View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12311_low_4 (Length: 457)

Name: NF12311_low_4
Description: NF12311
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12311_low_4
NF12311_low_4
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (12-447)||(9922678-9923113)
chr8 (14-447)||(8299882-8300315)
chr8 (12-447)||(41664996-41665432)
chr8 (14-447)||(7924465-7924898)
chr8 (12-396)||(13396465-13396849)
chr8 (12-447)||(32266641-32267074)
chr8 (12-284)||(172180-172452)
chr8 (121-447)||(13879115-13879441)
chr8 (146-447)||(25090598-25090899)
chr8 (296-447)||(17699841-17699992)
chr8 (398-447)||(172667-172716)
chr8 (305-447)||(20824669-20824811)
chr8 (12-106)||(20824373-20824467)
chr8 (166-207)||(13200296-13200337)
chr8 (12-84)||(2170419-2170491)
chr8 (327-447)||(43270844-43270964)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (12-447)||(17720712-17721147)
chr7 (12-447)||(47877060-47877495)
chr7 (14-447)||(4937756-4938189)
chr7 (12-447)||(235066-235500)
chr7 (12-447)||(11276876-11277315)
chr7 (12-447)||(29968052-29968486)
chr7 (12-321)||(37919621-37919930)
chr7 (251-447)||(31422918-31423114)
chr7 (170-245)||(4077510-4077585)
chr7 (184-218)||(27854299-27854333)
chr7 (255-447)||(37255078-37255270)
chr7 (170-245)||(34231934-34232009)
chr7 (183-243)||(17055777-17055837)
chr7 (69-105)||(39931537-39931573)
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (12-447)||(31641588-31642023)
chr5 (12-447)||(28535303-28535738)
chr5 (12-447)||(35983419-35983854)
chr5 (12-447)||(30731942-30732377)
chr5 (12-447)||(12825276-12825711)
chr5 (14-447)||(42513799-42514232)
chr5 (12-447)||(42928208-42928643)
chr5 (12-447)||(23238461-23238895)
chr5 (12-447)||(27116801-27117224)
chr5 (121-447)||(27795669-27795996)
chr5 (149-425)||(33169872-33170148)
chr5 (305-445)||(8299812-8299952)
chr5 (305-447)||(10777154-10777296)
chr5 (305-447)||(25857052-25857194)
chr5 (12-106)||(8300151-8300245)
chr5 (183-229)||(24408176-24408222)
chr5 (170-245)||(20208549-20208624)
chr5 (21-84)||(26072978-26073041)
chr5 (149-219)||(18089617-18089687)
chr5 (12-106)||(25857393-25857487)
chr5 (12-106)||(27767119-27767213)
chr5 (12-106)||(33385343-33385437)
chr5 (184-240)||(32018631-32018687)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (12-447)||(34332443-34332878)
chr3 (14-447)||(2364356-2364789)
chr3 (14-447)||(10323199-10323632)
chr3 (12-447)||(19919857-19920292)
chr3 (12-370)||(40930244-40930591)
chr3 (14-260)||(7312855-7313101)
chr3 (55-235)||(7032426-7032606)
chr3 (146-447)||(48569667-48569968)
chr3 (183-447)||(17097505-17097768)
chr3 (183-447)||(15312829-15313094)
chr3 (149-444)||(962794-963089)
chr3 (327-447)||(3141243-3141363)
chr3 (21-99)||(20532025-20532103)
chr3 (178-243)||(31547614-31547679)
chr3 (170-245)||(26846102-26846177)
chr3 (170-245)||(47537503-47537578)
chr3 (12-106)||(29523714-29523808)
chr3 (11-84)||(12342217-12342290)
chr3 (14-51)||(15312662-15312699)
chr3 (256-405)||(20531720-20531869)
chr3 (327-447)||(12341883-12342003)
chr3 (183-243)||(44888152-44888212)
chr3 (170-218)||(50544459-50544507)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (12-447)||(11908733-11909168)
chr1 (14-447)||(6050682-6051115)
chr1 (14-447)||(35541128-35541561)
chr1 (12-153)||(51052557-51052698)
chr1 (121-423)||(47622729-47623031)
chr1 (183-387)||(2491460-2491664)
chr1 (327-447)||(43388757-43388877)
chr1 (183-229)||(22191627-22191673)
chr1 (12-106)||(16917778-16917872)
chr1 (183-228)||(3073998-3074043)
chr1 (183-243)||(21405086-21405146)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (14-447)||(105471-105904)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (14-447)||(23642219-23642652)
chr4 (12-447)||(19755344-19755779)
chr4 (12-447)||(19784027-19784462)
chr4 (12-445)||(15740298-15740730)
chr4 (12-447)||(1828168-1828603)
chr4 (14-447)||(47418883-47419316)
chr4 (12-285)||(47685685-47685958)
chr4 (121-447)||(54482787-54483113)
chr4 (12-195)||(7403990-7404177)
chr4 (147-447)||(48312307-48312606)
chr4 (119-447)||(2821662-2821993)
chr4 (385-447)||(23647877-23647939)
chr4 (251-448)||(55725333-55725530)
chr4 (14-135)||(13270831-13270952)
chr4 (283-447)||(5789720-5789884)
chr4 (335-447)||(19735363-19735475)
chr4 (335-445)||(46146076-46146187)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (12-447)||(3329-3764)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (12-444)||(24767060-24767487)
chr6 (12-321)||(2553714-2554023)
chr6 (12-307)||(21168276-21168570)
chr6 (12-423)||(15958465-15958876)
chr6 (12-139)||(18651170-18651297)
chr6 (46-447)||(14372619-14373020)
chr6 (374-447)||(2554045-2554118)
chr6 (183-429)||(33185683-33185929)
chr6 (344-447)||(20882661-20882764)
chr6 (305-447)||(17573284-17573426)
chr6 (305-447)||(17605962-17606104)
chr6 (335-447)||(13938119-13938231)
chr6 (296-447)||(10576878-10577029)
chr6 (149-229)||(13937914-13937994)
chr6 (170-245)||(649896-649971)
chr6 (183-218)||(26513972-26514007)
chr6 (305-447)||(21629735-21629877)
chr6 (21-105)||(33185522-33185606)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (12-279)||(41207093-41207360)
chr2 (46-447)||(28252831-28253232)
chr2 (146-422)||(40176879-40177155)
chr2 (251-447)||(12645852-12646048)
chr2 (12-125)||(4552246-4552359)
chr2 (167-217)||(44547706-44547756)
chr2 (197-354)||(17764680-17764836)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (12-93)||(11187-11268)
[»] scaffold0179 (2 HSPs)
scaffold0179 (170-245)||(7763-7838)
scaffold0179 (170-245)||(12697-12772)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 9922678 - 9923113
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  9922678 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaaaacccatcatc 9922777  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9922778 ctgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgttagtaataaagccctagactcctctaccaactcttcctcccaagcc 9922877  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9922878 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccaccgacatccacccccaacaagaacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 9922977  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9922978 ggcgactaaaccattcacacaatggaacatctccacaccaacaatcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccaccctcctcctaacacaagaccc 9923077  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9923078 aaaccaaccctctccaccctcacctatcccatctct 9923113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Original strand, 8299882 - 8300315
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| || || ||||| || |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  8299882 acctgtttatgccaaattaagtccaaattatggtgtaattggggctactcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 8299981  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8299982 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 8300081  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||| ||||||| |||||    
T  8300082 caaccgccgacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagacaagtcaaaaagg 8300181  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    || ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8300182 cgcctaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 8300281  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  8300282 accatccctcgccaccctcacctatcccatctct 8300315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 41665432 - 41664996
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |  |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||  || ||||| ||| | ||    
T  41665432 gaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagaccccacatacagaatacccaccctc 41665333  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     | | | ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41665332 ctaattaggtaaccaaagtcatctgtctgtcactgattcctgtaaagaaactgttagtaataaaaccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 41665233  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||| | |||| ||| |||||||| |||    
T  41665232 cacaaccgcctacgccaccgcaacacctccccacccacatccacccccaacaagaacatattcctaactgaaattgatctgttaacattcaagtcaaaaa 41665133  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgcc-aaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacc 410  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||  || |||| ||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||    
T  41665132 ggcgcctaaaccggtcacacaaaggaacatctctgcaccaacgatcacgccaaaaaatcagtgtctgcaccatctcccaccctcctcctaacacacgtcc 41665033  T
Q  411 caaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  41665032 caaaccaaccctctccaccctcacatatcccatctct 41664996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Original strand, 7924465 - 7924898
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  7924465 acctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 7924564  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  |||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7924565 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 7924664  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  7924665 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaagg 7924764  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    ||  |||||||  |||| |  || ||||||||||||||||| || |||| |||||| || | ||| || | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7924765 cgcataaaccggacacaaagagggacatctccacaccaacaatcacgcccaaaatcagtatgtgccccatgtcccactctcctcgtaacacaagacccaa 7924864  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  7924865 accatccctctccaccctcacgtatcccatctct 7924898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 396
Target Start/End: Original strand, 13396465 - 13396849
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||  |  |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||| ||| | ||    
T  13396465 gaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagaccccacgtacagaatacccaccctc 13396564  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13396565 ctgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaattgttagtaataaaaccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 13396664  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||| |||||| ||| |||||||| |||    
T  13396665 cacaaccgcctacgccaccgcaacgcctccccacccacatccacccccaacaagaacatattcctaactgaaattgatttgttaacattcaagtcaaaaa 13396764  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcct 396  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||  || |||||||||||  | |||||||| |||||||| |||||    
T  13396765 ggcgcctaaaccggtcacacagtggaacatctccgcaccaacgatcacgccaaaaatcaatgtctgcaccatctcccaccctcct 13396849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 32266641 - 32267074
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||| || || ||||  ||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  32266641 gaacctgtttatgccaaattaactccaaattatggtgtaactgtggttgctcttgtgaagtcagcat--cataggctccacgtacagaatacccatcatc 32266738  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  32266739 atgattaggtacccaaagccatctgtctgacactgattcctgcaaagaaactgttagcaataaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaggcc 32266838  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||| | | ||| ||||| ||||||| |||||  ||| |||||||| |||    
T  32266839 cacaacctcctacgccaccgcaacgcctccccacccacatccaccccgaacaagaaaaagtttctaacggagattgatttgtgaacactcaagtcaaaaa 32266938  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    | ||    |||||  |||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||| || || ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  32266939 gacgctctaaccgagcacacagtggaacatctccgcaccaacaataccgccaaaaatcagtatccgcaccatctcccaccttcctcctaacacaagaccc 32267038  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32267039 aaaccacccctctccaccctcacctatcccatctct 32267074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 172180 - 172452
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  172180 gaacctgtttatgccaaattaagtccattttatggtgtaactggttctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatc 172279  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     | | | |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||| || |||||||||||||||  |||||||| |||    
T  172280 attattaggtaaccatagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactattagtaacaaagccctacactcctctaccaacttctcctcccaggcc 172379  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagaga 284  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| || || | |||| |||||||| ||||    
T  172380 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccaccctcagcaggaacatattcctaactgaga 172452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 121 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 13879441 - 13879115
Alignment:
Q  121 taaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgc 220  Q
    |||||| | ||||||||| || || ||||||||||| || |||| ||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||     
T  13879441 taaccacacccatctatcagtaacggattcctgcaaagagactgttagtaataaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccacacccataaccgg 13879342  T
