View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12329_low_1 (Length: 505)

Name: NF12329_low_1
Description: NF12329
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12329_low_1
NF12329_low_1
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (19-495)||(19278984-19279460)
chr1 (19-488)||(13271493-13271962)
chr1 (56-488)||(13080718-13081150)
chr1 (125-488)||(12963797-12964160)
chr1 (19-495)||(13244337-13244813)
chr1 (50-488)||(13086014-13086452)
chr1 (131-469)||(13204385-13204723)
chr1 (131-495)||(13070104-13070468)
chr1 (131-495)||(13094299-13094663)
chr1 (23-495)||(30367931-30368400)
chr1 (131-465)||(13007130-13007464)
chr1 (131-495)||(13100901-13101264)
chr1 (32-495)||(13129728-13130188)
chr1 (129-484)||(13065139-13065494)
chr1 (131-495)||(13161421-13161785)
chr1 (20-84)||(19727461-19727525)
chr1 (19-72)||(12963727-12963780)
chr1 (23-84)||(13007508-13007569)
chr1 (23-103)||(13161810-13161890)
chr1 (23-69)||(13069999-13070045)
chr1 (20-85)||(13204766-13204831)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (152-189)||(36668331-36668368)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (32-72)||(31396508-31396548)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 495
Target Start/End: Original strand, 19278984 - 19279460
Alignment:
Q  19 cttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  19278984 cttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataatttgatcacaaatttt 19279083  T
Q  119 agtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagtta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279084 agtgtgaaagagcttgataagctagtttatcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagtta 19279183  T
Q  219 attccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatga 318  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279184 attccgatatactacctagtggagaccatgttagtctaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatga 19279283  T
Q  319 ttgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagc 418  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279284 ttgcctagaatttcggcctgagagatggatatcggatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagc 19279383  T
Q  419 tgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcacacacaggt 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  19279384 tgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcgcatacaggt 19279460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 13271962 - 13271493
Alignment:
Q  19 cttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttc 118  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| | | | ||| ||||| ||||||| |||| |||||  |||||     
T  13271962 cttttggcttgtttcaactcatcctaatgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataattta 13271863  T
Q  119 agtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagtta 218  Q
    | |||  || |  ||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||| |||| || |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  13271862 aatgttgaaaacattgataagctgatttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagtta 13271763  T
Q  219 attccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatga 318  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||    
T  13271762 attctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaacacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtga 13271663  T
Q  319 ttgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagc 418  Q
    |||| |||| |||  ||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  13271662 ttgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagc 13271563  T
Q  419 tgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcaca 488  Q
    ||||| || ||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13271562 tgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggttgcagcttctgtattatggaagtttcaca 13271493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 56 - 488
Target Start/End: Original strand, 13080718 - 13081150
Alignment:
Q  56 aaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatg 155  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | | || || ||||  ||| | |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13080718 aaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggtgtggaagagcttgataagctagtttaccttcatg 13080817  T
Q  156 gagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtcc 255  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||| | |||||||||||  | || || |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  13080818 gagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtcc 13080917  T
Q  256 aaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaat 355  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||  ||    
T  13080918 aaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagat 13081017  T
Q  356 agaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaa 455  Q
    ||||||||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  13081018 agaggacaaattatacaagtgccgtcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaa 13081117  T
Q  456 tggttgcagctgctgtattatggaagtttcaca 488  Q
    ||||||||||||| || ||||  ||||||||||    
T  13081118 tggttgcagctgcagttttatttaagtttcaca 13081150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 125 - 488
Target Start/End: Original strand, 12963797 - 12964160
Alignment:
Q  125 aaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccg 224  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |    
T  12963797 aaagggcttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcag 12963896  T
Q  225 atacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcct 324  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  12963897 atatattacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgctt 12963996  T
Q  325 ggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctc 424  Q
    |||||||  ||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| |     
T  12963997 ggaatttaagcctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattatacaagtgccatcttataagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtatt 12964096  T
Q  425 ggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcaca 488  Q
    || ||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| |||  ||| || |||||||||||||    
T  12964097 gggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgctgctaatgtgttgtggaagtttcaca 12964160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 495
Target Start/End: Original strand, 13244337 - 13244813
Alignment:
Q  19 cttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttc 118  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||| ||||||| ||||  ||||  |||||     
T  13244337 cttttggcttgtttcaactcatcctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttaatcaataattta 13244436  T
Q  119 agtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagtta 218  Q
    |  ||| || || |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||| ||||| ||| |  ||||| | |||||||| ||  | |    
T  13244437 aacgtggaaaagattgataagcttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctctggcatttcagcacaagtgcgctatca 13244536  T
Q  219 attccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatga 318  Q
    | || |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  13244537 aatctgatatactacctagtggagaacatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatga 13244636  T
Q  319 ttgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagc 418  Q
    |||| ||||||||  ||| || |||||||||||   |||||||   |||||| ||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||     
