View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12355_low_1 (Length: 1163)

Name: NF12355_low_1
Description: NF12355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12355_low_1
NF12355_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-1101)||(8187863-8188958)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1072; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1072; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 1101
Target Start/End: Complemental strand, 8188958 - 8187863
Alignment:
Q  6 agcagaacctgtgtggcactggcctgggacagatggagtaaagcaaacagcaggatatggtgttcttgttgaagctaatactgcatcccgtttgtgaagc 105  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188958 agcagatcctgtgtggcactggcctgggacagatggagtaaagcaaacagcaggatatggtgttcttgttgaagctaatactgcatcccgtttgtgaagc 8188859  T
Q  106 atctcaaaaagcatactctgaacttgagaagctacctgtttgtgtgaaggctcaagaaccgacagcgaaaatacctgaataagcagttgtacatgctcat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188858 atctcaaaaagcatactctgaacttgagaagctacctgtttgtgtgaaggctcaagaactgacagcgaaaatacctgaataagcagttgtacatgctcat 8188759  T
Q  206 gtatcaaactgtacagctgaccaatctgttggggagtaaagccattaacaagaccatttcttgaagcagaagattgaatgctgcgagtagcttcaggcat 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8188758 gtatcaaactgtacagctgaccaatctgttggggagtaaagccattaacaagaccatttcttgaagcagaagattgaatgctacaagtagcttcaggcat 8188659  T
Q  306 caaaccattccctgaaacaagttgtccattaagccaacaaggcaaaatgggccgcagtggcctgttaacctgtccgaatgtttttctctcactttgggaa 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188658 caaaccattccctgaaacaagttgtccattaagccaacaaggcaaaatgggccgcagtggcctgttaacctgtccgaatgtttttctctcactttgggaa 8188559  T
Q  406 gagctcttccggcgattattttgtctagtctttggtcgtcgtccagcaccatcacactcatttcgggtttctaccgctgcattctcgtcagcatcactgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188558 gagctcttccggcgattattttgtctagtctttggtcgtcgtccagcaccatcacactcatttcgggtttctaccgctgcattctcgtcagcatcactgt 8188459  T
Q  506 ccagcaactcctgaagctctaactcaaagtctgcatcattatcctcatcatcatcaaggttttcattttcatgagatgaaagaccgtcacgttctccacc 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188458 ccagcaactcctgaagctctaactcaaagtctgcatcattatcctcatcatcatcaaggttttcattttcatgagatgaaagaccgtcacgttctccacc 8188359  T
Q  606 ctgtaatacagctgctagaaattttttatactcttcttcatcatcgacattttgaacatcatcttcatcatcggtctcttgaagaaaggtctcaagctca 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8188358 ctgtaatacagctgctagaaattttttatactcttcttcatcatcgacattttgaacatcatcttcatcatcagtctcttgaagaaaggtctcaagctca 8188259  T
Q  706 tcaagactgaaaccttcaagcgaataacgagctctagtacgcatacaaatagcatcctcagtatctatgtctatcactgggcttcggggtttcgttgtgt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188258 tcaagactgaaaccttcaagcgaataacgagctctagtacgcatacaaatagcatcctcagtatctatgtctatcactgggcttcggggtttcgttgtgt 8188159  T
Q  806 tgcttatgtcttctatcctaaaaccatcactagtaccactaatcaagtcattcttcttctccttatcaatctccaattgagatatcatacctgccgcttc 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188158 tgcttatgtcttctatcctaaaaccatcactagtaccactaatcaagtcattcttcttctccttatcaatctccaattgagatatcatacctgccgcttc 8188059  T
Q  906 taaaacaatttcctcctcgccatgttcagaatctactgcactacagatttgctcattatccgttatcttttccaaatctatatccatagatggcccacta 1005  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8188058 taaaacaatttcctcctcgccatgttcagaatctactgcactacagatttgctcattatccgttatcttttccaaatctatatccatagatggcccacta 8187959  T
Q  1006 tctacaacattacgatccaatccatcaccttcagaactcaaacttgatgaagcatccgaaagtgtttcctttagaaacaaaggattaaagtctgca 1101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8187958 tctacaacattacgatccaatccatcaccttcagaactcaaacttgatgaagcatctgaaagtgtttcctttagaaacaaaggattaaagtctgca 8187863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University