Q  221 ctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaa 320  Q
    | |||||||  | ||||  ||||||   | |||||||| |||||| |||||||||| || | ||||| ||| |  | ||  ||||||||||| || ||||    
T  13879341 cgacgccactgccacgctcccccaccatcctccaccccgaacaagaacatgttcctcaccgtgattgatttatcgatagctaagtcataaagacgcctaa 13879242  T
Q  321 accgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaacc 420  Q
    | || |||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || ||  | || ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||    
T  13879241 agcgctcacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcagtatcagcttcatcccccaccctcctcctaacacaatccacaaaccaacc 13879142  T
Q  421 ctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||    
T  13879141 ctctccaccctcgcctatcccatctct 13879115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 447
Target Start/End: Original strand, 25090598 - 25090899
Alignment:
Q  146 gattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||||||||| || ||||||||||||| |  ||||||||  || | || || | |||||||  | ||||  ||||||    
T  25090598 gattcctgcaaagagactgttagtaataaagccctacactcctctaccaatttctcctcccacaccaataaacggcgacgccactgccacgctcccccac 25090697  T
Q  246 tgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctcc 345  Q
       | ||||||||||||||| |||||||||| || | ||||| ||| ||    || |||||| |||| || ||||| || |||||||| ||||||   ||    
T  25090698 catcctccacccccaacaagaacatgttcctcaccgtgattgatttattggtggttaagtcaaaaagtcgcctaaagcgctcacacaacggaacactacc 25090797  T
Q  346 acaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatct 445  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || ||||| || || ||||| |||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  25090798 acaccaacaatctcgccaaaaatcagtatctgctccatcccccaccctcctcctaacacaatccgtaaaccaaccctttccaccctcgcctatcccatct 25090897  T
Q  446 ct 447  Q
    ||    
T  25090898 ct 25090899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 296 - 447
Target Start/End: Original strand, 17699841 - 17699992
Alignment:
Q  296 acagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcc 395  Q
    ||||| || |||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| ||||    
T  17699841 acagttaaatcataaagccgcctaaaacgcacacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcagtatcggctccatcccccaccctcc 17699940  T
Q  396 tcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  17699941 tcctaacacaacctgcaaaccagccctccccaccctcacctatcccatctct 17699992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 398 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 172716 - 172667
Alignment:
Q  398 ctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  172716 ctaacacaagacccaaaccatccctctccaccctcacctatcccatctct 172667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 447
Target Start/End: Original strand, 20824669 - 20824811
Alignment:
Q  305 tcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacac 404  Q
    |||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||    
T  20824669 tcataaagccgcctaaaacgcacacacaacggaacactaccacaccaacaatcacgccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcctcctaacac 20824768  T
Q  405 aagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||     |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  20824769 aacctgaaaaccagccctccccaccctcacctatcccatctct 20824811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 106
Target Start/End: Original strand, 20824373 - 20824467
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacca 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||| || | ||||||||||| || |||||| || ||| |||| | |||||||    
T  20824373 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcatatgcaccatgaacagtataacca 20824467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 207
Target Start/End: Original strand, 13200296 - 13200337
Alignment:
Q  166 tagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctccca 207  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  13200296 tagtaataaatccatacactcctctaccaactcctcctccca 13200337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 12 - 84
Target Start/End: Original strand, 2170419 - 2170491
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcata 84  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||| |  ||||| || | ||||||||||| |||||||||    
T  2170419 gaacctgtttatgccagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacatgtcata 2170491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 327 - 447
Target Start/End: Original strand, 43270844 - 43270964
Alignment:
Q  327 cacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctcc 426  Q
    ||||||| ||||||   ||||||||||| ||  |||||||||| || || || || || || || |||||||||||||||    ||||||| ||||| ||    
T  43270844 cacacaacggaacactaccacaccaacagtctggccaaaaatcggtatcggctccatcccctaccctcctcctaacacaacctgcaaaccagccctcccc 43270943  T
Q  427 accatcacctatcccatctct 447  Q
    ||| || ||||||||||||||    
T  43270944 accctcgcctatcccatctct 43270964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 17720712 - 17721147
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17720712 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaatacccatcatc 17720811  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17720812 ctgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgttagtaataaagccntaaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 17720911  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17720912 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccaccgacatccacccccaacaagatcatgttcctaacagagattagtttgttcacagtcaagtcataaa 17721011  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17721012 ggcgactaaaccgttcacacaatgaaacatctccacaccaacaatcccaccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccaccctcctcctaacacaagaccc 17721111  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17721112 aaaccaaccctctccaccctcacctatcccatctct 17721147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 47877060 - 47877495
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||| ||||    
T  47877060 gaacctgtttatgccaaattaactccctattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcataaactccacgtacataatacccaccatc 47877159  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47877160 ctgattaggtaaccaaagtcatctgtctgtcactgattcctgcaaggaaactgttagtaataaaaccccacactcctctaccaactcttcctcccaagcc 47877259  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  47877260 cacaaccgcctacgccaccgcaacgcctccccacccacgtccacccccaacaagaacatattcctaactgagattgatttgttaacagtcaagtcataaa 47877359  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||||||||| || || |||| |||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||    
T  47877360 ggcgactaaaacggtcgcacagtggaacatctccgcaccaacgatcacgccaaaaatctgtttatgcaccgtctcccaccctcatcctaacacacgtccc 47877459  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| || |||||||| || ||||||||||||||    
T  47877460 aaaccatccatctccaccctcgcctatcccatctct 47877495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4938189 - 4937756
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  4938189 acctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 4938090  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  |||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4938089 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 4937990  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  4937989 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaagg 4937890  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    || ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4937889 cgcctaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 4937790  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4937789 accatccctctccaccctcacctatcccatctct 4937756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 235500 - 235066
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||    
T  235500 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcaacatgtcatagactccacgtacagaatacccaccatc 235401  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  235400 ctgatttggtaaccaaagtcatctatctgtcactgattcctgtaaggaaactgttagtaataaaaccctacactcctctaccaacttttcctcccaagcc 235301  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||| |||  |||||||| ||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||| ||| |||| ||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  235300 cacaatcgctgacgccaccgcaacgcctccccacccacgtcca-ccccaacaagaacatattcataactgagattgatttgttaacagccaagtcataaa 235202  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| | || || ||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  235201 ggcgactaaaacggtcacacagtggaacatctccgcaccaacgatcacgccaaaaatctgtttttgtactgtctcccaccctcctcctaacacacgtccc 235102  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||| || ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  235101 aaatcagccctctccaccctcgcctatcccatctct 235066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 11277315 - 11276876
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  || || ||||| || || |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| || || || ||||||||    
T  11277315 gaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtgatgtcagcatatcatagactccacgtacagagtacccatcatc 11277216  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11277215 atgattaggtacccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagcaataaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 11277116  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||  ||| |||||||| |||    
T  11277115 cacaaccgcctacgccaccgcaacgcctccccacccacatccacccccaacaagaacatattcctaactgagattgatttgtctacattcaagtcaaaaa 11277016  T
Q  312 g----gcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaag 407  Q
    |     || | ||||||  |||||| |||||||||||| |||||||  || | ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  11277015 gacgcacgcccaaaccgggcacacagtggaacatctccgcaccaacgatcacaccaaaaatcggtatctgcaccatctcccaccctcctcctaacacaag 11276916  T
Q  408 acccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11276915 acccaaaccacccctctccaccctcacctatcccatctct 11276876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 29968052 - 29968486
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||   | || ||||| || || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||    
T  29968052 gaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggttgctcctgtgatgtcagcatatcataggctccacgtacagagta-ccatcatc 29968150  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  29968151 atgattaggtacccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagcaataaagccctacactcctctaccaattcctcctctcaagcc 29968250  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    || |||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||||| |||||  ||| |||||||| |||    
T  29968251 cataacctcctacgccaccgcaacgcctccccacccacatccacccccaacaagaaaaagtttctaacggagattgatttgtgaacactcaagtcaaaaa 29968350  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    | |  | ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| || || ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  29968351 gactcccaaaccgagcacacaatggaacatctccgcaccaacaattccgccaaaaatcggtatccgcaccatctcccaccttcctcctaacacaagaccc 29968450  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29968451 aaatcatccctctccaccctcacctatcccatctct 29968486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 321
Target Start/End: Original strand, 37919621 - 37919930
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||  |  |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||| ||| | ||    
T  37919621 gaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatatactccacgcacagaatacccaccctc 37919720  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||  | ||||| |||| |||| | | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |  || |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  37919721 ctgtttaggtaatcaaagccatatgtttgtcactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaaactctacactcctctaccaacttctcctcccaagcc 37919820  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||||  |||||||||||||||||| |||| || ||||| || |||| ||| || ||| |||||||| |||    
T  37919821 cacaaccgcctacgccaccgcaacacccccccacccacatccacccccaacaagaacatatttctaactgaaattgattttttaacattcaagtcaaaaa 37919920  T
Q  312 ggcgactaaa 321  Q
    |||| |||||    
T  37919921 ggcgcctaaa 37919930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 447
Target Start/End: Original strand, 31422918 - 31423114
Alignment:
Q  251 tccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatct-ccacac 349  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| || | ||||  ||| || ||||  |||||||| || || ||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||    
T  31422918 tccacccccaacaagagcatgttcctcactgtgattactttattgacagctaagtcatatagccgcctaaatcgctcacacaacggaac-tctaccacac 31423016  T
Q  350 caacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||    || ||  |||| |||||||||||||||  | ||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  31423017 caacaatctcgccaaaaatccgtttcaattccatcctccaccctcctcctaacacaacccgcaaaccatccctccccaccctcgcctatcccatctct 31423114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Original strand, 4077510 - 4077585