T  13244637 ttgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagctagaggagggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagt 13244736  T
Q  419 tgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcacacacaggt 495  Q
    ||| | || |||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| || ||||||    
T  13244737 tgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggt 13244813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 50 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 13086452 - 13086014
Alignment:
Q  50 gaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttacc 149  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || | ||| ||| || || | |||||||||| | |||| ||||| || ||  || ||||| |||| ||||| ||||    
T  13086452 gaagctaaaataattcaagagataaaagataattgtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagtgtacc 13086353  T
Q  150 ttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgt 249  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| | ||  | |||| |||||||||||||||  ||||    
T  13086352 ttcatggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagattatgt 13086253  T
Q  250 tagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggata 349  Q
    ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| || | ||||||  ||||||||||||||||    
T  13086252 taaaccaaatactaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggata 13086153  T
Q  350 tcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaa 449  Q
    ||  ||| |||||| ||| | ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||||||   |  ||||||    
T  13086152 tcagataaaggacatattttgcatgtaccatcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaa 13086053  T
Q  450 tgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcaca 488  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  13086052 tgaaaatggttgcagctgctatgttatggaagtttcaca 13086014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 131 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 13204723 - 13204385
Alignment:
Q  131 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 230  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13204723 cttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13204624  T
Q  231 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 330  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13204623 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13204524  T
Q  331 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaa 430  Q
    |  ||| ||||||||| ||||  | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||| | || |||    
T  13204523 taagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtttgggtaaa 13204424  T
Q  431 gatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgct 469  Q
    ||| ||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||    
T  13204423 gatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgct 13204385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 131 - 495
Target Start/End: Original strand, 13070104 - 13070468
Alignment:
Q  131 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 230  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13070104 cttgataatctagtgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13070203  T
Q  231 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 330  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13070204 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13070303  T
Q  331 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaa 430  Q
    |  ||| ||||||||| ||||  | | |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||| | || |||    
T  13070304 taagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgttccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaa 13070403  T
Q  431 gatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcacacacaggt 495  Q
    ||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||    
T  13070404 gatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggt 13070468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 131 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 13094663 - 13094299
Alignment:
Q  131 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 230  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || || |||| ||    
T  13094663 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatac 13094564  T
Q  231 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 330  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13094563 tacctagtggataccatgttactccaaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13094464  T
Q  331 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaa 430  Q
    |  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  |||| || ||||  ||| | || |||    
T  13094463 taagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaa 13094364  T
Q  431 gatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcacacacaggt 495  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||    
T  13094363 gatattagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggt 13094299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 23 - 495
Target Start/End: Original strand, 30367931 - 30368400
Alignment:
Q  23 tggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtg 122  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| || ||||| | || |||| ||| ||    |||| ||    
T  30367931 tggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagataattgtgtatcaaaacatgagaattggataac----ttcaatg 30368026  T
Q  123 -tgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaatt 221  Q
     || ||   |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || | ||| | |||||  ||||||| ||||| |  |   ||||| | || |    
T  30368027 gtggaaagccttgataagctagtctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggttgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaat 30368126  T
Q  222 ccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattg 321  Q
    | |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||    
T  30368127 ctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattg 30368226  T
Q  322 cctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgt 421  Q
    | ||||||||  ||| ||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| || ||||| |||    
T  30368227 catggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgt 30368326  T
Q  422 ctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcacacacaggt 495  Q
     | || |||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||    
T  30368327 atgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggt 30368400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 131 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 13007464 - 13007130
Alignment:
Q  131 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 230  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | |||||||||| ||    
T  13007464 cttgataagctagtgtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatac 13007365  T
Q  231 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 330  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13007364 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13007265  T
Q  331 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaa 430  Q
    |  ||| ||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||| | || ||     
T  13007264 taagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtatgggcaag 13007165  T
Q  431 gatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagc 465  Q
