View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12305_high_14 (Length: 363)

Name: NF12305_high_14
Description: NF12305
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12305_high_14
NF12305_high_14
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (1-353)||(13244591-13244943)
chr1 (1-236)||(12963945-12964180)
chr1 (3-314)||(30368180-30368491)
chr1 (3-235)||(13271474-13271706)
chr1 (3-312)||(13100812-13101120)
chr1 (3-314)||(13007009-13007320)
chr1 (3-314)||(13204268-13204579)
chr1 (1-319)||(13080935-13081253)
chr1 (3-244)||(13070248-13070489)
chr1 (3-244)||(13094278-13094519)
chr1 (3-319)||(13085911-13086227)
chr1 (3-244)||(13129707-13129948)
chr1 (3-236)||(19279240-19279473)
chr1 (15-244)||(13161400-13161629)
chr1 (5-186)||(13065287-13065468)
chr1 (157-235)||(13010661-13010739)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (113-202)||(31380253-31380342)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-133)||(36668115-36668235)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (31-190)||(12164206-12164365)
chr7 (31-190)||(12175731-12175890)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 13244591 - 13244943
Alignment:
Q  1 attctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13244591 attctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagctagaggagggattataaa 13244690  T
Q  101 tgtaccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244691 tgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttg 13244790  T
Q  201 ttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagta 300  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13244791 ttatggaagtttcgcatacaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaaacacggcttaaaggtcgaagtcagta 13244890  T
Q  301 aaagatgcatttgatataacaaagttgtaagtgtgatgcatgttgtgtctgtg 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244891 aaagatgcatttgatataacaaagttgtaagtgtgatgcatgttgtgtctgtg 13244943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 12963945 - 12964180
Alignment:
Q  1 attctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  |||||| |    
T  12963945 attctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattataca 12964044  T
Q  101 tgtaccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttg 200  Q
     || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||  | ||    
T  12964045 agtgccatcttataagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgctgctaatgtg 12964144  T
Q  201 ttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcac 236  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  12964145 ttgtggaagtttcacatagaagtggtggaaggtcac 12964180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Original strand, 30368180 - 30368491
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||   |||||| |||    
T  30368180 tctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatg 30368279  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||    
T  30368280 taccatcttacaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgtt 30368379  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 302  Q
     |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |  ||  ||||| ||||| || | ||||| || ||||| || ||| | || | ||||    
T  30368380 atggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctgttgtcctttgaatgaaacatggcttgaacgtcaaggttactaaa 30368479  T
Q  303 agatgcatttga 314  Q
    ||||||||||||    
T  30368480 agatgcatttga 30368491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 13271706 - 13271474
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | ||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  | ||||   |||||| |||    
T  13271706 tctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaaggacaaattatacatg 13271607  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  13271606 taccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagctgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggttgcagcttctgtatt 13271507  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtca 235  Q
     |||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  13271506 atggaagtttcacatacatgtggtggaaggtca 13271474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 13101120 - 13100812
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    |||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| | |||| |||||||   |||||| |||    
T  13101120 tctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatg 13101021  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| || || ||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13101020 taccatcttacaagttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13100922  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 302  Q
       |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| | ||    |||| ||||  ||| |||||| || ||||| |||||| |||||| ||||    
T  13100921 accgaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctataaccccgaagctttcttttgttcttcacatgaaacatggcttgaaggtcaaagtcactaaa 13100822  T
Q  303 agatgcattt 312  Q
    ||||||||||    
T  13100821 agatgcattt 13100812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 13007320 - 13007009
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    |||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| | |||| |||||||   |||||| |||    
T  13007320 tctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatg 13007221  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  13007220 taccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagcagctttgtt 13007121  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 302  Q
        ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| | ||    |||| ||||  ||| |||||| || ||||| |||||  |||||| ||||    
T  13007120 accaaagtttcacataaaggtggtggcaggtcaccctataaccccgaagctttcttttgttcttcacatgaaacatggcttgaaggttaaagtcactaaa 13007021  T
Q  303 agatgcatttga 314  Q
    ||||||||||||    
T  13007020 agatgcatttga 13007009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 3 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 13204579 - 13204268
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    |||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||   |||||| |||    
T  13204579 tctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatg 13204480  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13204479 taccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13204380  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 302  Q
       ||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||| |  |  | |||| ||||  ||| ||||||  | || ||||||||  |||||| ||||    
T  13204379 acagaattttcacataaagatagtggaaggtcaccctgtaaccccaaagatttcttttgttcttcacatgaaatatggtttaaaggttaaagtcactaaa 13204280  T
Q  303 agatgcatttga 314  Q
    ||||||||||||    
T  13204279 agatgcatttga 13204268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Original strand, 13080935 - 13081253
Alignment:
Q  1 attctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||   |||||| |    
T  13080935 attctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattataca 13081034  T
Q  101 tgtaccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttg 200  Q
     || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||| |  |     
T  13081035 agtgccgtcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgcagtt 13081134  T
Q  201 ttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagta 300  Q
    || |  ||||||| |||  ||||||||||||||||| |  |||  |  ||   ||||||| || |||||||| | || ||||| |||||| || |  |||    
T  13081135 ttatttaagtttcacattcaggtggtggaaggtcactcaataattcctagggtttctattctccttcgcatggaacatggctttaaggtcaaaattcgta 13081234  T
Q  301 aaagatgcatttgatataa 319  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13081235 aaagatgcatttgatataa 13081253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Original strand, 13070248 - 13070489
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    |||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||   |||||| |||    