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||| || ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||    
T  4077510 aataaagccctacactcctctaactcctcttcctcccaagcccacaacctcctcctccacttccacgcctccccac 4077585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 184 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 27854333 - 27854299
Alignment:
Q  184 ctcctctaccaactcttcctcccaagcccacaacc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27854333 ctcctctaccaactcttcctcccaagcccacaacc 27854299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 255 - 447
Target Start/End: Original strand, 37255078 - 37255270
Alignment:
Q  255 cccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaaca 354  Q
    ||||||||||| |||||||||| || | ||||  ||| || ||||  || ||||| || || ||||| || |||||||  ||||||   || ||||||||    
T  37255078 cccccaacaagaacatgttcctcaccgtgattactttattgacagctaaatcatatagccgcctaaagcgctcacacagcggaacactaccgcaccaaca 37255177  T
Q  355 ctcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
     || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||||  | ||||||||| |||  |||| || |||||| |||||||    
T  37255178 atctcgccaaaaatcggtttcggctccatcccccaccctcctcctaacacaacccgcaaaccaactctcctcaccctcgcctatctcatctct 37255270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Original strand, 34231934 - 34232009
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||| ||| || ||||||||| |  ||| |||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  34231934 aataaggccctacactcctctaactcctcctcctcccaggcccacaacctcctactccacttcaacgcctccccac 34232009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 243
Target Start/End: Original strand, 17055777 - 17055837
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctcccc 243  Q
    ||||| ||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  17055777 actcccctaacaactcctcctctcatgcccacaaccgcctacgccactgccacgcctcccc 17055837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 69 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 39931573 - 39931537
Alignment:
Q  69 atgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacc 105  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  39931573 atgtcagcatgtcatagacaccacgaacggaataacc 39931537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 31641588 - 31642023
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  31641588 gaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatatgctccacgaacggaatatccatcatc 31641687  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641688 ctgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgttagtaataaagccctaaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 31641787  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641788 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccaccgacctccacccccatcaagaacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 31641887  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31641888 ggcgactaaaccggtcacacaaaggaacatttccacaccaacaatcccgccaaaaatctgtatctgcaccgtctcccaccctcctcctaacacaagaccc 31641987  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31641988 aaaccaaccctctccaccctcacctatcccatctct 31642023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 28535738 - 28535303
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || || || | | ||||    
T  28535738 gaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtcataggctccatgtacagagtacctaccatc 28535639  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28535638 ctgagttggtaaccaaagccatctatctgtcattgattcctgcaatgaaactgttagtaataaagccctaaactcctctaccaactcttcctctcaagcc 28535539  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28535538 cacaaccacctacgccacctcaacgcctccccaccgacatccacccccaacaagaacatattcctaacagagattggattgttcacagtcaagtcataaa 28535439  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28535438 ggcgactaaaacggtcacacaaaggaacatctccacaccaacaatcccgccaaaaatctgtttctacaccgtctcccaccctcctcctaacacaagaccc 28535339  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28535338 aaaccaaccctctccaccctcacctatcccatctct 28535303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 35983854 - 35983419
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||| ||||    
T  35983854 gaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgtacagagtacccaccatc 35983755  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  35983754 ctgatttggtaaccaaagctatctatctgtcactgattcctgtaatgaaactgttagtaataaagccctaaactcctctaccaactcctcctcctaagcc 35983655  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35983654 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccaccctcatccacccccaacaagaacatattcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcatata 35983555  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||||||||| || |||||||  |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  35983554 ggcgactaaaacggtcacacataggaacatctccacacctacaatcacgccaaaaatccgtttctgcaccgtctcccaccctcctcctaacacaagatcc 35983455  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35983454 aaaccaaccctctccaccgtcacctatcccatctct 35983419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 30732377 - 30731942
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  30732377 gaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatc 30732278  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30732277 atgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 30732178  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||   ||||||||||| |||    
T  30732177 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgagcagtcaagtcaaaaa 30732078  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||| ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||    
T  30732077 ggcgtctaaaccggacacacagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgcaccatctcccaccctcctcctaacacatgtccc 30731978  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30731977 aaaccaaccctctccaccctcacctatcccatctct 30731942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 12825276 - 12825711
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||| ||||||||    
T  12825276 gaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtgcagaatacccatcatc 12825375  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| || |||||||||    
T  12825376 atgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcatcccaagcc 12825475  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||    
T  12825476 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaa 12825575  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||    
T  12825576 ggcgcctaaaccggacacacaaaggaacatctccactccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgcaccatctcccaccctcctcctaacacatgtccc 12825675  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12825676 aaaccaaccctctccaccctcacctatcccatctct 12825711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Original strand, 42513799 - 42514232
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  42513799 acctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 42513898  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  |||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42513899 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 42513998  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||  | | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  42513999 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccccccacatccacccccagaaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaagg 42514098  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    || ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42514099 cgcctaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccagaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 42514198  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42514199 accatccctctccaccctcacctatcccatctct 42514232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 42928208 - 42928643
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||  ||| ||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||    
T  42928208 gaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactggggctgttcctgcgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccaccatc 42928307  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42928308 ctgatttggtaaccacaaccatctatctgtcactgattcctgtaaaaaaacggtaagtaataaaaccctacactcctctaccaactcttcctcccaagcc 42928407  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||||||||  |||||| || |||||||| |||| |||||||| | ||||| ||| || |||| ||||||||| |    
T  42928408 cacaaccgccgacgccactgcaacgcctccccacccacatccgcctccaacaagaacatattcctaactgtgattgatttattaacagccaagtcatata 42928507  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||||||||| || ||||||   |||||||| || |||||||| || ||| |||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| ||| | |||    
T  42928508 ggcgactaaaacggtcacacctcggaacatcaccgcaccaacaatcacgctaaaaatctgtttcagcaccgtcacccaccctcctcctaaaacacgcccc 42928607  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42928608 aaaccagccctctccaccctcacctatcccatctct 42928643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 23238461 - 23238895
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||  || || ||||| || || |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||| || || || ||||||||    
T  23238461 gaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtgatgttagcatatcatagactccacgtacagagtacccatcatc 23238560  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||  |||    
T  23238561 atgattaggtacccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagcaataaagccctacactcctctaccaactcctcctccctggcc 23238660  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| ||| |||||| |||| |||||||| ||||||| |||||  ||| |||||||| |||    
T  23238661 cacaacctcctacgccaccgcaacgcctccccacccaaatcca-ccctaacaagaacatattcctaacggagattgatttgtgtacactcaagtcaaaaa 23238759  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    | || | ||||||  |||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||||||| || || | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23238760 gacgcccaaaccgggcacacagtggaacatctccgcaccaacgatcacgccaaaaatcggtatccgtaccatctcccaccctcctcctaacacaagaccc 23238859  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23238860 aaaccacccctctccaccctcacctatcccatctct 23238895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 27117224 - 27116801
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  27117224 gaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggatctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatc 27117125  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     | | | |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||| | |||||||| |||    
T  27117124 attattaggtaaccatagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaacccctcctcccaggcc 27117025  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| |||| || ||  |  |||| ||||||| |||    
T  27117024 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctctccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagactgattgatgaacagacaagtcaaaaa 27116925  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||            ||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27116924 ggcgcctaaaccggacacacaaaggaacatctcca------------cgccaaaaatcagtatctacaccatctcccaccctcctcctaacacaagaccc 27116837  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  27116836 aaaccatccccctccaccctcacctatcccatctct 27116801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 121 - 447
Target Start/End: Original strand, 27795669 - 27795996
Alignment:
Q  121 taaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgc 220  Q
    |||||| | ||||||||| || || ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||  |||| || ||     
T  27795669 taaccacacccatctatcagtaacggattcctccaaagaaactgttagtaataaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccacacccataatcgg 27795768  T
Q  221 ctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaa 320  Q
    | |||||||  | ||||  ||||||   | |||||||| |||||| ||||||||||  | | ||||| ||| |  | ||  ||||||||||| || ||||    
T  27795769 cgacgccactgccacgctcccccaccatcctccacccctaacaagaacatgttcctcgccgtgattgatttatggatagctaagtcataaagacgcctaa 27795868  T
Q  321 accgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaacc 420  Q
    | || |||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||    
T  27795869 agcgctcacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcagtatcagctccatcccccaccctcctcctaacacaatccacaaaccaacc 27795968  T
Q  421 ctctccaccatcac-ctatcccatctct 447  Q
    ||||||||| || | |||||||||||||    
T  27795969 ctctccaccctcgcgctatcccatctct 27795996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 149 - 425
Target Start/End: Original strand, 33169872 - 33170148
Alignment:
Q  149 tcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactga 248  Q
    |||||||| | |||||  ||||||||  || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |  ||||||  | ||||| ||||||  |    
