattgtttcggcttgttcaagttcaaaccttaaacttatctcataataacttgaatggaacaataccaagagagattggaggcatgaaaaatat 19354833  T
Q  521 ggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataat 620  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    |||||||||||||| ||| |||    
T  19354834 ggaatctcttgacctctctagtaataagttttatggtgacattcctcagagcatgtctctcttaacctttttaggttatttgaatttatcttacaacaat 19354933  T
Q  621 tttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagcttcattggaaat 686  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||||| | | ||||||||    
T  19354934 tttgacggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagttttaatgcatcaagttacgttggaaat 19354999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 369 - 682
Target Start/End: Original strand, 18116935 - 18117248
Alignment:
Q  369 ccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctc 468  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||| | |||| |||||||||  || ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  18116935 ccagataggcgaactattgacttttcagctaataacttgtctggaaaagtgccattggaattatttcggcttgttaaagttcaaacattaaacttatctc 18117034  T
Q  469 acaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctca 568  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||   | |||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  18117035 acaataatttcattggaactataccgaagacgattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgatttttctaataataagctttgtggtgaaattcctca 18117134  T
Q  569 gagcatggctctcttaaactttttagaggt-tttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatcc 667  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| | | | |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| |||||| |||| || |    
T  18117135 gagcatgtctctctt-aacttttttgggttatttgaatttatcatacaataattttgacggaaaaatcccaatagcaacgcaacttcaaagttttaatgc 18117233  T
Q  668 atcaagcttcattgg 682  Q
    |||||||| ||||||    
T  18117234 atcaagctacattgg 18117248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 366 - 662
Target Start/End: Original strand, 19415148 - 19415444
Alignment:
Q  366 agtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttat 465  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  19415148 agtccggataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattgcaattatttcgacttgttcaaatacaaacattaaacttat 19415247  T
Q  466 ctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcc 565  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || ||  || |||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |  |||||||||||    
T  19415248 ctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctctagacctctcaaataataagttctacggtgaaattcc 19415347  T
Q  566 tcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    |||||||||| || |||||| |||||| ||   ||| |||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  19415348 tcagagcatgtctttcttaacctttttggattatttaaatttatcttacaacagttttgacggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagtttt 19415444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 378 - 682
Target Start/End: Original strand, 19437934 - 19438238
Alignment:
Q  378 cgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatt 477  Q
    |||| ||||||||||||| | |||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19437934 cgaactattgacctttcagcgaataacttgtctggagaagtgccattggaattttttcagcttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatt 19438033  T
Q  478 tgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggc 577  Q
    |  ||||||||||||| ||   | || ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  19438034 ttgttggaacaataccgaagacgattagaggcatgaaaaatatggaatctctcgatctatctaataacaagttttttggtgaaattcctcaaggcatgtc 19438133  T
Q  578 tctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagcttc 677  Q
    |||||||| |||||| ||   |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| || ||| | ||| |||||| |||| || |||| |||| |    
T  19438134 tctcttaacctttttggattatttgaatttatcatataataattttgacggaagaatcccgatcggaacgcaacttcaaagttttaatgcatcgagctac 19438233  T
Q  678 attgg 682  Q
    |||||    
T  19438234 attgg 19438238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 369 - 682
Target Start/End: Original strand, 19462159 - 19462472
Alignment:
Q  369 ccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctc 468  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||| | |||| |||||||||  || ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  19462159 ccagataggcgaactattgacttttcagctaataacttgtctggaaaagtgccattggaattatttcggcttgttaaagttcaaacattaaacttatctc 19462258  T
Q  469 acaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctca 568  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||   | |||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||     
T  19462259 acaataatttcattggaactataccgaagacgattggaggcatgaaaaatatggaatctctcgatttttctaataataagctttgtggtgaaattcctcg 19462358  T
Q  569 gagcatggctctcttaaactttttagaggt-tttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatcc 667  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| | | | |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| |||||| |||| || |    
T  19462359 gagcatgtctctctt-aacttttttgggttatttgaatttatcatacaataattttgacggaaaaatcccaatagcaacgcaacttcaaagttttaatgc 19462457  T
Q  668 atcaagcttcattgg 682  Q
    |||||||| ||||||    
T  19462458 atcaagctacattgg 19462472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 287
Target Start/End: Original strand, 19461804 - 19462077
Alignment:
Q  16 tgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccat 115  Q
    ||||||||||||| || |||||||| | ||| | | ||||||| |||||||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19461804 tgtggagtaatagactgtctggtgaggttctagtaaacctctccgattggagacgattgcaattcatgaacttgggagaaaatgaattttctggaaccat 19461903  T
