View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12413_low_7 (Length: 381)

Name: NF12413_low_7
Description: NF12413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12413_low_7
NF12413_low_7
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-376)||(25817356-25817729)
chr8 (19-124)||(2307636-2307741)
chr8 (19-124)||(2312830-2312935)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (21-355)||(29458285-29458619)
chr1 (21-259)||(8321087-8321325)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (52-355)||(34764352-34764655)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (12-260)||(22993632-22993880)
chr2 (289-376)||(29221498-29221585)
chr2 (289-376)||(29334797-29334884)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-259)||(28401576-28401814)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-260)||(29737426-29737665)
[»] scaffold1235 (1 HSPs)
scaffold1235 (21-259)||(1058-1296)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-259)||(492583-492821)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 25817356 - 25817729
Alignment:
Q  1 cagtgagaattatccttgctattgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25817356 cagtgagaattatccttgctattgctgtatatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgt 25817455  T
Q  101 ctacatgtctcaaccagaagggtatgcagatcctacaaagccaggtcacatttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggct 200  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25817456 atacatgtctcaaccagaaggatatgcagatcctacaaagccatgtcacatttgcaagttatctaaggca--ttatggattgaagcaagctccaagggct 25817553  T
Q  201 tggttggatagcctaaagaatgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtgactcatctctcttcattctcaaagattcaaatcataccacct 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25817554 tggtttgatagcctaaagaatgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtgactcatctctcttcattctcaaacattcaaatcataccacct 25817653  T
Q  301 tcctactaatctatgttgatgatataattgtgactggtagcaataccaagtttctggaagcattcatcaaacaact 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25817654 tcctactaatctatgttgatgatataattgtgactggtagcattaccaagtttctggaagcattcatcaaacaact 25817729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 124
Target Start/End: Original strand, 2307636 - 2307741
Alignment:
Q  19 ctattgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccaga 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  |||||||| | || ||||| ||||| ||| | |||||  | ||||| |||||||| | ||||  |||||| ||    
T  2307636 ctattgttgtacatctcaattgggaagttagacaactagatataaataatgctttcttgaatggcaacctcaaagaaactgttttcatgcatcaacctga 2307735  T
Q  119 agggta 124  Q
    ||||||    
T  2307736 agggta 2307741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 124
Target Start/End: Original strand, 2312830 - 2312935
Alignment:
Q  19 ctattgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccaga 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  |||||||| | || ||||| ||||| ||| | |||||  | ||||| |||||||| | ||||  |||||| ||    
T  2312830 ctattgttgtacatctcaattgggaagttagacaactagatataaataatgctttcttgaatggcaacctcaaagaaactgttttcatgcatcaacctga 2312929  T
Q  119 agggta 124  Q
    ||||||    
T  2312930 agggta 2312935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 29458619 - 29458285
Alignment:
Q  21 attgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccagaag 120  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |  |||| |||||||||||    
T  29458619 attgcagttcatcttaattgggacattagacaattggacataaataatgctttcctaaatggacacctaaaggagactgtatttatgtttcaaccagaag 29458520  T
Q  121 ggtatgcagatcctacaaagccaggtcacatttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggcttggttggatagcctaaagaa 220  Q
    |||||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |||||| | ||  |    
T  29458519 ggtatgtagatcctgcaaaaccaaatcacatttgcaagttttctaaagcaatttatggtctgaaacaggccccaagggcttggtttgatagcttgaaaga 29458420  T
Q  221 tgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtgactcatctctcttcattctcaaagattcaaatcataccaccttcctactaatctatgttgat 320  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||| | |  | |||||||| || ||||| || ||||| |||    
T  29458419 tgctctcctaaactggggttttcagaatactaaaagtgattcgtcactcttcattctcaaaggtactgaccataccacttttctactcatttatgtcgat 29458320  T
Q  321 gatataattgtgactggtagcaataccaagtttct 355  Q