T  33169872 tcctgcaaagtaactgtaagtaataattccctacactcctctaccaactcgtcctcccaaacccacaagcggcgtcgccactgccacgcccccccaccaa 33169971  T
Q  249 catccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccaca 348  Q
    | ||||  ||||||  | ||||||||||||| | ||    |||||| || ||||| ||| |||| || ||||| ||  |||| || ||||||| ||||||    
T  33169972 cctccaaacccaactggaacatgttcctaaccgtgacaactttgttgactgtcaaatcaaaaagccgtctaaatcgcacacaaaacggaacatttccaca 33170071  T
Q  349 ccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctc 425  Q
    |||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||    ||||||||||  ||  |||||||||||||||    
T  33170072 ccaacaatcacgccaaaagtcagtctcagcaccgtctcccacctgtctcctaacacctgatgcaaaccaaccctctc 33170148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 305 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 8299952 - 8299812
Alignment:
Q  305 tcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacac 404  Q
    |||||||| || ||||| ||  ||||||||||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||    
T  8299952 tcataaagccgcctaaaacgcacacacaatggaacactgccacaccaacaatcgcgccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcctcctaacac 8299853  T
Q  405 aagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatct 445  Q
    ||     |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  8299852 aacctgaaaaccatccctccccaccctcacctatcccatct 8299812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 447
Target Start/End: Original strand, 10777154 - 10777296
Alignment:
Q  305 tcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacac 404  Q
    |||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||    
T  10777154 tcataaagccgcctaaaacgcacacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcagtatcggctccatcccccaccctcctcctaacac 10777253  T
Q  405 aagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||    ||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  10777254 aacctgcaaaccagccctccccaccctcacatatcccatctct 10777296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 25857194 - 25857052
Alignment:
Q  305 tcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacac 404  Q
    |||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||    
T  25857194 tcataaagccgcctaaaacgcacacacaacggaacactgccacaccaacaatcgcgccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcctcctaacac 25857095  T
Q  405 aagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||     |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  25857094 aacctgaaaaccatccctccccaccctcacctatcccatctct 25857052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 8300245 - 8300151
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacca 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||| || | ||||||||||| || |||||| || |||||||| | |||||||    
T  8300245 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaggtcatatgcaccacgaacagtataacca 8300151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 229
Target Start/End: Original strand, 24408176 - 24408222
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccac 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  24408176 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaagcgacgacgccac 24408222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 20208624 - 20208549
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||| || ||||||||| |  ||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||    
T  20208624 aataaagccctacactcctctaactcctcctcctcccatgcccacaacctcctcctccacctccacgcctccccac 20208549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 84
Target Start/End: Original strand, 26072978 - 26073041
Alignment:
Q  21 tatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcata 84  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| | ||| |||||||||| ||||||    
T  26072978 tatgccaaattaactccaaattttgatgcaaatggggctgttcctgcgatgtcagcaagtcata 26073041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 18089687 - 18089617
Alignment:
Q  149 tcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccg 219  Q
    |||||||||| |||||  ||||| | | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  18089687 tcctgcaatgtaactgtaagtaaaagatccctacactcctctatcaacttttcctcccaagcccacaaccg 18089617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 25857487 - 25857393
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacca 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |   |||| || | ||||||||||| || |||||| || |||||||| | |||||||    
T  25857487 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacaagaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcatatgcaccacgaacagtataacca 25857393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 106
Target Start/End: Original strand, 27767119 - 27767213
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacca 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||| || | ||||||||||| || ||||||  | |||||||| | |||||||    
T  27767119 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcatatacaccacgaacagtataacca 27767213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 33385437 - 33385343
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacca 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||| || | ||||||||||| || ||||||  | |||||||| | |||||||    
T  33385437 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaatatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcatatacaccacgaacagtataacca 33385343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 240
Target Start/End: Original strand, 32018631 - 32018687
Alignment:
Q  184 ctcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctc 240  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  || | ||||||| |||||||    
T  32018631 ctcccctaccaactcttcctcccacgcccacaaccttctcctccacctccacgcctc 32018687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 34332878 - 34332443
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||    
T  34332878 gaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgtacataatacccaccatc 34332779  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34332778 ctgattaggtaaccaaagccatctgtctgacactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaaaccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 34332679  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||| | ||| |||||||| |||    
T  34332678 cacaaccgcctacgccaccgcaacgcctccccacccatgtccacccccaacaagaacatattcctaactgagattgatttgataacattcaagtcaaaaa 34332579  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||| ||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||  || |||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||    
T  34332578 ggcgcctaaaccggacacacagtggaacatttccacaccaacgatcacgccaaaaatctgagtctgcaccatctcccaccctcctcctaacacacgtccc 34332479  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34332478 aaaccatccctctccaccctcacctatcccatctct 34332443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Original strand, 2364356 - 2364789
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  2364356 acctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 2364455  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2364456 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 2364555  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  2364556 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaagg 2364655  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    || ||||||||  |||| |  |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2364656 cgcctaaaccggacacaaagaggaacatcaccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 2364755  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2364756 accatccctctccaccctcacctatcccatctct 2364789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 10323632 - 10323199
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||   | || ||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| |||||| |||    
T  10323632 acctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatatcatagactccacgtactgaatacccatcagctt 10323533  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||| | | ||||||||||  |||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10323532 gattaggtaactagagccatctatctaacactgaatcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 10323433  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| |||||||  ||||  |||| |||| || |||||    
T  10323432 caaccgcctacgccaccgcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgaattgtgaacagacaagccaaaaagg 10323333  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    ||   ||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10323332 cgcggaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 10323233  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10323232 accatccctctccaccctcacctatcccatctct 10323199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 19920292 - 19919857
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  |  || ||||| || |||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  19920292 gaacctgtttatgccaaattaagtccatatgatggtgtaactggggcttctcctgtgatgtcaacatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatc 19920193  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19920192 atgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 19920093  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||| |||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||||| ||   |||| |||||||| ||||| | |||||  |||||||||||| |||    
T  19920092 cacaacctcctacgacacctcaatgcctccccgcccacatccacccccagcagaaacatattcctaactgagatagatttgtgaacagtcaagtcaaaaa 19919993  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    ||||   ||| ||  ||||||||||| || |||||||||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |      
T  19919992 ggcgcggaaatcggacacacaatggatcagctccacaccagcaatcacgccaaaaatcagtatctgcaccatctcccaccctcctcctaacacaagtctg 19919893  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  19919892 aaaccaaccctcacctccctcacctatcccatctct 19919857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 12 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 40930591 - 40930244
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||  || ||||    
T  40930591 gaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactgaggttgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacacaccatc 40930492  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40930491 ctgatttggtaaccaaagccatctatttgtcactgattcttgcaaagaaactgttagtaataaaaccctacactcctctaccaactcttcctcccaagcc 40930392  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatcca-cccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataa 310  Q
    ||            ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  40930391 ca------------ccaccgcaacgcctccccacccacatccaccccccaacaagaacatattcctaacagagattgatttgttcacagccaagtcataa 40930304  T
Q  311 aggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatct 370  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||| | | |||||||| ||  |||||||||||    
T  40930303 aggcgactaaaacggtcacacaatggaacatatacgcaccaacaatcatgccaaaaatct 40930244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 260
Target Start/End: Original strand, 7312855 - 7313101
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  7312855 acctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 7312954  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7312955 gattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 7313054  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccaccccca 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  7313055 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccaccccca 7313101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 55 - 235
Target Start/End: Original strand, 7032426 - 7032606
Alignment:
Q  55 aggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatcttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgc 154  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||| | ||  || ||  |||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  7032426 aggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgaacaaaatacccaccgtccagaattaataaccaaagccatctatctatcaccgattcctgc 7032525  T
Q  155 aatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaac 235  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  7032526 aatgtaactgttagtaataaagccctaaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaacgcctacgccaccgcaac 7032606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 48569968 - 48569667
Alignment:
Q  146 gattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| ||||||| || ||||||||||||| || ||||||||  |||| || || | |||||||  | ||||  ||||||    
T  48569968 gattcctgcaaagagactgttagtagtaaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccacacccataaacggcgacgccactgccacgctcccccac 48569869  T
Q  246 tgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctcc 345  Q
       | || |||||||||||| |||||||||| || | ||||| ||| || || |  ||||||||||| ||  |||| || ||||||||  |||||   ||    
