View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12362_high_1 (Length: 603)

Name: NF12362_high_1
Description: NF12362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12362_high_1
NF12362_high_1
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (325-499)||(23338815-23338989)
chr3 (338-499)||(3110508-3110669)
chr3 (338-499)||(13990831-13990992)
chr3 (338-499)||(23344375-23344536)
chr3 (338-499)||(40800637-40800798)
chr3 (335-499)||(13985256-13985420)
chr3 (338-499)||(2168650-2168811)
chr3 (338-499)||(2174217-2174378)
chr3 (338-499)||(3112125-3112286)
chr3 (338-499)||(9730312-9730473)
chr3 (336-499)||(40802561-40802724)
chr3 (337-499)||(48216335-48216497)
chr3 (338-499)||(13980655-13980816)
chr3 (338-494)||(13991992-13992148)
chr3 (338-452)||(9724670-9724783)
chr3 (394-474)||(34578841-34578921)
chr3 (345-420)||(20454624-20454699)
chr3 (449-499)||(9721562-9721612)
chr3 (338-406)||(21473104-21473172)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (338-499)||(22430347-22430508)
chr2 (338-499)||(22435941-22436102)
chr2 (338-499)||(43776990-43777151)
chr2 (338-499)||(630730-630891)
chr2 (338-499)||(636281-636442)
chr2 (338-499)||(7909962-7910123)
chr2 (338-499)||(7917417-7917578)
chr2 (338-499)||(14898782-14898943)
chr2 (338-499)||(22424977-22425138)
chr2 (338-499)||(14893225-14893390)
chr2 (337-499)||(43771463-43771623)
chr2 (338-492)||(26694152-26694306)
chr2 (338-499)||(1519141-1519306)
chr2 (338-474)||(1525641-1525783)
chr2 (411-492)||(26702321-26702402)
chr2 (338-436)||(19052428-19052526)
chr2 (441-494)||(11147147-11147200)
chr2 (431-491)||(14188410-14188470)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (337-499)||(28375720-28375882)
chr5 (338-499)||(28366980-28367141)
chr5 (39-212)||(38090137-38090308)
chr5 (338-499)||(30963173-30963332)
chr5 (338-499)||(1536554-1536715)
chr5 (211-333)||(38091525-38091647)
chr5 (389-499)||(30927382-30927490)
chr5 (339-499)||(34647933-34648089)
chr5 (338-393)||(30957702-30957757)
chr5 (338-384)||(14664069-14664115)
chr5 (338-384)||(24111232-24111278)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (337-499)||(26711476-26711638)
chr1 (338-499)||(15716623-15716784)
chr1 (338-499)||(27178969-27179130)
chr1 (338-499)||(27194970-27195131)
chr1 (337-499)||(15711041-15711203)
chr1 (337-499)||(33498418-33498580)
chr1 (338-467)||(33492968-33493097)
chr1 (373-499)||(3343872-3344002)
chr1 (423-499)||(17721823-17721899)
chr1 (354-436)||(16498808-16498889)
chr1 (428-494)||(16498728-16498794)
chr1 (338-436)||(17721717-17721814)
chr1 (463-499)||(33491523-33491559)
chr1 (440-494)||(27162769-27162823)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (338-499)||(12756161-12756322)
chr8 (333-491)||(41043473-41043631)
chr8 (332-499)||(24052033-24052200)
chr8 (338-492)||(41048858-41049005)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (338-499)||(16648422-16648583)
chr7 (338-499)||(17622783-17622944)
chr7 (338-499)||(32148476-32148637)
chr7 (338-499)||(42208892-42209059)
chr7 (338-499)||(44655598-44655759)
chr7 (338-492)||(42167627-42167781)
chr7 (338-499)||(557871-558032)
chr7 (338-499)||(576054-576215)
chr7 (338-494)||(25499053-25499231)
chr7 (338-472)||(26456872-26457007)
chr7 (338-436)||(25493816-25493914)
chr7 (415-494)||(25493915-25493994)
chr7 (338-473)||(38011710-38011845)
chr7 (338-376)||(42162377-42162415)
chr7 (428-494)||(11726487-11726552)
chr7 (340-385)||(11726616-11726661)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (338-499)||(20192591-20192752)
chr4 (338-499)||(6162247-6162408)
chr4 (338-499)||(20197955-20198116)
chr4 (338-499)||(6156550-6156711)
chr4 (338-492)||(53982094-53982247)
chr4 (434-494)||(12733922-12733982)
chr4 (358-400)||(7156308-7156350)
chr4 (338-384)||(19582035-19582081)
chr4 (338-385)||(7739869-7739916)
[»] scaffold0004 (2 HSPs)
scaffold0004 (338-499)||(345670-345831)
scaffold0004 (338-499)||(350991-351152)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (338-499)||(14855936-14856097)
chr6 (338-499)||(14847078-14847239)
chr6 (338-492)||(26680570-26680723)
chr6 (338-406)||(6933039-6933107)
chr6 (338-391)||(6924849-6924902)
chr6 (67-111)||(25452755-25452799)
chr6 (337-391)||(10345850-10345904)
chr6 (67-111)||(25488656-25488700)
chr6 (67-111)||(26062324-26062368)
chr6 (67-111)||(26082294-26082338)
[»] scaffold0211 (1 HSPs)
scaffold0211 (338-499)||(26903-27064)
[»] scaffold0169 (2 HSPs)
scaffold0169 (338-473)||(8695-8830)
scaffold0169 (365-499)||(10984-11118)
[»] scaffold0124 (2 HSPs)
scaffold0124 (338-436)||(39441-39539)
scaffold0124 (415-499)||(39540-39624)
[»] scaffold0121 (2 HSPs)
scaffold0121 (338-436)||(11510-11608)
scaffold0121 (415-499)||(11425-11509)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 143; Significance: 8e-75; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 325 - 499
Target Start/End: Original strand, 23338815 - 23338989
Alignment:
Q  325 aattcaatatatctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactc 424  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  23338815 aattaaatatatctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattggattattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctc 23338914  T
Q  425 cctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  23338915 cccaagtcattgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatagatcacaagagaataatataatc 23338989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 3110669 - 3110508
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3110669 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 3110570  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3110569 atttctctataaatagagctcatatgtaacttaattatacatcacaagagaataatataatc 3110508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 13990831 - 13990992
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  13990831 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgtttgctccccaagtcattgt 13990930  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13990931 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 13990992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 23344375 - 23344536
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  23344375 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 23344474  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  23344475 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatagatcacaagagaataatataatc 23344536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 40800798 - 40800637
