View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1240-INSERTION-10 (Length: 641)

Name: NF1240-INSERTION-10
Description: NF1240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1240-INSERTION-10
NF1240-INSERTION-10
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (5-641)||(3002851-3003486)
chr8 (29-641)||(9850073-9850684)
chr8 (29-641)||(2710262-2710873)
chr8 (29-621)||(2980781-2981372)
chr8 (34-639)||(2989865-2990472)
chr8 (138-593)||(13791853-13792308)
chr8 (152-593)||(3281600-3282041)
chr8 (139-593)||(2910253-2910707)
chr8 (239-537)||(3141346-3141644)
chr8 (161-593)||(2915233-2915665)
chr8 (138-446)||(3169346-3169654)
chr8 (239-446)||(3173019-3173222)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (34-639)||(18356265-18356872)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (50-609)||(10754651-10755210)
[»] scaffold0065 (1 HSPs)
scaffold0065 (145-609)||(46022-46486)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (315-636)||(3918408-3918728)
chr7 (401-538)||(7157284-7157421)
chr7 (239-288)||(3918353-3918402)
chr7 (235-360)||(7160256-7160381)
chr7 (100-204)||(7160412-7160516)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 3003486 - 3002851
Alignment:
5 agtttggtgttgtcataagaagaaaacataatcaatgttcgcagcctacttgcatccaatgattccaacaacaaaaatgcatcaaattctactgatacat 104  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
3003486 agtttgatgtcgtcataagaagaaaacataatcaatgttcgcagcctacttgcatccaatgattccaacaacaaaaatgcatcaaattctacggatacat 3003387  T
105 gcacaggtcttcctataaatctttttgacttattatccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcatttt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3003386 gcacaggtcttcctataaatctttttgacttattatccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcatttt 3003287  T
205 aaaatcttgtatgtcaccatctagattcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcag 304  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
3003286 aaaatcttgtatatcaccatctagattcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttccatgcag 3003187  T
305 tgcttttcaattgaacattcaagataaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataag 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3003186 tgcttttcaattgaacattcaagataaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataag 3003087  T
405 caaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttg 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3003086 caaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtaccgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttg 3002987  T
505 taagacatcgatccattccctttcttcacttttatttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttc 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
3002986 taagacatcgatccattccctttcttcacttttattttgtaatatgcctcccaattatctaattgctaatggaactcctctgcactttttcactatcttc 3002887  T
605 ttaccnaattgactcaasantttgattcactccaatg 641  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||    
3002886 ttacc-aattgactcaagagtttgattcactccaatg 3002851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 29 - 641
Target Start/End: Original strand, 9850073 - 9850684
Alignment:
29 aacataatcaatgttcgcagcctacttgcatccaatgattccaacaacaaaaatgcatcaaattctactgatacatgcacaggtcttcctataaatcttt 128  Q
    ||||||||||| ||||| || | |||  |||||| ||||||||||||  |||| || |||||||| |  |||||||||||||||||||||  | ||||||    
9850073 aacataatcaaagttcgaagtcgactaacatccattgattccaacaaacaaaacgcttcaaattccagagatacatgcacaggtcttcctggacatcttt 9850172  T
129 ttgacttattatccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctag 228  Q
    ||| | || |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||      
9850173 ttgccgtactatccaagtaacaacaatcgtttccagctacttgtgttgcaagatcgtgcatcaaatcatgcattctaaaaccatttatatcaccatcttt 9850272  T
229 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaaga 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  | |  ||||| |||||| ||||||    
9850273 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattaacaaattggttaccaacatcttccatgctcttcccttcaactgaacagtcaaga 9850372  T
329 taaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatg 428  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||   |    
9850373 taaccatgcgccatccacattcgaatcaactcatccttctcaaattcccaatccttaggatataaagagcaataagcaaaacattgtctttgttgaggcg 9850472  T