T  13070248 tctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatg 13070347  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    | || ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13070348 ttccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13070447  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaac 244  Q
       |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13070448 acagaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaac 13070489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 13094519 - 13094278
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    ||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||  |||||| |||    
T  13094519 tctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatg 13094420  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || |||| |||||| || |||||| |||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13094419 taccatcttacaagttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatattagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13094320  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaac 244  Q
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13094319 acggaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaac 13094278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 13086227 - 13085911
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  | ||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||  | ||||   ||| |  |||    
T  13086227 tctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcagataaaggacatattttgcatg 13086128  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  13086127 taccatcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaatgaaaatggttgcagctgctatgtt 13086028  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 302  Q
     |||||||||| |||| | || |||||||||||  ||||||| |  |||  |||||||||  | |||||| | || || || || ||| |||| ||||||    
T  13086027 atggaagtttcacatacaagttgtggaaggtcattctgtaactccaagagtttctattgttctccgcatggaacatggattcaaagtcaaagttagtaaa 13085928  T
Q  303 agatgcatttgatataa 319  Q
    ||||| |||||||||||    
T  13085927 agatgaatttgatataa 13085911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 3 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 13129948 - 13129707
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    ||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||  |||||| |||    
T  13129948 tctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatg 13129849  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||  |||| || |||| |||||| || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13129848 taccatcttacaagttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13129749  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaac 244  Q
       |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13129748 acagaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaac 13129707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 19279240 - 19279473
Alignment:
Q  3 tctttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatg 102  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | ||||||  |||||| ||||||||||| |  ||||||   |||||| |||    
T  19279240 tctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcggatagaggacaaattatacatg 19279339  T
Q  103 taccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | || |||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  19279340 taccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtatt 19279439  T
Q  203 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcac 236  Q
     ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  19279440 atggaagtttcgcatacaggtcgtggaaggtcac 19279473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 13161629 - 13161400
Alignment:
Q  15 atgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatgtaccgtcttaca 114  Q
    ||||| |||||| | ||| ||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||  |||||| ||||||| |||||||    
T  13161629 atgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccttcttaca 13161530  T
Q  115 agttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttgtggaagtttcg 214  Q
    |||||||| | |||||  |||| || |||| |||||| || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||  |||||||||     
T  13161529 agttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttca 13161430  T
Q  215 cataaaggtggtggaaggtcaccctgtaac 244  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  13161429 catacaggtggtggaaggtcaccttgtaac 13161400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 186
Target Start/End: Original strand, 13065287 - 13065468
Alignment:
Q  5 tttgtatgcaatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatgta 104  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||   || |||   |||||| |||||    
T  13065287 tttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatcaaaaagcggacaaattatacatgta 13065386  T
Q  105 ccgtcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatgg 186  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | || |||||| | | ||||||| ||||||| ||||    
T  13065387 ccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatatcaccttcgttgaaatgaagatgg 13065468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 13010739 - 13010661
Alignment:
Q  157 aagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtca 235  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||    
T  13010739 aagatcttagtttcattctaatgaagatggtcgcagctgatttgttatggaaatttcgcatacaagtggtggaaggtca 13010661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 113 - 202
Target Start/End: Original strand, 31380253 - 31380342
Alignment:
Q  113 caagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 202  Q
    |||||||||| | |||||| |||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||  ||| |||||||||||    
T  31380253 caagttcatatctttcaatacaggacccggaagttgtattggtaaagatcttagtttcattcaaattaagatgtctgcggcttctttgtt 31380342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 36668235 - 36668115
Alignment:
Q  13 caatgggaaggatgcagcaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatgtaccgtctta 112  Q
    |||| |||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||| | ||   || ||||||||  ||  ||||||| |||||    
T  36668235 caattggaagggtggaggaaatatggggagaagattgcttggaatttaaaccagagaggtgggtttctaagaaaggagggacaattcatgtaccttctta 36668136  T
Q  113 caagttcatagcattcaatgc 133  Q
    ||||||||| || ||||||||    
T  36668135 caagttcattgctttcaatgc 36668115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 12164365 - 12164206
Alignment:
Q  31 aaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagcattcaa 130  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||    | |||||||||  |  |||| || |||||||||||||| || || ||    
T  12164365 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagccagagaggtggatttctcaaaaaggagggatagtttatgttccttcttacaagttcattgcttttaa 12164266  T
Q  131 tgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgc 190  Q
    ||| || || || |||||| | || || ||| | |||||| || | ||||||||||||||    
T  12164265 tgctggaccaaggagttgtttgggtaaggatataagcttcattgagatgaaaatggttgc 12164206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 12175890 - 12175731
Alignment:
Q  31 aaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagcgagaggagggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagcattcaa 130  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||| || || || ||||| ||   || ||||||||| ||  |||| || |||||||||||||| || |||||    
T  12175890 aaatatggggagaagattgtttgaaatttaaaccagagaggtggatttctaagaaaggagggataattcatgttccctcttacaagttcattgctttcaa 12175791  T
Q  131 tgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgc 190  Q
    ||| || || || |||||| | || || ||| | |||||| || | ||||||||||||||    
T  12175790 tgctggaccaaggagttgtttgggtaaggatataagcttcattgagatgaaaatggttgc 12175731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University