View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12356_low_27 (Length: 318)

Name: NF12356_low_27
Description: NF12356
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12356_low_27
NF12356_low_27
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (22-305)||(10492845-10493128)
chr7 (113-300)||(13332085-13332272)
chr7 (113-300)||(8668445-8668632)
chr7 (113-276)||(8647705-8647868)
chr7 (113-300)||(3148351-3148538)
chr7 (116-291)||(7876772-7876947)
chr7 (116-300)||(6790390-6790574)
chr7 (119-300)||(8655329-8655510)
chr7 (182-267)||(8591411-8591496)
chr7 (119-305)||(17261367-17261553)
chr7 (119-305)||(17269075-17269261)
chr7 (119-276)||(8660248-8660405)
chr7 (119-297)||(1302294-1302472)
chr7 (116-305)||(8630203-8630392)
chr7 (116-276)||(8584474-8584634)
chr7 (119-282)||(8610662-8610825)
chr7 (182-276)||(8602738-8602832)
chr7 (116-300)||(27829283-27829467)
chr7 (185-288)||(8577281-8577384)
chr7 (188-276)||(8546679-8546767)
chr7 (191-291)||(8582652-8582752)
chr7 (194-276)||(8104069-8104151)
chr7 (243-291)||(8382295-8382343)
chr7 (181-236)||(29576992-29577047)
chr7 (182-291)||(8538793-8538902)
chr7 (191-288)||(8572582-8572679)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (113-300)||(9322999-9323186)
chr4 (113-300)||(9377478-9377665)
chr4 (113-300)||(9334971-9335157)
chr4 (119-282)||(35133452-35133615)
chr4 (116-271)||(30776126-30776281)
chr4 (194-236)||(23586538-23586580)
chr4 (194-236)||(23595371-23595413)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (119-283)||(15596056-15596220)
chr1 (116-305)||(4677478-4677667)
chr1 (116-291)||(34465186-34465361)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (116-277)||(28220950-28221111)
chr5 (113-305)||(42554122-42554314)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (116-271)||(43626329-43626484)
chr2 (113-301)||(16656535-16656723)
chr2 (177-305)||(12235773-12235901)
chr2 (116-282)||(14705461-14705627)
chr2 (181-282)||(12257917-12258018)
chr2 (119-305)||(7543252-7543438)
chr2 (179-305)||(12244404-12244530)
chr2 (116-310)||(16661004-16661198)
chr2 (177-270)||(12000343-12000436)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (113-301)||(43745803-43745988)
chr8 (188-291)||(12529857-12529960)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (116-300)||(28911294-28911470)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 22 - 305
Target Start/End: Original strand, 10492845 - 10493128
Alignment:
Q  22 tattacttacaaaacaaaacaaaaaagttctgtttcttttcgtgtcatggattccatcnnnnnnnnnnnnntcacgacaaaagaatatgaagcagtggga 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10492845 tattacttacaaaacaaaacaaaaaagttctgtttcttttcgtgtcatggattccatcaaaaaaagaaaaatcacgacaaaagaatatgaagcagtggga 10492944  T
Q  122 atagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacacctt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10492945 atagatcttggaacaacctactcatgtgttgctgtatggcttgatgaacaccaaagagttgaaattattcacaatgatcaaggaaatagaactacacctt 10493044  T
Q  222 cttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10493045 cttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtct 10493128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 113 - 300
Target Start/End: Original strand, 13332085 - 13332272
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13332085 gcagtgggaatcgaccttggaacaacctactcatgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 13332184  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13332185 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaagattgattggtgatgctgccaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 13332272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 113 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 8668632 - 8668445
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  8668632 gcagtgggaatagatcttggaacaacctattcatgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaa 8668533  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8668532 taacaccttcttttgttgctttcaacaatgaacaaaggttgattggcgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaacac 8668445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 113 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8647868 - 8647705
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8647868 gcagtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacacaatagagttgagattattcacaatgatcaaggaaacagaa 8647769  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 276  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  8647768 ctacaccttcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgattggtgatgccgctaaaaatca 8647705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 113 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 3148538 - 3148351
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||    
T  3148538 gcagtgggaatcgaccttggaacaacgtattcgtgcgttgctgtttggctcgatgagcacaacagagttgagattattcacaatgaccaaggcaacaaaa 3148439  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  3148438 ccacaccttcttttgttgctttcactgatgatcaaaggttggttggtgatgctgctaagaatcaagctcccacaaaccctgaaaacac 3148351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 116 - 291
Target Start/End: Original strand, 7876772 - 7876947
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |    
T  7876772 gtgggaatagaccttggaacaacgtattcctgtgttgctgtgtggcttgatgaacacaatagagtcgaaattattcacaatgaacaaggcaacagaacaa 7876871  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccc 291  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||| |||||||    
T  7876872 caccttcttttgttgctttcacgaatgatcaaaggttgattggtgatgctgccaaaaatcaggctgcctctaaccc 7876947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 116 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 6790574 - 6790390
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||||||||| || |||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| |    