    || |||||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  29458319 gacataattgtaacaggtagcaacaccaaatttct 29458285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8321325 - 8321087
Alignment:
Q  21 attgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccagaag 120  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  |||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || | ||||  ||| |||||||    
T  8321325 attgcagtacacctcaattgggaagttaggcaactagacatcaacaatgcgttcctaaatggatacctcaaagaaaccgtattcatgcatcagccagaag 8321226  T
Q  121 ggtatgcagatcctacaaagccaggtcacatttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggcttggttggatagcctaaagaa 220  Q
    | | ||  |||||||| |||||   |||||| |||||  ||||||| |||||||||||  ||||||| || || || |||||||| ||||| || || |     
T  8321225 gatttgttgatcctaccaagcctaatcacatatgcaaactatctaaagcaatttatgggctgaagcaggcaccgagagcttggtttgatagtctcaaaac 8321126  T
Q  221 tgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtga 259  Q
    |||  | ||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  8321125 tgcattgttaaattggggctttcaaaacacaaaaagtga 8321087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 52 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 34764655 - 34764352
Alignment:
Q  52 aattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccagaagggtatgcagatcctacaaagccaggtcacat 151  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |  |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||  ||||||    
T  34764655 aattggacataaataatgctttcctaaatggacacctaaaggagactgtatttatgtttcaaccagaagggtatgtagatcctgcaaaaccaaatcacat 34764556  T
Q  152 ttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggcttggttggatagcctaaagaatgctctcttaaattggggatttcacaatact 251  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |||||| | ||  |||||||| |||| ||||| ||||| ||||||    
T  34764555 ttgcaagttatctaaagcaatttatggtctgaaacaggccccaagggcttggtttgatagcttgaaagatgctctcctaaactggggttttcagaatact 34764456  T
Q  252 aaaagtgactcatctctcttcattctcaaagattcaaatcataccaccttcctactaatctatgttgatgatataattgtgactggtagcaataccaagt 351  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||| | |  | |||||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||| |    
T  34764455 aaaagtgattcgtcactcttcattctcaaaggtactgaccataccacttttctactcatttatgtcgatgacataattgtaacaggtagcaacaccaaat 34764356  T
Q  352 ttct 355  Q
    ||||    
T  34764355 ttct 34764352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 12 - 260
Target Start/End: Original strand, 22993632 - 22993880
Alignment:
Q  12 atccttgctattgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctc 111  Q
    |||||| | ||||| ||||| |||||||||||  |||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || | ||||  ||    
T  22993632 atcctttccattgcagtacacctcaattgggaagttaggcaactagacatcaacaatgcgttcctaaatggatacctcaaagaaaccgtattcatgcatc 22993731  T
Q  112 aaccagaagggtatgcagatcctacaaagccaggtcacatttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggcttggttggatag 211  Q
    | |||||||| | ||  |||||||| |||||   |||||| |||||  ||||||| |||||||||||  ||||||| || || || |||||||| |||||    
T  22993732 agccagaaggatttgttgatcctaccaagcctaatcacatatgcaaactatctaaagcaatttatgggctgaagcaggcaccgagagcttggtttgatag 22993831  T
Q  212 cctaaagaatgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtgac 260  Q
     || || | |||  | ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  22993832 tctcaaaactgcattgttaaattggggctttcaaaatacaaaaagtgac 22993880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 289 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 29221585 - 29221498
Alignment:
Q  289 atcataccaccttcctactaatctatgttgatgatataattgtgactggtagcaataccaagtttctggaagcattcatcaaacaact 376  Q
    |||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||  ||||||| || |||||||||||    
T  29221585 atcatatcactttccttctaatatatgtagatgatataattgtgacagggaacaacaccaagttcttggaagcttttatcaaacaact 29221498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 289 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 29334884 - 29334797
Alignment:
Q  289 atcataccaccttcctactaatctatgttgatgatataattgtgactggtagcaataccaagtttctggaagcattcatcaaacaact 376  Q
    |||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||  ||||||| || |||||||||||    
