View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12419_low_2 (Length: 788)

Name: NF12419_low_2
Description: NF12419
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12419_low_2
NF12419_low_2
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (18-753)||(2011522-2012251)
chr8 (10-228)||(2436704-2436922)
chr8 (48-740)||(2004557-2005243)
chr8 (14-766)||(1962766-1963506)
chr8 (18-456)||(1964740-1965172)
chr8 (73-739)||(1968393-1969053)
chr8 (21-740)||(2007910-2008623)
chr8 (14-766)||(2018306-2019046)
chr8 (14-766)||(2014923-2015663)
chr8 (258-469)||(2432952-2433163)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-766)||(5901945-5902678)
chr1 (18-302)||(5905887-5906162)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (570-753)||(18189743-18189926)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 18 - 753
Target Start/End: Original strand, 2011522 - 2012251
Alignment:
Q  18 ggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactg 117  Q
    ||||||||||||| ||| || |  ||||  || ||||||||||| |  |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||  |    
T  2011522 ggtgcccatgatgtaatgacaaaaccttcctctttggttctctccaaaaacccagatggtaaaaattgtaaagcatcaacatcattttgtgctgaaa--g 2011619  T
Q  118 aaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttg 217  Q
    |    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  2011620 a----tatgctgcattagatgaactactacttggtgctcgcacaacccataggaatttctgattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaatttg 2011715  T
Q  218 ttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatca 317  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||  ||||||||| | | ||||||||||    
T  2011716 ttcgtgtgaaagtgtaccaccactaccgaaagacacatacaaaactgaacaagattgttgtttgtctaaccatgacagacactccaaaccattagcatca 2011815  T
Q  318 tcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatttcca 417  Q
    ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||||  ||||||||||||| | | ||  |||||||| || |||||||    
T  2011816 tcaacagaacctgttactgtctggatgatgggtccaacaggatagacagaagggttgccacttccttcctctgtcaatgcatttataggtcccatttcca 2011915  T
Q  418 tttctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaacggtactttttaacctgttttagaaaggatttgtaagtttgatttgatctatcttgagccgg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||   |  ||||||| ||||  || ||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |       
T  2011916 tttctaagaagctattaacaagaacaccatcagcaaaacttaaacttttaacatgttgaaggaagtatttgtaagcttgacttgatctatcttgaactat 2012015  T
Q  518 ggcataaagatctctgccatggagtggtacgcagcctggtattttgatcggttctggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaacttcggc 617  Q
    ||   | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||| | |||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||    
T  2012016 ggtcaagagatccctgccatggagtggtacgcagcccggtactttgataggctctgggagatctctgtactcacatgttgtttcctcatccaacttaggc 2012115  T
Q  618 aaatataagctcaaagacaatgtagtagctgctccagggtagtatatataggacaacatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgcgaaag 717  Q
    ||||| |||||| ||| || |||| |||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||    
T  2012116 aaatagaagctccaagccagtgtactagctgctgcacaaaagtatatataggacaacatgttgaattctttagcaaagtttagtgcttcaacagcaaaag 2012215  T
Q  718 gatcaaccaccaaggccacaaggcgtgtccttaaag 753  Q
     |||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  2012216 catcaaccaccaaggccacaaggggaatccttaaag 2012251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 10 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 2436922 - 2436704
Alignment:
Q  10 gaacctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436922 gaacctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgc 2436823  T
Q  110 tgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctga 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2436822 tgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctca 2436723  T
Q  210 acaatttgttcttgtgaaa 228  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2436722 acaatttgttcttgtgaaa 2436704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 48 - 740
Target Start/End: Original strand, 2004557 - 2005243
Alignment:
Q  48 tccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactat 147  Q
    |||||||||||||| | ||||||  |||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||      | ||| ||||||||||||||||||||     
T  2004557 tccttggttctctccaagaacccggatggcaaaaactgccaagtgtcagcatcattttgtgctgaaa------aatatcctgcactagatgaactactac 2004650  T
