View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12356_low_1 (Length: 618)

Name: NF12356_low_1
Description: NF12356
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12356_low_1
NF12356_low_1
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (13-609)||(14757674-14758270)
chr7 (13-512)||(14661151-14661647)
chr7 (13-544)||(14749820-14750348)
chr7 (13-511)||(14652716-14653211)
chr7 (13-529)||(14764914-14765430)
chr7 (13-251)||(14627299-14627537)
chr7 (368-404)||(14812990-14813026)
chr7 (368-404)||(15259985-15260021)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (13-609)||(17570265-17570861)
chr5 (13-512)||(17683614-17684110)
chr5 (13-511)||(17690541-17691036)
chr5 (13-529)||(17563169-17563685)
chr5 (210-534)||(17621799-17622122)
chr5 (13-251)||(17701956-17702194)
chr5 (368-404)||(17521154-17521190)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (13-577)||(15195312-15195876)
chr1 (16-540)||(15196000-15196524)
chr1 (13-577)||(15215730-15216294)
chr1 (16-540)||(15216418-15216942)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (133-534)||(24395329-24395730)
[»] scaffold1961 (1 HSPs)
scaffold1961 (13-234)||(4-225)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 14758270 - 14757674
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14758270 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 14758171  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14758170 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttctgtttaagagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 14758071  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14758070 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 14757971  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14757970 aatgtgccactacttagaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 14757871  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14757870 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactaatggtctctcgaaaatac 14757771  T
Q  513 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttggatgatattcatgttgaatttgtgcacaggtt 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14757770 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttggatgatattcatgttgaatttgtgcagaggtt 14757674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 13 - 512
Target Start/End: Original strand, 14661151 - 14661647
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||    
T  14661151 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtattcaaggagcgtgccggggaagat 14661250  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||| ||    
T  14661251 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagaatttgagactccttttctgcaagttttag 14661350  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    |||| |  |||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  14661351 ctgaatcttacaaggctgaatctgagaaatatattgagtgctgtgactgcgaggattatctcaagaaagttgagaggtgcctgactgaggaaacggatag 14661450  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    |||    || ||||| |||||||  ||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  14661451 aat---tcattacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggag 14661547  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  14661548 aactctgggtttgtaaacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgtgttcctgatggtctcttaaaaatac 14661647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 13 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 14750348 - 14749820
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| | ||||| |||||||    
T  14750348 gaacctgtggagagagaatgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtattcaaggagcatgctgcggaagat 14750249  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||| | ||| ||||||||||||    
T  14750248 gttaatagagaaccgattagaaatctatcaaagatgctaatggatttaggtccctttgtttatgaggaagaatttgagactccttttttacaagtttcag 14750149  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || |  | |||||||||||||||| ||||||||||||  | | | ||||||||||||||||||||    
T  14750148 ctgagttctatagggctgaatcccagaaatttgttgatttttctgattgcggtgattatttcaagaaagttgcaaagcggctgaatgaggaaacagatag 14750049  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    | || |||| |  || ||  || | ||  || |||||||||||| | || |   ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  || ||    
T  14750048 actgagccatttattggatactgggacaaaagagaagattactaatatgct---gaaggagactattgaaaatcacatgcttagattaatccaattgcag 14749952  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  14749951 aattctgggttagtaaacatgctttgtggtgataaatataacgatttgggtagaatgtataacttgttccatcgtgttcctgatggtctcttgaaaatac 14749852  T
Q  513 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtcc 544  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  14749851 gtgaagtgatgacttcacacaacagagagtcc 14749820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 511
Target Start/End: Original strand, 14652716 - 14653211
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||  ||||| ||||| |||||||||    
T  14652716 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaggagcgtgccggggaagat 14652815  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||| ||    
T  14652816 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctgatggatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttag 14652915  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    |||| |  |||| ||||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  14652916 ctgaatcttacaaggctgaatcccagaaatatattaagtgttttgactgtggggattatctcaagaaagttgagagatgcctgaatgaggaaacggatag 14653015  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    | |    || ||||| |||||||  ||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  14653016 agt---tcattacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggag 14653112  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaata 511  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| || |||||||||| ||||||    
T  14653113 aactctgggtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaata 14653211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 13 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 14765430 - 14764914
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| |||||| || | ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||  || ||||| || |||| |    
