View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12432_low_1 (Length: 1201)

Name: NF12432_low_1
Description: NF12432
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12432_low_1
NF12432_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (22-1183)||(40997764-40998943)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 964; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 964; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 1183
Target Start/End: Complemental strand, 40998943 - 40997764
Alignment:
Q  22 aggcttttggttgattgaaattgtgggattattatggcattgaatatttctatgtgcagtggtcaatttcatcttaattatcttaaggatagcttagtta 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998943 aggcttttggttgattgaaattgtgggattattatggcattgaatatttgtatgtgcagtggtcaatttcatcttaattatcttaaggatagcttagtta 40998844  T
Q  122 agattaagttagccaatcataaaacacaattgtggaatatcgagtcaaaaagaatcttggct------------------cacaactcaaaactacaaac 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||    
T  40998843 agattaagttagccaatcataaaacacaattgtggaatatcgagtcaaaaagaatcttggctggggggtattgcttggctcacaactcaaaactacaaac 40998744  T
Q  204 acatcttggctgcatgccacacatatttctacgtgcttgttattgctgtcattgagataaatttctcatctctagatgtgatttccagatttcaatcatt 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998743 acatcttggctgcatgccacacatatttctacgtgcttgttattgctgtcattgagataaatttctcatctctagatgtgatttccagatttcaatcatt 40998644  T
Q  304 attatacccaaacagagcgtaagtagtggagccaattatataatcttttgtgtaaattgatctgtctactcaaactatatttgctagatgcccaaaccac 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998643 attatacccaaacagagcgtaagtagtggagccaattatataatcttttgtgtaaattgatctgtctactcaaactatatttgctagatgcccaaaccac 40998544  T
Q  404 caataggggtgtgttgtgtataattataaaaaggttaaaatgtgtttttcgtccatacaaatatgatgaatttgagtcttggatggattgcttggctctt 503  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998543 caataggggtgcgttctgtataattataaaaaggttaaaatgtgtttttggtccttacaaatatgatgagtttgagtcttggatggattgcttggctctt 40998444  T
Q  504 ggcccttgggtcaacttaagttttcaaaatgtg---tcacttccgtaaaattgaattagcttgccaaacacttgcttatgggagttttcaaatggggacg 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  40998443 ggcccttgggtcaacttaagttttcaaaatgtgtcatcacctccgtaaaattgaattagcataccaaacacttaattatgggagttttcaaatggggacg 40998344  T
Q  601 gcgagggttgagagtgggggaagagagttgtttgccatggtgtgtttgaatcacgataaatagacaatagcaaggtaatgaaaataagatcgaattgatc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40998343 gcgagggttgagagtgggggaagagagttgtttgccatggtgtgtttgaatcacgataaatagacaatagcaaggtaataaaaataagatcgaattgatc 40998244  T
Q  701 aatctaagtgatgatatgtctatgcatttagtagaattgttaaaactatagaggtaataaaagtaactttttctacataaatagacgatagcaaggtaac 800  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998243 aatctaagtgatgatctgtctatgcatttagtagaattgttaaaactatagaggtaataaaaataactttttctacataaatagacgatagcaaggtaac 40998144  T
Q  801 aaaagaac-tgag-aaaaaccaaactaaaatcgtttaaaccagtaaaaatccaggattgagctagttaagtaagttggaccgaattttgtaaatgttgca 898  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998143 aaaagaacttgagaaaaaaccaaactaaaatcgtttaaaccagtcaaaatccacgattgagctagttaagtaagttggaccgaattttgtaaatgttgca 40998044  T
Q  899 ccgacacattgtgatgatttgtctatgcattaaaagattacataacatatcatttattttacgttgcaatgactcatagactgaatcttgattcttcatg 998  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40998043 cctacacattgtgatgatttgtctatgcattaaaa-attacagaacatatcatttattttacgttgcaatgactcatagactgaatcttgattcttcatg 40997945  T
Q  999 tttgattcaaaaaccaagagagcagtgctcatttcgcagaaatatataaacaataataatcaccattaaaaaattataannnnnnnnnnnnnaaaaataa 1098  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||             ||||||||    
T  40997944 tttgattcaaaaaccaagagagcagtgctcatttcgcagaaatatataaacaataataatcaccattaaaaaattacaa----ttttattttaaaaataa 40997849  T
Q  1099 accacatataatatatctctttaattttctcttacttacttcctctattttgctaataatattattttttagcttaatttaatca 1183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40997848 accacatataatatatctctttaattttctcttacttacttcctctattttgctaataatattattttttagcttaattcaatca 40997764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University