View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12360_high_1 (Length: 894)

Name: NF12360_high_1
Description: NF12360
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12360_high_1
NF12360_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (29-753)||(5174657-5175393)
chr2 (843-889)||(5174604-5174650)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 5175393 - 5174657
Alignment:
Q  29 agattttttacgcaatttagacccaacgaaatttgattgtatcaaaatgagtttcacaaatttt---gttgattgcattagctgaagctattgatctctt 125  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5175393 agatttcttaagcaatttagacccaacgaaatttgattgtatcaaaatgagtttcacaaaatttattgttgattgcattagctgaagctattgatctctt 5175294  T
Q  126 gttacttgttagcaacgtgcgcaacaggtaagcacctaaattagattattattgacatggattgtaagtgagatctatgttaaaagcacc----atattg 221  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  5175293 gttacttgttagcaacg----caacaggtaagcacctaaattagattattattgacatggattgtaagtgagatctatgttaaaagcacccaccatattg 5175198  T
Q  222 aaaaagataaaaattaggattaaaattggatggatcaacaaaatgaagatgatatgatatca-----gcgtgtttttggatcaccatgttgatgattagg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||            ||||||     
T  5175197 aaaaagataaaaattaggattaaaattggatggatcaacaaaatgaagatgatatgatatcatatcagcgtgtttttggat------------gattagc 5175110  T
Q  317 cttggatct-----ctgttata----attgagtttcatttggacaaaccaaattggaa---atcttaatctgtctaaggtcattttttgcttagcttgga 404  Q
    |||||||||     || |||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||     |||    
T  5175109 cttggatctataatctattatatataattgagtttcatttggacaaacccaattggaattaatcttaatctgtctaaggtcattttttgctt-----gga 5175015  T
Q  405 ctattgaaatttactaactgctagtgactacatctattatctttttgtttttaactcattattgccatttttattgtcaataataatgattactactgtg 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5175014 ctattgaaatttactaactgctagtgactacatctattatctttttgtttttaactcattattgccatttttattgtcaataataatgattactactgtg 5174915  T
Q  505 ttgcctaaggtaatgtttagagtaagacaaggggagggatttaagtatatatttttaactcctatggctatgtttctcctaccatca---ctactctgcc 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  5174914 ttgcctaaggtaatgtttagagtaagacaaggggagggatttaagtatatatttttaactcctatggctatgtttctcctaccatcaaatctactctgcc 5174815  T
Q  602 ggattcatgcaga-ttatgatttgtgttttttaacataagaaacaaaga-tctgagaaaccagagaatattggaattgagactgtacaaatgatacaagt 699  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174814 ggattcatgcagatttatgatttgtgttttttaacataagaaacaaagattctgagaaaccagagaatattggaattgagactgtacaaatgatacaagt 5174715  T
Q  700 attttttctcatacgcaa----catgcatgagttagataaatgttcattttacatatg 753  Q
    ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5174714 attttttctcatacgcaacatgcatgcatgagttagataaatgttcattttaaatatg 5174657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 843 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 5174650 - 5174604
Alignment:
Q  843 tattattgtctacttgctccaattattaacagcaacatatcttatct 889  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174650 tattattgtctacttgctccaattattaacagcaacatatcttatct 5174604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University