T  14765430 gaacctgtggagagaaaatgttcttcattcaaaccagataaggactcgactgttgaatatgcttttggaattagtacacagtgagcgtgccggcgaagtt 14765331  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||||| || |||||||| || ||| |||||||||||||| |||  |||| |||  ||||| ||| ||||||| |||| | | ||||| | || ||||     
T  14765330 gttaatagaggactgattagaagtataacaaagatgctaattgatacaggtccttccgtttatgaggaagaatttgagaatccttttctgctagcttcaa 14765231  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||  || |||||||||||||| | ||||| |   ||||||||||||   |||||    
T  14765230 ctgagttctatcgggctgaatcacagatatttattgagtgctgtggttctggggattatctcaagaaggctgagatgcatctgaatgaggaacttgatag 14765131  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    | || |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| | || | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14765130 agtgagccactacttggaccctagcactgaaacgaaaattactactctggtggagaaggagatgctcgaaaatcacatgcttagattaatctataaggag 14765031  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    |  || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  14765030 acttctgggttagtaaacatgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttcagtcgtgtcaccgatggtctcttgaaaatac 14764931  T
Q  513 gtgaagtgacgacttca 529  Q
    ||||||||| |||||||    
T  14764930 gtgaagtgatgacttca 14764914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 251
Target Start/End: Original strand, 14627299 - 14627537
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| || ||||  || || ||||| |||||||||    
T  14627299 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggaatcgattgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaagagcgtgccggggaagat 14627398  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||| ||    
T  14627399 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttag 14627498  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagt 251  Q
    |||| |  |||| ||||||||| || |||| ||| ||||    
T  14627499 ctgaatcttacaaggctgaatcccataaatatattgagt 14627537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 368 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 14813026 - 14812990
Alignment:
Q  368 aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcc 404  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  14813026 aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcc 14812990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 368 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 15260021 - 15259985
Alignment:
Q  368 aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcc 404  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  15260021 aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcc 15259985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 609
Target Start/End: Original strand, 17570265 - 17570861
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17570265 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 17570364  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17570365 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttctgtttatgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 17570464  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17570465 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 17570564  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17570565 aatgtgccactacttggaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 17570664  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17570665 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactaatggtctctcgaaaatac 17570764  T
Q  513 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttggatgatattcatgttgaatttgtgcacaggtt 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17570765 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttggatgatattcatgttgaatttgtgcagaggtt 17570861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 13 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 17684110 - 17683614
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||  |||||  |||| |||||||||    
T  17684110 gaacctgtggagagaaattgttatttattcaaaccagataaggactcaactgtcgaatacgcttttggagtttgtatttaaggagtgtgccggggaagat 17684011  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||| ||    
T  17684010 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagaatttgagactccttttctgcaagttttag 17683911  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    |||| |  |||| |||||||||  |||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17683910 ctgaatcttacaaggctgaatccgagaaatatatcgagtgttgtgactgcggggattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacggatag 17683811  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    |||    || ||||| |||||||  ||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  17683810 aat---tcattacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgctgagattaatcaatatggag 17683714  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  17683713 aactctgggtttgtaaacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgggttcctgatggtctctcaaaaatac 17683614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 17691036 - 17690541
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||    
T  17691036 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggaatcgattgtcgaatatgcttttggagtttgtattcaaggagcgtgccggggaagat 17690937  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||| ||    
T  17690936 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttag 17690837  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    |||| |  |||| ||||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  17690836 ctgaatcttacaaggctgaatcccagaaatatattaagtgttttgactgtggggattatctcaagaaagttgagaggtgcttgaatgaggaaacggatag 17690737  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    | |    || ||||| |||||||  ||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  17690736 agt---tcattacttggaccctaagactgaaaagaaaattattaatgcgatcgagaaggagatgattgaaaatcccatgcctagattaatcaatatggag 17690640  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaata 511  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| || |||||||||| ||||||    
T  17690639 aactctgggtttgtaaacatgatttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgtgttcctaatggtctctcaaaaata 17690541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 13 - 529
Target Start/End: Original strand, 17563169 - 17563685
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| |||||| || | ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  || ||||| || |||| |    
