View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12373_low_1 (Length: 410)

Name: NF12373_low_1
Description: NF12373
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12373_low_1
NF12373_low_1
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (11-394)||(15898777-15899158)
chr1 (11-380)||(13506392-13506758)
chr1 (11-394)||(20477626-20478006)
chr1 (11-380)||(13684904-13685270)
chr1 (11-394)||(13543498-13543878)
chr1 (11-367)||(13610460-13610816)
chr1 (11-380)||(13650182-13650548)
chr1 (11-380)||(13655254-13655620)
chr1 (11-394)||(20368554-20368933)
chr1 (11-394)||(13670658-13671038)
chr1 (11-380)||(19137898-19138264)
chr1 (142-380)||(13513705-13513940)
chr1 (11-359)||(16468113-16468461)
chr1 (15-219)||(13421004-13421208)
chr1 (263-394)||(13421230-13421358)
chr1 (11-365)||(16496750-16497104)
[»] scaffold0006 (6 HSPs)
scaffold0006 (11-380)||(139943-140309)
scaffold0006 (11-394)||(218863-219243)
scaffold0006 (11-380)||(145015-145381)
scaffold0006 (11-394)||(110023-110403)
scaffold0006 (11-394)||(168272-168652)
scaffold0006 (11-394)||(57088-57468)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (11-394)||(26652-27032)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-394)||(38057423-38057803)
[»] scaffold0068 (1 HSPs)
scaffold0068 (11-394)||(40570-40950)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-390)||(20814391-20814767)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (11-390)||(108055-108431)
scaffold0012 (11-394)||(115872-116252)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (11-392)||(21814541-21814919)
chr6 (11-394)||(22283630-22284010)
[»] scaffold0406 (1 HSPs)
scaffold0406 (11-365)||(7431-7783)
[»] scaffold0783 (1 HSPs)
scaffold0783 (339-394)||(3-55)
[»] scaffold0115 (2 HSPs)
scaffold0115 (18-103)||(5143-5228)
scaffold0115 (18-103)||(12883-12968)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 15899158 - 15898777
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15899158 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 15899059  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15899058 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggattgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 15898959  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15898958 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacatctagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 15898859  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15898858 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaagg--attgttgcagcggaggagaaagaatctagagcgaatgaagctcc 15898777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 11 - 380
Target Start/End: Original strand, 13506392 - 13506758
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  13506392 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagaagttggaggttagaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgact 13506491  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || ||| ||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||  ||| ||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  13506492 ttcaataaaaataacagtgtagaggttacgacacatttgaaagaagttactatagatggactgttgaagctgaaaaagatatggagtggagatcctgaag 13506591  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13506592 gaattcttagttttcgaaatctaataaatgtacaactagttagttgtagaagcttggagtatctattaccactctccgtagccactcgttgctcacatct 13506691  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagc 380  Q
    |||||||||| || ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  13506692 caaggaacttggtataaaatggtgtgaaaacattaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagc 13506758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 20477626 - 20478006
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  20477626 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagaagttggaggttagaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgaat 20477725  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |   |||| ||||||||| ||| | ||| ||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20477726 ttgaatgaaaataacagtgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctaagtggactgttcaagttgaaaaagatatggagtggagatcctcaag 20477825  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  || || |  | |||  || |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  20477826 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtcgaagtactatattgtccaatcttggagtatctattaccactctctgtagccactcgttgctctcatct 20477925  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  20477926 caaggaacttagtataaaatcttgtgggaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagtgtgaatgcagctcc 20478006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 11 - 380
Target Start/End: Original strand, 13684904 - 13685270
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  13684904 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagaagttggaggttacaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgaat 13685003  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    |||||||||||||||||||  ||||  ||  |||||||||||||  ||| ||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  13685004 ttgaatgaaaataacagtgatgaggttacgacacatttgaaagaagttactatagatggactgttgaagctgaaaaagatatggagtggagatcctgaag 13685103  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||  |  |||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  13685104 gaattcttagttttcaaaatctaatatatgtacaactagaaagttgtgcaagcttggagtatctattaccattctccgtagccactcgttgctcacatct 13685203  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagc 380  Q
    ||||||||||  | ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  13685204 caaggaacttgttataaaatggtgtgaaaacattaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagc 13685270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 13543498 - 13543878
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||  || |    