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  40800798 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 40800699  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  40800698 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacataacaagagaataatataatc 40800637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 335 - 499
Target Start/End: Original strand, 13985256 - 13985420
Alignment:
Q  335 atctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcat 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||    
T  13985256 atctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgtttgctccccaagtcat 13985355  T
Q  435 tgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13985356 tgtatttctctataaatagagatcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 13985420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 2168811 - 2168650
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  2168811 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgtttgctccccaagtcattgt 2168712  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2168711 atttctctataaatagagctcatatgtagcctaattatacatcacaagagaataatataatc 2168650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 2174378 - 2174217
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  2174378 tgttatgaatattacaagtgtatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgtttgctccccaagtcattgt 2174279  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2174278 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 2174217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 3112286 - 3112125
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3112286 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttataagatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 3112187  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3112186 atttctctataaatagagctcatatgtaacttaattatacatcacaagagaataatataatc 3112125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 9730473 - 9730312
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||    
T  9730473 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaaatcattgt 9730374  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9730373 atttctctataaatagagctcatatgtaatctaattatacatgacaagagaataatataatc 9730312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 336 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 40802724 - 40802561
Alignment:
Q  336 tctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcatt 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || || ||||||||    
T  40802724 tctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgagttattggatcatattgttagcttattgggcgatattgtgcttgcttcccaagtcatt 40802625  T
Q  436 gtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40802624 gtatttctctataaatagagctcatatgtaacttaattatacatcacaagagaataatataatc 40802561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 337 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 48216497 - 48216335
Alignment:
Q  337 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || || ||||| |||||||||    
T  48216497 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgtcagcttattgggccatattttggttgctccccaagtcattg 48216398  T
Q  437 tatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  48216397 tatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatatatcacaagagaataatataatc 48216335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 13980816 - 13980655
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  13980816 tgttatgaatattataagtggatgtctatataggaattgggttattgggtcatactattagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 13980717  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||| ||||    
T  13980716 atttctctataaatagagctcatatgtaatctaattgtacataccaagagaataatataatc 13980655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 338 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 13992148 - 13991992
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||    
T  13992148 tgttatgaatattataagtggatgtctatatagcaattgggttattgggtcatactattagcttattgggtcatattgtgcttgctcttcaagtcattgt 13992049  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataata 494  Q
     ||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  13992048 gtttatgtataaatagagctcatatgcaacctaattatacatatcaagagaataata 13991992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 338 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 9724783 - 9724670
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  9724783 tgttatgaatattactagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagctt-tttggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 9724685  T
Q  438 atttctctgtaaata 452  Q
    |||||||| ||||||    
T  9724684 atttctctataaata 9724670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 394 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 34578921 - 34578841
Alignment:
Q  394 gttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaatta 474  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34578921 gttagcttattggatcatattgtacttattccccaagtcattgtatttctctataaatagagcttatatgtaacctaatta 34578841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 345 - 420
Target Start/End: Original strand, 20454624 - 20454699
Alignment:
Q  345 aatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgctt 420  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||| || |||||||||||    
T  20454624 aatattataagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatactattaatttattgtgttatattgtgctt 20454699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 9721612 - 9721562
Alignment:
Q  449 aatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9721612 aataaagctcatatgtactctaattatacatcacaagagaataatataatc 9721562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 338 - 406
Target Start/End: Original strand, 21473104 - 21473172
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgg 406  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||| ||||||| || ||||||||  |||| | ||||||||||||    
T  21473104 tgttataaatattaatagtggatgtccaaatagcaaatgtgttattgggccatactattagcttattgg 21473172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 22430347 - 22430508