T  17563169 gaacctgtggagagaaaatgttcttcattcaaaccagataaggactcgactgttgaatatgcttttggaattagtacgcagtgagcgtgccggcgaagtt 17563268  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||||| || |||||||| || ||| |||||||||||||| |||  |||| |||  ||||| | | ||||||| |||| | | ||||| | || ||||     
T  17563269 gttaatagaggactgattagaagtataacaaagatgctaattgatacaggtccttccgtttatggggaagaatttgagaatccttttctgctagcttcaa 17563368  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||  || |||||||||||||| | ||||| |   ||||||||||||   |||||    
T  17563369 ctgagttctatcgggctgaatcacagatatttattgagtgctgtggttctggggattatctcaagaaggctgagatgcatctgaatgaggaacttgatag 17563468  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    | || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | || | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  17563469 agtgagccactacttggaccctagcactgaaacgaagattactactctggtggagaaggagatgctcgaaaatcacatgcttagattaatctataaggag 17563568  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    |  || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  17563569 acttctgggttagtaaacatgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttcagtcgtgtcaccgatggtctcttgaaaatac 17563668  T
Q  513 gtgaagtgacgacttca 529  Q
    ||||||||| |||||||    
T  17563669 gtgaagtgatgacttca 17563685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 210 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 17622122 - 17621799
Alignment:
Q  210 cagctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacaga 309  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||| || |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||   ||    
T  17622122 cagctgagttctacagggcagaaactcagaaatttattggatgttgtgattgtggggattatctcaagaaagctgagaggcggctgaatgaggaattgga 17622023  T
Q  310 tagaatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatg 409  Q
    |||| ||  ||| || || || ||||| ||  || |||  ||| ||| | || | | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17622022 tagagtgaaccattatttggatcctaggaccaaagagactattgctaatatggtggtgaaggagattattgaaaatgacatgcttagattaatccatatg 17621923  T
Q  410 gagaactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaa 509  Q
    || || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||  ||||    
T  17621922 gaaaattctgggttagtaaacatgatttgtggtgataaatatgaagacttgggtagaatgtataacttgttccgtcgtgttcctgatgttctct-aaaaa 17621824  T
Q  510 tacgtgaagtgacgacttcacacat 534  Q
    || |||| |||| ||||||||||||    
T  17621823 tatgtgacgtgatgacttcacacat 17621799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17702194 - 17701956
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||   || || ||||| |||||||||    
T  17702194 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgactgtcgaatacgcttttggagtttgtacttaaagagcgtgccggggaagat 17702095  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||| ||    
T  17702094 gttaacagagaactgattagaaatgttacaaagatgctaattgatttaggtccttctgtttatgagcaagtatttgagactccttttctgcaagttttag 17701995  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagt 251  Q
    |||| |  |||| ||||||||| || |||| ||| ||||    
T  17701994 ctgaatcttacaaggctgaatcccataaatatattgagt 17701956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 368 - 404
Target Start/End: Original strand, 17521154 - 17521190
Alignment:
Q  368 aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcc 404  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  17521154 aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcc 17521190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 15195876 - 15195312
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    |||||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |   |||||| |||| |    
T  15195876 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgctttgggaattagtatgcaagtactatgctggagaagtt 15195777  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||| ||| || |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||  ||||| | ||||||||| |||| | | ||||| ||  || |||    
T  15195776 gttaacataaaagtgattagaaatataacaaatatgctaatggatttaggaccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccttttctgcagcttccag 15195677  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    | ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||| | |||||||||||| ||  |||||    
T  15195676 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatag 15195577  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    | || |||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  15195576 agtgagccacttctgggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgattagattaatccttatggag 15195477  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||| ||||||    
T  15195476 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 15195377  T
Q  513 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttg 577  Q
    | |||||||  |||||| |||| ||||| | |   || |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  15195376 gagaagtgattacttcatacattagagactacagtaagcagcttgttactgatccagaaaggttg 15195312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 15196524 - 15196000
Alignment:
Q  16 cctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagatgtt 115  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||| ||||    
T  15196524 cctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgtt 15196425  T
Q  116 aatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcagctg 215  Q
     ||| | ||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||   ||||||||| |||| | | || || |||||||||||||    
T  15196424 gatagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctg 15196325  T
Q  216 agttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatagaat 315  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| || ||| ||| |||||| || |||||||| ||||| | ||||| | |||||||||||| ||  |||| | |    
T  15196324 agttctaccgggctgaatcacagaaattgattgagcgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgataaagt 15196225  T
Q  316 gtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaac 415  Q
    | |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15196224 gagccacttcttggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaac 15196125  T
Q  416 tcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatacgtg 515  Q
    || ||||||||||||||| || ||| |||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||| ||||||| |    
T  15196124 tctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgag 15196025  T