Q  116 accaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcata--ctgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgt 213  Q
    |||| | ||| |  ||||| | ||||||||  |||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  19461904 accattgaacataccacaatatttagaagtattcatatactgagaggtaaccaatttgaagggagtattccaacacaattattcaatctcactaatttgt 19462003  T
Q  214 ttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || | ||| | |||||||||||| ||||||||    
T  19462004 ttcatttggaccttgcacataacaaactttcaggatctatgacggagtgcatttataacttgactcatatggtt 19462077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 375 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 17726564 - 17726277
Alignment:
Q  375 agacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaata 474  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |  ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17726564 agacgaactattgacctttcagccaatagcttgtctggtgaagtaacatcggaattatttcggcttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaata 17726465  T
Q  475 atttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcat 574  Q
    |||| |||||||||||||| |||    |||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  17726464 atttcattggaacaataccgaaaacaattggaggcatgaaaaatttggaatctctcgacctctccaacaataatttttctggtgaaattcctcagagcat 17726365  T
Q  575 ggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    | ||   ||| ||||||| |    |||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  17726364 gtcttcgttacactttttgggttatttgaatttatcttacaacaagtttgatggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagtttt 17726277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 375 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 19027793 - 19027506
Alignment:
Q  375 agacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaata 474  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |  ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19027793 agacgaactattgacctttcagccaatagcttgtctggtgaagtaacatcggaattatttcggcttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaata 19027694  T
Q  475 atttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcat 574  Q
    |||| |||||||||||||| |||    |||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  19027693 atttcattggaacaataccgaaaacaattggaggcatgaaaaatttggaatctctcgacctctccaacaataatttttctggtgaaattcctcagagcat 19027594  T
Q  575 ggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    | ||   ||| ||||||| |    |||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  19027593 gtcttcgttacactttttgggttatttgaatttatcttacaacaagtttgatggaaaaatcccaataggaactcaacttcaaagtttt 19027506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 251
Target Start/End: Original strand, 19381509 - 19381745
Alignment:
Q  15 ctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaacca 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||| ||  | || ||||  | || |||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19381509 ctgtggagtaataggctgtctggtgaagttctagcacacctctctgcttcaaaacgattgctattcatgaatttgggagaaaatgaattttctggaacca 19381608  T
Q  115 taccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgtt 214  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19381609 taccaatgaacttatcagaaaacttagaaattgtcatattgagagctaaccaatttgaagggaatattccaccacaattattcaatctctcttatttgtt 19381708  T
Q  215 tcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatct 251  Q
    ||| || ||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  19381709 tcacttagaccttgcacataacaaattttctggatct 19381745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 385 - 585
Target Start/End: Original strand, 18104329 - 18104529
Alignment:
Q  385 ttgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattgg 484  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  18104329 ttgacctttcagctaatagcttgtctggtgaagtgccattggaattgtttcggcttgttcaacttcaaacattgaacttatctcacaataattttattgg 18104428  T
Q  485 aacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctctta 584  Q
    ||||||||| ||   | |||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  18104429 aacaataccgaagacgattggaagcatgaaaaatatggaatctctcgacctctctaataacaagttttttggtgaaattcctcaggacatgactctctta 18104528  T
Q  585 a 585  Q
    |    
T  18104529 a 18104529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 11 - 287
Target Start/End: Original strand, 19376234 - 19376510
Alignment:
Q  11 gaacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcggga 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||| ||  |  |||||| || ||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  19376234 gaacctatggagtaataggctatctggtgaagttctagctcacctctctgcttcaaatcaattgcaattcttgaatttgggagaaaatgaattttctgga 19376333  T
Q  111 accataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatt 210  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||| |  | |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  ||||||    
T  19376334 accataccaatcaagatgtcacaaaacttatatttggtcatattgagagctaataaatttgaagggactattccacaacaactattcaatctctcttatt 19376433  T
Q  211 tgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||  | ||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  19376434 tgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatcttttccacactgcatctacaacttgactaatatggtt 19376510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 18873266 - 18872999
Alignment:
Q  11 gaacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcggga 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||| |||| ||| ||| |  ||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  18873266 gaacctgtggagtaataggctatctggtgaagttcaagatcacctctctgaatggaaacagttgcagatcttgaatttgggagaaaatgaattttctgga 18873167  T