T  13543498 tgtggtggtttttccttcttcaatgcagaacacatataataagcttgagaagttggaggttacaaattgtgtttcagttgaagagatatttgaatggaat 13543597  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||  ||  |||| ||||||||| ||| ||||  |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13543598 ttgaatgaaaaaaacagtgaagaggttacgacacaattgaaagaggttactatagatggactgttgagactgaaaaagatatggagtggagatcctcaag 13543697  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  13543698 gaattcttagttttcaaaatttaataaatgtacaattagaaagttgtacaagcttggagtatctattaccactctctgttgccactcgttgctcacatct 13543797  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||  | || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  13543798 caaggaactttatatagaattttgtgaaaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagcatgaatgaagctcc 13543878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 11 - 367
Target Start/End: Original strand, 13610460 - 13610816
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| | |||||| || ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  13610460 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagctagagacgttgaaggttacagattgtgatttagttgaagagatatttgaattgaat 13610559  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||  ||  |||||||||||||  ||| ||||  |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  13610560 ttcaatgaaaataacagtgaagaggttacgacacatttgaaagaagttactatagatggactgttgaagctgaaaaaggtatggagtggagatcctgaag 13610659  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13610660 gaattcttagttttcgaaatctaataaatgtacaactagttagttgtacaagcttggagtatctattaccactctccgtagccactcgttgctcacatct 13610759  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggagga 367  Q
    |||||||||| || ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13610760 caaggaacttggtataaaatggtgtgaaaacattaaggaaattgttgcagaggagga 13610816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 11 - 380
Target Start/End: Original strand, 13650182 - 13650548
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  13650182 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaatacatataatgagcttgagaagttggaggttacaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgact 13650281  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||  ||| ||||  |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  13650282 ttcaatgaaaataacagtgaagaggttacaacacatttgaaagaagttactatagatggattgtggaatctgaaaaagatatggagtggagatccggaag 13650381  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || || |||| || |||  ||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  13650382 aaattcttagttttcaaaatctaataaatgtaaaagtagtaaattgtgcaagcttggagtatttattaccattctccatagccactcgttgctcacatct 13650481  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagc 380  Q
    |||| ||||| || ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  13650482 caagaaacttggtataaaatggtgtgaaaacattaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagc 13650548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 380
Target Start/End: Original strand, 13655254 - 13655620
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||| ||| ||| |    
T  13655254 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagctagagaagttggaggtcacaaactgtgctttagttgaagagatattcgaattgaat 13655353  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||  |   |||| ||||||||| ||| ||||  ||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13655354 ttcaatgaaaataacagtgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactatagatggactgttcaagttgaaaaagatatggagtggagatcctcaag 13655453  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| |   |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13655454 gaattcttagttttcaaaatctaatatatgtactactagatggttgtacaagcttggaatatctattaccactctccgtagccactcgttgctcacatct 13655553  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagc 380  Q
    |||||||||| || ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  13655554 caaggaacttggtataaaatggtgtgaaaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagc 13655620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 20368554 - 20368933
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  20368554 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagaagttggaggttagaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgaat 20368653  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |   |||| ||||||||| ||| | ||  || ||||  |||| |||| || | ||||||||||||||||||||    
T  20368654 ttgaatgaaaataacagtgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctagatgaactgatgaagttgaaaaata-atggagtggagatcctcaag 20368752  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     | |||  ||||||||||||| | |||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  20368753 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaattgaaacattgtgcaagcttggagtatttattaccattctctgtagccactcgttgctctcatct 20368852  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||   |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  20368853 caaggaacttagtataaaatcttgttggaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaatgaatctagcgtgaatgcagctcc 20368933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 13670658 - 13671038
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  13670658 tgtggttgtttttccttcttcaatgcaaaacacatacaatgagctagagaagttggaggttagaaattgtgatttagttgaagagatatttgaattgaat 13670757  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    ||||||||||||||||| | |||||  |   |||| ||||||||| ||| | ||  |||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  13670758 ttgaatgaaaataacagcgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctagatggactgttgaagttgaaaaagatatggagtgaagatcctcaag 13670857  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||   |||  |||||||||||||   |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  13670858 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaagtagttggttgttcaagcttggagtattcattaccattctccatagccactcgttgctcacatct 13670957  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    |||||||||| || |||||| ||||   || ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  13670958 caaggaactttgtataaaatcttgttggaaaatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagtgtgaatgcagctcc 13671038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 19138264 - 19137898