429 acaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttc 528  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| |||||||| |  ||||||| |||||| ||| ||||||||||    
9850473 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctatctttatcctcacacaagttccaaaaatttccttgtaggacatcaatcaattccctttc 9850572  T
529 ttcacttttatttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttcttaccnaattgactcaasantttg 628  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||| |||| |||||| ||||   ||      
9850573 ttcacttttactttgtaatatgcctcctaacgatctaattgctaatggaactcctttgcacttttccgctatcttcctacc-aattgattcaatggttct 9850671  T
629 attcactccaatg 641  Q
    |||||||||||||    
9850672 attcactccaatg 9850684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 29 - 641
Target Start/End: Original strand, 2710262 - 2710873
Alignment:
29 aacataatcaatgttcgcagcctacttgcatccaatgattccaacaacaaaaatgcatcaaattctactgatacatgcacaggtcttcctataaatcttt 128  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||   |||| |||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||    
2710262 aacacaatcaaagttcgcagcctacttgaatccaacgattccaacatacaaaaggcatcagattccactaatatatgcacaggtcttcctagacatcttt 2710361  T
129 ttgacttattatccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctag 228  Q
    ||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |   ||  ||||||||       
2710362 ttgccctactatccaagtaacaacaatcattgccagctacttgtgttgcaagatcgtgcattaaatcatgcattttaaaaccagatacatcaccatcgtc 2710461  T
229 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaaga 328  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||| |||||    
2710462 attcaattctgcatcttggaagaatgaattcatcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcattgctcttcaactgaacatccaaga 2710561  T
329 taaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttct-caattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaat 427  Q
    || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| || |||| | |||| ||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||       
2710562 tatccttgtgctatccacatttgaattaactcatccttcttcaatttcc-aatcttgaggaaatatagagcaataagcaaaacattgtctttgttgaggc 2710660  T
428 gacaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattcccttt 527  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
2710661 gacaagttattgtaactcaattttaggaccggcatgatgctatctttatcctcgcacaatttccaaaagtcaccttgtaagacatcgatccactcccttt 2710760  T
528 cttcacttttatttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttcttaccnaattgactcaasanttt 627  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||   |||||||||| || |||||  |||| | |||    
2710761 cttcccttttacttcgtaatatgcctcccagtgatctaattgctaatggaactcctttgcacttttctgctatcttctttcc-aattggttcaagagttt 2710859  T
628 gattcactccaatg 641  Q
    | ||||||||||||    
2710860 ggttcactccaatg 2710873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 29 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 2981372 - 2980781
Alignment:
29 aacataatcaatgttcgcagcctacttgcatccaatgattccaacaacaaaaatgcatcaaattctactgatacatgcacaggtcttcctataaatcttt 128  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| |||||  |||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||    
2981372 aacataatcaaagtacgcagcctacttgaatccaatgattccaacatacaaaaggcatcccatttcaatgatacatgcacaggtcttcctagacatcttt 2981273  T
129 ttgacttattatccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctag 228  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| | | ||| |||||||        
2981272 ttgccttactatccaagtaacaacaatcattgccagctacttgtgttgcaagatcgtgcattaaatcgtgcattttaaaaccatctatatcaccatggta 2981173  T
229 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaaga 328  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||  ||||||    
2981172 attcattgttgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatctttcatgcattgcttttcaactgaaccgtcaaga 2981073  T
329 taaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatg 428  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||  || |  ||||||||  ||| ||||||  ||||||||||||||||| || ||||||  ||    
2981072 taaccttgtgccatccacatttgaattaattcatccttcataaatttccaatcctggggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggtg 2980973  T
429 acaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttc 528  Q