T  48569868 catcctcaacccccaacaagaacatgttccttaccgtgattgctttattgacggctaagtcataaagacgcataaagcgctcacacaacagaacactacc 48569769  T
Q  346 acaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatct 445  Q
    ||||||||| ||  |||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  48569768 acaccaacaatcttgccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcctcctaacacaatccacaaaccaaccctccccaccctcacctatcccatct 48569669  T
Q  446 ct 447  Q
    ||    
T  48569668 ct 48569667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 183 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 17097768 - 17097505
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacaga 282  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |  ||||||  | ||||| |||  |  || ||||  ||||||||| |||||||||| || |     
T  17097768 actcctctaccaactcttcttctcaagcccacaaacgacggcgccactaccacgcc-ccctgccaacctccaaacccaacaagaacatgttccttaccgt 17097670  T
Q  283 gattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccg 382  Q
    || |  |||||| |||| ||| ||||| || || ||||| || |||||||| |||||||  ||||||||||| || ||||||||||| || || || |||    
T  17097669 gactactttgttgacagccaaatcatatagccgtctaaaacgctcacacaacggaacattaccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatcagctccg 17097570  T
Q  383 tctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    || ||||| |  ||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  17097569 tcccccacccgtctcctaacacacgacacaaaccacccctccccaccctcgcctatcccatctct 17097505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 183 - 447
Target Start/End: Original strand, 15312829 - 15313094
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacaga 282  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| || |  ||||||  | |||||||||| |  || ||||| ||||||||| |||||||||| || |     
T  15312829 actcctctaccaattctttctctcaaacccacaaacgacggcgccactgccacgcctcccctccaacctccacacccaacaagaacatgttccttaccgt 15312928  T
Q  283 gattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccg 382  Q
    || |  |||||| |||| ||| ||||| || || ||||| || |||||||| |||||||  ||||||||||  || | ||||||||| || || || ||     
T  15312929 gactactttgttgacagccaattcatatagtcgtctaaaacgctcacacaacggaacattaccacaccaactatcacaccaaaaatcagtatcggctcca 15313028  T
Q  383 tctcccactc-tcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    || ||||| | | ||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||    
T  15313029 tcccccaccctttctcctaacacacgacgcaaaccatccctccccaccctcgcctatctcatctct 15313094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 149 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 963089 - 962794
Alignment:
Q  149 tcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactga 248  Q
    |||||||| | |||||  ||||||||  || || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || | |||||||  | ||||| ||||||  |    
T  963089 tcctgcaaagtaactgtaagtaataattccctacactcctctaccaattcttcctcccaaacccacaagcggcgacgccactgccacgcccccccaccaa 962990  T
Q  249 catccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccaca 348  Q
    | ||||  ||||||  | ||||||||||||  | ||    |||||| || ||||| ||| |||| || ||||| ||  |||| || ||||||| ||||||    
T  962989 cctccaaacccaactggaacatgttcctaatcgtgacaactttgttgactgtcaaatcaaaaagccgtctaaatcgcacacaaaacggaacatttccaca 962890  T
Q  349 ccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatc 444  Q
    |||||| || |||||| | || ||||| ||||||||||||||    ||||||||||  ||  |||||||||||| ||| || ||  ||||||||||    
T  962889 ccaacaatcacgccaacagtcagtctcagcaccgtctcccacctgtctcctaacacctgatgcaaaccaaccctatcctccctcttctatcccatc 962794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 327 - 447
Target Start/End: Original strand, 3141243 - 3141363
Alignment:
Q  327 cacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctcc 426  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||    ||||||||||   |  |||||||||||||||     
T  3141243 cacaaaatggaacatttccacaccaacaatcacgccaaaactcagtctcagcaccgtctcccacctgtctcctaacacccaatgcaaaccaaccctctct 3141342  T
Q  427 accatcacctatcccatctct 447  Q
     || || ||||||||||||||    
T  3141343 gccctctcctatcccatctct 3141363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 20532103 - 20532025
Alignment:
Q  21 tatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacgga 99  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  20532103 tatgccaaattaattccatattttgatgtaaatgaggatgctcatgggatgtcagcatgtcataaacaccacgaacgga 20532025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 178 - 243
Target Start/End: Original strand, 31547614 - 31547679
Alignment:
Q  178 cataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctcccc 243  Q
    |||| ||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  31547614 catacactcccctaacaactcctcctcccatgcccacaaccgcctacgccactgccacgcctcccc 31547679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Original strand, 26846102 - 26846177
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||| || ||||||||| |  ||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||    
T  26846102 aataaagccctacactcctctaactcctcctcctcccatgcccacaacctcctcccccacctccacgcctccccac 26846177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Original strand, 47537503 - 47537578
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||| || ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||    
T  47537503 aataaagccctacactcctctaactcctcctcctcccaagcccacaacctcctcctccacttccacgcctccccac 47537578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 29523808 - 29523714
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacca 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||| || | ||||||||||| || ||||||  | |||||||| | |||||||    
T  29523808 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcatatacaccacgaacagtataacca 29523714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 12342290 - 12342217
Alignment:
Q  11 agaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcata 84  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||| || | ||||||||||| || ||||||    
T  12342290 agaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcata 12342217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 51
Target Start/End: Original strand, 15312662 - 15312699
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaa 51  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15312662 acctgtttatgccaaattaactccaaattttgatgtaa 15312699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 20531869 - 20531720
Alignment:
Q  256 ccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacac 355  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||| |  |||| |||||| || || |||  ||| || ||||  || | |||||| |||||||||||     
T  20531869 ccccaacaagaacatgttcctaaccgtgattgctttttggacagccaagtcgtatagacgatgaaatcgctcacgaaaagaaacatcaccacaccaacag 20531770  T
Q  356 tcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacaca 405  Q
    || ||||||||||  || || || ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  20531769 tcacgccaaaaataagtttcagccccgtcccccaccctcctcctgacaca 20531720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 327 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 12342003 - 12341883
Alignment:
Q  327 cacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctcc 426  Q
    ||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||  || || || || || ||||| |||||| ||||||||     |||||| ||||| ||    
T  12342003 cacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaattggtatcagctccatcccccaccctcctcttaacacaacctgtaaaccagccctcccc 12341904  T
Q  427 accatcacctatcccatctct 447  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  12341903 accctcacctatcccatctct 12341883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 243
Target Start/End: Original strand, 44888152 - 44888212
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctcccc 243  Q
    ||||| ||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  44888152 actcccctaacaattcctcctcccatgcccacaaccgcctacgccactgccacgcctcccc 44888212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 170 - 218
Target Start/End: Original strand, 50544459 - 50544507
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaacc 218  Q
    ||||||| |||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  50544459 aataaagtcatacactcctctaactcctcttcctcccaagcccacaacc 50544507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 11909168 - 11908733
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||| ||||||||    
T  11909168 gaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtatagaatacccatcatc 11909069  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11909068 atgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 11908969  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||    
T  11908968 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccatcatgaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaa 11908869  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||    
T  11908868 ggcgcctaaaccggacacacaaaggaacatctccacaccaacaatcacgtcaaaaatcagtatctgcaccatctcccaccctcctcctaacacatgtccc 11908769  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11908768 aaaccaaccctctccaccctcacctatcccatctct 11908733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Original strand, 6050682 - 6051115
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  6050682 acctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 6050781  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  |||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6050782 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 6050881  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  6050882 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaagg 6050981  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    || ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6050982 cgcctaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 6051081  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6051082 accatccctctccaccctcacctatcccatctct 6051115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Original strand, 35541128 - 35541561
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |    
T  35541128 acctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgaacagaatacccatcatcat 35541227  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  |||||||||||||||  |||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35541228 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgattcctgcaaaaaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 35541327  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||| ||||||| |||||    
T  35541328 caaccgccgacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagacaagtcaaaaagg 35541427  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    || ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35541428 cgcctaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 35541527  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  35541528 accatccctcgccaccctcacctatcccatctct 35541561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 153
Target Start/End: Original strand, 51052557 - 51052698
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  51052557 gaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatc 51052656  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctg 153  Q
     ||| | |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||    
T  51052657 atgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctg 51052698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 121 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 47623031 - 47622729
Alignment:
Q  121 taaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgc 220  Q
    |||||| | ||| ||||||| ||  |||||||||||  || |||  |||||||||||| || ||||||||||||  || |||||||| ||||| |||||     
T  47623031 taaccacaaccacctatctgacaaagattcctgcaaaaaagctgtcagtaataaagccttacactcctctaccaggtcctcctcccacgcccataaccga 47622932  T
Q  221 ctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaa 320  Q
    | |||||||  | || |||| ||||  || ||||||||||||||  ||||  || |||  | ||||  |||||| || | ||| | ||| || || ||||    
T  47622931 cgacgccactaccacacctcaccaccaacctccacccccaacaaaaacatagtcataatcgtgattactttgttgacggccaaattatatagccgtctaa 47622832  T
Q  321 accgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaacc 420  Q
    | || ||||  || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || | ||| || ||||| |||||||||||||||  |  |||||||||    
T  47622831 agcgctcacgaaacggaacatcaccacaccaacaatcccgccaaaaatcagtatcggaaccatcccccaccctcctcctaacacaatccgaaaaccaacc 47622732  T
Q  421 ctc 423  Q
    |||    
T  47622731 ctc 47622729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 387
Target Start/End: Original strand, 2491460 - 2491664
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacaga 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||  | ||||| ||||||   | ||||| ||||||  | |||| | |||||| |     
T  2491460 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaacgacgacgccactgccacgcccccccaccagcctccacacccaactggaacatatacctaaccgt 2491559  T
Q  283 gattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccg 382  Q
