View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12409_high_1 (Length: 934)

Name: NF12409_high_1
Description: NF12409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12409_high_1
NF12409_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (47-934)||(28783666-28784557)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 28784557 - 28783666
Alignment:
Q  47 tgttttggtaagatgtacaatgagcacattcctcttatttttaaccaaagaaattcttccataagtcatttgaagtgtggacagatgataatgcataggg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28784557 tgttttggtaagatgtacaatgagcacattcctcttatttttaaccaaagaaattcttccataagtcatttgaagtgtggacagatgataatgcataggg 28784458  T
Q  147 cctacttttatcaagtatctctaaatattaggtgaagacataaagacagtggttttattttgcatcaatatagtagtaacttgtttgaaaagtgtggtca 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                | || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28784457 cctacttttatcaagtatctctaaatattaggtgaagacataaagaca----------------taaagacagtagtaacttgtttgaaaagtgtggtca 28784374  T
Q  247 atgcaagcaaatcctatactataataactagatccatgaatttgatactcatagttccnnnnnnnaactattat----gacttactcctctctaacaaaa 342  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| |||||    || |||||||||||||| ||||    
T  28784373 atgcaagaaaatcctatactataataactagatccatgaatttgatactcatagttcctttttttaaccattatatatgagttactcctctctaataaaa 28784274  T
Q  343 tataatacatgtatctgatccaaatgttgacaagatgcatgtaatttt-------------gttacaaagagattacaattt---aagagaaaagattga 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  28784273 tataatacatgtatctgatccaaatgttgacaagatgcatgtaattttttccttttgttttgttacaaagagattacaattttttaagagaaaagattga 28784174  T
Q  427 tttcagttacattcttgtgcataattgttttgcagggttacatgtaacaattgactgcaaagaagcaaatggacattttaaaacaagaggggcaggtgag 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28784173 tttcagttacattcttgtgcataattgttttgcagggttacatgtaacaattgactgcaaagaagcaaatggacattttaaaacaagaggggcaggtgag 28784074  T
Q  527 cttgataaaaatggaaatttcaaagtatctcttcctcaagaaattgtaaatgaaggtgaattgaaagaagaatgttatgctcagctgcatagtgcaacag 626  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28784073 cttgataaaaatggaaatttcaaagtatctcttcctcaagaaattgtaaatgaaggtgaattgaaagaagaatgttatgctcagctgcatagtgcaacag 28783974  T
Q  627 ctgcaccttgtcctgctcatgatggcctgcaaaacaccaaaattgtcatcaagtcaaaatctgatgacaaacacaccctaagtactgctgctgctggtaa 726  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28783973 ctgcaccttgtcctgctcatgatggcctgcaaaacaccaaaattgtcatcaagtcaaaatctgatgacaaacacaccctaagtactgctgctgctggtaa 28783874  T
Q  727 actcaaattttcatcagcaacatgtacctccaaattcttttggcctctcttcaaacatcctctttttcctaagcttcctcatcctgatttacctcaattt 826  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28783873 actcaaattttcatcagcaacatgtacctccaaattcttttggcctctcttcaaacatcctctttttcctaagcttcctcatcctgatttacctcaattt 28783774  T
Q  827 ccccctaaagtttttccaacatttccaccaaagattttccataaacaccctctttttcctcctgttcctatctacaagaaacctccctttcctcatattc 926  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  28783773 ccccctaaagtttttccaacatttccaccaaagattttccataaacaccctctttttcctcctgttcctatctacaagaaacctccattttctcatattc 28783674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University