Q  148 ttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaa 247  Q
    |||||||||  | |||||| |||||| ||| ||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2004651 ttggtgctcgcaaaacccacaagaatatcttattactcaattccaaacccaaagccagctcaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaa 2004750  T
Q  248 agaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcaccggaacttgttactgtctggatgatg 347  Q
    ||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| || |  | ||||||||||||||  ||  ||| ||||||||    
T  2004751 agacacatacaaaactgaacaaggttgctgtttatccaaccatgttagacattccaacccatgattagcatcaccggaactttctatcgtcgggatgatg 2004850  T
Q  348 ggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatttccatttctaagaagctattaacaagagcaccat 447  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||| ||||| | ||   |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  2004851 ggtccaacaggatacacaggagggttttcacttccttcatctttcattgcacttataggacccatctccatttctaggaagctattaacaagaacaccat 2004950  T
Q  448 caacaaaacggtactttttaacctgttttagaaaggatttgtaagtttgatttgatctatcttgagccggg-gcataaagatctctgccatggagtggta 546  Q
    || ||||||   |   |||||   ||   || ||   |||||||| |||| |||| ||||||||||  |||  |||  ||||| |||||||||| |||||    
T  2004951 cagcaaaacttaaaagtttaagaagtgcgaggaattgtttgtaagcttgacttgacctatcttgagttgggctcat-gagatccctgccatggattggta 2005049  T
Q  547 cgcagcctggtattttgatcggttctggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaacttcggcaaatataagctcaaagacaatgtagtagc 646  Q
    | || ||||||||||| || ||  |||||| ||||   |||||| |||||||||| || |||||||| |||||||| ||| || |||  | |||||||||    
T  2005050 cacaacctggtatttttataggcactggtatatctccatactcacatgatgtttcttcatccaacttaggcaaatagaagatccaagcaagtgtagtagc 2005149  T
Q  647 tgctccagggtagtatatataggacaacatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgcgaaaggatcaaccaccaaggccacaagg 740  Q
     |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||   | | |||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  2005150 agctgtagggtagtaaatataggacaacatgttgaattccttaccaatactcagtgcttcaaatgcaaaacaatcaaccaccaaggccacaagg 2005243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 14 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 1963506 - 1962766
Alignment:
Q  14 ctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |  |||||| |||||||||| || ||||| |||||||||         ||     
T  1963506 ctgtggtgcccatgatggaacaaccatcccttgttccttggttctctccaaaaacccagatggtaaaaactgtaaaggatcaacatca---------gat 1963416  T
Q  114 actgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaa 213  Q
     ||||||  ||||| ||| | | || ||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||| || | |||    
T  1963415 gctgaaagatatgcagcatttgctgtactact---tggagctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccaactcatcaa 1963319  T
Q  214 tttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagc 313  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||  || |||||||    
T  1963318 tttgttcttgcgaaagtgtgccaccactaccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggacattgtttgtccaaccatgtcagacactcaaacttattagc 1963219  T
Q  314 atcatcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatt 413  Q
    ||||||||| ||  |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||| | ||||||||| ||| | | || || |||||||||  ||    
T  1963218 atcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcatctgtcattgcttctataggacccttt 1963119  T
Q  414 tccatttctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaacggtactttttaacctgttttagaaaggatttgtaagtttgatttgatctatcttgag 513  Q
    || ||||| | ||||||||||| |||| ||||||||| || |||| | |||| |||   ||  |||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1963118 tcaatttccaggaagctattaataagaacaccatcaaaaagacggaatttttcaacacattggagaaagaacttgtaagattgacttgatctatcttgag 1963019  T
Q  514 ccggggcataaagatctctgccatggagtggtacgcagcctggtattttgatcggttctggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaactt 613  Q
    |  || ||  || ||| |  ||||| |  || || || ||||||||||  || || ||||| | |||| |||||||| |||| |||||||  ||||||||    
T  1963018 ctaggtcaagaaaatcccgaccatgaatcgggacacaacctggtatttgaataggctctggaagatctctgtactcacatgaagtttccttatccaactt 1962919  T
Q  614 cggcaaatataagctcaaagacaatgtagtagctgctccagggtagtatatataggacaacatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgcg 713  Q
      ||||||  |||    ||||||| |  ||  | |   |||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||| |||| |||     