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  22430347 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 22430446  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22430447 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 22430508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 22435941 - 22436102
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  22435941 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 22436040  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22436041 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 22436102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 43776990 - 43777151
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  43776990 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 43777089  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43777090 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 43777151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 630730 - 630891
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  630730 tgttatgaatattacaagtggatgtccatataacaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 630829  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  630830 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 630891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 636281 - 636442
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  636281 tgttatgaatattacaagtggatgtccatataacaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 636380  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  636381 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 636442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 7910123 - 7909962
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  7910123 tgttatgaatattacaagtggatgtccatataacaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 7910024  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7910023 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 7909962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 7917578 - 7917417
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  7917578 tgttatgaatattacaagtggatgtccatataacaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 7917479  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7917478 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 7917417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 14898782 - 14898943
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  14898782 tgttatgaatattacaggtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattggaccatattgtgcttgctccctaaatcattgt 14898881  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14898882 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 14898943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 22424977 - 22425138
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  22424977 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaaatgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 22425076  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22425077 atttctctataaatagagctcatatgtaacccaattatacatcacaagagaataatataatc 22425138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 14893225 - 14893390
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtca----tattgtgcttactccctaagtca 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||| ||||| ||||||    
T  14893225 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatatttattgtgcttgctccccaagtca 14893324  T
Q  434 ttgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14893325 ttgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 14893390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 337 - 499
Target Start/End: Original strand, 43771463 - 43771623
Alignment:
Q  337 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  43771463 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattagatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattg 43771562  T
Q  437 tatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43771563 tatttctctataaatagagctcata--taacctaattatacatcacaagagaataatataatc 43771623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 338 - 492
Target Start/End: Original strand, 26694152 - 26694306
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26694152 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatactgttagtttattgaaccttattgtgcttgctccccaagtcattgt 26694251  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 492  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26694252 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 26694306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 1519141 - 1519306
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaag----tca 433  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    |||    
T  1519141 tgttatgaatattataagtggatatccatatagcaattggattattggattatattgttagcttattgggtcatattgtgcttgctccccaagtcattca 1519240  T
Q  434 ttgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||| ||||    
T  1519241 ttgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattagagataccaagagaataatataatc 1519306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 338 - 474
Target Start/End: Original strand, 1525641 - 1525783
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  1525641 tgttatgaatattataagtggatgtccatatagaaattgggttattggatcatactgttagcttattaggtcatattgtgcttgctccccaagtcattgt 1525740  T
Q  438 atttctc------tgtaaatagagctcatatgtaacctaatta 474  Q
    |||||||      | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1525741 atttctctataaatataaatagagctcatatgtaacctaatta 1525783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 411 - 492
Target Start/End: Original strand, 26702321 - 26702402
Alignment:
Q  411 tattgtgcttactccctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 492  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26702321 tattgtgcttgctccccaagtcattgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 26702402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 338 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 19052526 - 19052428
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    ||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||  ||||| | ||||||||||||   ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  19052526 tgttatggatattataagtgaatatccatatagcaattgagttattgagtcatactattagcttattggacgatattgtgcttgctccccaagtcattg 19052428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 441 - 494