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| | |||||| || |||| |||| ||||||||| ||| |    
T  19138264 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagttagagatgttgaaggttacagattgtgatttagttaaagagatatttgaattgaat 19138165  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    |||||||| || ||||||| |||||  ||  |||| ||||||||| ||| ||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  19138164 ttgaatgagaaaaacagtgaagaggttacgacacaattgaaagaggttactatagatggactgttgaagctgaaaaagatatggagtagagatcctcaag 19138065  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||  |  |||  ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  19138064 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtaaaactagaaagttgtgcaagcttggagtatctattaccattctctgtagccactcgttgctcacatct 19137965  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagc 380  Q
    ||||||||||  | ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||   ||||||||||||| ||||    
T  19137964 caaggaacttgttataaaatggtgtgaaaacattaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatttagc 19137898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 142 - 380
Target Start/End: Original strand, 13513705 - 13513940
Alignment:
Q  142 cacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaaggaattcttagttttcaaaatctaataaatat 241  Q
    |||||||||||||  ||| ||||  |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  13513705 cacatttgaaagaagttactatagatggactgttgaagctgaaaaagttatggagtggagatcctgaaggaattcttagttttcgaaatctaataaatgt 13513804  T
Q  242 acaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatctcaaggaacttagtctaaaatattgtgtaaac 341  Q
    |||| ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||| ||||    
T  13513805 acaactagttagttgtagaagcttggagtatctattaccactctccgtagccactcgttgctcacatctcaaggaacttggtataaaatggtgtgaaaac 13513904  T
Q  342 atgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagc 380  Q
    || |||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  13513905 attaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagc 13513940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 16468461 - 16468113
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | | ||||| |||| ||||| |||||||||||  || ||||| ||||||||| |||||    
T  16468461 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaaaacatataatatgttagagattttggtggttacaaattgtgcttttgtggaagagatatttgaattgact 16468362  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||  |||  |||  || | ||  ||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  16468361 ttcaatggaaataccagtgtagaggatacatcacaattgaaagaatttacaataggtgaattgccgaaactgaaaaagatatggagtagggatcctcaag 16468262  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||  | ||||  |||||||||| || || || ||  ||| |||  ||| ||||||||||| |||||||| ||  |||| | |||||| || |||||    
T  16468261 gaattccaaattttggaaatctaatacatgtagaactaaataattgttcaagattggagtatctattaccactttctatagcaactcgttgttcccatct 16468162  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgca 359  Q
    |||||||||| || ||||| | ||||  | |||||||||||||||||||    
T  16468161 caaggaacttggtataaaaaactgtgcgagcatgaaggaaattgttgca 16468113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Original strand, 13421004 - 13421208
Alignment:
Q  15 gtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgactttga 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||  ||||||| |    
T  13421004 gtggtttttccttcttcaacgcaaaacacgtataatgagcttgagaagttggaagttagaaattgtgctctagttgaagagatatttgagttgactttca 13421103  T
Q  115 atgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaaggaat 214  Q
    ||||||||||||| | ||| |   || |||||||||||||  ||| ||||    || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13421104 atgaaaataacagcgaagatgttgcaacacatttgaaagaagttactataggaagattgtcgaagctgaaaaagatatggagtggagatcctcaaggaat 13421203  T
Q  215 tctta 219  Q
    |||||    
T  13421204 tctta 13421208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 263 - 394
Target Start/End: Original strand, 13421230 - 13421358
Alignment:
Q  263 cttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatctcaaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcg 362  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||||| ||||||||| |       
T  13421230 cttggagtatctattaccactctctgtagccactcgttgctcacatctcaaggaacttagtataaaatggtgtgagaacatgaagcaaattgttgga--- 13421326  T
Q  363 gaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13421327 gaggagaaagaatctagtgtgaatgaagctcc 13421358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 16497104 - 16496750
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||  | | |||||||||||||||| | |||||| |   || ||||| ||||||||| ||| |    
T  16497104 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaaaacctacaatatgatagagatgttggaggttacatattgtgatcttgtggaagagatatttgaattgaat 16497005  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || ||| |||||| || ||| || |  ||||||||| |||| ||  ||| ||||  || | ||   ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16497004 ttcaatcaaaatagcaatgttgaagttacatcacatctgaaggaatttactatagatgaattgccaaagttgaaaaagatatggagtagagatcctcaag 16496905  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
     |||||||| |||| ||||||| ||||| ||  || ||  ||  |||  ||| ||||||||||| ||||| || ||  |||| | |||||| || |||||    
T  16496904 aaattcttaattttgaaaatctcataaagattgaactaaatagttgttcaagattggagtatctattacctctttctatagcaactcgttgttctcatct 16496805  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggag 365  Q
    ||| ||||||||| ||||  ||||||  | |||||| ||||||||||||| ||||    
T  16496804 caaagaacttagtgtaaataattgtgcgagcatgaaagaaattgttgcagaggag 16496750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 6)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 11 - 380
