View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12350_low_1 (Length: 551)

Name: NF12350_low_1
Description: NF12350
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12350_low_1
NF12350_low_1
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (15-533)||(3818627-3819145)
chr3 (15-535)||(47338730-47339250)
chr3 (120-533)||(47347202-47347615)
chr3 (57-533)||(47349741-47350214)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (69-492)||(5394359-5394779)
chr1 (69-491)||(5390821-5391240)
chr1 (69-491)||(5399540-5399959)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 533
Target Start/End: Original strand, 3818627 - 3819145
Alignment:
Q  15 gtgctctttcgatttgttcatgctatctgtaaacccattccctccaaaacaagcatctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3818627 gtgctctttcgatttgttcatgctatctgtaaacccattccctccaaaacaagcatctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgttacctgc 3818726  T
Q  115 aacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3818727 aacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcct 3818826  T
Q  215 caatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacatcaccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3818827 caatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacatcaccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccac 3818926  T
Q  315 tgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagtaattctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3818927 tgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagtaattctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccc 3819026  T
Q  415 tcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcatactgtaaggtgaaaatccaaagatgagaagtggcctatgaacagacc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3819027 tcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcatactgtaaggtgaaaatccaaagatgagaagtggcctatgaacagacc 3819126  T
Q  515 aactcacaccttctttctt 533  Q
    |||||||||||||||||||    
T  3819127 aactcacaccttctttctt 3819145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 47339250 - 47338730
Alignment:
Q  15 gtgctctttcgatttgttcatgctatctgtaaacccattccctccaaaacaagcatctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47339250 gtgctctttcgatttgttcatgctatctgtaaacccattccctccaaaacaagcatctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgc 47339151  T
Q  115 aacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47339150 aacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcct 47339051  T
Q  215 caatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacatcaccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47339050 caatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacatcaccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccac 47338951  T
Q  315 tgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagtaattctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccc 414  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47338950 tgcagcccaaatatgttgctcagcaatcaaatcagcatcagaagccatgtagtaattctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccc 47338851  T
Q  415 tcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcatactgtaaggtgaaaatccaaagatgagaagtggcctatgaacagacc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47338850 tcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcatactgtaaggtgaaaatccaaagatgagaagtggcctatgaacagacc 47338751  T
Q  515 aactcacaccttctttcttcc 535  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  47338750 aactcacgccttctttcttcc 47338730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 120 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 47347615 - 47347202
Alignment:
Q  120 attctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47347615 attctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgacaacttcaaacgaggaccttcctcgtcaaacccatactcctcaatc 47347516  T
Q  220 ccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacatcaccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcag 319  Q
    ||||| |||||||| | ||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  47347515 ccaaactgttccgccaaaaccttccatagttgtttccatctaaaaacatcaccattgctacagttaaaagcttcgttcttagcataaggatccactgcgg 47347416  T
Q  320 cccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagtaattctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatg 419  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||   | |||  ||||||||||  ||| || || |||||| ||||||||||||| || ||    
T  47347415 cccaaatatgttgctctgcaatcaaatccgcatcagaagccacagaataagactcccaagctccctttgtaccgggaaatttcaacggaacaccttcgtg 47347316  T
Q  420 cttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcatactgtaaggtgaaaatccaaagatgagaagtggcctatgaacagaccaactc 519  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||  || |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||| || |   | || ||||||||||||||||||    
T  47347315 cttgcaaattgcagcataaacacaaagtgtaccaacgagattcatcaaactataaggtgaaaatccaaatataacttgaggtctatgaacagaccaactc 47347216  T
Q  520 acaccttctttctt 533  Q
    | ||| ||||||||    
T  47347215 aaaccctctttctt 47347202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 57 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 47350214 - 47349741
Alignment:
Q  57 tccaaaacaagcatctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggaccctta 156  Q
    |||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    || | | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47350214 tccaaaagtagcatccgcaacccaccactcagcaacttcttccaacttcgtaggttgaagctcgttctccttcacaatctcatcccaaactggaccctta 47350115  T
Q  157 tccttcatcaactccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttcc 256  Q
    |||||||||| ||| |  ||| | ||||||||||| |||||||   | ||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||    
T  47350114 tccttcatcatctcagccaaccttaaacgaggaccgtcctcgt---atccatactcctcaatctcaaattgttccgtcaaaaccttccacaattgtttcc 47350018  T
Q  257 acctaaaaacatcaccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcaga 356  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||    
T  47350017 acctaaaaacatcaccattgctacaattgaacgcttcattcttagcataagtatccactgcagcccaaatgtgttgctctgcaatcaaatctgcatccga 47349918  T
Q  357 agccatgtagtaattctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatg 456  Q
    |||||| || ||| |||||||||||  ||| || || |||||| |||| | ||     |||||||| ||||||||||||||||  ||||  || ||||      
T  47349917 agccatataataactctcccaagctctcttggtaccgggaaatttcaaagaaatgtgttcatgcttgcaaattgcagcgtaaaggcaaagcgtgccaaca 47349818  T
Q  457 atattcatcatactgtaaggtgaaaatccaaagatgagaagtggcctatgaacagaccaactcacaccttctttctt 533  Q
    | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  47349817 acattcatcaaactgtaaggtgagaatccaaagatgagaaggggtctatgaacagaccaactcaaaccctctttctt 47349741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 81; Significance: 7e-38; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 69 - 492
Target Start/End: Original strand, 5394359 - 5394779
Alignment:
Q  69 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 168  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  5394359 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 5394458  T
Q  169 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 268  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||| | |||||||    
T  5394459 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacttgaaaacat 5394555  T
Q  269 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagta 368  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||  ||||| |||||  |  | ||    
T  5394556 caccattactgcaattgaatgcttcattctttgcgttaggatccgctgcaccccaaatatgttgttcggctattaaattagcatctgaagcagtagaata 5394655  T
Q  369 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 468  Q
    |  |||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  5394656 acactcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaaaggaagaccctcatgcttgcaaattgcggcgtaaacacaaagcgtgccaatgacgttcatcatg 5394755  T
Q  469 ctgtaaggtgaaaatccaaagatg 492  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  5394756 ctataaggtgaaaatccaaagatg 5394779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 69 - 491
Target Start/End: Original strand, 5390821 - 5391240
Alignment:
Q  69 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 168  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  5390821 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 5390920  T
Q  169 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 268  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  5390921 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 5391017  T
Q  269 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagta 368  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||  ||||| |||||  |  | ||    
T  5391018 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 5391117  T
Q  369 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 468  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  5391118 acattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 5391217  T
Q  469 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 491  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5391218 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 5391240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 69 - 491
Target Start/End: Original strand, 5399540 - 5399959
Alignment:
Q  69 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 168  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  5399540 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 5399639  T
Q  169 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 268  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  5399640 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 5399736  T
Q  269 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagta 368  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||  ||||| |||||  |  | ||    
T  5399737 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 5399836  T
Q  369 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 468  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  5399837 acattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 5399936  T
Q  469 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 491  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5399937 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 5399959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University