View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12368_low_1 (Length: 887)

Name: NF12368_low_1
Description: NF12368
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12368_low_1
NF12368_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-887)||(12306920-12307798)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 775; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 775; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 887
Target Start/End: Original strand, 12306920 - 12307798
Alignment:
Q  7 cagaacctgtgaatcaagtgataaatataaccctgttaatgataaagttgatatctccttgaagaacagatttgcaaggggaaatggcactcccatttca 106  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12306920 cagaaccagtgaatcaagtgataaatataaccctgttaatgataaagttgatatctccttgaagaacagatttgcaaggggaaatggcactcccatttca 12307019  T
Q  107 gcaagatataaaaagtcaggcaatgaggaaataagtatgcatatgcaacaagatcaccaccgaagagagaggttgcagcaaacttatagagaagcgcctt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12307020 gcaagatataaaaagtcaggcaatgaggaaataagtatgcatatgcaacaagatcaccaccgaagagagaggttgcagcaaacttatagagaagcgcctt 12307119  T
Q  207 ccattgagattgggccaaagcgactcaaagtccgaggcccttcatttttgggcatagagagcagattgaattgaagtgtttcaagttgccttttgaaaat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12307120 ccattgagattgggccaaagcgactcaaagtccgaggcccttcatttttgggcatagagagcagattgaattgaagtgtttcaagttgccttttgaaaat 12307219  T
Q  307 atttggagagtctgactttgctaacttcattttagctaatgggctttctaacaatacagaaaatccaaatgattgattcaggaagcagccgcaaggtatt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12307220 atttggagagtctgactttgctaacttcattttagctaatgggctttctaacaatacagaaaatccaaatgattgattcaggaagcagccgcaaggtatt 12307319  T
Q  407 aaccaattaggatatgaatttacattctttgtgcaggcaagccctaacatttgggcagtctgcacgggtggtgatccttgggttctctggccggggtgtt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12307320 aaccaattaggatatgaatttacattctttgtgcaggcaagccctaacatttgggcagtctgcacgggtggtgatccttgggttctctggccggggtgtt 12307419  T
Q  507 tttcctacttcgctgggtgaacctgaccgacctgcaaaactaggaagtttagaaattggattagtggctcgttatttcaatgtaaatttgtttacattcg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12307420 tttcctacttcgctgggtgaacctgaccgacctgcaaaactaggaagtttagaaattggattagtggctcgttatttcaatgtaaatttgtttacattcg 12307519  T
Q  607 tccgttgtttaggtcttgttaggaacatgggtccctccattgnnnnnnnnncttattaaagtaaaaatgctttcagctgcttccccctcattttgatatt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  12307520 tccgttgtttaggtcttgttaggaacatgggtccctccattg-ttttttttcttattaaagtaaaaatgctttcagctgcttccccctccttttgatgtt 12307618  T
Q  707 aattcattctttttgtagaaataggtccatgtacctagaaactacatgaatnnnnnnnnttcaaagaaattccttatttcatttaaatatcatttcgtcc 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12307619 aattcattctttttgtagaaataggtccatgtacctagaaactacatgaataaaaaaaattcaaagaaattccttaattcatttaaatatcatttcgtcc 12307718  T
Q  807 tcattttatccttctgcgtttcttaatattcnnnnnnngtacatatgattgatgcactatttcttaacaagttatacttca 887  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12307719 tcattttatccttctgcgtctcttaatattc-ttttttgtacatatgattgatgcactatttcttaacaagctatacttca 12307798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University