Target Start/End: Original strand, 139943 - 140309
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  139943 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataacgagcttgagaagttggaggttagaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgact 140042  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || ||| ||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||  ||| ||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  140043 ttcaataaaaataacagtgtagaggttacgacacatttgaaagaagttactatagatggactgttgaagctgaaaaagatatggagtggagatcctgaag 140142  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  140143 gaattcttagttttcgaaatctaataaatgtacaactagttagttgtagaagcttggagtatctattaccactctccgtagccactcgttgctcacatct 140242  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagc 380  Q
    |||||||||| || ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  140243 caaggaacttggtataaaatggtgtgaaaacattaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagc 140309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 218863 - 219243
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  218863 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagaagttggaggttagaaattgtgatttagttgaagagatatttgaattgaat 218962  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    |||||||||||||| |||| |||||  |  ||||| ||||||||| ||| | ||  |||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  218963 ttgaatgaaaataatagtgaagaggttatgtcacaattgaaagaggttactctatatggactgttgaagttgaaaaagatatggagtgcagatcctcaag 219062  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      |||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  219063 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaattgaaattgtgtctaaacttggagtatctattaccactctctgtagccactcattgctcacatct 219162  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||   || ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  219163 caaggaacttagtataaaatcttgttggaaaatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagcatgaatgcagctcc 219243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 380
Target Start/End: Original strand, 145015 - 145381
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||| ||| ||| |    
T  145015 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagctagagaagttggaggtcacaaactgtgctttagttgaagagatattcgaattgaat 145114  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||  |   |||| ||||||||| ||| ||||  ||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  145115 ttcaatgaaaataacagtgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactatagatggactgttcaagttgaaaaagatatggagtggagatcctcaag 145214  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| |   |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  145215 gaattcttagttttcaaaatctaatatatgtactactagatggttgtacaagcttggaatatctattaccactctccgtagccactcgttgctcacatct 145314  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagc 380  Q
    |||||||||| || ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  145315 caaggaacttggtataaaatggtgtgaaaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagc 145381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 110023 - 110403
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  110023 tgtggtggtttttccatcttcacttcaaaacacatataatgagcttgagaagttggaggttaaaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgact 110122  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || ||| |||||||||||| |||||  |   |||| ||||||||| ||| | ||  |||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  110123 ttcaatcaaaataacagtgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctagatggactgttgaagttgaaaaagatatggagtggagatcctcaag 110222  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  110223 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaattgaaggggtgtgcacgcttggagtatctgttaccactctctgtagccactcgttgctcacatct 110322  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    |||||||||| |  ||| | |||||   ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  110323 caaggaactttggataagagattgttacaacatgaagcaaattgttgca---gaggagaaagaatctagtgtgaatgcagctcc 110403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 168272 - 168652
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  168272 tgtggttgtttttccttcttcaatgcaaaacacatacaatgagctagagaagttggaggttagaaattgtgatttagttgaagagatatttgaattgaat 168371  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    ||||||||||||||||| | |||||  |   |||| ||||||||| ||| | ||  |||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  168372 ttgaatgaaaataacagcgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctagatggactgttgaagttgaaaaagatatggagtgaagatcctcaag 168471  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||   |||  |||||||||||||   |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  168472 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaagtagttggttgttcaagcttggagtattcattaccattctccatagccactcgttgctcacatct 168571  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    |||||||||| || |||||| ||||   || ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  168572 caaggaactttgtataaaatcttgttggaaaatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagtgtgaatgcagctcc 168652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 57088 - 57468
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  57088 tgtggtggtttttccatcttcagtgcaaaacacatataaggagctagagaagttggaggttacaaaatgtgctttagttgaagagatatttgaattgaat 57187  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||| ||||||| |||||  |   |||||||||||||  ||| |||   |||| |||  || ||||| |||||||||| | || ||||| | |    
T  57188 ttcaatgaaaacaacagtgaagaggttaagacacatttgaaagaagttactattgatggattgtcaaatctgaaaaagatatggaatagaaatcctgatg 57287  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     | |||  || |||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||    
