View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12434_high_3 (Length: 391)

Name: NF12434_high_3
Description: NF12434
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12434_high_3
NF12434_high_3
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (2-377)||(5828204-5828580)
chr7 (2-360)||(42232210-42232570)
chr7 (2-370)||(21069711-21070080)
chr7 (1-370)||(22844005-22844374)
chr7 (1-377)||(9000793-9001170)
chr7 (3-370)||(7036921-7037289)
chr7 (1-369)||(12780796-12781165)
chr7 (1-377)||(12785650-12786003)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (2-377)||(24268719-24269095)
chr2 (1-377)||(27509568-27509945)
chr2 (1-377)||(27192683-27193060)
chr2 (1-377)||(27842497-27842874)
chr2 (2-377)||(24246019-24246395)
chr2 (1-377)||(21395564-21395941)
chr2 (1-357)||(35609867-35610224)
chr2 (121-369)||(17683597-17683846)
chr2 (1-377)||(28665844-28666197)
chr2 (1-377)||(37824678-37825031)
chr2 (93-241)||(3642922-3643071)
chr2 (1-370)||(41919845-41920191)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (2-360)||(55558772-55559131)
chr4 (1-370)||(35856108-35856478)
chr4 (1-377)||(49710366-49710743)
chr4 (61-377)||(1860871-1861188)
chr4 (1-377)||(13337429-13337806)
chr4 (85-377)||(617956-618249)
chr4 (95-370)||(38518297-38518573)
chr4 (1-370)||(49786500-49786846)
chr4 (1-65)||(13344442-13344506)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (1-377)||(17525-17901)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (2-377)||(21113393-21113769)
chr8 (1-370)||(25218213-25218583)
chr8 (1-364)||(25208695-25209059)
chr8 (1-377)||(7822032-7822409)
chr8 (173-377)||(30307371-30307575)
chr8 (1-166)||(30325880-30326046)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (2-360)||(30346278-30346637)
chr5 (2-377)||(25542442-25542818)
chr5 (1-370)||(3690178-3690548)
chr5 (1-370)||(3876239-3876609)
chr5 (1-377)||(17871287-17871662)
chr5 (1-377)||(14192459-14192837)
chr5 (2-369)||(37261505-37261873)
chr5 (2-360)||(10025189-10025548)
chr5 (2-360)||(24629602-24629954)
chr5 (1-371)||(27881284-27881655)
chr5 (1-370)||(37373137-37373507)
chr5 (1-377)||(39883377-39883746)
chr5 (1-370)||(8428233-8428592)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-377)||(2452765-2453142)
chr1 (3-370)||(36207416-36207784)
chr1 (1-370)||(48774983-48775353)
chr1 (2-360)||(52500795-52501147)
chr1 (1-377)||(16042219-16042596)
chr1 (3-377)||(2329360-2329735)
chr1 (2-370)||(37389801-37390170)
chr1 (1-370)||(6310642-6311012)
chr1 (85-377)||(48233572-48233865)
chr1 (193-377)||(18148882-18149066)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (3-377)||(186748-187123)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (2-360)||(28368-28727)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (1-370)||(183012-183382)
scaffold0003 (7-370)||(165732-166098)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (2-377)||(4909-5285)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (2-370)||(10110801-10111170)
chr3 (1-377)||(10968430-10968806)
chr3 (2-370)||(10000608-10000977)
chr3 (3-370)||(13530240-13530608)
chr3 (1-377)||(32965-33342)
chr3 (3-377)||(50410366-50410737)
chr3 (2-370)||(10237756-10238124)
chr3 (3-370)||(10038831-10039199)
chr3 (1-370)||(11368849-11369210)
chr3 (1-265)||(52918332-52918597)
chr3 (156-370)||(11362460-11362676)
chr3 (306-355)||(52918281-52918330)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (2-377)||(19200-19575)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (12-377)||(2201838-2202204)
chr6 (1-377)||(30881521-30881896)
chr6 (85-377)||(18344319-18344612)
chr6 (1-325)||(12517520-12517845)
chr6 (131-369)||(10187746-10187985)
chr6 (195-371)||(15333843-15334019)
chr6 (115-263)||(18814054-18814203)
chr6 (271-370)||(29639947-29640046)
chr6 (271-370)||(31510118-31510217)
chr6 (50-114)||(18857163-18857227)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (1-377)||(32126-32503)
scaffold0073 (3-319)||(3-320)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-371)||(320984-321355)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (3-370)||(218-590)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (1-377)||(1194-1588)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (3-233)||(13927-14158)
[»] scaffold0107 (2 HSPs)
scaffold0107 (156-377)||(39950-40171)
scaffold0107 (2-138)||(42409-42545)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-377)||(48608-48961)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Original strand, 5828204 - 5828580
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||    
T  5828204 gatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgatattagtttt 5828303  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |    
T  5828304 aggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggtttatttt 5828403  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  5828404 aatgtgttgaggcttactattaatatgagattgagtgcatcttcggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattg 5828503  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5828504 gagacggcaacaacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacaca 5828580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 42232570 - 42232210
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  42232570 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttt 42232471  T
Q  102 -aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42232470 taggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcagtatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattt 42232371  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  42232370 taatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagtagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaatt 42232271  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 360  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42232270 ggagacggcaacaacggttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 42232210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Original strand, 21069711 - 21070080
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    ||||||||||||||||| || | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  21069711 gatggtgttttgaggcatttcatcggtcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccatttggtggaatcacagtagtttt 21069810  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  21069811 aggtggtgatttcaggtagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcattaaagatatgggtttattgt 21069910  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||    
T  21069911 aatgtatcgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaattg 21070010  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21070011 gagacggcaacgacgtttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 21070080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 22844374 - 22844005
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  22844374 cgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttt 22844275  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  22844274 taggtggtgatttcatgcagatattgcatgtcatccgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagatatgagcttattg 22844175  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  22844174 taatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgcatctttggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaattggatactcttaatt 22844075  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
     |||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22844074 agagaaggcaacgtcgcttcggatgag-atggtgaaatgaaggtagaaattcttgaagatttgctcatatc 22844005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 9000793 - 9001170
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  9000793 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 9000892  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9000893 taggttgtgattttaggcagatattgcctattgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatatgggcttattg 9000992  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  9000993 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcatagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaatt 9001092  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||    
T  9001093 ggatacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcttgaagatttgttgatatcggacaca 9001170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 3 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 7037289 - 7036921
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||  |||| |   ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7037289 atggtgttttgaggtagttgaccgatcattacgtgatatcatgttcaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagtttta 7037190  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  7037189 ggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatataggcttattgta 7037090  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattgg 301  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||    
T  7037089 atgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattgg 7036990  T
Q  302 agacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  7036989 agacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagattcgctgatatc 7036921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Original strand, 12780796 - 12781165
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12780796 cgatggtgttttgaggcagttgtccgatcattgtttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacaatagttt 12780895  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||| |  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12780896 taggtggtgattttaggcagatgttgcctgtagtccaaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgagcttattg 12780995  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  12780996 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgtagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 12781095  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatat 369  Q
    ||||||| ||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12781096 ggagacgacaatgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatat 12781165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 12785650 - 12786003
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| || ||||||||||||| || ||||||    