Q  111 accataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatt 210  Q
    | ||||||| |||   | ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||| |||||  || |||    
T  18873166 aacataccattcatgatgtcacaaaacctagaagtagtcatattgagagctaaccaatttgaagggaatatttcaccacaactatttaatctctctaatt 18873067  T
Q  211 tgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgact 278  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || || ||||| |||||||||    
T  18873066 tgtttcacttggaccttgcacataacaaactttcaggatctttgccaaactgtgtctacaacttgact 18872999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 368 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 18872912 - 18872618
Alignment:
Q  368 tccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatct 467  Q
    |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18872912 tccatataggcgaactattgacctttcagccaatcacttgactggagaagtgctattggaattgtttcagcttgttcaagttcaaacattaaacttatct 18872813  T
Q  468 cacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctc 567  Q
    || |||| |||  |||||||||| |||||   | || ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  18872812 cataatagtttcgttggaacaattccaaagacgattagaggcatgaacaatatggaatctctcgatctctctagtaataagttttgtggtgaaattcctc 18872713  T
Q  568 agagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    |||||||| |||| ||| ||||| | |    |||||||||||||| ||| | |||||| |||| ||| ||||| ||| ||||| |||||| ||||    
T  18872712 agagcatgtctctgttacactttatgggttatttgaatttatcttacaacagttttgaaggaaaaattccaattggaactcaacttcaaagtttt 18872618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 369 - 686
Target Start/End: Original strand, 19456264 - 19456581
Alignment:
Q  369 ccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctc 468  Q
    ||||| || |||| |||||||  |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  19456264 ccagaaaggcgaactattgacgattcatccaatagcttgtctggagaagtgccattggaattgtttcggtttgttcaggttcaaacattaaacttatctc 19456363  T
Q  469 acaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctca 568  Q
    ||||||||||  |||| || ||||| ||     ||||||  |||||| ||||||||||||||||  | || || |||||||||| |||||||||||| ||    
T  19456364 acaataatttctttggtaccataccgaagacaattggaggtatgaaaaatatggaatctctcgaattttccaaaaataagttttgtggtgaaattccaca 19456463  T
Q  569 gagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatcca 668  Q
    ||||||| ||||||||| |||||| |    |||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||| |||| | | ||| |||||| |||| |  ||    
T  19456464 gagcatgtctctcttaacctttttgggttatttgaatttatcatacaataattttgacagaaaaatcccgatagcaacgcaacttcaaagttttaacgca 19456563  T
Q  669 tcaagcttcattggaaat 686  Q
    || |||| ||||||||||    
T  19456564 tcgagctacattggaaat 19456581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 90 - 278
Target Start/End: Original strand, 16677901 - 16678089
Alignment:
Q  90 ggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacac 189  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||  ||    
T  16677901 ggagaaaatgaattttctggaaccataccaattaagatgtcacaaaacttagaagttgttatattgagagctaaccattttgaaggaagtattccactac 16678000  T
Q  190 aattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgact 278  Q
    | |||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||    
T  16678001 agttattcaatctctcttctttgtttcatttggatcttgcacataacaaactttcaggatctatgccaaagtacgtctataacttgact 16678089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 17726924 - 17726649
Alignment:
Q  12 aacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaa 111  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||| ||  | | || |||||||||||||||||||| ||||    
T  17726924 aacctatggagtaataggctgtctggtgaagttctaggacacctctctgatttgaaacaattgcaacacattattttgggagaaaatgaattttctggaa 17726825  T
Q  112 ccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttattt 211  Q
     ||||||| |  |  | |||||| |||||||| | |||||| || ||| ||| || ||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||  ||| |||    
T  17726824 acataccagtagagatgtcacaacacttagaaatggtcatattgggaggtaatcattttgaagggcctattcctgcacaactattcaatctctcttcttt 17726725  T
Q  212 gtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||    
T  17726724 gttgcacttggaccttgcacataacaaactttcaggttctatgccaaagtgcgtctacaacttgacagatatggtt 17726649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 278
Target Start/End: Original strand, 17942566 - 17942833
Alignment:
Q  11 gaacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcggga 110  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||   ||||||||||| ||  | || ||||  | || |||  |||||||||||||| ||||  |||    
T  17942566 gaacctatggagtaataggctgtctggtgaagttctaacacacctctctgcttcaaaacgattgttattcatgaatttgggagaaaatgagttttttgga 17942665  T
Q  111 accataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatt 210  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||  | ||||    
T  17942666 accataccaatcagcttatcacaaaacttacaagtggtcatattgagagctaaccaatttgaagggactattccgcaacaactattcaatctctcctatt 17942765  T
Q  211 tgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgact 278  Q
    ||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||| | ||  | |||||||| |||||||||    
T  17942766 tgtttcacttagaccttgcaaataacaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgact 17942833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 19028153 - 19027878
Alignment:
Q  12 aacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaa 111  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||| ||  | | || |||||||||||||||||||| ||||    
T  19028153 aacctatggagtaataggctgtctggtgaagttctaggacacctctctgatttgaaacaattgcaacacattattttgggagaaaatgaattttctggaa 19028054  T