T  1962918 gagcaaatggaagtatgaagacaaagaggtgacagaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgct 1962819  T
Q  714 aaaggatcaaccaccaaggccacaaggcgtgtccttaaagttaaggacttcaa 766  Q
    || | ||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||    
T  1962818 aatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgcccttaaagttaaggacttcaa 1962766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 1965172 - 1964740
Alignment:
Q  18 ggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactg 117  Q
    ||||||||||||| ||| || |  ||||  ||||| |||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||  |    
T  1965172 ggtgcccatgatgtaatgacaaaacctttctccttcgttctctccaaaaacccagatggtaaaaatttcaaagggtcaccgtcattttgtgctgaaa--g 1965075  T
Q  118 aaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttg 217  Q
    |    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||| |  || | ||||||||||||||||||    
T  1965074 a----tatgctgcactagatgaactactacttggtgctcacacaacccataggaatttctgattactcaattctaaccccagagccagctgaacaatttg 1964979  T
Q  218 ttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatca 317  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||||  ||||||||| | | ||||||||||    
T  1964978 ttcgtgtgaaagtgtaccaccactcccgaaagacacatacaaaactgaacaagattgttgtttgtctaaccatgacagacactccaaaccattagcatca 1964879  T
Q  318 tcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatttcca 417  Q
        | |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||||||| |  ||| ||||||||| || |||||||    
T  1964878 cggtcagaacatgttactgtatcgatgatgggtccaacaggatacacagaagggttgccacttccttcctctgtcggtgcttttataggtcccatttcca 1964779  T
Q  418 tttctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaac 456  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  1964778 tttctaagaagctattaacaagaacaccatcagcaaaac 1964740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 73 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 1969053 - 1968393
Alignment:
Q  73 atggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaa 172  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||    ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||  | ||||||  ||||    
T  1969053 atggtaaaaactgcaaagtgtcaatatcattttctgctgaaa--ga----tatcctgcactagatgaactgctactcggtgctcgcaaaacccacgagaa 1968960  T
Q  173 tttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaagga 272  Q
    ||| | ||||||| |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||     
T  1968959 ttttttattactcaattccaaacctaaagccagctccacaatttgttcgtgtgaaagtgtaccaccactcccgaaagatacatacaaaactgagcaaggc 1968860  T
Q  273 tgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggt 372  Q
    || |||||||||||||| |  ||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||   ||||||    
T  1968859 tgctgtttatccaaccaggccagacactccaagccattagcatcatcacctgaacttgtttctgtttggataattggtccaacaggatacactggagggt 1968760  T
Q  373 tgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatttccatttctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaacggtactttttaacctg 472  Q
    ||| |||||| |||||||| | ||   ||||||| || || |||| ||| | |||||||||||||| | |||||||| ||||||   |   |||||   |    
T  1968759 tgtcacttccctcctctttcattgcacttataggtcccatctccaattccaggaagctattaacaaaaacaccatcagcaaaacttaaaagtttaaaaag 1968660  T
Q  473 ttttagaaaggatttgtaagtttgatttgatctatcttgagccggggcataaagatctctgccatggagtggtacgcagcctggtattttgatcggttct 572  Q
    |   || |||  |||||||  |||| ||||||||||||||||   |    | ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| || || |||    
T  1968659 tgggaggaagtgtttgtaaacttgacttgatctatcttgagctacgctcaagagatccctgccatggattggtacacagcctggtatttttataggctct 1968560  T
Q  573 ggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaacttcggcaaatataagctcaaagacaatgtagtagctgctccagggtagtatatataggaca 672  Q
    |||| |||| | |||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||| | |||| |||  | ||||||||| ||| ||||| |||||| ||| ||||    
T  1968559 ggtatatctctatactcacatgatgtttcctcatccagcttaggcaaatagatgctccaagcaagtgtagtagcagctgcagggaagtatacataagaca 1968460  T
Q  673 acatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgcgaaaggatcaaccaccaaggccacaag 739  Q
    ||||||||| ||||||| |||  |||| | ||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  1968459 acatgttgagttccttaccaatatttagtacttcaacagcaaaagaatcaaccaccaaggccacaag 1968393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 21 - 740
Target Start/End: Original strand, 2007910 - 2008623
Alignment:
Q  21 gcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactgaaa 120  Q
    |||||||||| |||||| |  ||||  |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||      
T  2007910 gcccatgatgtaataacaaaacctttctccttggttctctccaagaacccagatggtaaaaactgcaaagtgtcaatatcattttctgctgaaa--ga-- 2008005  T
Q  121 agtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttgttc 220  Q
      ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||  | |||||| ||||||||   ||||||| |||||| ||| ||||| ||||  |||||||| ||    
T  2008006 --tatcctgcactagatgaactgctactcggtgctcgcaaaacccacaagaattttgtattactcaattccaaacccaaagctagctccacaatttgctc 2008103  T
Q  221 ttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatca 320  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |  ||||||||| | | |||||||||||||    
T  2008104 ctgtgaaagtgtacctccactcccaaaagatacatacaaaaccgaacaaggttgctgtttatccaaccaggccagacactccaagccattagcatcatca 2008203  T
Q  321 ccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatttccattt 420  Q
    || ||  ||||| |||| | ||| || ||||||||||||||||   ||||||||| || ||| |||||||| | ||   ||| |||||| || || ||||    
T  2008204 ccagattttgtttctgtttcgataataggtccaacaggatacactggagggttgtcacctccctcctctttcattgcacttagaggacccatctctattt 2008303  T
Q  421 ctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaacggtactttttaacctgttttagaaaggatttgtaagtttgatttgatctatcttgagccggggc 520  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||| || |||   |   ||||||   |   || |||  |||||||| |||| ||||||||||||||||   |      
T  2008304 ctaggaagctattaacaagaacaccatcagcagaacttaaaagtttaacaaatgggaggaagtgtttgtaagcttgacttgatctatcttgagctatgct 2008403  T
Q  521 ataaagatctctgccatggagtggtacgcagcctggtattttgatcggttctggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaacttcggcaaa 620  Q
      | | ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||| ||| |||| | |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  2008404 caagaaatccctgccatggagtggtacacaacctggtatttttataggctctagtatatctctatactcacatgatgtttcctcatccagcttaggcaaa 2008503  T
Q  621 tataagctcaaagacaatgtagtagctgctccagggtagtatatataggacaacatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgcgaaaggat 720  Q
    || |||| | |||  | ||||||||| |||  |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||  |||| | ||||||| |  |||| ||    
T  2008504 tagaagcaccaagcaagtgtagtagcagctgaagggaagtatatataagacaacatgttgagttccttaccaatatttagtacttcaacagaaaaagcat 2008603  T
Q  721 caaccaccaaggccacaagg 740  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  2008604 caaccactaaggccacaagg 2008623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 766
Target Start/End: Original strand, 2018306 - 2019046
Alignment:
Q  14 ctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||         ||     
T  2018306 ctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgttccttttttctctccaagaaccctgaaggtaaaaattgtaaagggtcaacatca---------gat 2018396  T
Q  114 actgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaa 213  Q
     ||||||  ||||| ||| | | || | ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||| |  ||    
T  2018397 gctgaaagatatgcagcattggctgtattact---tggtgatcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccagctcattaa 2018493  T
Q  214 tttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagc 313  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||| ||||||||||  ||||||| | ||| |||| |    
T  2018494 tttgttcttgcgaaagtgtgccaccactcccaaaagaaacatacaaaactgaacaagtttgctgtttgtccaaccatgccagacacttcaacccattatc 2018593  T
Q  314 atcatcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatt 413  Q
    ||||||||| ||  | |||   || ||||| || |||||||||| ||| | |  |||||||  |||||  || ||| | |||| || |||||||||| ||    
T  2018594 atcatcacccgatttggttggcgtttggataattggtccaacagcataaacatcagggttgccacttctgtcttctgtgagtgcttctataggacctttt 2018693  T
Q  414 tccatttctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaacggtactttttaacctgttttagaaaggatttgtaagtttgatttgatctatcttgag 513  Q
    || ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||| | |||| |||  |||  || ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  2018694 tcaatttctaggaagctattaataagaataccatcaaaaagacggaatttttcaacacgttcaagtaagaatttgtaagattgacttgatctatcttgag 2018793  T
Q  514 ccggggcataaagatctctg-ccatggagtggtacgcagcctggtattttgatcggttctggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaact 612  Q
    |  || ||  |||||| ||| ||||| | |||||| |||||||||||||  || || ||| | | ||||||||||| | ||||||||||||  | |||||    