T  12785650 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaactttttggtggaatggcagtagttt 12785749  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||             |||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||  || ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  12785750 tagg-------------cagatattgcatgttgtctgaggaggaacgatgccagatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattg 12785836  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| | ||||||||| ||           ||||  |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  12785837 taatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 12785925  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12785926 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacaca 12786003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Original strand, 24268719 - 24269095
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  24268719 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttt 24268818  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  24268819 aggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcacagatatgtgcttatttt 24268918  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  24268919 aatgtgttgacgcttattgttaatatgcgattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattg 24269018  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24269019 gagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacaca 24269095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27509945 - 27509568
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27509945 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaatgagtttagacattttggtggaatgacagtagttt 27509846  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27509845 taggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccaaaaaggaacgagacaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattg 27509746  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||    
T  27509745 taatgtattgaggcttactgttaatataagattgggtgcatctttgctacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtagatactctcaatt 27509646  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  27509645 ggagacagcaacgacgcttcagatgagaatggtgagatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatgtcggacaca 27509568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27193060 - 27192683
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27193060 cgatggtgctttgaggcagttgaccgatcaatgcgttatatcatgtacaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 27192961  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27192960 taggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattg 27192861  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |   |||||| ||||||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||| || |    
T  27192860 taatttgttgaggctgattgttaatatgagattgggtgcatctttgatacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaagtggatactctcaact 27192761  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  27192760 ggtgacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacaca 27192683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27842874 - 27842497
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27842874 cgatggtgctttgaggcagttgaccgatcaatgcgttatatcatgtacaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 27842775  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27842774 taggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattg 27842675  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |   |||||| ||||||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||| || |    
T  27842674 taatttgttgaggctgattgttaatatgagattgggtgcatctttgatacctgtagagcaggaagaaattcataattttgacaagtggatactctcaact 27842575  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  27842574 ggtgacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcatatcggacaca 27842497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 24246395 - 24246019
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||    
T  24246395 gatggtattttgaggcagttgaccgatcaatacgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaatgagtttagaccttttggtggaatcatagtagtttt 24246296  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccg-aaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24246295 aggtggtgatttaaggcagatattgcatgttgtccgaaaaaggaatgatgcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattg 24246196  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| || |||| ||||    
T  24246195 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattg-gtgaatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatgttggcatgtggattctctcaatt 24246097  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  24246096 ggagacggcaacgacgctttggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatttgctcataacggacaca 24246019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 21395941 - 21395564
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  21395941 cgatggtgttttgaggctgttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgaccgtagttt 21395842  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  21395841 taggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctccgtcaattcgtcaaagttatgggcttattg 21395742  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||    
T  21395741 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagatcaggaagaaattgctaatttcggcaagtggatactctcaatt 21395642  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  21395641 ggagacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacaca 21395564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 35610224 - 35609867
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  35610224 cgatggtgttttgaagcaattgaccgatcaatacgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtagaatgacagttgttt 35610125  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||  ||||||     
T  35610124 taggtggtgatttcaggcatatattgcctgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgccccaatcaattcattaaagatatggacttatta 35610025  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  35610024 taatgtgttgaggcttactgttaatatgacattgggtgcatcttcggtacctttagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaatt 35609925  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaag 357  Q
    |||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35609924 ggagacggcaacgaagtttcggatcagaatggtgaaatgaaggtagaaatttctgaag 35609867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 121 - 369
Target Start/End: Original strand, 17683597 - 17683846
Alignment:
Q  121 atattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactg 219  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  17683597 atattgcttgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttaaggcttattg 17683696  T
Q  220 ttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttc 319  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17683697 ttaatatgagattgggtgcatcttcgatacctgtagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgacgcttc 17683796  T
Q  320 agatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatat 369  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17683797 agatgagaatggtaaaatgaaggtagaaattcctgaatattcgctcatat 17683846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 28665844 - 28666197
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| || ||||||||||||| || ||||||    
T  28665844 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaactttttggtggaatggcagtagttt 28665943  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||             |||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||  || ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  28665944 tagg-------------cagatattgcatgttgtctgaggaggaacgatgccagatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattg 28666030  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| | ||||||||| ||           ||||  |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  28666031 taatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 28666119  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  28666120 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacaca 28666197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 37824678 - 37825031
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| || ||||||||||||| || ||||||    
T  37824678 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaactttttggtggaatggcagtagttt 37824777  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||             |||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||  || ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  37824778 tagg-------------cagatattgcatgttgtctgaggaggaacgatgccagatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattg 37824864  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| | ||||||||| ||           ||||  |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  37824865 taatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 37824953  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  37824954 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacaca 37825031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 93 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 3643071 - 3642922
Alignment:
Q  93 aatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgt 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  3643071 aatagttttaggtggtgatttcaggtagatattgcctgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgg 3642972  T
Q  192 gcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatc 241  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3642971 gcttattgtaatttgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatc 3642922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 41919845 - 41920191
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  41919845 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatggcagtagttt 41919944  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||             |||||||||| ||||||||||  |||| ||||||   | ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  41919945 tagg-------------cagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccatatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattg 41920031  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| | ||||||||| ||           ||||  |||||| |  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  41920032 taatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatctttggtacctgtagagcaggaagaaattgataatttttgcaagtggatactctcaatt 41920120  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41920121 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 41920191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Original strand, 55558772 - 55559131