Q  112 ccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttattt 211  Q
     ||||||| |  |  | |||||| |||||||| | |||||| || ||| ||| || ||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||  ||| |||    
T  19028053 acataccagtagagatgtcacaacacttagaaatggtcatattgggaggtaatcattttgaagggcctattcctgcacaactattcaatctctcttcttt 19027954  T
Q  212 gtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||    
T  19027953 gttgcacttggaccttgcacataacaaactttcaggttctatgccaaagtgcgtctacaacttgacagatatggtt 19027878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Original strand, 18165773 - 18166008
Alignment:
Q  16 tgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccat 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |      ||| |||| |||| ||  ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18165773 tgtggagtaataggctatttggtgaagtttcattgcacttctccgatttgaaccaattggaaatcatgaacttgggagaaaatgaattttctggaaccat 18165872  T
Q  116 accaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgttt 215  Q
    ||||||     |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  || ||||||||    
T  18165873 accaattttgatttcacaaaagttagaagtggtcatattgagagctaaccaatttgaagggactattccaccacaaatattcaatctctctaatttgttt 18165972  T
Q  216 catttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatct 251  Q
    || || ||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  18165973 cacttagaccttgcgaataacaaactttcaggatct 18166008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 85 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 14895704 - 14895511
Alignment:
Q  85 tcttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattcc 184  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||   | |||||| ||||| |||| || ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  14895704 tcttgggagaaaatgaattttatggaactataccaaccatgatgtcacaatacttacaagtggttatattgagatctaaccaatttgaagggaatattcc 14895605  T
Q  185 aacacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgact 278  Q
    | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||  ||||||| |||||||||    
T  14895604 accacaattattcaatctcacttctttgtttcatttggaccttgcacacaacaaattttcaggatctttgccgaacagcgtctacaacttgact 14895511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 11 - 287
Target Start/End: Original strand, 19414796 - 19415072
Alignment:
Q  11 gaacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcggga 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||      ||  ||||| |||||  |||||   |||| |||  |||||||||||||||||||  |||    
T  19414796 gaacctgtggagtaataggctatctggtgaagttcctttgtactgctctggttggaagcaattaagagtcatgaatttgggagaaaatgaattttatgga 19414895  T
Q  111 accataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatt 210  Q
    |||||||||||||   | ||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||  || |||    
T  19414896 accataccaatcatgatgtcacagaacttagaagtggtcatattgagagataaccgatttgaagggactattccaccacagctatttaatctctctgatt 19414995  T
Q  211 tgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||  |  ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  19414996 tgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctttgccacacagcgtctacaacttgactcatatggtt 19415072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 63 - 285
Target Start/End: Original strand, 18147494 - 18147716
Alignment:
Q  63 tggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagcta 162  Q
    |||| |||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||||||||||||  ||| |||||| |||||||||    
T  18147494 tggaaacaattggaaatcatgaacttaggagaaaatgaattttctggaaccataccaatcatgatgtcacaaaacttactagtggtcatattgagagcta 18147593  T
Q  163 accaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatg 262  Q
    |  ||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||  |||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||| |  ||||| || || ||    
T  18147594 ataaatttgaagggactattccacaacaactattcaacctctcttatttgattcacttagaccttgcacataacaaactttccgattctatgccaaagtg 18147693  T
Q  263 cgtctataacttgactgatatgg 285  Q
     ||||| ||||||||||||||||    
T  18147694 tgtctacaacttgactgatatgg 18147716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Original strand, 19464970 - 19465205
Alignment:
Q  16 tgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |   ||| ||||| ||| ||  |||||||||  | ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  19464970 tgtggagtaataggctatctggtgaagtttcgttgcacttctctaatttgaaccaattggaaaacatgaacttgggcgaaaatgaattttctggaaccat 19465069  T
Q  116 accaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgttt 215  Q
    ||| |||    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||   |  |||||||    
T  19465070 acctatcttgatttcacaagacttagaagtggtcatattgagagctaaccaatttgaagggactattccaccacaactatttgatctccatattttgttt 19465169  T
Q  216 catttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatct 251  Q
    || || ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  19465170 cacttagaccttgcaaataacaaactttcaggatct 19465205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 68 - 253
Target Start/End: Original strand, 19437627 - 19437812
Alignment:
Q  68 acaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaa 167  Q
    ||||||||||  | ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||  ||    
T  19437627 acaattggaaaccatgaacttaggagaaaatgaattttctggaaccataccaatcatgatgtcacaaaacttaaaagtggtcatattgagagctaataaa 19437726  T
Q  168 tttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctat 253  Q
    |||||||||||||||||   |||| ||||||||||  |||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  19437727 tttgaagggactattccgcaacaactattcaatctctcttatttgattcacttagaccttgcacataacaaactttctggttctat 19437812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 11 - 287
