View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1241-Insertion-1 (Length: 835)

Name: NF1241-Insertion-1
Description: NF1241
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1241-Insertion-1
NF1241-Insertion-1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (21-627)||(45148666-45149272)
chr8 (279-627)||(45165284-45165633)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (13-630)||(24134314-24134931)
chr6 (13-630)||(24136628-24137241)
chr6 (473-696)||(24134014-24134238)
[»] scaffold0290 (1 HSPs)
scaffold0290 (759-798)||(4256-4295)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 627
Target Start/End: Original strand, 45148666 - 45149272
Alignment:
Q  21 gtatgtgaagagaaagatgttgggtgatgctaggagattttttgatcatatgctttttcgggatgtaatttcttggcataccatgatttccagatattcc 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || || ||| ||| |||||| |||||||||||||| | ||| ||    
T  45148666 gtatgtgaagaggaagatgttgggtgatgctaggagactttttgatcatatgcctgttaggaatgcaatctcttggaataccatgatttccggttatgcc 45148765  T
Q  121 ccgaatggagatttgttacaagctaggagattgtttgaggagtctctggtgcgagatgttttcacgtggacatcaatggtgttttgcatatgtgcagagt 220  Q
    | | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  45148766 cgggatggagatttgttacaagccaggaggttgtttgaggagtctccggtgcgggatgttttcacgtggacagcaatggtgttt-gcatatgtgcagagt 45148864  T
Q  221 ggaatgttggatgaagcgagaagagttttcgatgaaatgctgggaaaaagaaaaatgacatacaatgtgatgattgtaggatatgtgcaatacaataaaa 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  45148865 ggaatgttggatgaagcgagaagagttttcgatgaaatgccgggaaaaagagagatggcatacaatgtgatgattgcaggatatgtgcaatacaagaaaa 45148964  T
Q  321 tggatatggcaagggaattgtttgaggcaatgccatgtcggaatgtaggttcatggaataccatgatcaacggctatggtcagaacgaagatattgctca 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45148965 tggatatggcaagggaattgtttgaggcaatgccttgtcggaatgtaggttcatggaataccattatcagcggctatggtcagaacggagatattgctca 45149064  T
Q  421 agctatgaaattgtttcacatgatggatccgcgcgattgtgtatcttgggtggcaattattgatggttatgctcagactggtcactatgaagaagttatg 520  Q
    ||||| | |||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45149065 agctagggaattgtttgacatgatgactcagcgcgattgtgtatcttgggcggcaattattgctggttatgctcagactggtcactatgaaaaagttatg 45149164  T
Q  521 gacatgctggtgaagatgtaaaggg-cggcgaaagtttaaatagatctaccttatgtggtgctttgagcacatgtgctggtatggctgctttcgtgttag 619  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45149165 cacatgctggtgaagatgaaaagggacggcaaaagtttaaatagatctaccttttgttgtgctttgagcacatgtgctggtatggctgctttggtgttag 45149264  T
Q  620 ggaaacaa 627  Q
    ||||||||    
T  45149265 ggaaacaa 45149272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 279 - 627
Target Start/End: Original strand, 45165284 - 45165633
Alignment:
Q  279 catacaatgtgatgattgtaggatatgtgcaatacaataaaatggatatggcaagggaattgtttgaggcaatgccatgtcggaatgtaggttcatggaa 378  Q
    |||||||||  |||||||  || |||||||||   || |||||||| || |||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  45165284 catacaatgcaatgattgcgggttatgtgcaaactaagaaaatggacatcgcaagggagttgtttgagtctatgccctgtcggaatataagttcatggaa 45165383  T
Q  379 taccatgatcaacggctatggtcagaacgaagatattgctcaagctatgaaattgtttcacatgatggatccgcgcgattgtgtatcttgggtggcaatt 478  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||  | ||| |||||||| ||||  ||||| ||| | ||||||   | ||| || ||||||||||||| ||| |||    
T  45165384 taccatgattacaggctatggtcagattggagacattgctcaggctagaaaattctttgatatgatgccacagcgtgactgtgtatcttgggcggctatt 45165483  T
Q  479 attgatggttatgctcagactggtcactatgaagaagttatggacatgctggtgaagatgtaa-agggcggcgaaagtttaaatagatctaccttatgtg 577  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| | || ||||| | ||  ||||  || | | ||| ||||||||||||||  |||| ||  ||     
T  45165484 attgctggttatgctcagagcggtcactatgaagaagctctgaacatgtttgtagagataaaacaagacggagaaagtttaaatagggctacttttggtt 45165583  T
Q  578 gtgctttgagcacatgtgctggtatggctgctttcgtgttagggaaacaa 627  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| |||||||||    
T  45165584 gtgctttgagcacatgtgctgatattgctgctttggagttggggaaacaa 45165633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 24134931 - 24134314
Alignment:
Q  13 atgggtatgtatgtgaagagaaagatgttgggtgatgctaggagattttttgatcatatgctttttcgggatgtaatttcttggcataccatgatttcca 112  Q
    ||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||| |     
T  24134931 atgggtaggaatgtgaagaggaggatgttgggtgatgctaggagattttttgatcatatgcttgttagggatgtaatttcttggaataccctgattttcg 24134832  T
Q  113 gatattccccgaatggagatttgttacaagctaggagattgtttgaggagtctctggtgcgagatgttttcacgtggacatcaatggtgttttgcatatg 212  Q
    ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  24134831 gatatgcaccgaatggatatttgttacaagctaggagattgtttgaggagtctccggtgcgggatgttttcaggtggacaacaatgatgttt-gcatatg 24134733  T