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  55558772 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaaaaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttt 55558871  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  55558872 aggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcagtatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttatttt 55558971  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  55558972 aatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattg 55559071  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 360  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55559072 gagacggcaacaacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 55559131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 35856478 - 35856108
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35856478 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 35856379  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  35856378 taggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattg 35856279  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  35856278 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 35856179  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35856178 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 35856108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 49710743 - 49710366
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  49710743 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaacctttcggtggaatgacaatagttt 49710644  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||  |||| ||||||  || ||||||||||| ||  ||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  49710643 taggtggtgattttaggcagatattgcctgttgttcgaggaggaacgaggccagatattgttgatgcctccgtcaattcgttaaagatatgagcttattg 49710544  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  49710543 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagaacagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaatt 49710444  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  49710443 ggacacggcaacgatgcttcggatgaaaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacaca 49710366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 61 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 1861188 - 1860871
Alignment:
Q  61 ctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attg 159  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  1861188 ctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtgtaaggtggtgatttcaggcaaatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattg 1861089  T
Q  160 ttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagca 259  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||    
T  1861088 ttgatgcatcaatcaattcattaaagatatgggcttattttaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagca 1860989  T
Q  260 ggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagat 359  Q
    | |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1860988 gaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattggagacgacaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagat 1860889  T
Q  360 ttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||| |||||    
T  1860888 ttgctcatatcggacaca 1860871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 13337806 - 13337429
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||     ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13337806 cgatggtggtttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacacacttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 13337707  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||   ||||||    
T  13337706 taggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgatattattg 13337607  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  13337606 taatgtgttgaggtttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 13337507  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||| |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  13337506 ggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcatgaagatttgctgatatcggacaca 13337429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 85 - 377
Target Start/End: Original strand, 617956 - 618249
Alignment:
Q  85 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaa 183  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  617956 ggaatgacaatagctttaggtggtgatttcaagcagatattgcatgttgtctgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcaattcatcaa 618055  T
Q  184 agatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcga 283  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||  | |    
T  618056 agatataggcttattgtaatttgttgaggctaactgttaatatgagattgagtgcatctttggtatctgcagagcaggaagaaattcctaattttaacaa 618155  T
Q  284 gtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  618156 gtgaatactctcaattggagacgacaacgaagcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacaca 618249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 95 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 38518573 - 38518297
Alignment:
Q  95 tagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgc 193  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| ||  |||| |||| | ||| |||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||| ||    
T  38518573 tagttttaggtggtgattttaggcagatattaactgttgtctgaggaggaacgagaccggatattgttaatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggc 38518474  T
Q  194 ttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactc 293  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  38518473 ttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactc 38518374  T
Q  294 ttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    | |||||||||||||||||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38518373 tcaattggagacggcaacgatgctttgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 38518297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 49786500 - 49786846
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||     ||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  49786500 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacacacttaaactttttggtggaatggcaatagttt 49786599  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||             |||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||  || ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  49786600 tagg-------------cagatattgcatgttgtctgaggaggaacgatgccagatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattg 49786686  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| | ||||||||| ||           ||||  |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  49786687 taatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 49786775  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49786776 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 49786846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 13344506 - 13344442
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaa 65  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13344506 cgatggtggtttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaa 13344442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 17525 - 17901
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  17525 cgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagacctttccgtggaatgacaagagttt 17624  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  17625 tatgtggtgatttcaggcagctattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggctt-ttg 17723  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  17724 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttagcaagtggatactctcaatt 17823  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17824 ggagacagcaacgaagcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaagttcctgaagatttgctcatatcggacaca 17901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Original strand, 21113393 - 21113769
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  21113393 gatggtgttttgcggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttt 21113492  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  21113493 aggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcacagatatgtgcttatttt 21113592  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  21113593 aatgtgttgacgcttactgttaatatgcgattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattg 21113692  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  21113693 gagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgcttatatcggacaca 21113769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 25218213 - 25218583
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  25218213 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 25218312  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  25218313 taggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattg 25218412  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  25218413 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 25218512  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25218513 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 25218583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Original strand, 25208695 - 25209059
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||     ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  25208695 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaagacacttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 25208794  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  25208795 taggtggtgattttaggcagatattgcctgttttccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgagcttattg 25208894  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  25208895 taatgtgttgaggcttaatgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggacgaaattactaatttttgcaagtggatactctcaatt 25208994  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgct 364  Q
    ||||||| |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25208995 ggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgct 25209059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 7822409 - 7822032