Q  516 aagtgacgacttcacacatcagaga 540  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||    
T  15196024 aagtgatgacttcatacattagaga 15196000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 15216294 - 15215730
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    |||||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |   |||||| |||| |    
T  15216294 gaacctgtggagcgaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatacgctttgggaattagtatgcaagtactatgctggagaagtt 15216195  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||| ||| || |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||  ||||| | ||||||||| |||| | | ||||| ||  || |||    
T  15216194 gttaacataaaagtgattagaaatataacaaatatgctaatggatttaggaccttccgtttatgtgcaagaatttgagaatccttttctgcagcttccag 15216095  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatag 312  Q
    | ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||| | |||||||||||| ||  |||||    
T  15216094 ccgagttctaccgggctgaatcacagaaatttattgagtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgatag 15215995  T
Q  313 aatgtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggag 412  Q
    | || |||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  15215994 agtgagccacttctgggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgattagattaatccttatggag 15215895  T
Q  413 aactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatac 512  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||| ||||||    
T  15215894 aactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatac 15215795  T
Q  513 gtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttg 577  Q
    | |||||||  |||||| |||| ||||| | |   || |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  15215794 gagaagtgattacttcatacattagagactacagtaagcagcttgttactgatccagaaaggttg 15215730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 15216942 - 15216418
Alignment:
Q  16 cctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagatgtt 115  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||| ||||    
T  15216942 cctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgattgtcgaatatgcttttggtattagtatgcaaggactatgctggagaagttgtt 15216843  T
Q  116 aatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcagctg 215  Q
     ||| | ||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||   ||||||||| |||| | | || || |||||||||||||    
T  15216842 gatagaaaactgattagatatataacaaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcagctg 15216743  T
Q  216 agttctacagggctgaatctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatagaat 315  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| || ||| ||| |||||| || |||||||| ||||| | ||||| | |||||||||||| ||  |||| | |    
T  15216742 agttctaccgggctgaatcacagaaattgattgagcgctatgattgtggggattatctaaagaaggctgagatgcgcctgaatgaggtaattgataaagt 15216643  T
Q  316 gtgccactactttgaccctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaac 415  Q
    | |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216642 gagccacttcttggaccctagcactcaaaagaagattactattgtggtggagaaggagatgatcgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaac 15216543  T
Q  416 tcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatacgtg 515  Q
    || ||||||||||||||| || ||| |||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||| ||||||| |    
T  15216542 tctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccgtcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgag 15216443  T
Q  516 aagtgacgacttcacacatcagaga 540  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||    
T  15216442 aagtgatgacttcatacattagaga 15216418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 6e-51; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 133 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 24395730 - 24395329
Alignment:
Q  133 aaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcagctgagttctacagggctgaa 232  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| |   |||||| |  ||||| || ||| ||   ||||| ||||||||||||||||| ||   ||  |||    
T  24395730 aaatataacaaaaatgctaatggatttaggtccagctgtttatggtcaagattttgaggctcattttcttcaagtttcagctgagttttatcaggtagaa 24395631  T
Q  233 tctcagaaatttatcgagtgctgtgattgcggtgattatctcaagaaagttgagaggtgcctgaatgaggaaacagatagaatgtgccactactttga-c 331  Q
    || || | ||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||||||||  |||||| |  |||| ||| | || |    
T  24395630 tcccaaagattcattgagtgttgtgattgtggtgattatcttaagaaagctgaaaggcgtctgaatgaggaaatggatagagttggccattacatggatc 24395531  T
Q  332 cctagcactgaaaagaagattactagtgtgatcgagaaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatccatatggagaactcggggttagtaaaca 431  Q
    || || |||||||||||||||| ||  ||| | |||| | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  24395530 ccgag-actgaaaagaagattaataaagtggtggagacgcagatgattgaaaatcacatgctcaggttaatccatatggagaattctggtttagtcaaca 24395432  T
Q  432 tgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcgtcgtgttactgatggtctctcgaaaatacgtgaagtgacgacttcaca 531  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||  | || ||||| | ||||||||| || |||| ||||| |||    
T  24395431 tgctttgtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttccgccgtgtagccgacggtcttttgaaaatacgagaggtgatgactttaca 24395332  T
Q  532 cat 534  Q
    |||    
T  24395331 cat 24395329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1961 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold1961
Description:

Target: scaffold1961; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 225 - 4
Alignment:
Q  13 gaacctgtggacagagaatgttatttactcaaaacagatcaggactcgactgtcgaatatgcttttggaattagtatgcaaggaacgtgctggggaagat 112  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | | |||||||||||||| |||| ||||||||||   ||||| |||||      
T  225 gaacctgtggagagaaaatgttatttattcaaaccagataaggactcgatttttgaatatgcttttgggattaatatgcaaggactatgctgaggaagtc 126  T
Q  113 gttaatatagaactgattaaaaatattacaaagatgctaatggatttaggttcttttgtttacgagcaagaattcgagacttcgtttctacaagtttcag 212  Q
    ||||||| | ||||||||| ||| || || || |||||||||||||||||| |||  |||||   ||||||||| |||| | | || || ||||||||||    
T  125 gttaataaaaaactgattagaaaaataacgaatatgctaatggatttaggtccttccgtttatatgcaagaatttgagaatcctttgctgcaagtttcag 26  T
Q  213 ctgagttctacagggctgaatc 234  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  25 ctgagttctaccgggctgaatc 4  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University