Target Start/End: Original strand, 19393761 - 19394037
Alignment:
Q  11 gaacctgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcggga 110  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||    | ||||||||||||||||||||||| |  || |||  |||||| ||||||||||||| |||    
T  19393761 gaacctatggagtaataagctgtctggtgaagttccattaaacctctctgattggagacaattgcagatcatgaatttgggaaaaaatgaattttctgga 19393860  T
Q  111 accataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatt 210  Q
    | ||||||| |     |  |||||||||||| ||| |||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||  |||| |||||||| |  |||||     
T  19393861 aacataccagttgggatgccacaaaacttagtagtggtcatattgagagccaatcaatttgaaggtactattccacaacaactattcaatatctcttata 19393960  T
Q  211 tgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||| | || || || ||| | |||||||| |||||||||    
T  19393961 tgtttcatttggatcttgcacataataaactttcaggttctgtgccaaagtgtgtcgacaacttgacagatatggtt 19394037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 86 - 251
Target Start/End: Original strand, 18016709 - 18016874
Alignment:
Q  86 cttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattcca 185  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |     | ||||||||||||  ||| |||||| ||||||| ||  |||||||||||| |||||||    
T  18016709 cttgggaaaaaatgaattttctggaaacataccagtagggatgtcacaaaacttaagagtggtcatattgagagccaataaatttgaagggattattcca 18016808  T
Q  186 acacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatct 251  Q
      |||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18016809 cgacaattattcaatctctcttatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatct 18016874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 86 - 251
Target Start/End: Original strand, 19352079 - 19352244
Alignment:
Q  86 cttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattcca 185  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |     | ||||||||||||| ||| |||||| | ||||| ||  |||||||||||| |||||||    
T  19352079 cttgggagaaaatgaattttctggaaacataccggtagggatgtcacaaaacttagtagtggtcatatttagagccaataaatttgaagggattattcca 19352178  T
Q  186 acacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatct 251  Q
      |||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19352179 caacaattattcaatctctcttatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatct 19352244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 86 - 251
Target Start/End: Original strand, 19354402 - 19354567
Alignment:
Q  86 cttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattcca 185  Q
    ||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||  | ||||||  ||||  ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||    
T  19354402 cttgggagctaacgaattttctggaaccataccaatcaaaatgtcacaatccttaacagtggtcatattgagagccaaccaatttgaagggaatatccca 19354501  T
Q  186 acacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatct 251  Q
      |||| |||| |||||  || |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19354502 caacaactatttaatctctctaatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatct 19354567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 90 - 287
Target Start/End: Original strand, 18104037 - 18104234
Alignment:
Q  90 ggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacac 189  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| |     | |||||||||||||||||  ||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||    ||    
T  18104037 ggagaaaatgaattttctggaactataccagtaggtatgtcacaaaacttagaagtgatcatattgagagccaatcaatttgaagggacaattctgcaac 18104136  T
Q  190 aattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    || ||||||||||  |||||||| ||   || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || || || ||||| ||||||||| ||||||||    
T  18104137 aactattcaatctctcttatttgattttcttagaccttgcacataacaaactttccggttctatgccaaagtgtgtctacaacttgactaatatggtt 18104234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 129 - 202
Target Start/End: Original strand, 19439374 - 19439447
Alignment:
Q  129 tcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatct 202  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||    
T  19439374 tcacaaaacttaggagtggtaatattgagagataaccaatttgaaggaactattccacaacaactattcaatct 19439447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #50
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 251
Target Start/End: Original strand, 19439619 - 19439662
Alignment:
Q  208 atttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatct 251  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  19439619 atttgtttcacttggaccttgcacataacaaattttcaggatct 19439662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #51
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 442 - 492
Target Start/End: Original strand, 19428078 - 19428128
Alignment:
Q  442 ttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaatac 492  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  19428078 ttcaagttcaaactttgaacatatctcataataatttgagtggaacaatac 19428128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 675
Target Start/End: Original strand, 6020 - 6679
Alignment:
Q  16 tgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccat 115  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| || || |||  |||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  6020 tgtggagtaataagctgtctggtgaagttctaggacacctctctgattggaaacaattgcaattcatgaatttggaagaaaatgagttttctggaaccat 6119  T
Q  116 accaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgttt 215  Q
    |||||||||| |  ||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  6120 accaatcaacatgccacaatatttagaagttgtcatattaagagctaaccaattcgaagggactattccatcacaattattcaatctctcttatttgttt 6219  T