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||| |||||     ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  7822409 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcatgatatcatgtccaaaaatgatcccctaaacacacttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 7822310  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| |||||| |   ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  7822309 taggtggtgattttaggcagatattgcctattgtccgaggaggaacgaggccgattattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgagcttattg 7822210  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||| ||||    
T  7822209 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcttcggtacctgtagagcaggaagaaattgcgaatttttgtaagtggatactctcaatt 7822110  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7822109 ggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacaca 7822032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 173 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 30307575 - 30307371
Alignment:
Q  173 caattcatcaaagatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgct 272  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||    
T  30307575 caattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagtgggaagaaattgct 30307476  T
Q  273 aattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcga 372  Q
    |||||| || |||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  30307475 aatttttgcaagtagatactctcaattggagacgacaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaatgtagaaattcctgaagatttgctgatatcgg 30307376  T
Q  373 acaca 377  Q
    |||||    
T  30307375 acaca 30307371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 30326046 - 30325880
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  30326046 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 30325947  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgc 166  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| |||||| ||| |||||||||||    
T  30325946 taggttgtgattttaggcagatattgcctattgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgc 30325880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Original strand, 30346278 - 30346637
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  30346278 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagattgatcccctaaacgagtttaaactatttggtggaatgacaatagtttt 30346377  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30346378 aggtggtgatgtcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttatttt 30346477  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  30346478 aatgtgttaagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattg 30346577  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 360  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30346578 gagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 30346637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Original strand, 25542442 - 25542818
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||    
T  25542442 gatggtgttttgaggaagttgaccgattaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacagtagtttt 25542541  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25542542 aggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgtggcagaatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgt 25542641  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||    
T  25542642 aatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcaaagcagaaagaaattgctaactttggcaagtggatactctcaattg 25542741  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  25542742 gagacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagattttctcatatcggacaca 25542818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 3690548 - 3690178
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3690548 cgatggtgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttt 3690449  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3690448 taggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattg 3690349  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  3690348 taatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaatt 3690249  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  3690248 ggagacggcaacgacacttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcccaaagatttgctcatatc 3690178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 3876239 - 3876609
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3876239 cgatgatgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttt 3876338  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3876339 taggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattg 3876438  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  3876439 taatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaatt 3876538  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  3876539 ggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcccaaagatttgctcatatc 3876609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 17871287 - 17871662
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  17871287 cgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgcgt-atatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttt 17871385  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  17871386 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgtcatccgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagatatgagcttattg 17871485  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||| ||||    
T  17871486 taatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgcatctttggtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatggatactctcaatt 17871585  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
     |||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17871586 agagaaggcaacggcgcttcggatgag-atggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacaca 17871662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 14192459 - 14192837
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctc-taaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtt 99  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  14192459 cgatggtgttttgaagcaattgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagttgtt 14192558  T
Q  100 ttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttatt 198  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  14192559 ttaggtggtgatttcaggcatatattgcatgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgccccaattaattcattaaagatatgggcttatt 14192658  T
Q  199 gtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaat 298  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||    
T  14192659 ataatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgtagagtaggaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaat 14192758  T
Q  299 tggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  14192759 tggagacggcaacgaagtttcggatcagaatggtgaaatgaaggtagaaatttctgaagatttgctcatatcggacaca 14192837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 2 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 37261873 - 37261505
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37261873 gatggtgttttgaggaagttgactgatcaatgcgcgatatcatgtctaggaatgatcctttaaacgagtttagacctttcggtggaatgacaatagtttt 37261774  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    | |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37261773 atgtggtgatttcaggaagatattgcctgttgtctgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgtctcgatcaattcatcaaagatatgagcttattgt 37261674  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  37261673 aatgtgttgaggcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattg 37261574  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatat 369  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||| ||||    
T  37261573 gagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaacgaaggtataaatttccgaagatttgcttatat 37261505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 10025548 - 10025189
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  10025548 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttt 10025449  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10025448 aggtggtgatattaggcagatattgcctgctgtccgaaaaggaacgaggcaatatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttatttt 10025349  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
     || ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||     
T  10025348 gatgtgttgagacttactgttaatatgagactgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaatta 10025249  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 360  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10025248 gagacggtaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctaaagatt 10025189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Original strand, 24629602 - 24629954
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  24629602 gatggtgttttgaggcagttggccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttt 24629701  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24629702 aggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttatttt 24629801  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| ||||       ||||| ||| |||| ||||||| |||||    
T  24629802 aatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaaga-------aatttcggcaagtggatactctgaattg 24629894  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 360  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24629895 gagacgacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 24629954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 27881655 - 27881284
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  27881655 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 27881556  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| | |||| ||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27881555 taggtggtgattttaggcagatattgcatgttgtccgaggaggaacaaggccggatattgttgatgcctcggtcaattcatcaaagatatgggcttattg 27881456  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  27881455 taatgtgttgaggcttaccgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacatgcagagcaggtagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaatt 27881356  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcg 371  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  27881355 ggagacggcaacgatgcttcggatgacaatggtgaaataaaggtagaaactcctgaagatttgctgatatcg 27881284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 37373507 - 37373137