T  29334884 atcatatcactttccttctaatatatgtagatgatataattgtgacagggaacaacaccaagttcttggaagcttttatcaaacaact 29334797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 259
Target Start/End: Original strand, 28401576 - 28401814
Alignment:
Q  21 attgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccagaag 120  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  |||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || | ||||  ||| |||||||    
T  28401576 attgcagtacacctcaattgggaagttaggcaactagacatcaacaatgcgttcctaaatggatacctcaaagaaaccgtattcatgcatcagccagaag 28401675  T
Q  121 ggtatgcagatcctacaaagccaggtcacatttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggcttggttggatagcctaaagaa 220  Q
    | | ||  |||||||| |||||   |||||| |||||  ||||||| |||||||||||  ||||||| || || || |||||||| ||||| || || |     
T  28401676 gatttgttgatcctaccaagcctaatcacatatgcaaactatctaaagcaatttatgggctgaagcaggcaccgagagcttggtttgatagtctcaaaac 28401775  T
Q  221 tgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtga 259  Q
    |||  | ||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  28401776 tgcattgttaaattggggctttcaaaacacaaaaagtga 28401814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 29737665 - 29737426
Alignment:
Q  21 attgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccagaag 120  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  |||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || | ||||  ||| | |||||    
T  29737665 attgcagtacacctcaattgggaagttaggcaactagacatcaacaatgcgttcctaaatggatacctcaaagaaaccgtattcatgcatcagctagaag 29737566  T
Q  121 ggtatgcagatcctacaaagccaggtcacatttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggcttggttggatagcctaaagaa 220  Q
    | | ||  |||||||| |||||   |||||| |||||  ||||||| |||||||||||  ||||||| || || || |||||||| ||||| || || |     
T  29737565 gatttgttgatcctaccaagcctaatcacatatgcaaactatctaaagcaatttatgggctgaagcaggcaccgagagcttggtttgatagtctcaaaac 29737466  T
Q  221 tgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtgac 260  Q
    |||  | ||||||||||| ||||| || || |||||||||    
T  29737465 tgcattgttaaattggggctttcaaaacacaaaaagtgac 29737426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1235 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold1235
Description:

Target: scaffold1235; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 259
Target Start/End: Original strand, 1058 - 1296
Alignment:
Q  21 attgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccagaag 120  Q
    ||||| ||||| ||||||||| |  |||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || | ||||  ||| |||||||    
T  1058 attgcagtacacctcaattggaaagttaggcaactagacatcaacaatgcgttcctaaatggatacctcaaagaaaccgtattcatgcatcagccagaag 1157  T
Q  121 ggtatgcagatcctacaaagccaggtcacatttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggcttggttggatagcctaaagaa 220  Q
    | | ||  |||||||| || ||   |||||| |||||  ||||||| |||||||||||  ||||||| || || || |||||||| ||||| ||||| |     
T  1158 gatttgttgatcctaccaaacctaatcacatatgcaaactatctaaagcaatttatgggctgaagcaggcaccgagagcttggtttgatagtctaaaaac 1257  T
Q  221 tgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtga 259  Q
    |||  | ||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  1258 tgcattgttaaattggggctttcaaaaaacaaaaagtga 1296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 21 - 259
Target Start/End: Original strand, 492583 - 492821
Alignment:
Q  21 attgctgtacatctcaattgggacattagacaattggacataaacaatgcgttcctaaatggacatctcaaggaaactgtctacatgtctcaaccagaag 120  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  |||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| || | ||||  ||| || ||||    
T  492583 attgcagtacacctcaattgggaagttaggcaactagacatcaacaatgcgttcctaaatggatacctcaaagaaaccgtattcatgcatcagcccgaag 492682  T
Q  121 ggtatgcagatcctacaaagccaggtcacatttgcaagttatctaaggcaatttatggattgaagcaagctccaagggcttggttggatagcctaaagaa 220  Q
    | | ||  |||||||| |||||   |||||| |||||  ||||||| |||||||||||  ||||||| || || || |||||||| ||||| || || |     
T  492683 gatttgttgatcctaccaagcctaatcacatatgcaaactatctaaagcaatttatgggctgaagcaggcaccgagagcttggtttgatagtctgaaaac 492782  T
Q  221 tgctctcttaaattggggatttcacaatactaaaagtga 259  Q
    |||  | ||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  492783 tgcattgttaaattggggctttcaaaacacaaaaagtga 492821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University