View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12307_high_1 (Length: 600)

Name: NF12307_high_1
Description: NF12307
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12307_high_1
NF12307_high_1
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-580)||(30264185-30264764)
chr4 (1-580)||(30287424-30288003)
chr4 (1-498)||(30271079-30271576)
chr4 (1-498)||(30280613-30281110)
chr4 (1-498)||(30304146-30304643)
chr4 (165-341)||(30048547-30048723)
chr4 (165-341)||(30062888-30063064)
chr4 (165-347)||(30032301-30032483)
chr4 (165-329)||(30228686-30228850)
chr4 (165-334)||(30220209-30220378)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (165-272)||(2311381-2311488)
chr7 (166-266)||(29483193-29483293)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (178-323)||(79534-79679)
scaffold0024 (214-320)||(72506-72612)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 580
Target Start/End: Original strand, 30264185 - 30264764
Alignment:
Q  1 ccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264185 ccttcctcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatactccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 30264284  T
Q  101 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264285 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 30264384  T
Q  201 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264385 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 30264484  T
Q  301 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcatagaattcaattg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30264485 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcttgatcatagaattcaattg 30264584  T
Q  401 actcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctcacctatataca 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264585 actcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggatttacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctcacctatataca 30264684  T
Q  501 tggttgcatgcacatgcacatgttaatatttgttatatgatagatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaa 580  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264685 tggttgcatgcatatgcacatgttaatatttgttatatgataaatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaa 30264764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 30288003 - 30287424
Alignment:
Q  1 ccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30288003 ccttcctcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatactccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 30287904  T
Q  101 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287903 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 30287804  T
Q  201 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287803 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 30287704  T
Q  301 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcatagaattcaattg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30287703 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcttgatcatagaattcaattg 30287604  T
Q  401 actcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctcacctatataca 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287603 actcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggatttacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctcacctatataca 30287504  T
Q  501 tggttgcatgcacatgcacatgttaatatttgttatatgatagatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaa 580  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287503 tggttgcatgcatatgcacatgttaatatttgttatatgataaatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaa 30287424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 498
Target Start/End: Original strand, 30271079 - 30271576
Alignment:
Q  1 ccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||| |||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  30271079 ccttcctcaccattccatataggtgttttgtcatctttaagcattgagcttttggctatgctccatccaaaatcagagaaggaattgaaaaaggagaata 30271178  T
Q  101 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30271179 tggttgaaggaaaccacttgaaaaaacctttcttgggagataacaattgtgatggtttgcgtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcagctct 30271278  T
Q  201 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 300  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      |||||| |||||||||||     
T  30271279 ttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcatttcttgttggatat 30271378  T
Q  301 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcatagaattcaattg 400  Q
    || || | ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  30271379 ttaattaaatgtatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcatacaattcaattg 30271478  T
Q  401 actcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctcacctatata 498  Q
    | ||| |||||||||| | |||||| |  | ||||||||  || || |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  30271479 attcacttttagggaatattggaacgtgcatatgatcttcaggcttcacctctacctttttccatttcattttgccatctttgtctctcacctatata 30271576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 30281110 - 30280613
Alignment:
Q  1 ccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||| |||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  30281110 ccttcctcaccattccatataggtgttttgtcatctttaagcattgagcttttggctatgctccatccaaaatcagagaaggaattgaaaaaggagaata 30281011  T
Q  101 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30281010 tggttgaaggaaaccacttgaaaaaacctttcttgggagataacaattgtgatggtttgcgtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcagctct 30280911  T
Q  201 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 300  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      ||||||||||||||||||     
T  30280910 ttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatat 30280811  T
Q  301 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcatagaattcaattg 400  Q
    || || | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  30280810 ttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcatacaattcaattg 30280711  T
Q  401 actcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctcacctatata 498  Q
    | ||| |||||||||| | ||||||||| | ||||||||  || ||  |||||| |||||||||  |||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  30280710 attcacttttagggaatattggaaccttcatatgatcttcaggcttcgcctctatttttttccacatcattttgccatcttgatctctcacctatata 30280613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 498