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  37373507 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatcacagtagttt 37373408  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  37373407 taggtggtgattttaagcagatattgcctgttgtctgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcgtcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattg 37373308  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  37373307 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 37373208  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37373207 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 37373137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 39883746 - 39883377
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||        ||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  39883746 cgatggtgttttgaggcagctgaccgatcattgc--------atgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 39883655  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  39883654 tacgtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtcctaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatattggcttattg 39883555  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  39883554 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcagcttcggtacatgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaatt 39883455  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  39883454 ggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagatattcctaaagatttgctgatatcggacaca 39883377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 8428233 - 8428592
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  8428233 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatggcagtagttt 8428332  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgagg-caggaattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||| |||  ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8428333 taggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccagatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattg 8428432  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| | ||||||||| ||           ||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  8428433 taatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 8428521  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8428522 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 8428592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 2452765 - 2453142
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  2452765 cgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgtgtgatatcatgtccaagaatgaccccttaaacgagtttagaacttttggtggaatgacagtagttt 2452864  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||    
T  2452865 taggtggtgatttcaggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcgaggcaggatattgttgatgcttcaatcaattcatcaaagatataggcatattg 2452964  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||    
T  2452965 taatgtgtcgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcatgaagaaattgctaattttgacaagtggatactctcaatt 2453064  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2453065 ggagacggcaacgacgcttcaaatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 2453142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 3 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 36207784 - 36207416
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36207784 atggtgttttgaggcagttgactgatcaatgtgtgataccatgtccaagaatgatcccttaaatgagtttagaccttttggtggaatgacagtagtttta 36207685  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  36207684 ggtggtgatttcagacagatattgcctgttgtctgaaaaggaaagaggcaggatattattgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgagtttattgta 36207585  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattgg 301  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||     
T  36207584 atgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggttcatcttcggtacctgcaaagcaggaagaaattgataattttggcaagtggatactctcaattga 36207485  T
Q  302 agacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  36207484 agacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaattgaaggtagaaattcctgatgattttctcatatc 36207416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 48774983 - 48775353
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    
T  48774983 cgatggtgttttgaagcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccttaaacgagtttagaccttttggaggaatgacggtagttt 48775082  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  48775083 taggtggtgatttcagacaaatattgtatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaatatatgggcttattg 48775182  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || | |||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  48775183 taatgtgttgaggcttactgttaatatcagattgggtgcatcttcgggacctacagagcagaaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaatt 48775282  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48775283 ggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcccgaagatttgctcatatc 48775353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 52501147 - 52500795
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  52501147 gatggtgttttgaggcagttggccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttt 52501048  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52501047 aggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttatttt 52500948  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| ||||       ||||| ||| |||| ||||||| |||||    
T  52500947 aatgtgttgagacttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaaga-------aatttcggcaagtggatactctgaattg 52500855  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 360  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52500854 gagacgacaacaacgcttcggatgagaatggttaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 52500795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16042596 - 16042219
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  16042596 cgatggtgttttgaggcagctgactgatcattgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 16042497  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  16042496 tacgtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtcctaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagttaattcgtcaaagatattggcttattg 16042397  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  16042396 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcagcttcggtacatgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaatt 16042297  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  16042296 ggagacggcaacgacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacaca 16042219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 3 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 2329735 - 2329360
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||| | | ||||||    
T  2329735 atggtgttttgagaaagtttaccgatcaatgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttagaccttttcgtggaatgatagtggtttta 2329636  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||||  ||| | ||||||| || |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2329635 ggtggtgatttcaggcagatactacctgttgtccgtgaagcaacgaggcacgatattgttaatgccttaatcaattcatcaaagatatgggcttattgta 2329536  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattgg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |    
T  2329535 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcctcttcgttacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattag 2329436  T
Q  302 agacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  2329435 agacggcaacgacgcttcggatgagaatggtaaaatgaaggtagaaattcctgaagattttctcatatcggacaca 2329360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Original strand, 37389801 - 37390170
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||||  |||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37389801 gatggtgttttgaggcagttgaccaatcattgcgtgatatcatggccaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacaatagtttt 37389900  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  37389901 aggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggctggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattgt 37390000  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| |||||    
T  37390001 aatgtgttgaggcttactattaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatattctcaattg 37390100  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37390101 gagacggcaaagatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 37390170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 6310642 - 6311012
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  6310642 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaacgacaatagttt 6310741  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||  |||||  || ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  6310742 taggtggtgattttaggcagatattgtctgttgtccgaggaggaatgaggcctgatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattg 6310841  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||  |||    
T  6310842 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatagtctccatt 6310941  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  6310942 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagattcgctgatatc 6311012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 85 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 48233865 - 48233572
Alignment:
Q  85 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaa 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  48233865 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgagacaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaa 48233766  T
Q  184 agatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcga 283  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |    
T  48233765 agatatgtgtttattgtaatttgttgaggcttactgttgatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcaggaagaaattcctaattttgacaa 48233666  T
Q  284 gtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||| ||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48233665 gtgaatactctcaacttgagacgacaacgacgcttcagatgagaatggggaaatgaaggtagaaattcctgaagatttactcatatcgaacaca 48233572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 193 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 18149066 - 18148882