T  6790574 gtgggaatagacctgggaacaacatattcttgtgttggtgtgtggcttgatgaacacaatagagttgagattattcacaatgaccaaggtaacaaaacca 6790475  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||||||    
T  6790474 caccttcttttgttgctttcaccgatgaccaaaggttgatcggtgatgctgctaagtatcaagctgccaccaacccgcaaaacac 6790390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 119 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 8655510 - 8655329
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8655510 ggaatagacctcggaacaacctattcatgtgttgctgtgtggcttgacgatcacaatagagttgagattattcacaatgatcaaggcaatagaactacac 8655411  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    ||||| ||||||||||||   || ||||||||||||||||  |||  ||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  8655410 cttctgttgttgctttcactgattatcaaaggttgattggcaatggagctgagaatcaatctgctaccaaccccgaaaacac 8655329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 182 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 8591496 - 8591411
Alignment:
Q  182 gagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgc 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8591496 gagattattcacaatgatcaaggaaatagaattacaccttcttttgttgcttttactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgc 8591411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 17261553 - 17261367
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    |||||||| ||||| || || ||||| |||||||| || |||| ||| |||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||| |    
T  17261553 ggaatagaccttgggacgacatactcttgtgttgccgtatggcatgaagaacatggtagagttgagatcattcacaatgatcaaggaaacaaaattactc 17261454  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    ||||||||||||||||    || ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||    
T  17261453 cttcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggttgatcggtgatgccgctaagaatcaagctgccataaacccagaaaacaccgtct 17261367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 17269261 - 17269075
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||   |||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||| |    
T  17269261 ggaatagaccttgggacgacatactcatgtgttgctgtgtggcatgaagaacacggtagagttgagattatacacaatgatcaaggcaacaaaactactc 17269162  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    | ||||||||||||||    || ||| ||||||| || |||||| | |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||    
T  17269161 cgtcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggtttatcggtgattccgctaagaatcaagctgccatgaacccagaaaacaccgtct 17269075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 119 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8660405 - 8660248
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  | ||| |  |||| ||||| ||  |||| || |||||||| | ||| ||||    
T  8660405 ggaatagaccttggaacaacctattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatcgagtcgagatcatctacaacgaccaaggaaacaaaacaacac 8660306  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 276  Q
    |||| |||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8660305 cttcatttgttgctttcactgacgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 8660248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 119 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 1302472 - 1302294
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||  | ||| | ||||| ||||| ||  |||| || ||||| || | ||| ||||    
T  1302472 ggaatagaccttggaactacttattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatagagtagagatcatctacaacgaccaaggcaacaaaacaacac 1302373  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaa 297  Q
    | |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| || || ||||||||    
T  1302372 cgtcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaggctgcaaccaatcctgaaaa 1302294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 116 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 8630392 - 8630203
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| ||| | || ||| |  | |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||  |    
T  8630392 gtgggaatagaccttggaacaacctattcttgtgttggtgtttggttggaagaaaagaacagagttgagattattcacaatgatgaaggcaataaaatca 8630293  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    ||||||| || |||||||| | | |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||  ||||||  |||||  ||||||| ||||    
T  8630292 caccttccttcgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatcaggctgccatcaacccacaaaacactgtct 8630203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 116 - 276
Target Start/End: Original strand, 8584474 - 8584634
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| ||| | || ||| |  | |||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||  |    
T  8584474 gtgggaatagaccttggaacaacctattcttgtgttggtgtttggttggaagaaaagaacagagttgagattattcacaacgatgaaggcaataaaatca 8584573  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 276  Q
    ||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||    
T  8584574 caccttcctttgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatca 8584634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 119 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 8610825 - 8610662
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||  ||  || || | |||| |||||| || || ||||| |||||||| ||||| || |    
T  8610825 ggaattgatcttggaacaacctattcatgtgttgctgtatggcaggaacaaaacaacagagctgagataatccataatgagcaaggaaacagaaccactc 8610726  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgc 282  Q
    |||||||||||||||||     ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  8610725 cttcttttgttgctttctctggtgatcaaaggttgataggtgatgctgctaaaaatcaagctgc 8610662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 182 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8602832 - 8602738
Alignment:
Q  182 gagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |   ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  8602832 gagattattcacaatgatcaaggaaacagaactactccttcttttgttgcttttactgatgataaaaggttgatcggtgatgctgccaaaaatca 8602738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 116 - 300
Target Start/End: Original strand, 27829283 - 27829467
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    |||||||| || || || ||||| |||||||| ||||| | |||||  ||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |  || |    
T  27829283 gtgggaattgacctaggtacaacgtactcgtgcgttgcagcgtggcaggatcaacacaacagagtggagattattcacaatgaacaaggcaacaagacaa 27829382  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    ||||||||| |||||||||||   |  | || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | |||||| |||||||    
T  27829383 caccttcttgtgttgctttcacggacaaacagaggttgattggtgatgctgctaagaaccaagctgcttccaaccctcaaaacac 27829467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 185 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 8577384 - 8577281
Alignment:
Q  185 attattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgcca 284  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| | ||||  |||||| |||||||| |||||||| || |||||| |||| |    
T  8577384 attatacacaatgatcaaggaaacagaaccactccttcttgtgttgcttttaccaattctcaaagattgattggcgatgctgccaaaaatcaagctgcta 8577285  T
Q  285 ctaa 288  Q
    ||||    
T  8577284 ctaa 8577281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8546767 - 8546679
Alignment:
Q  188 attcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 276  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||  |||   |||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  8546767 attcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgctttcacaaattcccaaaggctgattggtgatgctgccaaaaatca 8546679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 8582752 - 8582652
Alignment:
Q  191 cacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaacc 290  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||| |  |||  |||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||  ||||||    
T  8582752 cacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagctgcttctaacc 8582653  T
Q  291 c 291  Q
    |    
T  8582652 c 8582652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8104151 - 8104069
Alignment:
Q  194 aatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 276  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| |||| |||||||||||   ||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8104151 aatgatcaagggaacagaacgacaccgtcttatgttgctttcactgatagtgaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 8104069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 243 - 291
Target Start/End: Original strand, 8382295 - 8382343
Alignment:
Q  243 atcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccc 291  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  8382295 atcaaaggttggttggtgatgctgctaagaatcagactgcctctaaccc 8382343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 181 - 236
Target Start/End: Original strand, 29576992 - 29577047
Alignment:
Q  181 tgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttca 236  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  29576992 tgagatcatccacaatgatcaaggcaatagaaccacaccttctgttgtagctttca 29577047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 8538902 - 8538793
Alignment:
Q  182 gagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctg 281  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| ||| |  |||  |||| | ||||||||||||||||| || |||||| ||     
T  8538902 gagatcatacacaacgatcaaggaaacaaaaccacaccttcttgtgttggttttagtaattctcaacgattgattggtgatgctgccaaaaatcaagctt 8538803  T
Q  282 ccactaaccc 291  Q
    || |||||||    
T  8538802 cctctaaccc 8538793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 8572679 - 8572582
Alignment:
Q  191 cacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaa 288  Q
    |||||||| |||||||| ||||| || || |||| ||||||||| |  |||  |||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||||    
T  8572679 cacaatgaccaaggaaacagaacaactccctcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgatcggtgatgctgccaaaaatcaagctgctactaa 8572582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 113 - 300
Target Start/End: Original strand, 9322999 - 9323186
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  9322999 gcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaa 9323098  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9323099 caacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaacac 9323186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 113 - 300
Target Start/End: Original strand, 9377478 - 9377665
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  9377478 gcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaa 9377577  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9377578 caacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaacac 9377665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 113 - 300
Target Start/End: Original strand, 9334971 - 9335157
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  9334971 gcagtgggtatagatcttggaacaacctattcttgtgttgctgtgtggcttgatcaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaa 9335070  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9335071 caacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttga-tggtgatgctgctaagaatcaatctgctactaaccctgaaaacac 9335157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 119 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 35133615 - 35133452
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    |||||||| || |||||||| || || |||||||| || ||||  ||  ||||| |  |||| || || |||||||| |||||| | || | ||| ||||    
T  35133615 ggaatagacctcggaacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaagaacaacactatcgagtcgaaatcattcacaacgatcaaagcaacaaaacaacac 35133516  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgc 282  Q