    |||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  13007164 gatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagc 13007130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 131 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 13101264 - 13100901
Alignment:
Q  131 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 230  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |  ||| || | || ||||||| ||    
T  13101264 cttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgatatac 13101165  T
Q  231 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 330  Q
    | ||||||||||| | | ||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13101164 ttcctagtggagagcgttttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13101065  T
Q  331 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaa 430  Q
    |  ||| ||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| || ||||| ||| | || ||     
T  13101064 taagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaag 13100966  T
Q  431 gatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcacacacaggt 495  Q
    |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||    
T  13100965 gatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttaccgaagtttcacatacaggt 13100901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 13130188 - 13129728
Alignment:
Q  32 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcag---tgtgaaag 128  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| || |||||| |||||| ||||  ||| ||   ||| ||   ||||   |    
T  13130188 tcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagagggtaatcggattac---tttgaggcatgtg---g 13130095  T
Q  129 agcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatac 228  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |  ||| || | || || ||||     
T  13130094 atcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatat 13129995  T
Q  229 actacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaa 328  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||    
T  13129994 actacctagtggataccatgttagtccaaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaa 13129895  T
Q  329 tttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaa 428  Q
    |||  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||  |||| || ||||  ||| | || |    
T  13129894 tttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggta 13129795  T
Q  429 aagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcacacacaggt 495  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||    
T  13129794 aagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggt 13129728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 129 - 484
Target Start/End: Original strand, 13065139 - 13065494
Alignment:
Q  129 agcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatac 228  Q
    |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | || || |||| |||| | ||  | ||||     
T  13065139 agcttgataaactaatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatat 13065238  T
Q  229 actacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaa 328  Q
    ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| || || ||| |||||    
T  13065239 acttcctagtggagtccatgtaagtccaaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaa 13065338  T
Q  329 tttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaa 428  Q
    |||  ||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||| | || |    
T  13065339 tttaagcctgagagatggatatcaaaaagcggacaaattatacatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggta 13065438  T
Q  429 aagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagttt 484  Q
    ||||||| || ||| || ||||||| |||| ||| || ||| || |||||||||||    
T  13065439 aagatatcaccttcgttgaaatgaagatggctgccgcggctatactatggaagttt 13065494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 131 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 13161785 - 13161421
Alignment:
Q  131 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 230  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13161785 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatac 13161686  T
Q  231 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 330  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||| |||||||    
T  13161685 tacctagtggagaacgtattagtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatt 13161586  T
Q  331 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaa 430  Q
    |  ||| ||||||||||||||  | || ||| | |||||||||||||| || |||||||||||| | || ||  |||| || ||||  ||| | || |||    
T  13161585 taagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccttcttacaagttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaa 13161486  T
Q  431 gatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcacacacaggt 495  Q
    ||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||    
T  13161485 gatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggt 13161421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 19727525 - 19727461
Alignment:
Q  20 ttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactg 84  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  19727525 ttttggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactg 19727461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 72
Target Start/End: Original strand, 12963727 - 12963780
Alignment:
Q  19 cttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagat 72  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  12963727 cttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagat 12963780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 23 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 13007569 - 13007508
Alignment:
Q  23 tggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactg 84  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  13007569 tggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactg 13007508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 13161890 - 13161810
Alignment:
Q  23 tggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataat 103  Q
    |||||| | |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| ||  ||||| |||||||||||    
T  13161890 tggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataat 13161810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 69
Target Start/End: Original strand, 13069999 - 13070045
Alignment:
Q  23 tggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaaga 69  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13069999 tggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaaga 13070045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 13204831 - 13204766
Alignment:
Q  20 ttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgt 85  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| | |||||||    
T  13204831 ttttggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgt 13204766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 36668368 - 36668331
Alignment:
Q  152 catggagctatatttgaagccttaaggctttatccacc 189  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36668368 catggagctttatgtgaagccttaaggctttatccacc 36668331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 32 - 72
Target Start/End: Original strand, 31396508 - 31396548
Alignment:
Q  32 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagat 72  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  31396508 tcaactcatcctaatgtggaagccaaaattattcaagagat 31396548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University