Alignment:
Q  193 cttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatact 292  Q
    |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  18149066 cttattttaatgtgttaaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatact 18148967  T
Q  293 cttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    || |||||||||||||||  |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||    
T  18148966 ctgaattggagacggcaataacgcttcgaaggagaatggtgaaatgaaggtagaaatttatgaagattttctcatatcggacaca 18148882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 3 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 187123 - 186748
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  187123 atggtgttttgaggtagttgaacgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacagtagtttta 187024  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  187023 ggtggtgatttcaagcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcaccaatcaattcatcaaagatatgggcttattgta 186924  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattgg 301  Q
    || | || |||| ||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||    
T  186923 atgttttaaggcctactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacttgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattgg 186824  T
Q  302 agacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  186823 agacggcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgtacaca 186748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Original strand, 28368 - 28727
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||     
T  28368 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagttta 28467  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28468 aggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttatttt 28567  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    |||  |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  28568 aatgagttgagacttactgttaatatgagattggatgcatctttggtacctgcagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattg 28667  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 360  Q
     |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28668 aagacagcaacaacgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatt 28727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 183382 - 183012
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  183382 cgatggtgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttt 183283  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  183282 taggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaatgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatggccttattg 183183  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  183182 taatgtgttgaggcttacagttaatatgatattgggtgcatcttcgggacctgcagagcaggaagaaactgctaattttggcaagtggatactctcaatt 183083  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  183082 ggagacggcaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcccgaagatttgctcatatc 183012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 7 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 166098 - 165732
Alignment:
Q  7 tgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttttaggtg 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  166098 tgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcacctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttttaggtg 165999  T
Q  107 gtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgtaatat 205  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  165998 gtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgt 165899  T
Q  206 gttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtg--catactcttaattggag 303  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||   ||||||| ||||||||    
T  165898 gttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcagagcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggag 165799  T
Q  304 acggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||    
T  165798 acgacaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaagggggaaattcccgaagatttactcatatc 165732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Original strand, 4909 - 5285
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  4909 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcatgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtttt 5008  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    || ||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  5009 agatggtgattttaggcagatattgcctattgttcgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcataaaagatatgtgcttatttt 5108  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||    
T  5109 aatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttgatacctgcaaagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgacttg 5208  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5209 gagacgacaacagcgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacaca 5285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10111170 - 10110801
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10111170 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgtgtggtatcatgtccaagaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatggaatgacaatagtttt 10111071  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  10111070 aggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgagcttatttt 10110971  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||    
T  10110970 aatgtgttaatgcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctacagagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactatgaattg 10110871  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110870 gagacggcaacaacgcttcggaggagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 10110801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 10968430 - 10968806
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10968430 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcatgatatcaggtccaagaatgatcccctaaacgattttagaccttttggtggaatgacagtagttt 10968529  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  10968530 tagatggtgatttcaggcagatattgtctgtagtccgaaacggatcgagggaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggtttattg 10968629  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||    
T  10968630 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcagtacctatagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggacactctcaatt 10968729  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||    
T  10968730 ggagatggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaatttctg-agatttgctgatatcggacaca 10968806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10000977 - 10000608
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10000977 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgtgtggtatcatgtccaagaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatggaatgacaatagtttt 10000878  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  10000877 aggtggggatttcaggcagatgttgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggcttatttt 10000778  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||| ||||| | |||||    
T  10000777 aatgtgttaaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttggtacctgcagagtagaaagaaattgttaattttggcaagtggatactatgaattg 10000678  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000677 gagacggcaacaacgcttcggaggagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 10000608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 3 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 13530608 - 13530240
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  13530608 atggtgttttgagacagttgaccgatcaatgcgtcatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagacctttcgatggaatgacagtagtttta 13530509  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  13530508 gctggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccaaaaaggaacgaggcacgatattgttgatgcctcaatcaattcatcacagatatgggcttattgta 13530409  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattgg 301  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||    
T  13530408 atgtgtagaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcttcggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaagtatatactctcaattgg 13530309  T
Q  302 agacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  13530308 agacggcaacgacgcatcaggtgagaatggtgaaatgaaggtagaaattctagaagatttggtcatatc 13530240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 33342 - 32965
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33342 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacaatagttt 33243  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||| || ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  33242 taggtggtgattttaggcagatattgcatgttgtccgaggaggaacgacgccggatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatgggcttattg 33143  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  33142 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 33043  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
     ||||||||||| | ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  33042 agagacggcaacaatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacaca 32965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 3 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 50410737 - 50410366
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  50410737 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttataccttttcgtggaatgacagtagtttta 50410638  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| | ||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  50410637 ggtggtgatttcaggcagatactgcctgttgtccgtaaagcaacgaggcacgatatttttgatgcctcaatcaattcatcaaagatattggcttattcta 50410538  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattgg 301  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |    
T  50410537 atgtgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcttcggtacctgtagagcaggaataaattgctaattttggcaagtggatactctcaattag 50410438  T
Q  302 agacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  50410437 agacggtaacgacgctttggatgagaatggtgaaatga----agaaattcctgaagattttctcatatcggacaca 50410366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10238124 - 10237756