    |||||| | |||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  35133515 cttcttgtattgctttcactaaggatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagctgc 35133452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 30776281 - 30776126
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||  |  | |||||||| ||||| ||||| ||| |||| |  | ||  |    
T  30776281 gtggggatagaccttggaacaacgtactcgtgtgtggctgtttggctggaggagaaaaacagagttgaaattatccacaacgatgaaggcagcaaaatca 30776182  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaag 271  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||| | |||| ||||||||||    
T  30776181 caccttcttttgttgctttcactgatggtcaaaggttggtcggtgctgctgctaag 30776126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 236
Target Start/End: Original strand, 23586538 - 23586580
Alignment:
Q  194 aatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttca 236  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23586538 aatgatcagggtaatagaactacaccttcttatgttgctttca 23586580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 236
Target Start/End: Original strand, 23595371 - 23595413
Alignment:
Q  194 aatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttca 236  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23595371 aatgatcagggtaatagaactacaccttcttatgttgctttca 23595413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 119 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 15596220 - 15596056
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||    
T  15596220 ggaatagaccttggaacaacgtattcttgtgttgctgtgtggcttgatgaacagaatagagtcgagattatccacaatgaccaaggaaacagaattacac 15596121  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgcc 283  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  15596120 cttcttttgtttctttcactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagagtcaagctgcc 15596056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 116 - 305
Target Start/End: Original strand, 4677478 - 4677667
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||  | ||| | ||||| ||||||||| ||||||| ||||| || | ||| |    
T  4677478 gtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaatgaacaaggcaacaaaacaa 4677577  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    ||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  4677578 caccttcttttgttgcttttactgatgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaaacactgtct 4677667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 116 - 291
Target Start/End: Original strand, 34465186 - 34465361
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||  ||  |||||   ||||| ||||||||| ||||||| ||||| || | ||| |    
T  34465186 gtgggaatagaccttggcacaacctactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacacagtagagtagagattattgacaatgaccaaggtaacacaacca 34465285  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccc 291  Q
    ||||||||||||||||||| |   |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||    
T  34465286 caccttcttttgttgcttttactcatgatcaaagattgatcggtaatgctgctaagaatcaaactgctaccaaccc 34465361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 116 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 28221111 - 28220950
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||  ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| || | ||| |    
T  28221111 gtgggaatagatcttggaacaacgtattcatgtgttgctgtgtggcaagatgaacacaatagggttgagattattcacaatgatcaaggcaacaaaacaa 28221012  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaa 277  Q
    | ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  28221011 ctccttcttttgttgctttcaccgatgatgaaaggttgattggcgatgctgctaaaaatcaa 28220950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 113 - 305
Target Start/End: Original strand, 42554122 - 42554314
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||   ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  42554122 gcagtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttactgtgtgggaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaaaa 42554221  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    | |||||||||||||||||||| |   || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||    
T  42554222 caacaccttcttttgttgcttttactcatcatgaaaggttgattggtgatgctgctaaggatcaaaccgccaccaacccccaaaacactgtct 42554314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 116 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 43626484 - 43626329
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  43626484 gtgggaatagaccttggaacaacgtattcttgtattgctgtgtggcttgatgaaaacagaagagtagagattatccacaatgaccaaggaaacagaacta 43626385  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaag 271  Q
    |||||||||||||| ||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  43626384 caccttcttttgtttctttcactaaggaccaaaggttgattggtgatgctgctaag 43626329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 113 - 301
Target Start/End: Original strand, 16656535 - 16656723
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||| | ||    ||| | ||||  ||||| || |||||||| || ||||| ||||    
T  16656535 gcagtgggaatagaccttggaacaacttattcatgtgttgctgtgtggatggaccgtcacaacagagcagagatcatacacaatgaccagggaaacagaa 16656634  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacacc 301  Q
    | ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||  ||||||||    
T  16656635 caacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagttgccgctaacccacaaaacacc 16656723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 177 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12235901 - 12235773
Alignment:
Q  177 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 276  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| | |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12235901 gagttgagatcattcacaacgatcaaggcaatagaacaaccccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgattggtgatgctgctaagaatca 12235802  T