Target Start/End: Original strand, 11147147 - 11147200
Alignment:
Q  441 tctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataata 494  Q
    |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  11147147 tctctgtaaataaaactcaaatgtaacctaattatacaccacaaaataataata 11147200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 431 - 491
Target Start/End: Original strand, 14188410 - 14188470
Alignment:
Q  431 tcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaata 491  Q
    |||||||| |||||| |||||||||  || ||||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  14188410 tcattgtacttctctataaatagagaccacatgtaacataattgtacaccacaagagaata 14188470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 337 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 28375882 - 28375720
Alignment:
Q  337 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28375882 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgagttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattg 28375783  T
Q  437 tatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28375782 tatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 28375720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 28367141 - 28366980
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  28367141 tgttatgaatattacaagtggatgtcaatatagcaattgagttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 28367042  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28367041 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 28366980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 212
Target Start/End: Original strand, 38090137 - 38090308
Alignment:
Q  39 aattttcgagtgtcctcctatcttagtgtttagatcttgaatacttgtaagaaacatgattttatttgctgcaattgtttacaaatacaannnnnnnnnn 138  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
T  38090137 aattttcgagtgtcctgctatcttagtgtttagatcttgaatacttgtaagaaacatgattttatttgctgcaattgtttacaaatacaattttttattt 38090236  T
Q  139 nnnaacaaatgtgtctgaaggacatatgttactaagacatattatatttaagattcaattcatatgcaatgagt 212  Q
       ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38090237 tttaacaaatgtgtctgaaggac--atgttactaagacatattatatttaagattcaattcatatgcaatgagt 38090308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 30963332 - 30963173
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  30963332 tgttatgaatattataagtggatgtccatataacaattgggttattggatcatattgttagcttattggaccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 30963233  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30963232 atttctctataaatagagctcata--taacttaattatacatcacaagagaataatataatc 30963173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 1536715 - 1536554
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  1536715 tgttataaatattataagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatactgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 1536616  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||| ||||    
T  1536615 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattagagataccaagagaataatataatc 1536554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 211 - 333
Target Start/End: Original strand, 38091525 - 38091647
Alignment:
Q  211 gtctatcgttcataatcattatatcaatttctattttgattttaattccnnnnnnnnnngttctaaagattctagtcgctcactcatat-tagtgttgag 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  38091525 gtctatcgttcataatcattatatcaatttatattttgattttaattccttttctttt-gttctaaagattctagtcgctcactcatatcaagtgttgag 38091623  T
Q  310 aagttggtgattgtaaattcaata 333  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  38091624 aagttggtaattgtaaattcaata 38091647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 389 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 30927490 - 30927382
Alignment:
Q  389 atattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagaga 488  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||    
T  30927490 atattgttagcttattggaccatattgtgcttgctccccaagtcattgtatttctctataaatagagctcata--taacttaattatacatcacaaaaga 30927393  T
Q  489 ataatacaatc 499  Q
    |||||| ||||    
T  30927392 ataatataatc 30927382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 339 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 34648089 - 34647933
Alignment:
Q  339 gttatgaatattacaag----tggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcat 434  Q
    ||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||   |||| ||  ||||||||||| ||||| || ||||    
T  34648089 gttatgaatattataagtggatggatgtccatatagcaattgggttattgg--------gttatactattaggctatattgtgcttgctccccaaatcat 34647998  T
Q  435 tgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  34647997 tgtatttctgtataaattgagctcatatgtaacctaattgtacatcacaagagaataatagaatc 34647933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 338 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 30957757 - 30957702
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatatt 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30957757 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatatt 30957702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 338 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 14664115 - 14664069
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattg 384  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664115 tgttatgaatattataagtggatgtccatatagcaattgggttattg 14664069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 338 - 384
Target Start/End: Original strand, 24111232 - 24111278
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattg 384  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  24111232 tgttatgaatattataagtggacgtccatttagcaattaggttattg 24111278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 337 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 26711638 - 26711476
Alignment:
Q  337 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  26711638 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattg 26711539  T
Q  437 tatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  26711538 tatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattagacatcacaagagaataatataatc 26711476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 15716623 - 15716784