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  10238124 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgtgtggtatcatgtccaggaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatggaatgacaatagtttt 10238025  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  10238024 aggtggtgatttcaggcagatattgcttgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggcttatttt 10237925  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||| |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  10237924 aatgtgttaaggcttactgttaatataagattggatgcatctttggtacctgctgagcagaaagaaattgctaattttggcaagtggatactctgaattg 10237825  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||| ||||||| || | |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10237824 gagacggcaacaacgcttcgga-gggaatggtgaaataacggtagaaattcctgaagaattgctcatatc 10237756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 3 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10039199 - 10038831
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10039199 atggtcttttgaggaagttgactgatcaatgcgtgatatcatgtctaggaatgatcccttaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 10039100  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
     |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10039099 tgtggtgatttcaagaagatattgcatgttgtctgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgta 10039000  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattgg 301  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||     
T  10038999 atgtgttgaggcttattgttaatatgagattaggtgcatcttcggtacgtgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattga 10038900  T
Q  302 agacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||   ||||||||||| |||||    
T  10038899 agacggcaacgacgctttagatgagaatggtgaaacgaaggtataaattttcgaagatttgcttatatc 10038831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 11369210 - 11368849
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11369210 cgatggtgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccctatacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttt 11369111  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    || |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  11369110 taagtggtgatttcaggcatatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatggacttattg 11369011  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||| |||| || ||||    
T  11369010 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcagagaaggaagaaactgataattttggcaagtggataccctcaatt 11368911  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    ||||| | ||||         |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11368910 ggagaggacaac---------gatgagaatggtgaaatgaatgtagaaattcccgaagatttgctcatatc 11368849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 52918597 - 52918332
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52918597 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttagaccttttggtggaatgacagtagttt 52918498  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  52918497 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgtagtccgaaaaggatcgagggaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatacgagcttattg 52918398  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaaga 265  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||| |||||||    
T  52918397 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgtagagtaggaaga 52918332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 156 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 11362676 - 11362460
Alignment:
Q  156 attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcag 255  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||    
T  11362676 attgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttacagttaatatgagattgggtgcatcttcgggacctgcag 11362577  T
Q  256 agcaggaagaaattgctaattttggcgagtg--catactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcct 353  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||     
T  11362576 agcaagaataaactgctaattttggcaagtggatatactctcaattggagacgacaacgacgcttcgaatgagaatggtgaaatgaagggggaaattccc 11362477  T
Q  354 gaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||| ||||||||    
T  11362476 gaagatttactcatatc 11362460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 306 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 52918330 - 52918281
Alignment:
Q  306 ggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga 355  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918330 ggcaacgacgcttcggatgggaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga 52918281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 19575 - 19200
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  19575 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaatcatttggtggaatgacaatagtttt 19476  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgt 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  19475 aggtggtaatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgggcttatttt 19376  T
Q  201 aatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattg 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || | ||||| | |||||    
T  19375 aatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatctttgatacctgcagagcagaaagaaattgctaa-tttggcaaggggatactttgaattg 19277  T
Q  301 gagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  19276 gagacggcaacaacgcttcggatgagaatgatgaaatgaaggtagaaatttctgaagatttgctcatatcggacaca 19200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 12 - 377
Target Start/End: Original strand, 2201838 - 2202204
Alignment:
Q  12 tgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgat 111  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  2201838 tgaggcagttgaccgatcaaagcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgac 2201937  T
Q  112 ttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgtaatatgttga 210  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||||| ||| ||    
T  2201938 ttcaggcagatattgcccattgtccgaaaaggatcgaggcaggatattgttgatgcctcgatcaattcatcaaagatataggcatattgtaatgtgtcga 2202037  T
Q  211 ggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  2202038 ggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacttgcagagcatgaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaattggagaaggcaa 2202137  T
Q  311 cgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2202138 cgacgcttcaaatgagaatggtgaaatgaatgtagaaattcccgaagatttgctcatatcgaacaca 2202204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 30881896 - 30881521
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  30881896 cgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgcgt-atatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttt 30881798  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  30881797 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgtcatccgaaaaggaacgaggcatgatattgttgatgcctcaatcagttcatcaaagatatgagcttattg 30881698  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||| ||||    
T  30881697 taatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgcatctttggtacctgcagagcaggaataaattgctaattttggcaaatggatactctcaatt 30881598  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
     |||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30881597 agagaaggcaacggcgcttcggatgag-atggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacaca 30881521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 85 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 18344612 - 18344319
Alignment:
Q  85 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaa 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  18344612 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgcctcaatcaatttatcaa 18344513  T
Q  184 agatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcga 283  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| || ||||||||||||||||| ||||||||| | |    
T  18344512 agatatgggcttattgtaatttgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatctttggtatctacagagcaggaagaaattcctaattttgacaa 18344413  T
Q  284 gtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18344412 gtgaatactctcaattggagacgacaacgaagcttcagatgagaatagtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacaca 18344319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 12517845 - 12517520
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  12517845 cgatggtgttttgaggcagctgaccgatcattgtgtgatatcatgtccaagaatgatcctctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 12517746  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12517745 taggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgcctcagttaattcgtcaaagatatgggcttattg 12517646  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  12517645 taatgtgttgaagcttactgttaatatgagattgggtgcatcttctgttcctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaatt 12517546  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatga 325  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||    
T  12517545 ggagacgacaacgacacttcggatga 12517520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 131 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 10187985 - 10187746
Alignment:
Q  131 ttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgag 229  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10187985 ttgtccgaaaaggaacgagacaggatattgttgatgcctcaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttattgttaatatgag 10187886  T
Q  230 attgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaat 329  Q
    |||| ||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10187885 attgggtgcatcttcgatacctgtagagcaggaagaaattgctaattttcgcacgtggatgctctcaattggagacggcaacgacgcttcggatgagaat 10187786  T
Q  330 ggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatat 369  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10187785 ggtaaaatgaaggtagaaattcctgaatatttgctcatat 10187746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 195 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 15334019 - 15333843
Alignment:
Q  195 tattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactct 294  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  15334019 tattgtaatgtgttgaagcttactgttaatatgagattaggtgcatcttcgatacctgcagagcaagaagaaattgctaattttggcaagtggatactct 15333920  T
