View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12370_low_1 (Length: 968)

Name: NF12370_low_1
Description: NF12370
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12370_low_1
NF12370_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (14-892)||(41697188-41698067)
chr8 (919-950)||(41698097-41698128)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 844; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 844; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 892
Target Start/End: Original strand, 41697188 - 41698067
Alignment:
Q  14 tgtgtgtgtgggataaaacaagacttgtattttctgaaaaacttacctgattaatatgtaggtgacgatacatgtttgcatggaagaaaggtgtttctcc 113  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41697188 tgtgtgtgggggataaaacaagacttgtattttctgaaaaacttacctgattaatatgtaggtgacggtacatgtttgcatggaagaaaggcgtttctcc 41697287  T
Q  114 aacctcgtgaattgaaattcgctttttggatgcagtttcaacattaacaatcctacgagtacttatttcaattaggttataagaatgccccactgaaatt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41697288 aacctcgtgaattgaaattcgctttttggatgcagtttcaacattaacaatcctacgagtacttatttcaattaggttataagaatgccccactgaaatt 41697387  T
Q  214 tctgatgaacgaatcctctgtcaaaacaagagcataacatattataaacattaaattcataagagttcattaaaatttaaaa-aatgcaaaggctctaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41697388 tctgatgaacgaatcctctgttaaaacaagagcataacatattataaacattaaattcataagagttcattaaaatttaaaaaaatgcaaaggctctaaa 41697487  T
Q  313 atcaaacatttatagcatcgtcaatgccagtggcttcaagaatgcctcgcgaaatgaagttgcgcccaatcccaccagctacaatttcatcttcagctgg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41697488 atcaaacatttatagcatcgtcaatgccagtggcttcaagaatgcctcgcgaaatgaagttgcgcccaatcccaccagctacaatttcatcttcagctgg 41697587  T
Q  413 tggtactgaatttagagtgaatgcctaatgatcataaagaaaattttgttcttaatacttactttaatattaagagatcatttgaaataatagggaattt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41697588 tggtactgaatttagagtgaatgcctaatgatcataaagcaaattttgttcttaatacttactttaatattaagagatcatttgaaataatagggaattt 41697687  T
Q  513 ttaccaatccattgctattaaatgcaaatgcagagcttggaagctccccagcatatgtataagcaacaaagaatagcccatttggcaatcttcctttaat 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41697688 ttaccaatccattgctattaaatgcaaatgcagagcttggaagctccccagcatatgtataagcaacaaagaatagcccatttggcaatattcctttaat 41697787  T
Q  613 taagtagctgcataacataaagaccaaaaaaggaaagaatacttataaagcaattttatttgaattcgagaacaaaatatgaatatgaatacaaacgctt 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41697788 taagtagctgcataacataaagaccaaaaaaggaaagaatacttataaagcaattttatttgaattcgagaacaaaatatgaatatgaatacaaacgctt 41697887  T
Q  713 acgtgtgaccaacaagaacaacatttgcatcctcattgtgtgctgcaattgccatagattcatcaacaacaagaactgtagaacactcgtttgaggaatc 812  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41697888 acgtgtgaccaacaagaacaacatttgcatcctcattgtgtgctgcaattgccatagattcatcaacaacaagaactgtagaacactcatttgaggaatc 41697987  T
Q  813 atcttctaaacttttcaatccttctttcggaacaaatgcaagaatttccttcttgaaattaataagtaaaatctgctcac 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41697988 atcttctaaacttttcaatccttctttcggaacaaatgcaagaatttccttcttgaaattaataagtaaaatctgctcac 41698067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 919 - 950
Target Start/End: Original strand, 41698097 - 41698128
Alignment:
Q  919 ttactattaattatacatacatgcaataacat 950  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41698097 ttactattaattatacatacatgcaataacat 41698128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University