Q  216 catttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgccagtag 315  Q
    || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||| |||| || |||| | | |||||| | |    ||  || | ||||||    |    
T  6220 cacttggaccttgcacataacaaactctcaggatctatgccaaactgcatctacaatttgagtcaaatggttactttatatgtggatgcattgccttctg 6319  T
Q  316 gtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaattatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctgggga 415  Q
     ||| | |||||||||||||   ||| ||||| |||||  |  |  | |  | |||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||||  |    
T  6320 atacgacaattgagttgtttcaaaaaggtcaagattatatgtatgaagtgcggccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaa 6419  T
Q  416 actgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaa 515  Q
    | || || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||  || |||||| |||||||    
T  6420 agtgtcaatggaattatttcgtcttgttcaagttcaaacattaaatttatctcacaatcattttactggaacaataccaaagatgattggaggcatgaaa 6519  T
Q  516 catatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgca 615  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |    |||||| ||||||||||    
T  6520 aatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagcatgtctcacttaaacttcttgggttatttgaacttatcttgca 6619  T
Q  616 ataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaagct 675  Q
    | |||||| ||||||| || ||||| ||  ||||| |||||| |||| || |||| ||||    
T  6620 acaattttaacggaactataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgcatcgagct 6679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 3487 - 2872
Alignment:
Q  16 tgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccat 115  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| || || |||  |||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  3487 tgtggagtaataagctgtctggtgaagttctaggacacctctctgattggaaacaattgcaattcatgaatttggaagaaaatgagttttctggaaccat 3388  T
Q  116 accaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgttt 215  Q
    |||||||||| |  ||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  3387 accaatcaacatgccacaatatttagaagttgtcatattaagagctaaccaattcgaagggactattccatcacaattattcaatctctcttatttgttt 3288  T
Q  216 catttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgccagtag 315  Q
    || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||| |||| || |||| | | |||||| | |    ||  || | ||||||    |    
T  3287 cacttggaccttgcacataacaaactctcaggatctatgccaaactgcatctacaatttgagtcaaatggttactttatatgtggatgcattgccttctg 3188  T
Q  316 gtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaattatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctgggga 415  Q
     ||| | |||||||||||||   ||| ||||| |||||  |  |  | |  | |||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||||  |    
T  3187 atacgacaattgagttgtttcaaaaaggtcaagattatatgtatgaagtgcgaccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaa 3088  T
Q  416 actgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaa 515  Q
    | || || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||   | |||||| |||||||    
T  3087 agtgtcaatggaattatttcgtcttgttcaagttcaaacattaaatttatctcacaatcattttactggaacaataccaaagacgattggaggcatgaaa 2988  T
Q  516 catatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgca 615  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |    |||||| ||||||||||    
T  2987 aatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaactttttgggttatttgaacttatcttgca 2888  T
Q  616 ataattttgacggaac 631  Q
    | |||||| |||||||    
T  2887 acaattttaacggaac 2872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 3)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 2956 - 2340
Alignment:
Q  16 tgtggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccat 115  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| || || |||  |||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  2956 tgtggagtaataagctgtctggtgaagttctaggacacctctctgattggaaacaattgcaattcatgaatttggaagaaaatgagttttctggaaccat 2857  T
Q  116 accaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgttt 215  Q
    |||||||||| |  ||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2856 accaatcaacatgccacaatatttagaagttgtcatattaagagctaaccaattcgaagggactattccatcacaattattcaatctctcttatttgttt 2757  T
Q  216 catttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggttgcatatgctgacgaggaattgccagtag 315  Q
    || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||| |||| || |||| | | |||||| | |    ||  || | ||||||    |    
T  2756 cacttggaccttgcacataacaaactctcaggatctatgccaaactgcatctacaatttgagtcaaatggttactttatatgtggatgcattgccttctg 2657  T
Q  316 gtaccataattgagttgtttattaaaagtcaaaattatgcggttctaatcagtccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctgggga 415  Q
     ||| | |||||||||||||   ||| ||||| |||||  |  |  | |  | |||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||||  |    
T  2656 atacgacaattgagttgtttcaaaaaggtcaagattatatgtatgaagtgcggccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaa 2557  T
Q  416 actgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaa 515  Q
    | || || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||   | |||||| |||||||    
T  2556 agtgtcaatggaattatttcgtcttgttcaagttcaaacattaaatttatctcacaatcattttactggaacaataccaaagacgattggaggcatgaaa 2457  T
Q  516 catatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggctctcttaaactttttagaggt-tttgaatttatcttgc 614  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |   | |||||| |||||||||    
T  2456 aatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcggagcatgtctcacttaaacttcttgggtttatttgaacttatcttgc 2357  T
Q  615 aataattttgacggaac 631  Q
    || |||||| |||||||    
