View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12399_high_1 (Length: 762)

Name: NF12399_high_1
Description: NF12399
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12399_high_1
NF12399_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-755)||(55172782-55173518)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (137-241)||(27721586-27721690)
chr4 (243-348)||(27721910-27722015)
chr4 (426-499)||(27722106-27722179)
chr4 (19-70)||(27721245-27721296)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 55173518 - 55172782
Alignment:
Q  19 agttccgtggatcatgtgcaagcagaaggatgctcccgatcccgtcgtaagtaattaattttaggcataaaacaaagtgaggacagtcatgatgtgatca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55173518 agttccgtggatcatgtgcaagcagaaggatgctcccgatcccgtcgtaagtaattaattttaggcataaaacaaagtgaggacagtcatgatgtgatca 55173419  T
Q  119 tgagtttaataattttatttggcagatcaatgcatgcaatggaagacattgtggtgataccttctcaggaccaaacaaaccatacaagccttccctatgg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55173418 tgagtttaataattttatttggcagatcaatgcatgcaatggaagacattgtggtgataccttctcaggaccaaacaaaccatacaagccttccctatgg 55173319  T
Q  219 actgaaaattggaccgctcagtacagagtatttggtgatccagtatcacagagatctgctgaagatattgccttctcagttgcccgattcttctccaaaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55173318 actgaaaattggaccgctcagtacagagtatttggtgatccagtatcacagagatctgctgaagatattgccttctcagttgcccgattcttctccaaaa 55173219  T
Q  319 atggaaatctggtcaactactatatggtaattgctaatattatgtactaatgtagcaaactaactcaattgaatgtgaaattaactatgaatgaattgca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55173218 atggaaatctggtcaactactatatggtaattgctaatattatgtactaatgtagcaaactaactcaattgaatgtgaaattaactatgaatgaattgca 55173119  T
Q  419 gtaccatggtggaacaaactttggaagaacaacctctgccttcacaacaacccgttattacgatgaggcacctcttgatgaatacggtatggagaggcag 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55173118 gtaccatggtggaacaaactttggaagaacaacctctgcctttacaacaacccgttattacgatgaggcacctcttgatgaatacggtatggagaggcag 55173019  T
Q  519 ccaaaatggagccaccttagggacgcccacaaggctttgctcctttgcagaaaggctattctcggtggtgttcccactgtccaaaagctcaacgactacc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55173018 ccaaaatggagccaccttagggacgcccacaaggctttgctcctttgcagaaaggctattctcggtggtgttcccactgtccaaaagctcaacgactacc 55172919  T
Q  619 acgaggtacatataataatcattgttaagctatatatgcaacatgcgtgtatctccatcatgataactttgagaaatatataatgcatcgtgcaggttag 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55172918 acgaggtacatataataatcattgttaagctatatatgcaacatgcgtgtatctctatcatgataactttgagaaatatataatgcatcgtgcaggttag 55172819  T
Q  719 aatctttgagaagcctggaacaagcacaggttctgct 755  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  55172818 aatctttgagaagcctggaacaagcacatgttctgct 55172782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 9e-26; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 137 - 241
Target Start/End: Original strand, 27721586 - 27721690
Alignment:
Q  137 ttggcagatcaatgcatgcaatggaagacattgtggtgataccttctcaggaccaaacaaaccatacaagccttccctatggactgaaaattggaccgct 236  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| |||    
T  27721586 ttggcagattaatgcatgcaatggaaggcactgtggtgatacctttacaggtccaaacaaaccatacaaacctttcatatggactgaaaactggactgct 27721685  T
Q  237 cagta 241  Q
    |||||    
T  27721686 cagta 27721690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 243 - 348
Target Start/End: Original strand, 27721910 - 27722015
Alignment:
Q  243 agagtatttggtgatccagtatcacagagatctgctgaagatattgccttctcagttgcccgattcttctccaaaaatggaaatctggtcaactactata 342  Q
    ||||||||||| ||||||  ||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||  |||||  | | |||||||||||||    
T  27721910 agagtatttggagatccaccatctcaaagatctgcagaagacattgccttctcagttgctcgcttcttctctaagcatggatctttagtcaactactata 27722009  T
Q  343 tggtaa 348  Q
    ||||||    
T  27722010 tggtaa 27722015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 426 - 499
Target Start/End: Original strand, 27722106 - 27722179
Alignment:
Q  426 ggtggaacaaactttggaagaacaacctctgccttcacaacaacccgttattacgatgaggcacctcttgatga 499  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||    
T  27722106 ggtggaacaaattttggtagaacaacctcagcctttacaacaacacgttactacgacgaagctcctcttgatga 27722179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 70
Target Start/End: Original strand, 27721245 - 27721296
Alignment:
Q  19 agttccgtggatcatgtgcaagcagaaggatgctcccgatcccgtcgtaagt 70  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  27721245 agttccatgggtcatgtgcaagcagaaggatgctcctgatccagttgtaagt 27721296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University