Q  213 tgcagagtggaatgttggatgaagcgagaagagttttcgatgaaatgctgggaaaaagaaaaatgacatacaatgtgatgattgtaggatatgtgcaata 312  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||   ||| ||||||||||    
T  24134732 tgcagagtggaatgttggatcatgcgagaagagttttcgatgaaatgccgggaaaatgaaagatgacatacaatgtgatggttaagggaaatgtgcaata 24134633  T
Q  313 caataaaatggatatggcaagggaattgtttgaggcaatgccatgtcggaatgtaggttcatggaataccatgatcaacggctatggtcagaacgaagat 412  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||    
T  24134632 caagcaaatggatatggcaagggaattgtttgaggcaatgccatgttggaatgtaggttcgtggaataccatgatcaacggctatgatcagaaaggaaat 24134533  T
Q  413 attgctcaagctatgaaattgtttcacatgatggatccgcgcgattgtgtatcttgggtggcaattattgatggttatgctcagactggtcactatgaag 512  Q
    |||||||||| |   ||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||    
T  24134532 attgctcaagttggcaaattgtttgacatgatggctaaccgcgattgtgtatcttgggtggcaattattggtggttaggctcagactggtcattatgaag 24134433  T
Q  513 aagttatggacatgctggtgaagatgtaaaggg-cggcgaaagtttaaatagatctaccttatgtggtgctttgagcacatgtgctggtatggctgcttt 611  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||  ||||| ||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24134432 aagctatggacatgctggtgaagatgaaaagggatggcgaaagtttatgtagatatacattatgttgtcatttgagcacatgtgctggtatggctgcttt 24134333  T
Q  612 cgtgttagggaaacaactt 630  Q
     |||||| |||||||||||    
T  24134332 ggtgttaaggaaacaactt 24134314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 24137241 - 24136628
Alignment:
Q  13 atgggtatgtatgtgaagagaaagatgttgggtgatgctaggagattttttgatcatatgctttttcgggatgtaatttcttggcataccatgatttcca 112  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||| |     
T  24137241 atgggtaggtatgt-aagaggaagatgttgggtgatgctattagactttttgatcatgtgcttgttagggatgtaatttcttggaataccataattttcg 24137143  T
Q  113 gatattccccgaatggagatttgttacaagctaggagattgtttgaggagtctctggtgcgagatgttttcacgtggacatcaatggtgttttgcatatg 212  Q
    | |||  |||  ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  24137142 gttatggcccagatggagatttgtttctagctgggagattgtttgaggagtctccggtgcagggtgttttcacgtggacaacaatggtgttt-gcatatg 24137044  T
Q  213 tgcagagtggaatgttggatgaagcgagaagagttttcgatgaaatgctgggaaaaagaaaaatgacatacaatgtgatgattgtaggatatgtgcaata 312  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |    
T  24137043 tgcatagtggaatgttggatgaagcgagaggagttttcgatgaaatgccgggaaaaagaaagatgacatacaatgtgatgattgcatgatatgtgcaaaa 24136944  T
Q  313 caataaaatggatatggcaagggaattgtttgaggcaatgccatgtcggaatgtaggttcatggaataccatgatcaacggctatggtcagaacgaagat 412  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24136943 caagaaaatggatatgg-aagggaattgtatgaggtaatgccttgtcagaatgtaggttcctggaa-accatgatcaacggctatggtcagaacgaagat 24136846  T
Q  413 attgctcaagctatgaaattgtttcacatgatggatccgcgcgattgtgtatcttgggtggcaattattgatggttatgctcagactggtcactatgaag 512  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||     
T  24136845 attgctcaagctaggaaattgtttgacatgatggctcaacgcgattgtgcatcttgggaagcaattattgctggttaggctaagactggtcactatgaat 24136746  T
Q  513 aagttatggacatgctggtgaagatgtaaaggg-cggcgaaagtttaaatagatctaccttatgtggtgctttgagcacatgtgctggtatggctgcttt 611  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  24136745 aagctatggacatgctggtgaagatgaaaagggacggcaaaaatttaaatagatctaccttatgt-ttgccttaagcacatgtgctggtatggctgcttt 24136647  T
Q  612 cgtgttagggaaacaactt 630  Q
     ||||||||||||| ||||    
T  24136646 ggtgttagggaaacgactt 24136628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 473 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 24134238 - 24134014
Alignment:
Q  473 gcaattattgatggttatgctcagactggtcactatgaagaagttatggacatgctggtgaagatgtaaaggg-cggcgaaagtttaaatagatctacct 571  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  24134238 gcaattattgatggttatgcacagactgatcactatgaagaagttatggacatgctggtgaagatgaaaagggacggcgaaagtgtaaatagatctacct 24134139  T
Q  572 tatgtggtgctttgagcacatgtgctggtatggctgctttcgtgttagggaaacaactttgtaatatcccattcatcagttattggagatttttcagtcg 671  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  24134138 tatgtggtgctttgagcacatgtgttcgtaaggctgctttcatgctagggaaacaactttgtaatataccacccatcagttattggagatttttcagtcg 24134039  T
Q  672 aacgtttccaaaggcgaatgtaagt 696  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||    
T  24134038 aacgtttccaagggcgaatgcaagt 24134014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0290 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0290
Description:

Target: scaffold0290; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 759 - 798
Target Start/End: Original strand, 4256 - 4295
Alignment:
Q  759 agtgtcagaataagaacgattaagacgaagggtattttgg 798  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4256 agtgtcaaaataagaacggttaagacgaagggtattttgg 4295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University