Q  277 atctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    | ||||  | |||||  ||||||||||||    
T  12235801 agctgcttccaacccgcaaaacaccgtct 12235773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 116 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14705627 - 14705461
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||  ||  ||||  |  ||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| |    
T  14705627 gtgggaatagaccttggtacaacgtactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacattatcgagttgaaatcattcacaacgatcaaggcaatagaacaa 14705528  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgc 282  Q
    | ||||||||||||||||||| | |  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14705527 ctccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagcggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgc 14705461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 181 - 282
Target Start/End: Original strand, 12257917 - 12258018
Alignment:
Q  181 tgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatct 280  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12257917 tgagatcattcacaacgatcaaggaaacagaacaacgccttcttgtgttgcttttactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagct 12258016  T
Q  281 gc 282  Q
    ||    
T  12258017 gc 12258018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 7543438 - 7543252
Alignment:
Q  119 ggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacac 218  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||  ||| ||||| |  ||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| ||||    
T  7543438 ggaatagaccttggcacaacgtactcttgtgttgcagtatggcaggatcaacactatcgagttgaaatcattcacaacgaccaaggcaacagaacaacac 7543339  T
Q  219 cttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    |||||||||||||||||| | |  |||| |||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||  | |||||| ||||||| ||||    
T  7543338 cttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgatcggtgataatgctaagaatcaagctgcttccaaccctcaaaacactgtct 7543252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 305
Target Start/End: Original strand, 12244404 - 12244530
Alignment:
Q  179 gttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaat 278  Q
    ||||| || |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||| |||||||||||   | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||     
T  12244404 gttgaaatcattcacaacgatcagggcaacagaacaacaccttcttgtgttgctttcactgaagatcaaaggtttattggtgatgctgctaaaaatcaag 12244503  T
Q  279 ctgccactaaccctgaaaacaccgtct 305  Q
    ||||  ||||| || ||||||| ||||    
T  12244504 ctgctgctaactctcaaaacactgtct 12244530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 116 - 310
Target Start/End: Original strand, 16661004 - 16661198
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaacta 215  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || ||  |  | |||||||||||||| ||||| ||| |||| || | || ||    
T  16661004 gtgggcatagacctaggaacaacatactcatgtgttgctgtttggttggaagagaaaaacagagttgagattatccacaacgatgaaggcaacaaaatta 16661103  T
Q  216 caccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacaccgtctctgct 310  Q
    ||||||||||||||||||| |   ||| |||||||||| | |||| |||||||||| ||||| |||| |  |||||  |||||||||||| ||||    
T  16661104 caccttcttttgttgcttttactgatgctcaaaggttggtcggtggtgctgctaaggatcaagctgctatcaacccacaaaacaccgtctttgct 16661198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 12000436 - 12000343
Alignment:
Q  177 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaa 270  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||| || | ||  |||||||||| |||||||||||   |  ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  12000436 gagttgaaatcattcacaacgatcaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactgaaaatcaaaggtttgttggtgatgctgctaa 12000343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 113 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 43745988 - 43745803
Alignment:
Q  113 gcagtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || | |     
T  43745988 gcagtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaaa- 43745890  T
Q  213 ctacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacacc 301  Q
      ||| |||||||||||||||| |   || || |||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||    
T  43745889 --acaacttcttttgttgcttttactgatcatgaaaggttgataggtgacgctgctaagaatcaaaccgccaccaaccctcaaaacacc 43745803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 12529960 - 12529857
Alignment:
Q  188 attcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccacta 287  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||| |  |||  ||| || ||||||||| ||||||| || |||||| || || |||    
T  12529960 attcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcagagattgattggtcatgctgccaaaaatcaagcttcctcta 12529861  T
Q  288 accc 291  Q
    ||||    
T  12529860 accc 12529857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 116 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 28911470 - 28911294
Alignment:
Q  116 gtgggaatagatcttggaacaacctactcgtgtgttgctgtgtggcttgatgaacaccaaagagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaa-ct 214  Q
    |||||||| || ||||||| ||| || | | |||||| ||||||||||||||||||| |  ||||| | |||||||||||||||||||| || | || ||    
T  28911470 gtgggaattgaccttggaataacgtatttgagtgttggtgtgtggcttgatgaacacaatggagttaatattattcacaatgatcaaggcaacaaaaact 28911371  T
Q  215 acaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaatctgccactaaccctgaaaacac 300  Q
    |||||||||||         || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||    
T  28911370 acaccttcttt---------caccgatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaggctgccaccaaccccgaaaacac 28911294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University