T  2018794 cttggtcaacaagatc-ctgaccatgaattggtacacagcctggtatttgaataggctctagaagatctttgtactgacatgatgtttccttattcaact 2018892  T
Q  613 tcggcaaatataagctcaaagacaatgtagtagctgctccagggtagtatatataggacaacatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgc 712  Q
    |  ||||||| |||    |||||||  | ||  |||    |||  |||| | |||||||||||||||||| || |||||||| | || ||| || | |||    
T  2018893 tgagcaaatagaagtatgaagacaaactggtgactgaagaaggaaagtaaacataggacaacatgttgaactctttagcaaaatctagtgcatcgattgc 2018992  T
Q  713 gaaaggatcaaccaccaaggccacaaggcgtgtccttaaagttaaggacttcaa 766  Q
     || | ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  2018993 taatgaatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggacttcaa 2019046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 766
Target Start/End: Original strand, 2014923 - 2015663
Alignment:
Q  14 ctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||         ||     
T  2014923 ctgtggtgcccatgatggaataaccatcccttgttcctttgttctctccaagaaccctgaaggtaaaaattgtaaagggtcaacatca---------gat 2015013  T
Q  114 actgaaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaa 213  Q
     ||||||  ||||| ||| | | || | ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||| |  ||    
T  2015014 gctgaaagatatgcagcattggctgtattact---tggtgatcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaacccaaagccagctcattaa 2015110  T
Q  214 tttgttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagc 313  Q
    |||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||| || |||||||||  ||||||| ||||||||||  ||||| ||  || |||||||    
T  2015111 tttgttcttgcgaaagtgttccaccactcccgaaagacacatacagaactgaacaaggccgttgtttgtccaaccatgccagacattcaaacttattagc 2015210  T
Q  314 atcatcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatt 413  Q
    ||||||||| ||  |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||| | ||||||||| ||| | |||| || |||||||||  ||    
T  2015211 atcatcaccagatgttgttagtgtttggataatgggtccaacagcatacacaagaaggttttcacttccttcgtctgtcagtgcttctataggaccgttt 2015310  T
Q  414 tccatttctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaacggtactttttaacctgttttagaaaggatttgtaagtttgatttgatctatcttgag 513  Q
    || ||||||| ||| ||||||| ||||  |||||||| || |||  | |||| |||   ||  || ||| ||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  2015311 tcgatttctatgaaactattaataagaataccatcaaaaagacgcaatttttcaacaccttggagtaagtatttgtaagattgactggatctatcttgag 2015410  T
Q  514 ccggggcataaagatctctgccatggagtggtacgcagcctggtattttgatcggttctggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaactt 613  Q
    |  |  || ||||||| |  ||||| |  || || |  ||||||||||  || ||  | || | |||| |||||||  ||||||||||||  || |||||    
T  2015411 ctagctcaaaaagatcccgaccatgaatcggaacactacctggtatttgaataggcccaggaagatctctgtactcgcatgatgtttccttatctaactt 2015510  T
Q  614 cggcaaatataagctcaaagacaatgtagtagctgctccagggtagtatatataggacaacatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgcg 713  Q
      ||||||| |||    |||||||  | || ||||   |||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |  | ||| || | |||     
T  2015511 gagcaaatagaagtatgaagacaaactggtggctgaagcagggtagtaaacataggacaacaagttgaattccttagcaaaatccagtgcatccattgct 2015610  T
Q  714 aaaggatcaaccaccaaggccacaaggcgtgtccttaaagttaaggacttcaa 766  Q
     |   ||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  2015611 gatatatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtctttaaagttaaggacttcaa 2015663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 258 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 2433163 - 2432952
Alignment:
Q  258 aaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatcatcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacag 357  Q
    |||| ||| ||||| ||||| | |||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2433163 aaaactgagcaaggttgttggtcatccaaccatgacagacactccaacatattagcatcatcgtcagaacttgttattgtctggatgatgggtccaacag 2433064  T
Q  358 gatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatttccatttctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaacg 457  Q
    |||||| |||||| || | ||||||||| ||| | |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2433063 gatacacaagaggattttcacttccttcatctgtcagtgcttttataggacccctttccatttctaagaagctattaacaagaacaccatcaacaaaacg 2432964  T
Q  458 gtactttttaac 469  Q
    ||| ||||||||    
T  2432963 gtattttttaac 2432952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 6e-73; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 5902678 - 5901945
Alignment:
Q  18 ggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||  |    
T  5902678 ggtgcccatgatggaataaccatcccttgctccttggttctctccaagaacccaggtggtaaaaactgcaaaagatcaacatcattttctgctgaaa--g 5902581  T
Q  118 aaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttg 217  Q
    |    |||||  |||| | |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||||| || | |||||||    
T  5902580 a----tatgcaccactggctgaactact---tggtgctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaaccaatagccaactcatcaatttg 5902488  T
Q  218 ttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactccgacctattagcatca 317  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||       || ||| |    
T  5902487 ttcttgtgaaagtgcaccaccacttccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggttgttgtttatgtaaccatgtcagacactcc------ataccatta 5902394  T
Q  318 tcaccggaacttgttactgtctggatgatgggtccaacaggatacaaaagagggttgttacttccttcctcttttagtgtttttataggacctatttcca 417  Q
    | ||| ||   ||||  ||| ||||| |||||||||| ||| |||| |  ||||||   ||||||||| ||| | |||| || |||||||||| |||| |    
T  5902393 ttaccagattctgttcttgtttggataatgggtccaatagggtacacagcagggttaccacttccttcttctgtcagtgcttctataggacctttttcaa 5902294  T
Q  418 tttctaagaagctattaacaagagcaccatcaacaaaacggtactttttaacctgttttagaaaggatttgtaagtttgatttgatctatcttgagccgg 517  Q
    |||| | ||||||||||| |||    ||||||||| ||| | |  ||||||   |||  || ||| ||||||||| |||  | ||||||||||||||  |    
T  5902293 tttccaggaagctattaataagtatgccatcaacagaacagaatcttttaatacgttggagtaagaatttgtaagattggctcgatctatcttgagcttg 5902194  T
Q  518 ggcataaagatctctgccatggagtggtacgcagcctggtattttgatcggttctggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaacttcggc 617  Q
    ||||   ||||| |  ||| | | |||||| || ||||||  ||  || |||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||  ||||| ||  ||    
T  5902193 ggcaacgagatcccgaccacgaattggtacacaacctggtgcttgaataggttctggcagatctctgtactcacatgatgtttccttatccaatttgagc 5902094  T
Q  618 aaatataagctcaaagacaatgtagtagctgctccagggtagtatatataggacaacatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgcgaaag 717  Q
    ||||| |||   |||||||| || || |||||   |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||| || | || ||||||  | |  ||||    
T  5902093 aaatagaagtagaaagacaaagtggtggctgcaggagggaagtaaacataggacaacatgttgaactccttagccaaatctagtgcttcggcagataaag 5901994  T
Q  718 gatcaaccaccaaggccacaaggcgtgtccttaaagttaaggacttcaa 766  Q
     |||||||||||  |||||| || | ||||||||||||||||| |||||    
T  5901993 aatcaaccaccagtgccacagggggagtccttaaagttaaggagttcaa 5901945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 5906162 - 5905887
Alignment:
Q  18 ggtgcccatgatggaataaccatcccttgatccttggttctctctatgaacccacatggtaaaaattgcaaagggtcaacatcattttgtgctgaaactg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||  ||| || | |||||||| |||||||||||||  |    
T  5906162 ggtgcccatgatggaataaccattccttgctccttggttctctccaagaacccagatggtaaaacctgcgaaagatcaacatcgttttgtgctgaaa--g 5906065  T
Q  118 aaaagtatgctgcactagatgaactactatttggtgctcttacaacccataagaatttctgattactcgattccagaccgaaagccagctgaacaatttg 217  Q
    |    |||||  |||  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| | ||| |||| | || ||||    
T  5906064 a----tatgcaccacatgctgaactact---tggtgctcttacaacccataagaatttatgattactcaattccaaaccaatagctagctcatcagtttg 5905972  T
Q  218 ttcttgtgaaagtgtaccgccactcccaaaagaaacatacaaaattgaacaaggatgttgtttatccaaccatgtgagacactcc 302  Q
    |||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| | |||||||    
T  5905971 ttcttgtgaaagtgcaccaccgcttccaaaagaaacatacaaaactgaacaaggctgctgtttatctaaccatgtcaaacactcc 5905887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 570 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 18189926 - 18189743
Alignment:
Q  570 tctggtaaatctttgtactcagatgatgtttcctcgtccaacttcggcaaatataagctcaaagacaatgtagtagctgctccagggtagtatatatagg 669  Q
    ||||||| || | |||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||| || |||| |||||||| ||  | ||||||||||||    
T  18189926 tctggtagatttctgtactcacatgttgtttcctcatccaacttaggcaaatagaagctccaagccagtgtactagctgctgcacagaagtatatatagg 18189827  T
Q  670 acaacatgttgaattccttagcaaagtttactgcttcaactgcgaaaggatcaaccaccaaggccacaaggcgtgtccttaaag 753  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||||| |||||| || || |||| || ||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  18189826 ataacatgttgaattctttagcatagtttagtgcttcgacagcaaaagcatgaaccaccaaggccacaaggggagtccataaag 18189743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University