T  57288 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaattgaaacattgttcaaacttggagtatttattaccattctccgtagccactcgttgctcacagct 57387  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
     |||||||||  | ||  || |||||  ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  57388 taaggaacttgatataggatgttgtgggaacatgaagcaaattgttgca---gaggagaaagaatctagcatgaatgaagctcc 57468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 26652 - 27032
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  26652 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaatacatataatgagcttgagaagttggaggttacaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgact 26751  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||  ||| ||||  |||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  26752 ttcaatgaaaataacagtgaagaggttacaacacatttgaaagaagttactatagatggattgtggaatttgaaaaagatatggagtggagatccggaag 26851  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | | || | |  |||  |||||||||||||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  26852 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgttcgagtactaagttgtgcaagcttggagtattcattaccattctccgtagccactcgttgctcacatct 26951  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  26952 caaggaacttagtataaaatattgtttaaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagtgtgaatgcagctcc 27032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 38057803 - 38057423
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  38057803 tgtggtggtttttccttcttcattgcaaaaaacatatattgagctagaaaagttggaggttagaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgact 38057704  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    |||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||  ||| | ||| |||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  38057703 ttgaatgaaaataacaatgaagatgatacatcacatttgaaagaagttactttaaatggattgtgggagttgaaaaagatatggagtggagatcctgaag 38057604  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |   |||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  38057603 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaactagatggttgtagaagcttggaatatctattaccattctccgtagccactcgttgttcacatct 38057504  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||  | || ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38057503 caaggaacttcttatacaatcttgtgcaaacatgaaagaaattgttgca---gaggagaaagaatctagcgcgaatgcagctcc 38057423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 178; Significance: 7e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 40950 - 40570
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| | ||||||||| ||| |    
T  40950 tgtggtggtttttccttcttcagtgcaaaacacatacaatgagcttgagaagttggaggttacaaattgtgatttagttgaacagatatttgaattgaat 40851  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |   |||| ||||||||| ||| | ||  |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40850 ttgaatgaaaataacagtgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctagatggactgttgaaactgaaaaagatatggagtggagatcctcaag 40751  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||  |||  ||||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  40750 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtagaagtagatagttgtgcaagcttggagtatctattaccagtttccgtagccactcgttgctcacatct 40651  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||    ||| |||||||   |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  40650 caaggaactttacataagatattgttacaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaatgaatctagcatgaatgaagctcc 40570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 7e-96; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 11 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 20814767 - 20814391
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  20814767 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaattacatataatgagcttgagaagttggaggttacaaattgtgattcagttgaagagatatttgaattgact 20814668  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||  ||| ||||  |||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  20814667 ttcaatgaaaataacagtgaagaggttacaacacatttgaaagaagttactatagatggattgtggaatttgaaaaagatatggagtggagatccggaag 20814568  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| || |||   |||||||||||| | |||||| |||||||||| | |||||||||||||||    
T  20814567 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgttcaagtagtaaattgtgatagcttggagtatttattaccattctccgtagctactcgttgctcacatct 20814468  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaag 390  Q
    |||||||||| || ||||||  ||||  |||||||||  |||||||| |   ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  20814467 caaggaacttggtataaaatggtgtgggaacatgaagctaattgttgga---gaggagaaagaatctagcatgaatgaag 20814391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 390
Target Start/End: Original strand, 108055 - 108431
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||    
T  108055 tgtggtggtttttccttcttcagtgcaaaacacgtataatgagcttgagaagttggaggttagaaattgtgatttagttgaagagatatttgaattgact 108154  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||  |   |||| ||||||||| ||| | ||  || |||||  ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  108155 ttcaatgaaaataacagtgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctagatgtactgttcaagttgaaaaagatatggagtgaagatcctcaag 108254  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   | |||  || |||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  108255 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaattggaatattgtgcaaacttggagtatctattaccactctctctagccactcgttgctcacatct 108354  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaag 390  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||   |||||||||| |||||||| |   ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  108355 caaggaagttagtataaaatattgttcgaacatgaaggtaattgttgga---gaggagaaagaatctagcatgaatgaag 108431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Original strand, 115872 - 116252