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  15716623 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 15716722  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15716723 atttctctataaatagagctcatatgtaacgtaattatacatcacaagagaataatataatc 15716784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 27179130 - 27178969
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27179130 tgttatgaatattacaagtggatgtccatataacaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 27179031  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27179030 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 27178969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 27195131 - 27194970
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27195131 tgttatgaatattacaagtggatgtctatataacaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 27195032  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27195031 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 27194970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 337 - 499
Target Start/End: Original strand, 15711041 - 15711203
Alignment:
Q  337 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  15711041 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagtttattggaccatattgtgcttgctccccaagtcattg 15711140  T
Q  437 tatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15711141 tatttctttataaatagagctcatatgtaacgtaattatacatcacaagagaataatataatc 15711203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 337 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 33498580 - 33498418
Alignment:
Q  337 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  33498580 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttgttggatcatatttttagcttattgggctatattgtgcttgctccccaagtcattg 33498481  T
Q  437 tatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33498480 tatttctctataaatggagcttatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 33498418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 338 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 33493097 - 33492968
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33493097 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgagttgttggatcatattgttagcttattgggctatattgtgcttgctccctaagtcattgt 33492998  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaac 467  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  33492997 atttctctataaatagagcttatatgtaac 33492968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 373 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 3344002 - 3343872
Alignment:
Q  373 attgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccct----aagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacc 468  Q
    ||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||| || |||    |||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||    
T  3344002 attgggttattgggttatactattagcttattgggtcatattgtgcttgcttccttcccaagtcattgtatttctatataaatagaacttatatgtaacc 3343903  T
Q  469 taattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| || |||||| ||||||| ||||    
T  3343902 taattatatataacaagaaaataatagaatc 3343872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 423 - 499
Target Start/End: Original strand, 17721823 - 17721899
Alignment:
Q  423 tccctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  17721823 tccccaagtcattatatttctctataaatagagctcgtatgtaacctaattgtacatcacaagagaataatataatc 17721899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 354 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 16498889 - 16498808
Alignment:
Q  354 agtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  16498889 agtggatgtccatatagcaattgggttattaggttatactattagcttattgggccatattgtgcttgctccc-aagtcattg 16498808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 428 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 16498794 - 16498728
Alignment:
Q  428 aagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataata 494  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||    
T  16498794 aagtcattgtatctctctataaatagagctcatatgtaacctaattgcataccacaagagaataata 16498728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 338 - 436
Target Start/End: Original strand, 17721717 - 17721814
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||| |  ||||||||||||  |||||||| || ||||| |||||||||    
T  17721717 tgttatgaatattataagtggatgtccatgtaagaatttggttattgggtcatactactagcttattgggctatattgtgtttgctccc-aagtcattg 17721814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 463 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 33491559 - 33491523
Alignment:
Q  463 gtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33491559 gtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 33491523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 440 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 27162823 - 27162769
Alignment:
Q  440 ttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataata 494  Q
    |||| |||||||| | || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  27162823 ttctatgtaaataaaactgatatgtaacacaattatacatcacaagagaataata 27162769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 8e-72; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 12756322 - 12756161
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  12756322 tgttatgaatattacaagtggatgtccatataacaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 12756223  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12756222 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 12756161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 333 - 491
Target Start/End: Original strand, 41043473 - 41043631
Alignment:
Q  333 atatctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtc 432  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||    
T  41043473 atatttgttatgaatattacaagtggatgtctatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggctttattgtgcttactccccaagtc 41043572  T
Q  433 attgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaata 491  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41043573 attgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaata 41043631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 332 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 24052200 - 24052033
Alignment:
Q  332 tatatctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagt 431  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  24052200 tataactgttatgaatattacaaatggatgtccatataacaattgagttattggatcatattgttagtttattgggccatattgtgcttgctccccaagt 24052101  T