T  2356 aacaattttaacggaac 2340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 369 - 631
Target Start/End: Original strand, 21552 - 21814
Alignment:
Q  369 ccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctc 468  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||||  || || || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  21552 ccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaaagtgtcaatggaattatttcgtcttgttcaagttcaaacattaaatttatctc 21651  T
Q  469 acaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctca 568  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||   | |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  21652 acaatcattttactggaacaataccaaagacgattggaggcatgaaaaatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcg 21751  T
Q  569 gagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaac 631  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |    |||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  21752 gagcatgtctcacttaaactttttgggttatttgaacttatcttgcaacaattttaacggaac 21814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 87 - 246
Target Start/End: Original strand, 21312 - 21470
Alignment:
Q  87 ttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaa 186  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |  ||||| | |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||     
T  21312 ttgggagaaaatgagttttctggaaccataccaatcaacatgccacaatatttagaagtggtcatattaagagctaaccaattcgaa-ggactattccac 21410  T
Q  187 cacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcag 246  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  21411 cacaattattcaatctctcttatttgtttcacttgaaccttgcacataacaaactctcag 21470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 373 - 686
Target Start/End: Original strand, 8460537 - 8460850
Alignment:
Q  373 atagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaa 472  Q
    |||| |||| ||||||||||||| | |||| ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  8460537 ataggcgaactattgacctttcagctaataacttgtctggagaagtgccgttggaattatttcatcttgtccaagttcaaacattgaacttatctcacaa 8460636  T
Q  473 taatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagc 572  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  || |||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8460637 taatttgattggaacaatacccaagatgattggaggcatgaaatatatggaatcactcgacctctctaataataagttttgtggtgaaattcctcagagc 8460736  T
Q  573 atggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatccatcaa 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| |||| || |||| |    
T  8460737 atggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaaaaatcccaattggaactcaacttcaaagttttaatgcatcga 8460836  T
Q  673 gcttcattggaaat 686  Q
    ||| ||||||||||    
T  8460837 gctacattggaaat 8460850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 253
Target Start/End: Original strand, 8460164 - 8460399
Alignment:
Q  18 tggagtaataggctatctggtgaagctctgggacacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccatac 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || ||   |||||| ||||| || |||||||||| |  | | ||||||||||||| ||||||| |||||||| |    
T  8460164 tggagtaataggctatctggcgaagttccggtggacctctttgatttgaaacaattggaaatgattaacttgggagaaaatcaattttctggaaccattc 8460263  T
Q  118 caatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgtttca 217  Q
    |||| ||| | ||||   | |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||| |||||| | ||  ||  |||||||||    
T  8460264 caatgaacatgtcacggtatttagaagtggtcatattgagagccaaccaatttgaaggcaatattccaccacagttattcgaactccctcttttgtttca 8460363  T
Q  218 tttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctat 253  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8460364 tttggaccttgcacataacaaactttcaggatctat 8460399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 162; Significance: 4e-86; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 378 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 2709597 - 2709332
Alignment:
Q  378 cgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatt 477  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  2709597 cgaactattgacctttcagccaatagcttgtctggagaagtgccattggaattatttcaacttgttcaagttcaatcattgaacttatctcacaataatt 2709498  T
Q  478 tgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcatggc 577  Q
    ||| |||||||||||| ||  || |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2709497 tgactggaacaatacccaagatgattggagacatgaaaaacatggaatctctcgatctctctaacaataaattttttggtgaaattcctcagagcatggc 2709398  T
Q  578 tctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaatagg 643  Q
    | || ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  2709397 tatcataacctatttagaggttttaaatttatcttgcaataattttaatggaaaaatcccaatagg 2709332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 375 - 662
Target Start/End: Original strand, 15536506 - 15536793
Alignment:
Q  375 agacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaata 474  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15536506 agacgaactattgacctttcagccaatagcttgtttggggaactgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaata 15536605  T
Q  475 atttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctcagagcat 574  Q
    ||||  ||||||||||||||||   | |||| | ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  15536606 attttgttggaacaataccaaagacgattggcggcatgataaacatggaatctctcgatctctctaataataagttttatggtgaaattcctcaaaacat 15536705  T
Q  575 ggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaactttt 662  Q
    |  | |||||| |||||| |    ||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||| ||| | ||| |||||| ||||    