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  115872 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagaagttggaggttagaaattgtgatttagttgaagagatatttgaattgaat 115971  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |   |||| ||||||||| ||| | ||   | ||||| |||| |||| || ||||| |||||||||||| |||    
T  115972 ttgaatgaaaataacagtgaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctacaagtactgttgaagttgaaaaatatatgtagtggagatcctgaag 116071  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||    | |||  || |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  116072 gaattcttagttttcaaaatctaataaatgtcgaagtacgatattgtccaatcttggagtatctattaccactctctgtagccactcgttgctctcatct 116171  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  116172 caaggaacttagtataaaatcttgtgggaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaatgaatctagcgtgaatgcagctcc 116252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 168; Significance: 6e-90; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 392
Target Start/End: Original strand, 21814541 - 21814919
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  21814541 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaatacatataatgagcttgagaagttggaggttacaaattgtaattcagttgaagagatatttgaattgact 21814640  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| ||||  |||| |||||||  || | ||||||||||||| |||||||||||    
T  21814641 ttcaatgaaaataacagtgtagaggatacaacacatttgaaagaagttactatagatggattgtggaatttgcaaaagatatggagtgaagatcctcaag 21814740  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    | |||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||| |  |||  ||||||||||||| |  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  21814741 ggattcttagttttcaaaatcttataactgtacaagtagtaagttgtgaaagcttggagtatttactaccattctccgtagccactcgttgctcacatct 21814840  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagct 392  Q
     ||| ||||  || ||||||  |||   ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  21814841 taagaaactcggtataaaatggtgtcggaacatgaagcaaattgttgca---gaggagaaagaatctagagtgaatgcagct 21814919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 22284010 - 22283630
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |    
T  22284010 tgtggttgtttttccttcttcagtgcaaaacacatataatgatcttgagaagttggaggttacaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgaat 22283911  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||| ||| ||||  |||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  22283910 ttcaatgaaaataacagtgaagaggctacaacacatttgaaagaggttactatagatggattgttgaagttgaaaaagatatggagtggagatcttgaag 22283811  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaat--tagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacat 308  Q
    |||||||||||||||  || ||| ||| | | ||||  ||  | | |||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  22283810 gaattcttagttttc--aagctattaattgtgcaatcgtaaatgaatgtccaagcttggagtatctattaccactttccgtagccactcgttgctcacat 22283713  T
Q  309 ctcaaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    || |||||||||  | ||||  |||||   |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22283712 ctgaaggaacttgatataaaggattgtcagaacatgaaggaaattgttgca---gaggagaaagaatctagcgtgaatgcagctcc 22283630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0406 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0406
Description:

Target: scaffold0406; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 7783 - 7431
Alignment:
Q  11 tgtggtggtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttgaactgact 110  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  7783 tgtggtggtttttccatcttcactacaaaacacata--atgagcttgagaagttggaggttaaaaattgtgctttagttgaagagatatttgaattgact 7686  T
Q  111 ttgaatgaaaataacagtgtagaggaaacatcacatttgaaagagcttattataattggactgtggaagctgaacaagatatggagtggagatcctcaag 210  Q
    || ||| |||||||||| | |||||  |   |||| ||||||||| ||| | |   || |||||  ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  7685 ttcaatcaaaataacagggaagaggttatgacacaattgaaagaggttactctggatgtactgttcaagttgaaaaagatatggagtgaagatcctcaag 7586  T
Q  211 gaattcttagttttcaaaatctaataaatatacaattagttaagtgtataagcttggagtatctgttaccactctccgtagccattcgttgctcacatct 310  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||  ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  7585 ggattcttagttttcaaaatctaataaatgtacaattgaaggggtgtgcaagcttggagtatctgttaacactctctgcagccactcgttgctcacatct 7486  T
Q  311 caaggaacttagtctaaaatattgtgtaaacatgaaggaaattgttgcagcggag 365  Q
    |||||||||| |  ||| | || ||   ||||||||| |||||||||||| ||||    
T  7485 caaggaactttggataagagatcgttacaacatgaagcaaattgttgcagaggag 7431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0783 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0783
Description:

Target: scaffold0783; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 394
Target Start/End: Original strand, 3 - 55
Alignment:
Q  339 aacatgaaggaaattgttgcagcggaggagaaagaatctagcgcgaatgaagctcc 394  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  3 aacatgaaggaaattgttgca---gaggagaatgaatctagcgtgaatgcagctcc 55  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0115
Description:

Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 5228 - 5143
Alignment:
Q  18 gtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttga 103  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||| ||| | || |||||| | ||  ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  5228 gtttttccttcttcattgtaaaaaacatacaataatctagagatgctagatattacaaattgtgcttcagtggaagagatatttga 5143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 12968 - 12883
Alignment:
Q  18 gtttttccttcttcaatgcaaaacacatataatgagcttgagatgttggaggttagaaattgtgcttcagttgaagaaatatttga 103  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||| ||| | || |||||| | ||  ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  12968 gtttttccttcttcattgtaaaaaacatacaataatctagagatgctagatattacaaattgtgcttcagtggaagagatatttga 12883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University