Q  432 cattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24052100 cattgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 24052033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 338 - 492
Target Start/End: Original strand, 41048858 - 41049005
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||       ||||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||||    
T  41048858 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgagttatttgat-------ttagcttattgggtcttattatgtttgctccccaagtcattgt 41048950  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 492  Q
    |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41048951 atttatttataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagataataa 41049005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 138; Significance: 8e-72; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 16648422 - 16648583
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  16648422 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 16648521  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16648522 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaaaaatataatc 16648583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 17622783 - 17622944
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17622783 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 17622882  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  17622883 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaaaaatataatc 17622944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 32148476 - 32148637
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  32148476 tgttatgaatattacaagtggatgtccatataacaattgggttattggatcatattgttagtttattgggccatattgtgcttgctcccaaagtcattgt 32148575  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  32148576 atttctctataaatagagcttatatgtaacctaattatacatcacaagaaaataatataatc 32148637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 42208892 - 42209059
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  42208892 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattggaccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 42208991  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacc------taattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42208992 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattataattatacatcacaagagaataatataatc 42209059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 44655598 - 44655759
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| || || ||||| ||||    
T  44655598 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatactgttagcttattgggtcttgttgtgcttgctacccaagtctttgt 44655697  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44655698 atttctctataaattaagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 44655759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 338 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 42167781 - 42167627
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  42167781 tgttatgaatattaccagtggatgtccatatagcaattgagttatttgatcatactgttagtttattgggccttattgtgcttgctccccaagtcattgt 42167682  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 492  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42167681 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagaaaataa 42167627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 558032 - 557871
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||||    
T  558032 tgttatgaatattataagtggatgtctatataacaattcggttattgggtcatactattagcttattgggccatattgtgcttgcttcccaagtcattgt 557933  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  557932 atttctctataaatagagttcatatgtaacctaattgtacatcacaagagaataatataatc 557871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 576215 - 576054
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||| || || || ||||||||||    
T  576215 tgttatgaatattataagtggatgtctatataacaattcggttattgggtcatactattagcttattgggccatattgtgattgcttcccaagtcattgt 576116  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  576115 atttctctataaatagagttcatatgtaacctaattgtacatcacaagagaataatataatc 576054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 338 - 494
Target Start/End: Original strand, 25499053 - 25499231
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccct---------- 427  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||||||||| ||||||              
T  25499053 tgttatgaatattataagtggatgtccatatagcaattaggttattgggtcatactattagcttattggaccatattgtgcttgctccctaagtcattgg 25499152  T
Q  428 ------------aagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataata 494  Q
                |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25499153 tgcttgctccccaagtcattgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaatgatacatcacaagagaataata 25499231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 338 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 26457007 - 26456872
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatag-caattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||| | ||||||||||| |  |||||| |||| ||| | || ||||||    
T  26457007 tgttatgaatattataagtggatgtccatataggcaattggattattgggttatactattagcttattgtgctatattgcgcttgctctccaaatcattg 26456908  T
Q  437 tatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaat 472  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  26456907 tatttctctataaatagagctcatatgtaacttaat 26456872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 338 - 436
Target Start/End: Original strand, 25493816 - 25493914
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| | ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||    
T  25493816 tgttatgaatattataagtggatgtccatatagcaattaggttaatgggtcatactattagcttattggaccatattgtgcttgctccctaagtcattg 25493914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 415 - 494
Target Start/End: Original strand, 25493915 - 25493994
Alignment:
Q  415 gtgcttactccctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataata 494  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  25493915 gtgcttgctccccaagtcattgtatttctctataaatagagctcatatgtaacataatgatacatcacaagagaataata 25493994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 338 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 38011845 - 38011710