    |||| || | |||||||||| ||||||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||    
2980972 acaagttatagtaactcaatcttaggactggcaagatgctatctttatcctcgcacaatttccaaaagtcaccttgtaagacttcaatccactccctttc 2980873  T
529 ttcacttttatttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttcttaccnaattgactcaa 621  Q
    ||| |||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||   ||||||||| ||| |||||||||||    
2980872 ttcccttttgctttgtaatatgcctcccaatgatcttattgctaatggaactcctttgcacttttctgctatcttctcacc-aattgactcaa 2980781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 34 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 2990472 - 2989865
Alignment:
34 aatcaatgttcgcagcctacttgcatccaatgattccaacaacaaaaatgcatcaaattctactgatacatgcacaggtcttcctataaatctttttgac 133  Q
    |||||| || |||| |||||||| |||||  |||||||||||  | || ||||||  ||  ||| |||||||||| |||||||||| | || | |||| |    
2990472 aatcaaagtccgcaacctacttgaatccagggattccaacaaacacaaggcatcatgtttcactaatacatgcacgggtcttcctaaacatttgtttgcc 2990373  T
134 ttatt---atccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagat 230  Q
    ||| |   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  ||||||||   ||    
2990372 ttacttgaatccaagtaacaacaatcattgccagctacttgtgttgcaagatcatgcattaaatcatgcattttaaaaccagttacatcaccatcatcat 2990273  T
231 tcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagata 330  Q
    | || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||  |||||||    
2990272 taaaatttgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcattgattttcaactgaacaaccaagata 2990173  T
331 accttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgac 430  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||| || ||||||  |||     
2990172 accttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatcctgaggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggtgat 2990073  T
431 aaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttctt 530  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||  ||| |||  | | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
2990072 aagttctggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcaccatcacacaatttccaacattcaccttgtaagacattgatccattcactttctt 2989973  T
531 cacttttatttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttcttaccnaattgactcaasantttgat 630  Q
     ||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||   ||||||||||||| |||||| |||| |  ||| |    
2989972 tactttcacttcgtaatatgcctcctagtgatctaattgctaacggaactcctttgcacttttctgctatcttcttacc-aattgattcaagaggttggt 2989874  T
631 tcactccaa 639  Q
    |||||||||    
2989873 tcactccaa 2989865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 138 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 13792308 - 13791853
Alignment:
138 tatccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagattcaattt 237  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||     ||| || ||||||  |  || |||    
13792308 tatccaagtaacaacaatcattgccagctactttcattgcaagatcatgcattaaattatgcattttgaaactaactatatctccatctccacccacttt 13792209  T
238 tgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagataaccttgc 337  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||||| |||   || ||||||  ||  |||||||||||||| ||     
13792208 tgcatcttggaaaaatgactttatcaacaaaatcttcacaaattcgttaccggcatcttccatgagttgtttttcatctgtgcattcaagataaccctgt 13792109  T
338 gccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaatttt 437  Q
    |||||||| | |||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||  |||||| |||    
13792108 gccatccaaagttgaatcaacgcatccttctcaatttcccaatccttgggatataaagagcaataagcaaaacattgtctcaattgaagcgacaaacttt 13792009  T
438 ggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttcttcactttt 537  Q
    ||||||| ||||| ||||  | | | ||| | || || || || || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13792008 ggtaactaaatttcaggattgacgagatgctttctttgtcttcgcataattcccaaaagtcaccttgtaagacatcgatccattccctttcttcactttt 13791909  T
538 atttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttt 593  Q
      || | | || ||||||||| | ||||||||||| || ||||||  |||||||||    
13791908 cctttgcagtaagcctcccaaagttctaattgctagtggaactcccatgcactttt 13791853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 152 - 593
Target Start/End: Original strand, 3281600 - 3282041
Alignment:
152 caatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagattcaattttgcatcttggaaga 251  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||     ||  |||||||||  |  |  ||||||||||||||| |    
3281600 caatcattaccagctacttgtgttgcaagatcatgcattaaattgtgcattttgaaactaactaactcaccatcttcaccctcttttgcatcttggaaaa 3281699  T
252 atgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaat-tgaacattcaagataaccttgcgccatccacattt 350  Q
    |||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||| | | |||  ||| | || ||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||    
3281700 atgactttatcaagagaatcttcacaaattcgttaccgacatcttccagg-agttgtttaccatctgagcattcaagataaccttgtgccatccaaagtt 3281798  T
351 gaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttggtaactcaattt 450  Q
    ||||||||   |||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||    |||  |||||| ||||||||| |||| |    
3281799 gaatcaacatatccttctcgatttcccaatccttaggaaatagagagcaataagcaaaacattgtctcaaccgaagcgacaaactttggtaacccaatgt 3281898  T
451 taggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttcttcacttttatttcgtaatatg 550  Q
     |||| |  ||  ||| | |  |  || |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |  |||||| |    
3281899 caggatcaacatgatgcttttttcgtcttcacatgattcccaaaattcgccttgtaagacattgatccattccctttctttgcttttactctgtaatagg 3281998  T
551 cctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttt 593  Q
    |||||||||| | ||||||||| || ||||||  |||||||||    
3281999 cctcccaatgttttaattgctagtggaactcccatgcactttt 3282041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 139 - 593
Target Start/End: Original strand, 2910253 - 2910707
Alignment:
139 atccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagattcaatttt 238  Q
    ||||||| |||| |||||  | || ||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||   | ||| |||||||||  || || |||     
2910253 atccaaggaacagcaatctattcctgctacttgcattgctagatcatgaattaaatcatgcattttgaaactatatatatcaccatcttcatccattttc 2910352  T
239 gcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagataaccttgcg 338  Q
    |||||||| || ||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||  ||   |    ||||   || || |||||||||||||| |    
2910353 gcatcttgaaaaaatgactttgtcaagaaaattttcacgaattggttaccaatatcttcattgagctcaacttcaggcgagcaatcaagataaccttgtg 2910452  T
339 ccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttg 438  Q
    | || || | |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||    
2910453 caatgcatagttgaatcaactcatccttctctatttcccaatccttaggatatatagagcaatatgcaaaacattgtctctgttgaggtgacaagttttg 2910552  T
439 gtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttcttcactttta 538  Q
    |||||||| ||| || |||||||  ||| |||  |  || |  || ||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||| || ||| |||    
2910553 gtaactcagtttcagaaccggcacgatgctattttcgtcttggcataatctccaaaagtcaccttgtaagacattgttccattcactttgtttactctta 2910652  T
539 tttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttt 593  Q
      | | |||| |||||| |||| |||||| |||| || ||| || ||||||||||    
2910653 ccttgcaataggcctcctaatgttctaatagctagtggaaccccactgcactttt 2910707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 239 - 537
Target Start/End: Original strand, 3141346 - 3141644
Alignment:
239 gcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagataaccttgcg 338  Q
    ||||||||||| || || |||||||| |||||  |||||||||||||||| |  ||||| ||||  |||||||||   |||||||| ||||||||||| |    
3141346 gcatcttggaaaaaagacttcatcaataaaatcgtcacaaattggttaccgatgtcttccatgcgctgcttttcatcagaacattcgagataaccttgtg 3141445  T
339 ccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttg 438  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||||||| |||  |||||| |||| ||||||||  || || ||||||||||| |   |||||   ||||| |||||    
3141446 ccatccatagttgaatcaactcatccttctctattttccaatctttagtatataaagagcagtaggcaaaacattgccgtagttgaggagacaagttttg 3141545  T
439 gtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttcttcactttt 537  Q
    |||||||| ||| |  |||||||  ||| | || |  || ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
3141546 gtaactcagtttcaacaccggcatgatgctttcttcgtcttcacataatttccaaaagtcaccttgtaaaacatcaatccattctctttcttcattttt 3141644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 161 - 593
Target Start/End: Original strand, 2915233 - 2915665