T  15536706 gtttgtcttaacctttttgggttatttgaatttatcttgcaataatttcaatggaaaaatcccaattggaacacaacttcaaagtttt 15536793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 90 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 2709897 - 2709700
Alignment:
Q  90 ggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacac 189  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | || ||| | ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2709897 ggagaaaatgaattttctggaactataccaatcaagatgtcgcaagatttgaaagttctcatattgagagctaaccaatttaaagggactattccaacac 2709798  T
Q  190 aattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    |||||||||||||  || | |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| | ||||||||    
T  2709797 aattattcaatctctctaagttgtatcacttggaccttgcacaaaataaactttcaggatctataccagagtgcgtctataacttgagttatatggtt 2709700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 51 - 287
Target Start/End: Original strand, 15536185 - 15536421
Alignment:
Q  51 cacctctctgattggagacaattggaagtcttgatcttgggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtca 150  Q
    |||||||||| || || ||||||| ||  | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||| ||||    
T  15536185 cacctctctgcttcgaaacaattgcaaaccatgaacttgggagaaaatgaattttctggaaccataccaatcatgatgtcacaaaacttagtagtggtca 15536284  T
Q  151 tactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatc 250  Q
    || ||||| | ||  |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15536285 tattgagaaccaataaatttgaagggattattccgccacaattattcaatctctcttatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatc 15536384  T
Q  251 tataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 287  Q
    | ||||  | ||||| || ||||||||| | ||||||    
T  15536385 tttaccacactgcgtgtacaacttgactcaaatggtt 15536421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0271 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0271
Description:

Target: scaffold0271; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 369 - 675
Target Start/End: Original strand, 11468 - 11774
Alignment:
Q  369 ccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctc 468  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||||  || || || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  11468 ccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaaagtgtcaatggaattatttcgtcttgttcaagttcaaacattaaatttatctc 11567  T
Q  469 acaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctca 568  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||   | |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11568 acaatcattttactggaacaataccaaagaagattggaggcatgaaaaatatggagtctctcgatctctctaataataagttttgtggtgaaattcctca 11667  T
Q  569 gagcatggctctcttaaactttttagaggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgatcca 668  Q
    ||||||| ||| ||||||||| || |    |||||| ||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| ||  ||||| |||||| |||| || ||    
T  11668 gagcatgtctcacttaaacttcttgggttatttgaacttatcttgcaacaattttaacggaactataccaatggggactcaacttcaaagttttaatgca 11767  T
Q  669 tcaagct 675  Q
    || ||||    
T  11768 tcgagct 11774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 125; Significance: 5e-64; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 368 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 13665984 - 13665677
Alignment:
Q  368 tccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatct 467  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||| ||| ||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  13665984 tccagatagacgaactattgacctttcagctaatagcttgtttggagaattgccactggaattatttcagcttgttcaagttcaaacattgaacttatct 13665885  T
Q  468 cacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagttttttggtgaaattcctc 567  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||     |  ||||||||||||||| |||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13665884 cacaataatttgactggaacaatacccctgctaattggagacatgaaacttatggaatctttggacttctctaataataagttttttggtgaaattcctc 13665785  T
Q  568 agagcatggctctcttaaactttttaga--ggttttgaatttatcttgcaataattttgacggaacaatcccaataggatctcaaattcaaacttttgat 665  Q
     ||||||| || |||||| |||||| ||     |||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||| |||| ||    
T  13665784 ggagcatgtctatcttaacctttttggaatatatttgaatttatctcacaacaattttgacggaaaaatccctataggaactcaacttcaaagttttaat 13665685  T
Q  666 ccatcaag 673  Q
     |||||||    
T  13665684 gcatcaag 13665677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 90 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13666259 - 13666098
Alignment:
Q  90 ggagaaaatgaattttcgggaaccataccaatcaacttttcacaaaacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacac 189  Q
    |||||||||||||||   ||||||||| |||||    |||||| ||||||  |||| |||||| ||||||  ||  |||||||||| | ||||||  |||    
T  13666259 ggagaaaatgaatttaatggaaccataacaatcttgatttcaccaaactttcaagtggtcatattgagagaaaataaatttgaaggcagtattcccccac 13666160  T
Q  190 aattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaaacaaactttcaggatct 251  Q
    || |||| |||||  |||||||||||||  | ||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  13666159 aactatttaatctctcttatttgtttcacctagaccttgcacatatgaaactttcaggatct 13666098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 467 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 1482585 - 1482502
Alignment:
Q  467 tcacaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctctcgatctctctaataataagtt 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||  ||||||  ||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  1482585 tcacaataatttgattggaacaataccaaaagatattggacgcatgaagaatatggaatctcttgacctctctagtaataagtt 1482502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University