View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12372_high_2 (Length: 467)

Name: NF12372_high_2
Description: NF12372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12372_high_2
NF12372_high_2
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (19-457)||(54791102-54791540)
chr4 (19-457)||(54777606-54778043)
chr4 (19-457)||(52283760-52284198)
chr4 (25-444)||(799049-799462)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 54791540 - 54791102
Alignment:
Q  19 ccctccacaattataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgttta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54791540 ccctccacaattataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgttta 54791441  T
Q  119 gtttcaaaggatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgattgtcaccatccatgaagaatacat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54791440 gtttcaaaggatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgagtgtcaccatccatgaagaatacat 54791341  T
Q  219 ggacatccaatggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagcatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54791340 ggacatccaatggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagaatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagac 54791241  T
Q  319 ataattctcaacctgcggtgcaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcagtctccaaatacttt 418  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54791240 ataattctcaacctgcggtacaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcggtctccaaatacttt 54791141  T
Q  419 gccagagcgaggtggtttgccttttgtttggcgtctctg 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54791140 gccagagcgaggtggtttgccttttgtttggcgtttctg 54791102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 457
Target Start/End: Original strand, 54777606 - 54778043
Alignment:
Q  19 ccctccacaattataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgttta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54777606 ccctccacaattataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggccagcatgtccattgaattccattccttcttcccatgatgttta 54777705  T
Q  119 gtttcaaaggatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgattgtcaccatccatgaagaatacat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54777706 gtttcaaaggatttctcaaattcacttgcattcttgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgagtgtcaccatccatgaagaatacat 54777805  T
Q  219 ggacatccaatggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagcatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  54777806 ggacatccaatggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagaatcgttaaggttgctcttaatgttaacgattatacctgtccatggcca-ac 54777904  T
Q  319 ataattctcaacctgcggtgcaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcagtctccaaatacttt 418  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54777905 ataattctcaacctgcggtacaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcggtctccaaatacttt 54778004  T
Q  419 gccagagcgaggtggtttgccttttgtttggcgtctctg 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54778005 gccagagcgaggtggtttgccttttgtttggcgtttctg 54778043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 52284198 - 52283760
Alignment:
Q  19 ccctccacaattataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgttta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52284198 ccctccacaattataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgttta 52284099  T
Q  119 gtttcaaaggatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgattgtcaccatccatgaagaatacat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52284098 gtttcaaaggatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgagtgtcaccatccatgaagaatacat 52283999  T
Q  219 ggacatccaatggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagcatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52283998 ggacatccaatggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagaatcattcagtttgctcttaatattaacaattatgcctgtccatggccagac 52283899  T
Q  319 ataattctcaacctgcggtgcaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcagtctccaaatacttt 418  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  52283898 atagttctcaacctgtggtgcaggttggttgacagcttcggtcaaaggcgggggaggtatttggtctgcttcatttgctaggtcagtctccaaaaacttt 52283799  T
Q  419 gccagagcgaggtggtttgccttttgtttggcgtctctg 457  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52283798 gccagagcgaggtggtttgccttttgtttggcgtttctg 52283760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 799462 - 799049
Alignment:
Q  25 acaattataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgtttagtttca 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||| |||| | |||||||| ||||| || ||| || ||||||| |||    
T  799462 acaattataatcatcttcacgtgcaacccaaccgtaaatctctgaactgtcctgcaagtccatggaattccaatccttttttccacgacgtttagtctca 799363  T
Q  125 aaggatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgattgtcaccatccatgaagaatacatggacat 224  Q
    ||| |||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||     || ||||||||| |||||   ||| |||     
T  799362 aagcatttctcaagctcacttgcattcataaacccattccagtcattgttgaagtctataacagccacggagttaccatccatcaagaacgtatgaacag 799263  T
Q  225 ccaatggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagcatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagacataatt 324  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||| |   | ||||   | ||||| || | |||||||||||| ||||| || || ||    
T  799262 ccaacggtttgtacttagcaaattccttttgcaagtatccagaatcatgtgatttgc---ttatgttgacaagtatgcctgtccacggccaaacgtagtt 799166  T
Q  325 ctcaacctgcggtgcaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcagtctccaaatactttgccaga 424  Q
    |||||| |   |  ||||||||   |||||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||  |||| |||||||||||    
T  799165 ctcaactt---ggacaggttggacaacagctacagtcaaagccgggcgaggtacttggtctgcttcatttgctaagtcagtcctcaaaaactttgccaga 799069  T
Q  425 gcgaggtggtttgccttttg 444  Q
    || ||||||||||| |||||    
T  799068 gccaggtggtttgctttttg 799049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University