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| | |||| ||||||||   |||| | ||   |||| ||||||||||    
T  38011845 tgttatgaatattagaagtggatgtccatataacaattgggttattaggtcatactcttagtttattgggctttattatactggatccccaagtcattgt 38011746  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaatt 473  Q
    ||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  38011745 attactctatctatagagctcatatgtaacctaatt 38011710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 338 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 42162415 - 42162377
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattg 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42162415 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattg 42162377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 428 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 11726552 - 11726487
Alignment:
Q  428 aagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataata 494  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||  ||| || ||||||||||||    
T  11726552 aagttattgtatttctctataaatagagctcacatgtaaccttatt-gacaacataagagaataata 11726487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 340 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 11726661 - 11726616
Alignment:
Q  340 ttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattgg 385  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  11726661 ttatgaatattataagtggatatccatataacaactgggttattgg 11726616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 138; Significance: 8e-72; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 20192752 - 20192591
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  20192752 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttgctcccaaagtcattgt 20192653  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20192652 atttctctataaatagagcttatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 20192591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 6162247 - 6162408
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6162247 tgttatgaatattacaagtggatatccatatagaaattgggttattggatcatattgttagtttattgggtcatattgtgcttgctccccaagtcattgt 6162346  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6162347 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 6162408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 20198116 - 20197955
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  20198116 tgttatgaatattacaaatggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagtttattgggccatattgtgcttgctcccaaagtcattgt 20198017  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20198016 atttctctataaatagagcttatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 20197955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 6156550 - 6156711
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  6156550 tgttatgaatattacaagtgaatgttcatatagaaattgggttattggatcatattgttagtttattgggccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 6156649  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6156650 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 6156711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 338 - 492
Target Start/End: Original strand, 53982094 - 53982247
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  53982094 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttatttgatcatactgttagcttattgggccttattgtgcttgctccc-aagtcattgt 53982192  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 492  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53982193 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 53982247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 434 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 12733982 - 12733922
Alignment:
Q  434 ttgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataata 494  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  12733982 ttgtatttctctataaatagagctcacatgtaacctaattggttatcacaagagaataata 12733922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 358 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 7156350 - 7156308
Alignment:
Q  358 gatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagct 400  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7156350 gatgttcatatagcaattgggttattggatcatattattagct 7156308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 338 - 384
Target Start/End: Original strand, 19582035 - 19582081
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattg 384  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19582035 tgttatgaattttataagtggatgtccatatatcaattgggttattg 19582081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 338 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 7739916 - 7739869
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattgg 385  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  7739916 tgttataaatattataagtggatgttcatatatcaattgggttattgg 7739869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 2)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 345831 - 345670
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  345831 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggccatattgtgcttactccccaagtcattgt 345732  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  345731 atttctctataaatagagctcacatgtaacctaattatacatcataagaaaataatataatc 345670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 351152 - 350991
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  351152 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattggtccatattgtgcttgctccccaagtcattgt 351053  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  351052 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcataagagaataatataatc 350991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 14855936 - 14856097
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  14855936 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcatattgggccatattgtgcttgctccccacgtcattgt 14856035  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14856036 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 14856097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 14847078 - 14847239
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| | ||||||||    