    ||    |||||| || |||||  || |||  || ||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||||    
T  2491560 gacaactttgttaactgtcaaaacaaaaaaccgtctaaatcgcacacaaaacggaacatctccacaccaacaatcacgccagaagtcagtctcagcaccg 2491659  T
Q  383 tctcc 387  Q
    |||||    
T  2491660 tctcc 2491664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 327 - 447
Target Start/End: Original strand, 43388757 - 43388877
Alignment:
Q  327 cacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctcc 426  Q
    ||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| |  || || || || ||||| |||||||||||||||     |||||| ||||| ||    
T  43388757 cacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcagcatcagctccatcccccaccctcctcctaacacaacttgtaaaccagccctcccc 43388856  T
Q  427 accatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  43388857 accatcacctatcccatctct 43388877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 22191673 - 22191627
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccac 229  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22191673 actcccctaccaactcctcctcccatgcccacaaccgcctacgccac 22191627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 16917872 - 16917778
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacca 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |   |||| || | ||||||||||| || |||||| || |||||||| | |||||||    
T  16917872 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgaacaagaggttgttcctgtgatgtcaacaagtcatatgcaccacgaacagtataacca 16917778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 228
Target Start/End: Original strand, 3073998 - 3074043
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgcca 228  Q
    ||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3073998 actcccctaacaactcctcctcccaggcccacaaccgcctacgcca 3074043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 243
Target Start/End: Original strand, 21405086 - 21405146
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctcccc 243  Q
    ||||| ||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  21405086 actcccctaacaactcctcctctcatgcccacaaccgcctacgccactgccacgcctcccc 21405146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 105904 - 105471
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  105904 acctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 105805  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  |||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  105804 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 105705  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  105704 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaagg 105605  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    || ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105604 cgcctaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 105505  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  105504 accatccctctccaccctcacctatcccatctct 105471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 23642652 - 23642219
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  23642652 acctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 23642553  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | |||||| |||  |||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23642552 gattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagccca 23642453  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  23642452 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgatttgtgaacagtcaagtcaaaaagg 23642353  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    || ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23642352 cgcctaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 23642253  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23642252 accatccctctccaccctcacctatcccatctct 23642219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 19755344 - 19755779
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |  ||||| || || |||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||| ||| | ||    
T  19755344 gaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctcttgtgatgtcagcatgtcatagaccccacgtacagaatacccaccctc 19755443  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| || || |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  19755444 ctgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactattagtaataaaaccctacactcctctaccaactcctcctcctaagcc 19755543  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||  || |||| |||||| ||| |||||||| |||    
T  19755544 cacaaccgcctacgccaccgcaacgcctccccacccacatccacccccaacaagaacatattcctaaatgaaattgatttgttaacattcaagtcaaaaa 19755643  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||   |||    
T  19755644 ggcgcctaaaccggtcacacagtggaacatctccgcaccaacgatcacgccaaaaatcggtgtctgcaccatctcccaccctcctcctaacacacatccc 19755743  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19755744 aaaccatccctctccaccctcacctatcccatctct 19755779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 19784462 - 19784027
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |  ||||| || || |||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||| ||| | ||    
T  19784462 gaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctcttgtgatgtcagcatgtcatagaccccacgtacagaatacccaccctc 19784363  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| || || |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  19784362 ctgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactattagtaataaaaccctacactcctctaccaactcctcctcctaagcc 19784263  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||  || |||| |||||| ||| |||||||| |||    
T  19784262 cacaaccgcctacgccaccgcaacgcctccccacccacatccacccccaacaagaacatattcctaaatgaaattgatttgttaacattcaagtcaaaaa 19784163  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||   |||    
T  19784162 ggcgcctaaaccggtcacacagtggaacatctccgcaccaacgatcacgccaaaaatcggtgtctgcaccatctcccaccctcctcctaacacacatccc 19784063  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19784062 aaaccatccctctccaccctcacctatcccatctct 19784027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 12 - 445
Target Start/End: Original strand, 15740298 - 15740730
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  || || ||||| || ||||||| || |||||||| ||| |||||| ||||||| || ||||| ||| ||||    
T  15740298 gaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcaacatatcatagactccacgtacagaatacccaccatc 15740397  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15740398 atgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 15740497  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||||| |||||  |||||||||||| |  || || |||||||||||| | || |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||| |||    
T  15740498 cacaaccgcctatgccactgcaacgcctcccctcccacgtctacccccaacaagaatatattcctaacagagattgatttgtgaacattcaagtcaaaaa 15740597  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    | || | ||||||  |||||| |||||||||||| |||||||  || ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  15740598 gacgcccaaaccgggcacacagtggaacatctccgcaccaacgatcacgccaaaaatcagtatctgcaccatctcccaccctcctcct-acacaagaccc 15740696  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatct 445  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  15740697 aaaccatccctctccaccctcacctatctcatct 15740730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 1828603 - 1828168
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||| || ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  1828603 gaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcaacatatcataggctccacgtacggaatacccaccatc 1828504  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||||| |||| | || |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1828503 atgattaggtaaccaaagccatttgtcagtcactgaatcctgcaaagaaactgttagtaataaagccctccactcctctaccaactcctcctcccaagcc 1828404  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| |  || || |||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||  | | |||||||| |||    
T  1828403 cacaaccgcctatgccaccacaacgcctcccctcccacgtctacccccaacaagaacatattcctaacagagatagatttgtgaatactcaagtcaaaaa 1828304  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    | || | ||||||  ||||||  ||| ||||||| |||||||  || |||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1828303 gacgcccaaaccgggcacacaggggagcatctccgcaccaacgatcacgccaaaagtcagtgtctgcaccatctcccaccctcctcctaacacaagaccc 1828204  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  1828203 aaaccatccctcaccaccctcacctatcccatctct 1828168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 447
Target Start/End: Original strand, 47418883 - 47419316
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||   | || ||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| |||||| |||    
T  47418883 acctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatatcatagactccacgtactgaatacccatcagctt 47418982  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagccca 213  Q
    || | |||||||| | ||||||||||  |||||| |||||||| |||| || |||||| |||||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  47418983 gattaggtaaccagagccatctatctaacactgaatcctgcaaagaaattgttagtaacaaagccctacactcctctaccacctcctcctcccaagccca 47419082  T
Q  214 caaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaagg 313  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||| |||||||| |||||||  ||||  |||| |||| || |||||    
T  47419083 caaccgcctacgccaccgcaacgcctccccgcccacatccacccccagcaggaacatattcctaactgagattgaattgtgaacagacaagccaaaaagg 47419182  T
Q  314 cgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaa 413  Q
    ||   ||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419183 cgcggaaaccggacacaaagaggaacatctccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtatctgccccatctcccactctcctcctaacacaagacccaa 47419282  T
Q  414 accaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47419283 accatccctctccaccctcacctatcccatctct 47419316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 12 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 47685958 - 47685685
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||  || || ||||| |  |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  47685958 gaacctgtttatgtcaaattaagtccagattatggtgtaacttgggctgctcttgtgatgtcagcatgtcgtagactccacgaacagaatacccatcatc 47685859  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47685858 atgattaggtaaccaaagccatctgtctatcaccgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 47685759  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagat 285  Q
    |||| ||||| |||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  47685758 cacagccgcccacgccacctcaatgcctccccgcccacatccacccccaacaagaacatattcctaactgagat 47685685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 54483113 - 54482787
Alignment:
Q  121 taaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgc 220  Q
    |||||| | ||||||||| || || ||||||||||| || |||| |||||||||| || || ||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||     
T  54483113 taaccacacccatctatcagtaacggattcctgcaaagagactgttagtaataaacccctacactcctctaccaaatcctcctcccacacccataaccgg 54483014  T
Q  221 ctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaa 320  Q
    | |||||||  | ||||  ||||||   | ||||||||||||||| |||||||||| || |  |||| ||| || |  |  |||||||||||  | ||||    
T  54483013 cgacgccactgccacgctcccccaccatcctccacccccaacaagaacatgttcctcaccgtaattgatttattgatggctaagtcataaagatgcctaa 54482914  T
Q  321 accgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaacc 420  Q
    | || |||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||||  | |||||||||     
T  54482913 agcgctcacacaagggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcctcctaacacaatccacaaaccaact 54482814  T
Q  421 ctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||    
T  54482813 ctctccaccctcgcctatcccatctct 54482787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 195
Target Start/End: Original strand, 7403990 - 7404177
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaata---accat- 107  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||   |||||     
T  7403990 gaacttgtttatgccaaattaacttcatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccaccatg 7404089  T
Q  108 catcttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaa 195  Q
    |||| ||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| || || ||| |||||||||    
T  7404090 catcctgatttggtaaccataaccatctatttgtcactgattcttgcaaggaaactgtaagtaataaaaccctacacttctctaccaa 7404177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 147 - 447
Target Start/End: Original strand, 48312307 - 48312606
Alignment:
Q  147 attcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccact 246  Q
    ||||||||||  | |||| ||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||| ||  || | ||||| | |||||||  | ||||| ||||||     
T  48312307 attcctgcaaatagactgttagtaataaagccctacactcctctaccaagtcctcctcacacaccaataaccggcgacgccactgccacgcccccccacc 48312406  T
Q  247 gacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctcca 346  Q
