View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12339_low_2 (Length: 669)

Name: NF12339_low_2
Description: NF12339
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12339_low_2
NF12339_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-658)||(44085952-44086593)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 658
Target Start/End: Original strand, 44085952 - 44086593
Alignment:
Q  17 attcacaaagcctttgatgatcttcccaacaagacaacacgtacgtggaacacgctgctctcattttactcnnnnnnnggagttttcaatcaagcttata 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  44085952 attcacaaagcctttgatgatcttcccaacaagacaacacgtacgtggaacacgctgctctcattttactcaaaaaaaggagttttcaatcaagcttata 44086051  T
Q  117 aactgttcgatgaaatgccgcaaagaaaccttgttagttataactcacttatatcaggtttaacacgtcacgagtttcataaagaagctgttaaattttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44086052 aactgttcgatgaaatgccgcaaagaaaccttgttagttataactcacttatatcaggtttaacacgtcacgagtttcataaagaagctgttaaattttt 44086151  T
Q  217 tagggagatgcaaaatggtgttggtgttttgatgttagacgagttcacgcttgttagcatagtgagtaactgttcttgtttgggtactgttaaatggttg 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44086152 tagggagatgcaaaatggtgttggtggtttgatgttagacgagttcacgcttgttagcctagtgagtaactgttcttgtttggatactgttaaatggttg 44086251  T
Q  317 cgtcaggttcatggggtggcaactatagttggatttcgcacgaatttgattctcaacaatgctttgattgacgcttatgggaaatgtggggaacccaatt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44086252 cgtcaggttcatggggtggcaactatagttggatttcgcacgaatttgattctcaacaatgctttgattgacgcttatgggaaatgtggggaacccaatt 44086351  T
Q  417 catcgttttgtttgtttcgttcgatggtagagaaagatgtagtgtcttggacatcaatggtagttacatacacaagagcatcgaggattgatgatgcatg 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44086352 catcgttttgtttgtttcgttcgatggtagagaaagatgcagtgtcttggacatctatggtagttacatacacaagagcatcgaggattgatgatgcatg 44086451  T
Q  517 caaggtgtttaatgaaatgccagttaaatacacggtttcttgggctgctttgatctcgggtttcgttaaaaatggacgctgttatgaagctttagaagtg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44086452 caaggtgtttaatgaaatgccagttaaatacacggtttcttgggctgctttgatctcgggtttcgttaaaaatggacgctgttatgaagctttagaagtg 44086551  T
Q  617 tttcaccaaatgattaaagaaggggtactgcctagggcacag 658  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44086552 tttcaccaaatgattaaagaaggggtactgcctagggcacag 44086593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University