Alignment:
161 ccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagattcaatt-ttgcatcttggaagaatgatttc 259  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||| | |||||||    |||||| ||||||||||||| ||||| ||     
2915233 ccagctacttgcattgcgagatcatgcattaaatcatgcattttgaaactatgtatattaccatct-ccgtcaattcttgcatcttggaaaaatgacttt 2915331  T
260 atcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagataaccttgcgccatccacatttgaatcaact 359  Q
     |||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| |||   |   | |||    ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||  |||||| |||    
2915332 gtcaagaaattcttcacgaattggttaccagcatcttccatgggctcaatatcaggcaaaccttcgagataaccttgtgccatgcacagctgaatccact 2915431  T
360 cgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttggtaactcaattttaggaccgg 459  Q
    | |||||||| ||| ||||||||||||||||||  |  ||||| ||||| |||||||| || |||   ||||| ||| | || |||| ||| || |||||    
2915432 catccttctctatttcccaatccttaggatatacggagcaatatgcaaagcattgtctgtgctgaggcgacaagtttcgatagctcagtttcagaaccgg 2915531  T
460 caaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttcttcacttttatttcgtaatatgcctcccaat 559  Q
    ||  ||| |||  | ||| || || ||| |||| || |||||||| ||||||| | ||||||| || |||| ||||||| || | |||| |||||| |||    
2915532 catgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcactctctttacttttactttgcaataggcctcctaat 2915631  T
560 gatctaattgctaatgnaactcctctgcactttt 593  Q
    | |||||| |||| || |||||||||||| ||||    
2915632 gttctaatagctagtggaactcctctgcattttt 2915665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 138 - 446
Target Start/End: Original strand, 3169346 - 3169654
Alignment:
138 tatccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagattcaattt 237  Q
    |||||| ||||||||||||| | || |||||||   |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||   ||||| |||||| | |   ||| |||    
3169346 tatccaggtaacaacaatcattaccggctacttccattgcaagatcatgtattaaatcatgcattttgaaactgtgtatatcacca-caactatcagttt 3169444  T
238 tg-catcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcag-tgcttttcaattgaacattcaagataacctt 335  Q
     | ||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||| |   |||||||||||||||||||    
3169445 cgacatcttgcaaaaatgacttcatcaagaaaatatttacgaattggttaccaatatcttccat-cagcttttttttagccgaacattcaagataacctt 3169543  T
336 gcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaatt 435  Q
    | ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |  |||  ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||  ||||   |||||| ||    
3169544 gtgccatccacaaatgaattaactcatgcttatgtattttccaatccttaggatatatagcacagtatgcaaaacattgtctaagttggggtgacaagtt 3169643  T
436 ttggtaactca 446  Q
     ||||||||||    
3169644 atggtaactca 3169654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 446
Target Start/End: Original strand, 3173019 - 3173222
Alignment:
239 gcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagataaccttgcg 338  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||  |   |||| ||  |||| ||||||  |||||||| |    
3173019 gcatcttggaaaaatgacttcatcaagaaaatatttacaaattg-ttaccaatatcttccataaa---ctttccacctgaaaattcaaagtaaccttgtg 3173114  T
339 ccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttg 438  Q
    ||| ||||| |||||||||||| | |||||| |||  ||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||  |||||  |||||| ||| |    
3173115 ccacccacagttgaatcaactcatgcttctctattctccaatccttgggatataaagagcagtaagcaaaacattgtcttagttgaggtgacaagtttag 3173214  T
439 gtaactca 446  Q
    ||||||||    
3173215 gtaactca 3173222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 34 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 18356872 - 18356265
Alignment:
34 aatcaatgttcgcagcctacttgcatccaatgattccaacaacaaaaatgcatcaaattctactgatacatgcacaggtcttcctataaatctttttgac 133  Q
    |||||| || |||| |||||||| |||||  |||||||||||  | || |||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||| | || |||||| |    
18356872 aatcaaagtccgcaacctacttgaatccagggattccaacaaacacaaggcatcatattccactaatacatgcacgggtcttcctaaacatttttttgcc 18356773  T
134 ttatt---atccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagat 230  Q
    ||| |   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |||||||  | ||    
18356772 ttacttgaatccaagtaacaacaatcattgccagctacttgtgttgcaagatcatgcattaaatcatgcattttaaaaccagttacatcaccatgaacat 18356673  T