Q  295 taattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcg 371  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  15333919 caattggagacggcaacgacgcttcggatgagaatagtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgttgatatcg 15333843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 115 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 18814203 - 18814054
Alignment:
Q  115 aggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgtaatatgttgaggc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  18814203 aggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgagacatgatattgttgatcccttaatcaattcatcaaagatatgagcttattgtaatgtgttgaggc 18814104  T
Q  214 ttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaa 263  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||    
T  18814103 ttactgttaatatgagattgggtgcatcgttggtacctgtagagcaggaa 18814054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 271 - 370
Target Start/End: Original strand, 29639947 - 29640046
Alignment:
Q  271 ctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29639947 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 29640046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 271 - 370
Target Start/End: Original strand, 31510118 - 31510217
Alignment:
Q  271 ctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||    
T  31510118 ctaatttttgcaagtggatactctcaattggagacggcaacgatgtttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaatttcttaagatttgctgatatc 31510217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 18857227 - 18857163
Alignment:
Q  50 agaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatttc 114  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||| |||||    
T  18857227 agaatgatccccaaaatgagtttagacatttcggtggaatgacatccgttttaggtggtaatttc 18857163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 32503 - 32126
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||||  |||| | | ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  32503 cgatggtgttttgaggcagctgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagcacgatcccgtaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgacagtagttt 32404  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||  || ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32403 taggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgacgaggaacgaggccagatattgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatatgtgcttattg 32304  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  32303 taatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaatt 32204  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  32203 ggatacggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcggacaca 32126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 3 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 320 - 3
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||  |||| |   ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  320 atggtgttttgaggtagttgaccgatcattacgtgatatcatgttcaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacagtagtttta 221  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | || |||||  |||| |||||| ||| ||||||||||  ||  ||||||| ||||| ||||  ||||||||||    
T  220 ggtggtgattttaggcagatattgccttttttccgaggaggaacgaggccggatattgttgatgtctcggtcaattcgtcaaatatattggcttattgta 121  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattgg 301  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||    
T  120 atgttttgaggcttactgttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaagaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaattgg 21  T
Q  302 agacggcaacgacgcttc 319  Q
    |||||||||||| |||||    
T  20 agacggcaacgatgcttc 3  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 371
Target Start/End: Original strand, 320984 - 321355
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  320984 cgatggtgttttgaggcatttgatcgatcaatgggtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaactttagaccttttggtggaatgacaagagttt 321083  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  321084 taggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatattgttgatgccttaatcaattcatcaacgatatgggcttattg 321183  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||    
T  321184 taatgtgttgaggcttacttttaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatattctcaatt 321283  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcg 371  Q
     ||||||||||  | ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  321284 tgagacggcaattatgcttcggttgataatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcg 321355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 370
Target Start/End: Original strand, 218 - 590
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcat----gtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagt 98  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    ||||||| ||||||| ||||| | | ||| |||||||||||||||||   ||||    
T  218 atggtgttttgaggcagctgaccgatcattgcgtgatatcattcatgtccaagcatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtggaatgaaggtagt 317  T
Q  99 tttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttat 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||| | |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  318 tttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaggaggaacaaggccggatattgttgatgcctcaatcaattcgtcaaagatatgggcttat 417  T
Q  198 tgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaa 297  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  418 tgtaatgtgttgaggcttactattaatatgagattgggtgcatcttcggtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcaagtggatactctcaa 517  T
Q  298 ttggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatc 370  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  518 ttggagacggcaacgacgcttcggatgagaatgatgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatc 590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 1588 - 1194
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  1588 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaataatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttt 1489  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcaggaa------------------ttgttgatgcatcaatcaattcatca 182  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||                  || || ||||||||||||||||||||    
T  1488 taggtggtgatttcaagtagatattgcctgttgcccgaaaaagatcgaggtaggaaaaagattgaggcatgatattatttatgcatcaatcaattcatca 1389  T
Q  183 aagatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcg 282  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |  |||| || | |||||||||||||| |||||||||||     
T  1388 aagatatgagcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgggattgggtgcatcttaggtacatgtatagcaggaagaaatttctaattttggca 1289  T
Q  283 agtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1288 agtggatactctcaattggagacgacaacgactcttcggatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcggacaca 1194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 3 - 233
Target Start/End: Original strand, 13927 - 14158
Alignment:
Q  3 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  13927 atggtgttttgaggcagttgacagatcaatgagtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgataatagtttta 14026  T
Q  103 ggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgta 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  14027 ggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaagatattgttgatgcatcaatcaattcatcaaatatatgggcttatttta 14126  T
Q  202 atatgttgaggcttactgttaatatgagattg 233  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14127 atatgttgaggcttactattaatatgagattg 14158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 156 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 40171 - 39950
Alignment:
Q  156 attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattgtaatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcag 255  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||    
T  40171 attgttgatgcctcagtcaattcgtcaaagatatgggcttattgtaatgtgttgaggcttactgttaatatgagattgtgtgcatcttcggtacctacag 40072  T
Q  256 agcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaattggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctga 355  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  40071 agcaggaagaaattgctaactttggcaagtgaatactctcaattggagatggcaacgatgcttcggatgagaatggtgaaataaaggtagaaattcttga 39972  T
Q  356 agatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    ||||||||| |||||| |||||    
T  39971 agatttgctgatatcggacaca 39950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 2 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 42545 - 42409
Alignment:
Q  2 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttt 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  42545 gatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgtgcttaaaccttttggtggaatgacagtagtttt 42446  T
Q  102 aggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccga 138  Q
    |||||||||||| | ||||||||| | ||||| ||||    
T  42445 aggtggtgattttatgcagatatttcctgttgcccga 42409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 377
Target Start/End: Original strand, 48608 - 48961
Alignment:
Q  1 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgcgatatcatgtccaagaatgatcctctaaatgagtttagaccttttggtggaatgacaatagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| || ||||||||||||| || ||||||    
T  48608 cgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaactttttggtggaatggcagtagttt 48707  T
Q  101 taggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggatcgaggcagga-attgttgatgcatcaatcaattcatcaaagatatgtgcttattg 199  Q
    ||||             |||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||  || ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  48708 tagg-------------cagatattgcatgttgtctgaggaggaacgatgccagatattgttgatgcctcggtcaattcgtcaaagatatggacttattg 48794  T
Q  200 taatatgttgaggcttactgttaatatgagattgagtgcatcatcagtacctgcagagcaggaagaaattgctaattttggcgagtgcatactcttaatt 299  Q
    |||| | ||||||||| ||           ||||  |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||    
T  48795 taatgttttgaggcttgct-----------attggatgcatcttcggtacctacagagcaggaagaaattgctaatttttgcaagtggatactctcaatt 48883  T
Q  300 ggagacggcaacgacgcttcagatgagaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctcatatcgaacaca 377  Q
    |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  48884 ggagacggcaacgatgcttcgggtgacaatggtgaaatgaaggtagaaattcctgaagatttgctgatatcaaacaca 48961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University