Target Start/End: Original strand, 30304146 - 30304643
Alignment:
Q  1 ccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||| |||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||| || |||||    
T  30304146 ccttcctcaccattccatataggtgttttgtcatctttaagcattgagcttttggctatgctccatccaaaatcagagaaggaattgaaaaaggggaata 30304245  T
Q  101 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  30304246 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctttcttgggagataacaattgtgatggtttgcgtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcaactct 30304345  T
Q  201 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 300  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      ||||||||||||||||||     
T  30304346 ttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatat 30304445  T
Q  301 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcatagaattcaattg 400  Q
    || || | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  30304446 ttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcatacaattcaattg 30304545  T
Q  401 actcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctcacctatata 498  Q
    | ||| |||||||||| | ||||||||| | ||||||||  || ||  |||||| |||||||||  |||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  30304546 attcacttttagggaatattggaaccttcatatgatcttcaggcttcgcctctatttttttccacatcattttgccatcttgatctctcacctatata 30304643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 165 - 341
Target Start/End: Original strand, 30048547 - 30048723
Alignment:
Q  165 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 264  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30048547 aggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgatgaagtttg 30048646  T
Q  265 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgt 341  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  30048647 aatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgt 30048723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 165 - 341
Target Start/End: Original strand, 30062888 - 30063064
Alignment:
Q  165 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 264  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30062888 aggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgatgaagtttg 30062987  T
Q  265 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgt 341  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  30062988 aatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgt 30063064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 165 - 347
Target Start/End: Original strand, 30032301 - 30032483
Alignment:
Q  165 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 264  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30032301 aggaaaagataaaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccgtcaccaagtgcatgatgaagtttg 30032400  T
Q  265 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttc 347  Q
    |||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  30032401 aatattatggtgcaagcttcattggttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgttctttc 30032483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 165 - 329
Target Start/End: Original strand, 30228686 - 30228850
Alignment:
Q  165 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 264  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30228686 aggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcactcatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgattaagtttg 30228785  T
Q  265 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggttt 329  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  30228786 aatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggttt 30228850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 165 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 30220378 - 30220209
Alignment:
Q  165 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 264  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30220378 aggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttg 30220279  T
Q  265 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtctt 334  Q
    ||||| |  ||      |||||||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30220278 aatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatatttaatcaaatgaatttcccaaaggggtttatctt 30220209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 165 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 2311488 - 2311381
Alignment:
Q  165 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 264  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2311488 aggaaaagacaaaggaagagatggatcatcagcacgttgtagacaagaaagaagtgcacccattagagaataaccatctccaagtgcatggtgaagtttg 2311389  T
Q  265 aatattat 272  Q
    ||||||||    
T  2311388 aatattat 2311381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 266
Target Start/End: Original strand, 29483193 - 29483293
Alignment:
Q  166 ggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttga 265  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||   |||||||||||  ||| ||||| |||| |||||| |||| |||||    
T  29483193 ggaaaggacaaacggagagaaggatcatcagctctttgaaggctcgaaagaatgacacccatgagattgtagccatctccaattgcatggtgaaatttga 29483292  T
Q  266 a 266  Q
    |    
T  29483293 a 29483293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 178 - 323
Target Start/End: Original strand, 79534 - 79679
Alignment:
Q  178 ggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgt 277  Q
    ||||||||||| | ||||||||| |  | ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||      
T  79534 ggaagagaagggttatcagctctttctaaacatgaaagaagtgcacccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtac 79633  T
Q  278 aagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaag 323  Q
     ||| |||||  |||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  79634 cagctgcattttttgttggatatttaataatatgtatctcccaaag 79679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 214 - 320
Target Start/End: Original strand, 72506 - 72612
Alignment:
Q  214 agaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgta 313  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||| |||||  |||||||||| || |||| ||| |    
T  72506 agaagagctcccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtaccagctgcattttttgttggatatttaataatatgaa 72605  T
Q  314 tttccca 320  Q
    |||||||    
T  72606 tttccca 72612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University