231 tcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagata 330  Q
    |||| | |||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||  |||||||    
18356672 tcaaatctgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatttttacaaattgattaccaacatctttcatgcattgcttttcaactgaacaaccaagata 18356573  T
331 accttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgac 430  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||| || ||||||  |||     
18356572 accttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatcctgaggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggtgat 18356473  T
431 aaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttctt 530  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||  ||| |||  | |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||    
18356472 aagttctggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcacgatcacacaatttccaaaattctccttgtaagacattgatccattcactttctt 18356373  T
531 cacttttatttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttcttaccnaattgactcaasantttgat 630  Q
     ||||| |  ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||| |||| |  ||| |    
18356372 tactttcacctcgtaatatgcctcctagtgatctaattgctaacggaactcctttgcacttttctactatcttcttacc-aattgattcaagaggttggt 18356274  T
631 tcactccaa 639  Q
    |||||||||    
18356273 tcactccaa 18356265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 50 - 609
Target Start/End: Original strand, 10754651 - 10755210
Alignment:
50 ctacttgcatccaatgattccaaca-acaaaaatgcatcaaattctactgatacatgcacaggtcttcctataaatctttttgacttattatccaagtaa 148  Q
    ||||||| |||||| |||||||||  ||||||| |||||| || | ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||  |||| ||| |||||||    
10754651 ctacttgaatccaacgattccaacctacaaaaa-gcatcacataccactgatacatgcagaggtcttcctagacatcttttttccttactattcaagtaa 10754749  T
149 caacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagattcaattttgcatcttgga 248  Q
    ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |   ||  ||||||||   ||||||||||||||||||||    
10754750 caaaaatcattgccagctacttctgttgcaagatcatgcaataaatcatgcattttaaaaccaattacatcaccatcgtcattcaattttgcatcttgga 10754849  T
249 agaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagataaccttgcgccatccacat 348  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| | |   |||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
10754850 agaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttgtgccatccacat 10754949  T
349 ttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttggtaactcaat 448  Q
    |||||| ||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  || ||||||  |||||| || ||||||||||||    
10754950 ttgaattaactcatccttctcaaattcccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatggtaactcaat 10755049  T
449 tttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttcttcacttttatttcgtaata 548  Q
    |||||||||||||  ||| |||  | ||| || || ||| |||| || |||||||| ||||||| | |||||||  |||||| ||||||| |||||||||    
10755050 tttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttctttacttttacttcgtaata 10755149  T
549 tgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttcttacc 609  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||    
10755150 tgcctcccaatgatctaattgccaatggtactcctttgcactttttcgctatcttcttacc 10755210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 145 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 46486 - 46022
Alignment:
145 gtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgcattttaaaatcttgtatgtcaccatctagattcaatttt-gcatc 243  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||     ||| |||||| | |   |||||||| |||||    
46486 gtaacaacaatcattgccggctatttgcattgcaagatcatgcattaaatcatgcattttgaaactacatatatcacca-caatcatcaattttagcatc 46388  T
244 ttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagataaccttgcgccatc 343  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||    |  || |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||    
46387 ttggaagaatgacttcatcaagaaaatctttacgaattggttaccaatatcttccggaccctgtttttgagttgaacattcaagataaccttgtgccatc 46288  T
344 cacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttggtaac 443  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |  ||| |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||  |||||   || || ||||||||||    