T  14847078 tgttatgaatattacaagtggatatccatatagcaattgggttatttgatcatattgttagcttattgggccatattgtgattgctccccacgtcattgt 14847177  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14847178 atttctctataaatagaactcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatataatc 14847239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 338 - 492
Target Start/End: Original strand, 26680570 - 26680723
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||| |||||| |||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26680570 tgttatgaatattacaagtggatgtccatgtagcaattgagttttttgatcatactgttagtttattgggccttattgtgcttgctccc-aagtcattgt 26680668  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 492  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26680669 atttctctataaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataa 26680723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 338 - 406
Target Start/End: Original strand, 6933039 - 6933107
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgg 406  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  6933039 tgttatgaatattataagtggatgtccatatagcaattgggttattgggtcatactgttagcttattgg 6933107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 338 - 391
Target Start/End: Original strand, 6924849 - 6924902
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcata 391  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6924849 tgttatgaatattataagtggatgtcgatatagcaattgggttattggatcata 6924902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 111
Target Start/End: Original strand, 25452755 - 25452799
Alignment:
Q  67 tttagatcttgaatacttgtaagaaacatgattttatttgctgca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  25452755 tttagatcttgaatacttgtaagaggcatgattttatttgctgca 25452799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 337 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 10345904 - 10345850
Alignment:
Q  337 ctgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcata 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||    
T  10345904 ctgttatgaatattacaagtggatgttcatataacaattaagttattgcatcata 10345850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 111
Target Start/End: Original strand, 25488656 - 25488700
Alignment:
Q  67 tttagatcttgaatacttgtaagaaacatgattttatttgctgca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  25488656 tttagatcttgaatacttgtaagaggcatgattctatttgctgca 25488700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 111
Target Start/End: Original strand, 26062324 - 26062368
Alignment:
Q  67 tttagatcttgaatacttgtaagaaacatgattttatttgctgca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  26062324 tttagatcttgaatacttgtaagaggcatgattctatttgctgca 26062368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 111
Target Start/End: Original strand, 26082294 - 26082338
Alignment:
Q  67 tttagatcttgaatacttgtaagaaacatgattttatttgctgca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  26082294 tttagatcttgaatacttgtaagaggcatgattctatttgctgca 26082338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0211 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0211
Description:

Target: scaffold0211; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 338 - 499
Target Start/End: Original strand, 26903 - 27064
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  26903 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttgctccccaagtcattgt 27002  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||| | |||||||||||| ||||    
T  27003 atttctctataaatagagctcatatgtaacataataaaacataaaaagagaataatataatc 27064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 2)
Name: scaffold0169
Description:

Target: scaffold0169; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 338 - 473
Target Start/End: Original strand, 8695 - 8830
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgt 437  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  8695 tgttatgaatattataagtggatgtctatatagcaattgggttattgggtcatactattagcttattgggtcatattgtgcttgctccccaagtcattgt 8794  T
Q  438 atttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaatt 473  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||    
T  8795 atttctctataaatagagattatatgtaatctaatt 8830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 365 - 499
Target Start/End: Original strand, 10984 - 11118
Alignment:
Q  365 atatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgt 464  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  10984 atatagcaattgggttattgggtcatactattagcttattgggtcatattgtgcttgctccccaagtcattgtatttctctataaatagagctcatatat 11083  T
Q  465 aacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||||||  | ||  ||||||||||||| ||||    
T  11084 aacctaattggatataccaagagaataatataatc 11118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 338 - 436
Target Start/End: Original strand, 39441 - 39539
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || || | ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||    
T  39441 tgttatgaatattataagtggatgtccatataacaattaggttattgggtcgtactattagcttattggaccatattgtgcttgctccctaagtcattg 39539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 415 - 499
Target Start/End: Original strand, 39540 - 39624
Alignment:
Q  415 gtgcttactccctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||   |||||||||||| ||||    
T  39540 gtgcttgctcctcaagtcattgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaatggtacatactaagagaataatataatc 39624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0121
Description:

Target: scaffold0121; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 338 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11608 - 11510
Alignment:
Q  338 tgttatgaatattacaagtggatgtccatatagcaattgggttattggatcatattgttagcttattgggtcatattgtgcttactccctaagtcattg 436  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||    
T  11608 tgttatgaatattataagtggatgtccacatagcaattaggttattgggtcatactattagcttattggaccatattgtggttgctccctaagtcattg 11510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 415 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 11509 - 11425
Alignment:
Q  415 gtgcttactccctaagtcattgtatttctctgtaaatagagctcatatgtaacctaattatacatcacaagagaataatacaatc 499  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||   |||||||||||| ||||    
T  11509 gtgcttgctccccaagtcattgtatttctctataaatagagctcatatgtaacctaatggtacatactaagagaataatataatc 11425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University