      | ||||||||||||||| |||||||||| || | ||||| ||| || |  |  ||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||  |||    
T  48312407 atcctccacccccaacaagaacatgttcctcaccgtgattgatttattgatggctaagtcataaagtcgcctaaagcgctcacacaacggaacata-cca 48312505  T
Q  347 caccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctc 446  Q
    |||||||| || |||||||||||  | || || || || ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  48312506 caccaacaatctcgccaaaaatcgatatcagctccatcccccaccctcctcctaacacaatccacaaaccaaccctctccaccctcgcctatctcatctc 48312605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 119 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 2821993 - 2821662
Alignment:
Q  119 ggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaact---cttcctcccaagcccaca 215  Q
    |||||||| | |||||| || || || ||||||||||| || |||| ||||| ||||||| || ||||||||||||| |   | ||||||||  |||| |    
T  2821993 ggtaaccacacccatctgtcagtaacagattcctgcaaagagactgttagtattaaagccctacactcctctaccaattggtcctcctcccacacccata 2821894  T
Q  216 accgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcg 315  Q
    | || | |||||||| | ||||  ||||||   | ||||||||||||||| |||||||||| || | ||||| ||| || |  |  ||||||||||| ||    
T  2821893 agcggcgacgccaccaccacgctcccccaccatcctccacccccaacaagaacatgttccttaccgtgattgctttattgatggctaagtcataaagacg 2821794  T
Q  316 actaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaac 415  Q
     ||||| || |||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||||    |||||    
T  2821793 cctaaagcgctcacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcctcctaacacaatctgcaaac 2821694  T
Q  416 caaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  2821693 caaccctccccaccctcgcctatcccatctct 2821662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 385 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 23647939 - 23647877
Alignment:
Q  385 tcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23647939 tcccactctcctcctaacacaagacccaaaccatccctctccaccctcacctatcccatctct 23647877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 251 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 55725530 - 55725333
Alignment:
Q  251 tccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacacc 350  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || | ||||  ||| || ||||  |||||||| || || ||||| || | |||||| ||||||   |||||||    
T  55725530 tccacccccaacaagaacatgttccttactgtgattactttattgacagctaagtcatatagtcgcctaaagcgcttacacaaaggaacactaccacacc 55725431  T
Q  351 aacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctctg 448  Q
    |||| || ||||||||||||||    || || |||||||| ||| |||||||||||  | ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  55725430 aacaatctcgccaaaaatctgttgtggctccatctcccaccctcatcctaacacaatccgcaaaccaaccctccccaccctcgcctatcccatctctg 55725333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 13270952 - 13270831
Alignment:
Q  14 acctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatctt 113  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  13270952 acctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatcat 13270853  T
Q  114 gagttggtaaccaaatccatct 135  Q
    || | |||||||| | ||||||    
T  13270852 gattaggtaaccagagccatct 13270831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 283 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 5789884 - 5789720
Alignment:
Q  283 gattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccg 382  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||  | |  || ||     
T  5789884 gattggcttgttgacagccaagtcatataggcgtctaaaacgcacacacaacggaacatttccacaccaacaatcacgccaaaaatcaatattggctcca 5789785  T
Q  383 tctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    || | ||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  5789784 tcccgcaccctcctactaacacacgacgcaaaccatccctccccaccctcgcctatcccatctct 5789720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 19735475 - 19735363
Alignment:
Q  335 ggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcac 434  Q
    ||||||| |||||||||||| ||  ||||||| || ||||| ||||||||||||||    ||||||||||  ||| |||||| ||||||||| || || |    
T  19735475 ggaacatttccacaccaacaatcatgccaaaagtcagtctcagcaccgtctcccacctgtctcctaacacccgacacaaacctaccctctccgccctctc 19735376  T
Q  435 ctatcccatctct 447  Q
     ||||||||||||    
T  19735375 ttatcccatctct 19735363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 445
Target Start/End: Original strand, 46146076 - 46146187
Alignment:
Q  335 ggaacatctccacaccaacac-tcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatca 433  Q
    ||||||| ||||||||||||  || |||||||| || ||||| ||||||||||||||    ||||||||||  ||  |||||||||| ||||| || ||     
T  46146076 ggaacatttccacaccaacaaatcacgccaaaagtcagtctcagcaccgtctcccacctgtctcctaacacccgatgcaaaccaaccatctccgccctct 46146175  T
Q  434 cctatcccatct 445  Q
    ||||||||||||    
T  46146176 cctatcccatct 46146187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 447
Target Start/End: Original strand, 3329 - 3764
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  || || ||||| |  || |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| || || || ||||||||    
T  3329 gaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactagggttgctcctgtgatgtcagcatatcatagactccacgtactgagtacccatcatc 3428  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||  | |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  3429 atggttaggtacccaaagccatctgtctgtcactgattcctgtaaagaaactgttagtaataaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaggcc 3528  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| | |||||  ||| |||||||| |||    
T  3529 cacaacctcctacgccaccgcaacgcctccccacccacatccacccccaacaagaacatattcctaacggagatagatttgtgtacactcaagtcaaaaa 3628  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    | || | ||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  3629 gacgcccaaaccgggcacacagtggaacgtctccgcaccaacaatcacgccaaaaatcggtatccgcaccatctcccaccctcctcctaacgcaggaccc 3728  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3729 aaaccacccctctccaccctcacctatcccatctct 3764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 12 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 24767487 - 24767060
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| | ||||||    
T  24767487 gaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactagggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacctatcatc 24767388  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| |||||||||| | |||||||| |||||||     || ||| ||||||| |||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24767387 ctgatttggtaaccatagccatctatttgtcact-----cttcaaggaaactgttagtaatacaaccctacactcctctaccaactcttcctcccaagcc 24767293  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||||||||||  || ||||| ||||||||| |||| |||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||||| |    
T  24767292 cacaaccgtcgacgccaccgcaacgcctccccacccacgtccacgcccaacaagaacatattcctaactgtgattgatttgttaacagccaagtcatata 24767193  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||||| || |||||||  || |||||||||||| | |  |||||||| ||||| |||||||||||||| | |||    
T  24767192 ggcgactaaaacggtcacacagtggaacatcaccgcaccaacgatcacgccaaaaatctattttagcaccgtcacccaccctcctcctaacacacgcccc 24767093  T
Q  412 aaaccaaccctctccaccatcacctatcccatc 444  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  24767092 aaaccagccctctccaccctcacatatcccatc 24767060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 321
Target Start/End: Original strand, 2553714 - 2554023
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  || || ||||| || |||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| ||| ||||    
T  2553714 gaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcttgtgatgtcagcatatcatagactccacgtacagaatacccaccatc 2553813  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||| ||||||||  | ||||||||||    
T  2553814 atgattaggtaatcaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaagccctacactcctttaccaacttctactcccaagcc 2553913  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||| |||||  ||| |||||||| |||    
T  2553914 cacaaccgcctacgccaccgcaacgcttccccacccacgtccacccccaacaagaacatattcctaactaagattgatttgtgaacattcaagtcaaaaa 2554013  T
Q  312 ggcgactaaa 321  Q
    |||| |||||    
T  2554014 ggcgcctaaa 2554023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 12 - 307
Target Start/End: Original strand, 21168276 - 21168570
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||  || || ||||| || ||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| || ||||| ||| ||||    
T  21168276 gaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcaacatatcatagactccacgtacagaatacccaccatc 21168375  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     ||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21168376 atgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 21168475  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtca 307  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |  || || | ||| |||||| |||| |||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||    
T  21168476 cacaaccgcctacgccaccgcaacgcctcccctcccacgtcta-ccctaacaagaacatattcctaacagagattgatttgtgaacattcaagtca 21168570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 12 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 15958876 - 15958465
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| ||  ||| ||||||| ||| | || | ||||||||||||||||||| |  | || ||||| ||||| ||| || |    
T  15958876 gaacctgtttatgccatattaacttcatatttggatgtaactgaagttgttcctgtgatgtcagcatgtcagacacaccgcgaactgaatacccaccacc 15958777  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
    ||||   |||||||| | ||||||||| | || |||||||||||| |||||||  ||||||||| || || | ||||||| ||| | ||||| ||| |||    
T  15958776 ttgatccggtaaccacaaccatctatcaggcaatgattcctgcaaagaaactgtcagtaataaaaccctacattcctctaacaagttttcctaccacgcc 15958677  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaa 311  Q
    || || || | |||| ||  | ||||||||||||  ||||||||| ||| |||| |||| | |||||| | ||||  |||||| |||| ||| ||||| |    
T  15958676 cataaacgacgacgcaactgccacgcctccccaccaacatccacctccagcaagaacatatgcctaactgtgattactttgttgacagccaaatcatata 15958577  T
Q  312 ggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagaccc 411  Q
    | ||||||||  | ||||| || |||||||  ||||||||||| || ||||||||||| || || |  || || ||||| |||||||||||||||  |      
T  15958576 gccgactaaagagctcacaaaacggaacattaccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtttcggatccatcccccaccctcctcctaacacaatccga 15958477  T
Q  412 aaaccaaccctc 423  Q
    ||||||||||||    
T  15958476 aaaccaaccctc 15958465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 18651297 - 18651170
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||| ||| ||||    
T  18651297 gaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatctaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccatgtacagaatacccaccatc 18651198  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatct 139  Q
     ||| |||||||||| | ||||||||||    
T  18651197 ctgatttggtaaccacaaccatctatct 18651170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 46 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 14373020 - 14372619
Alignment:
Q  46 atgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatcttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcact 145  Q
    |||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||  | ||||| || || |||||| |  | |||   |||||||| | ||||||||| |  ||     
T  14373020 atgtaactgaggctgttcctgggatgtcagcatgtcatacaccccacggactgagtaaccacctccctgatccggtaaccacaaccatctatcggaaaca 14372921  T
Q  146 gattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||| || |||||||||| |  || || ||||| ||||| |||||   ||||||| || ||||||| ||||    
T  14372920 gattcctgcaaagaaactgtcagtaataaagccctacactcctctactaggtcctcgtcccacgcccataaccgatgacgccacttccacgcctcaccac 14372821  T
Q  246 tgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctcc 345  Q
      || ||||||||||| ||  |||| || ||||| | ||||  |||||| || | ||| ||||| |  || |||||  | ||||  || |||||||  ||    
T  14372820 caacctccacccccaataaaaacatatttctaaccgtgattactttgttgacggccaaatcatataaccgtctaaagtgctcacgaaacggaacattacc 14372721  T
Q  346 acaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatct 445  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || || | ||| || ||||| |||||||| ||||||  |  |||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||    
T  14372720 acaccaacaatcccgccaaaaatcagtatcggaaccatcccccaccctcctcctgacacaacccgaaaaccaaccctccccaccctcatctatcccgtct 14372621  T
Q  446 ct 447  Q
    ||    
T  14372620 ct 14372619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 374 - 447
Target Start/End: Original strand, 2554045 - 2554118
Alignment:
Q  374 tctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2554045 tctgcaccatctcccaccctcctcctaacacaagtcccaaaccatccctctccaccctcacctatcccatctct 2554118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 183 - 429
Target Start/End: Original strand, 33185683 - 33185929