46287 cacagttgaatcaactcatccttttttatttcccaatccttaggatataaagagcagtaagaaaaacattgtcttagttgaggcgataagttttggtaac 46188  T
444 tcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttcttcacttttatttcg 543  Q
    ||| ||| |  || ||||  ||||| || |  || ||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||| | | ||||||| ||||||||||||||  | |    
46187 tcagtttcaacactggcatgatggtttcttcgtcttcacataatttccaaaagtcatcttgtaaaacaccaacccattccgtttcttcacttttaccttg 46088  T
544 taatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttcttacc 609  Q
    ||| | |||||| |||| ||| ||||||| || ||| || ||||||||||   |||||||||||||    
46087 taaaaggcctcctaatgttctgattgctagtggaacaccactgcacttttcagctatcttcttacc 46022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 315 - 636
Target Start/End: Original strand, 3918408 - 3918728
Alignment:
315 ttgaacattcaagataaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattg 414  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||| || |||||||| ||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
3918408 ttgaacattcaagataaccatgtgccatccacaattgtatcaattcatccttctctatatcccaatccttaggatataaagagcaataagcaaaacattg 3918507  T
415 tctctgttgaaatgacaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcg 514  Q
    || | |||||   ||||| ||||||||||||| ||| |  || ||||  ||  | || | ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||     
3918508 tcgcagttgaggcgacaagttttggtaactcagtttcaacactggcatgatactttcttcatcttcacataatttccaaaagtcaccttgtaaaacatca 3918607  T
515 atccattccctttcttcacttttatttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgctaatgnaactcctctgcactttttcactatcttcttaccnaatt 614  Q
    |||||||| | |||||||||||||  | |||| | |||||| | || ||| ||||||| || ||| ||  |||||||||   |||||||||| ||  |||    
3918608 atccattcacattcttcacttttaccttgtaacaggcctcctagtgttcttattgctagtggaaccccagtgcacttttctgctatcttcttgccg-att 3918706  T
615 gactcaasantttgattcactc 636  Q
    || |||| | |||| |||||||    
3918707 gattcaagagtttggttcactc 3918728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 401 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 7157421 - 7157284
Alignment:
401 taagcaaaacattgtctctgttgaaatgacaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtatcgttatcctcacacaatttccaaaattcac 500  Q
    ||||||||||||||||||  ||||   |||||  |||||||||||| ||| |  || |||| |||| |||| |  || ||||| ||||||||||| ||||    
7157421 taagcaaaacattgtctcatttgaggagacaagctttggtaactcagtttcaacactggcataatgctatcttcgtcttcacataatttccaaaagtcac 7157322  T
501 cttgtaagacatcgatccattccctttcttcactttta 538  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||    
7157321 cttgtaaaacatccatccattccttctcttcactttta 7157284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 288
Target Start/End: Original strand, 3918353 - 3918402
Alignment:
239 gcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttacc 288  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
3918353 gcatcttgaaaaaatgacttcatcaacaaaatattcacgaattggttacc 3918402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 235 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 7160381 - 7160256
Alignment:
235 ttttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttctatgcagtgcttttcaattgaacattcaagataacct 334  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||| | |||||||  || || ||||| ||||| | |||||| |||   || ||||||  |||||| ||||||||  ||    
7160381 ttttgcatcttggaaaagtgacttcttgaagaaaaggtttacgaattgattaccgatatcttccatgagctgtttttcagctgaacagtcaagatagtct 7160282  T
335 tgcgccatccacatttgaatcaactc 360  Q
    || |||||||||| ||||||||||||    
7160281 tgtgccatccacagttgaatcaactc 7160256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 100 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 7160516 - 7160412
Alignment:
100 tacatgcacaggtcttcctataaatctttttgacttattatccaagtaacaacaatcagtgccagctacttgtgttgcgagatcatgcattaaatcatgc 199  Q
    ||||||||| || ||||||| || |||| ||| || | ||||||||||||  |||||| |||| ||||||||  |||| || ||||| |||||||| ||     
7160516 tacatgcacgggacttcctacaagtcttgttgtctcactatccaagtaacggcaatcaatgccggctacttgcattgcaaggtcatgtattaaatcgtgt 7160417  T
200 atttt 204  Q
    |||||    
7160416 atttt 7160412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University