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacaga 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||| || | ||| |||  | ||||||||||||   | |||   ||||||| |  |||||||||||| |     
T  33185683 actcctctaccaactcttcctcccatgtccacaaacggcgacgtcactgccacgcctccccaccatcctcccaacccaacaggagcatgttcctaaccgt 33185782  T
Q  283 gattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccg 382  Q
    ||||  |||||| ||||||||||||||||| |||| | | || ||||  || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || || ||     
T  33185783 gattactttgttgacagtcaagtcataaagacgacgagagcgctcacggaaaggaacatcaccacaccaacaatcacgccaaaaatcagtttcagcccca 33185882  T
Q  383 tctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccacc 429  Q
    || ||||| |||||||  ||| ||||  ||||||| ||||| |||||    
T  33185883 tcccccaccctcctccagacataagatacaaaccacccctcaccacc 33185929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 344 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 20882764 - 20882661
Alignment:
Q  344 ccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccat 443  Q
    ||||||||||| || ||||||||||  || || || || || ||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  20882764 ccacaccaacaatctcgccaaaaattggtttcggctccatcccccaccctcctcctaacacaacatgcaaaccaaccctccccaccctcgcctatcccat 20882665  T
Q  444 ctct 447  Q
    ||||    
T  20882664 ctct 20882661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 17573426 - 17573284
Alignment:
Q  305 tcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacac 404  Q
    |||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||    
T  17573426 tcataaagccgcctaaaacgcacacacaacggaacactaccacaccaacaatcgcgccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcctcctaacac 17573327  T
Q  405 aagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||     |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  17573326 aacctgaaaaccagccctccccaccctcacctatcccatctct 17573284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 17606104 - 17605962
Alignment:
Q  305 tcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacac 404  Q
    |||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||    
T  17606104 tcataaagccgcctaaaacgcacacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcctcctaacac 17606005  T
Q  405 aagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||     |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  17606004 aacctgtaaaccagccctccccaccctcacctatcccatctct 17605962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 335 - 447
Target Start/End: Original strand, 13938119 - 13938231
Alignment:
Q  335 ggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctc-ctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatca 433  Q
    ||||||| |||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||  |||||||||||||||| || ||     
T  13938119 ggaacatttccacaccaacaatcacgacaaaagtcagtctcagcaccatctcccac-ctctctcctaacacctgatgcaaaccaaccctctcctccctct 13938217  T
Q  434 cctatcccatctct 447  Q
    ||||||||||||||    
T  13938218 cctatcccatctct 13938231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 296 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 10577029 - 10576878
Alignment:
Q  296 acagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcc 395  Q
    ||||| || |||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||||   ||||||||||| || | ||||||||| || || || || || ||||| ||||    
T  10577029 acagttaaatcataaagccgcctaaaacgaacacacaacggaacactaccacaccaacaatctcaccaaaaatcggtatcagctccatcccccaccctcc 10576930  T
Q  396 tcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||||||||||     |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  10576929 tcctaacacaacctataaaccagccctccccaccctcacctatcccatctct 10576878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 229
Target Start/End: Original strand, 13937914 - 13937994
Alignment:
Q  149 tcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccac 229  Q
    |||||||| | |||||  ||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||    
T  13937914 tcctgcaaagtaactgtaagtaataattccctacactcctctaccaactcttcctcccaaacccacaagcggcgacgccac 13937994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 649971 - 649896
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||| || ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||    
T  649971 aataaagccctacactcctctaactcctcctcctcccaagcccacaacctcctcctccacttccacgcctccccac 649896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 218
Target Start/End: Original strand, 26513972 - 26514007
Alignment:
Q  183 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaacc 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26513972 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaacc 26514007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 305 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 21629877 - 21629735
Alignment:
Q  305 tcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacac 404  Q
    |||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||||   ||||||||||| || |||||||||||  | || || || || ||||| |||||||||||||    
T  21629877 tcataaagccgcctaaaacgcacacacaacggaacactaccacaccaacaatctcgccaaaaatcgatatcagctccatcccccaccctcctcctaacac 21629778  T
Q  405 aagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    ||     |||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  21629777 aacctgaaaaccagccctccccaccctcacttatcccatctct 21629735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 105
Target Start/End: Original strand, 33185522 - 33185606
Alignment:
Q  21 tatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataacc 105  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||  | |||| || |||||||| |||||||||  | ||| ||||||| |||||    
T  33185522 tatgccaaattaattccaagttttaatgtaaatggagatgctcctatgatgtcaacatgtcataaacaccatgaacggagtaacc 33185606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 12 - 279
Target Start/End: Original strand, 41207093 - 41207360
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| || | ||| |||||||||||||||||  ||||||  || ||||| ||| ||||    
T  41207093 gaacctgtttatgccaaattaactccatatttggatgtaactgaggatgttcctgcgatgtcagcatgtcataaactccacatactgaatacccaccatc 41207192  T
Q  112 ttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcc 211  Q
     |||  ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  | ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41207193 ctgatctggtaaccacaaccatctatctgccactgattcctgcaaggaaactgtaaataataaaaccctacactcctctaccaactcttcctcccatgcc 41207292  T
Q  212 cacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaac 279  Q
    |||||||| | ||||||   ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  41207293 cacaaccgacgacgccattgcaacgcctccccacccacatccacccccaacaagaacatattcctaac 41207360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 46 - 447
Target Start/End: Original strand, 28252831 - 28253232
Alignment:
Q  46 atgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatcttgagttggtaaccaaatccatctatctgtcact 145  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||  | | ||| || ||||||||  |  | |||   |||| ||| | |||||||||||  ||     
T  28252831 atgtaactgaggctgttcctgtgatgtcagcatgtcatacaccctacggactgaataaccgcctccctgatccggtagccacaaccatctatctgaaaca 28252930  T
Q  146 gattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    |||||||||||  ||||||  |||||||||||| || |||||||||| |  || |||||||| ||||| ||||| | |||||||  | ||||||| ||||    
T  28252931 gattcctgcaaaaaaactgtcagtaataaagccctacactcctctactaggtcatcctcccatgcccataaccgacgacgccactaccacgcctcaccac 28253030  T
Q  246 tgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctcc 345  Q
      || ||||||||||||||  ||||  ||||||| | ||||  |||||| || | ||| ||||| || || ||||| || ||||  ||  ||||||| ||    
T  28253031 caacctccacccccaacaaaaacatagtcctaaccgtgattactttgttgacggccaaatcatatagccgtctaaagcgctcacgaaacagaacatcacc 28253130  T
Q  346 acaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatct 445  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| || || | ||| || ||||| |||||||||||||||  |  |||||||||||| ||||| ||  |||||||||||    
T  28253131 acaccgacaatcccgccaaaaatcagtatcggaaccatcccccaccctcctcctaacacaaaccgaaaaccaaccctccccaccctcgtctatcccatct 28253230  T
Q  446 ct 447  Q
    ||    
T  28253231 ct 28253232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 146 - 422
Target Start/End: Original strand, 40176879 - 40177155
Alignment:
Q  146 gattcctgcaatgaaactgatagtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||  |||| ||||| | |||||||  | ||||  ||||||    
T  40176879 gattcctgcaaagagactgttagtaataaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccacacccataaccggcgacgccactgccacgctcccccac 40176978  T
Q  246 tgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctcc 345  Q
       | ||||||||||||||| |||| ||||| || | ||||| ||| || |  |  ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||   ||    
T  40176979 catcctccacccccaacaagaacatcttcctcaccgtgattgatttattgatggctaagtcataaagtcgcctaaagcgttcacacaacggaacactacc 40177078  T
Q  346 acaccaacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccct 422  Q
    ||||||||| || | ||||||||| || ||  | || || ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  40177079 acaccaacaatctcaccaaaaatcggtatcaactccatcccccaccctcctcctaacacaatccgcaaaccaaccct 40177155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 251 - 447
Target Start/End: Original strand, 12645852 - 12646048
Alignment:
Q  251 tccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttcacagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacacc 350  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || | ||||  ||| || ||||  |||||||| || || ||||| || |||||||| ||||||   |||||||    
T  12645852 tccacccccaacaagaacatgttccttactgtgattactttattgacagctaagtcatatagtcgcctaaagcgctcacacaaaggaacactaccacacc 12645951  T
Q  351 aacactcccgccaaaaatctgtctctgcaccgtctcccactctcctcctaacacaagacccaaaccaaccctctccaccatcacctatcccatctct 447  Q
    |||| || ||||||||||||||    || || |||||||| |||||||||||||||  | |||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||    
T  12645952 aacaatctcgccaaaaatctgttgtggctccatctcccaccctcctcctaacacaatccgcaaaccaatcctccccaccctcgcctatcccatctct 12646048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 12 - 125
Target Start/End: Original strand, 4552246 - 4552359
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacgaacggaataaccatcatc 111  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||  || || ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  4552246 gaacctatttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacgtacagaatacccatcatc 4552345  T
Q  112 ttgagttggtaacc 125  Q
     ||| | |||||||    
T  4552346 atgattaggtaacc 4552359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 167 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 44547756 - 44547706
Alignment:
Q  167 agtaataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaac 217  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  44547756 agtaataaagtcatacactcctctaccaactcctcctcccatgccaacaac 44547706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 17764836 - 17764680
Alignment:
Q  197 tcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccactgacatccacccccaacaagtacatgttcctaacagagattggtttgttca 296  Q
    ||||||||||| | ||| || || | |||||||  | ||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||||| | | ||  |||||| |    
T  17764836 tcttcctcccacgtccataagcgacgacgccactgccacgtctccccaccgacatccaccccaaacaagaacatattcctaactgtgctt-atttgttga 17764738  T
Q  297 cagtcaagtcataaaggcgactaaaccgttcacacaatggaacatctccacaccaaca 354  Q
    | | ||| ||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  17764737 cggccaaatcatatagtcgtctaaagcgctcacaaaatggaacattaccacaccaaca 17764680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 12 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 11268 - 11187
Alignment:
Q  12 gaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgcttctgtgatgtcagcatgtcataggctccacg 93  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||  || || ||||  || | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11268 gaacctgtttatgccaaattaagtccagattatggtgtagctgggtctgctcctgtgatgtcagcatgtcatagactccacg 11187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0179 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0179
Description:

Target: scaffold0179; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Original strand, 7763 - 7838
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||| || ||||||||| |  ||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||    
T  7763 aataaagccctacactcctctaactcctcctcctcccatgcccacaacctcctcctccacctccacgcctccccac 7838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0179; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 245
Target Start/End: Original strand, 12697 - 12772
Alignment:
Q  170 aataaagccataaactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaaccgcctacgccacctcaacgcctccccac 245  Q
    ||||||||| || ||||||||| |  ||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||    
T  12697 aataaagccctacactcctctaactcctcctcctcccatgcccacaacctcctccaccacctccacgcctccccac 12772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University