View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1243_high_52 (Length: 261)

Name: NF1243_high_52
Description: NF1243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1243_high_52
NF1243_high_52
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (30-261)||(15036443-15036674)
chr1 (30-259)||(15010423-15010652)
chr1 (30-261)||(15016538-15016769)
chr1 (30-261)||(15024540-15024771)
chr1 (30-261)||(15031881-15032112)
chr1 (30-261)||(15001530-15001761)
chr1 (30-254)||(14523089-14523313)
chr1 (34-254)||(15040183-15040403)
chr1 (34-254)||(14503409-14503629)
chr1 (34-260)||(14467230-14467456)
chr1 (111-259)||(14533205-14533353)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (34-250)||(5918-6134)
scaffold0400 (35-259)||(12207-12431)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (34-250)||(6562-6778)
scaffold0365 (35-259)||(12850-13074)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (34-193)||(16102309-16102468)
chr7 (34-193)||(16171987-16172146)
chr7 (35-166)||(17847959-17848090)
chr7 (34-108)||(14605325-14605399)
chr7 (34-192)||(16024508-16024666)
chr7 (111-175)||(17826625-17826689)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 30 - 261
Target Start/End: Original strand, 15036443 - 15036674
Alignment:
Q  30 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15036443 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttgagagattgaggcttaaccaaaaccaactgactggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 15036542  T
Q  130 tgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataa 229  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||    
T  15036543 tggactacatggacttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcctaaaaatctccggtaataa 15036642  T
Q  230 tttaataggaagcataccaccagaactaggca 261  Q
    |||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  15036643 tttaactggaagaataccaccagaactaggca 15036674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 30 - 259
Target Start/End: Original strand, 15010423 - 15010652
Alignment:
Q  30 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010423 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagactgaggcttgatcaaaaccaacttactggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 15010522  T
Q  130 tgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataa 229  Q
    || |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||   ||||||    
T  15010523 tggactacatggaattgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagattctcacaagcctaaaaatctctggtaataa 15010622  T
Q  230 tttaataggaagcataccaccagaactagg 259  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  15010623 tttaacaggaagaataccaccagaactagg 15010652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 30 - 261
Target Start/End: Original strand, 15016538 - 15016769
Alignment:
Q  30 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  15016538 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgaacaaaaccaactgactggaaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaact 15016637  T
Q  130 tgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataa 229  Q
    || |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  15016638 tggactacatggaattgagtgataataatttgtatggtcaaatttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataa 15016737  T
Q  230 tttaataggaagcataccaccagaactaggca 261  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  15016738 tttgacaggaagcataccaccagaactaggca 15016769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 30 - 261
Target Start/End: Original strand, 15024540 - 15024771
Alignment:
Q  30 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 129  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  15024540 ccagagagtttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactggaaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaact 15024639  T
Q  130 tgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataa 229  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||   ||||||    
T  15024640 tgtactacatggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctctggtaataa 15024739  T
Q  230 tttaataggaagcataccaccagaactaggca 261  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| |||||||    
T  15024740 tttaacaggaagaataccaccagagctaggca 15024771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 30 - 261
Target Start/End: Original strand, 15031881 - 15032112
Alignment:
Q  30 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 129  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  15031881 ccagagagtttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactggaaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaact 15031980  T
Q  130 tgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataa 229  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||   ||||||    
T  15031981 tgtactacatggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctctggtaataa 15032080  T
Q  230 tttaataggaagcataccaccagaactaggca 261  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| |||||||    
T  15032081 tttaacaggaagaataccaccagagctaggca 15032112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 30 - 261
Target Start/End: Original strand, 15001530 - 15001761
Alignment:
Q  30 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |    
T  15001530 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagagtgagacttcaacaaaaccaactgactggaaatataacagacagctttggtgtgtatccaaatt 15001629  T
Q  130 tgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataa 229  Q
    || | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  15001630 tggaatacatggatttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcctaaaaatctccaacaataa 15001729  T
Q  230 tttaataggaagcataccaccagaactaggca 261  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  15001730 tttgacaggaagcataccaccagaactaggca 15001761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 30 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 14523313 - 14523089
Alignment:
Q  30 ccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaact 129  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||  ||| |||| ||| | |||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  14523313 ccagagagtttgaagaactgttctagccttataagattgagacttaaccaaaacaaaatgacaggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaatt 14523214  T
Q  130 tgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataa 229  Q
    || ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  14523213 tggactacatagaattaagtgataataatttttatggttatctttctccaaattgggggaagtgcaagaatctgacaagccttaaaatctccaataataa 14523114  T
Q  230 tttaataggaagcataccaccagaa 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  14523113 tttaataggaagcataccaccagaa 14523089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 34 - 254
Target Start/End: Original strand, 15040183 - 15040403
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgta 133  Q
    |||||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  15040183 agagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagacttgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagctttggtgtgtgtccaaacttgta 15040282  T
Q  134 ctacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataattta 233  Q
    ||||||||| || |||| |||||| | || ||| ||| |||| || |||||||||||  |||| ||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||    
T  15040283 ctacatggaattgagtggtaataaatattttggccatatttcacctaattggggaaaacgcaagaatctcataagccttaaaatctccaacaataattta 15040382  T
Q  234 ataggaagcataccaccagaa 254  Q
    | ||| || ||||||| ||||    
T  15040383 acagggagtataccactagaa 15040403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 254
Target Start/End: Original strand, 14503409 - 14503629
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgta 133  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||  ||| | |||||| |  |||| ||| | || ||||||||||||||  |||||||||| |||||| | ||| |    
T  14503409 agagtttaaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttgga 14503508  T
Q  134 ctacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataattta 233  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
T  14503509 ctacatggaattgagtgaaaataatttgtatggccatctatcaccaaattggggaaagtgcaagagtctcacaagccttaaaatctccaataacaattta 14503608  T
Q  234 ataggaagcataccaccagaa 254  Q
    | |||||  ||||||| ||||    
T  14503609 acaggaaatataccacaagaa 14503629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 34 - 260
Target Start/End: Original strand, 14467230 - 14467456
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgta 133  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| | ||| | |||||| | ||||| ||||| || |  |||||||| ||    ||||| ||| ||||||| ||| |    
T  14467230 agagtttgaagaactgctctagcctttatagagtaaggcttcaacaaaatcaactaactgacaatataactgatgcctttggcgtgcatccaaaattgga 14467329  T
Q  134 ctacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataattta 233  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| ||||  ||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||    
T  14467330 ctacatggaattgagtgataataatttgtatggccatctatcaccgaattggggaaaatgcatgaatctcacatgccttaaaatcttcaataacaattta 14467429  T
Q  234 ataggaagcataccaccagaactaggc 260  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||    
T  14467430 acaggaagcataccgccagaactaggc 14467456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 111 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 14533353 - 14533205
Alignment:
Q  111 tttggtgtgtatccaaacttgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcc 210  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| |||||||| || |||||| | |    
T  14533353 tttggcgtgtatccaaatttggactacatggaattgagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtc 14533254  T
Q  211 taaaaatctccaataataatttaataggaagcataccaccagaactagg 259  Q
    |  |||||||||| ||||||||||  ||||||||||| | |||||||||    
T  14533253 ttcaaatctccaacaataatttaactggaagcatacctcaagaactagg 14533205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 109; Significance: 6e-55; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 34 - 250
Target Start/End: Original strand, 5918 - 6134
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgta 133  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |    
T  5918 agagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagatagctttggtgtgtatccgaatttgga 6017  T
Q  134 ctacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataattta 233  Q
     || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| | | |||||||||| ||    
T  6018 atatatggaattgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaagttttcaataataatata 6117  T
Q  234 ataggaagcataccacc 250  Q
      |||||||||||||||    
T  6118 tcaggaagcataccacc 6134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 35 - 259
Target Start/End: Original strand, 12207 - 12431
Alignment:
Q  35 gagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgtac 134  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  ||| | |||||| |  |||| ||| | || ||||||||||||||  |||||||||| |||||| | |||  |    
T  12207 gagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggtc 12306  T
Q  135 tacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataatttaa 234  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| |||||||| || |||||| | ||  |||||||||| ||||||||||    
T  12307 tacatggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaa 12406  T
Q  235 taggaagcataccaccagaactagg 259  Q
      ||||||||||| | |||||||||    
T  12407 ctggaagcataccgcaagaactagg 12431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 109; Significance: 6e-55; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 34 - 250
Target Start/End: Original strand, 6562 - 6778
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgta 133  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |    
T  6562 agagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagatagctttggtgtgtatccgaatttgga 6661  T
Q  134 ctacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataattta 233  Q
     || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| | | |||||||||| ||    
T  6662 atatatggaattgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaagttttcaataataatata 6761  T
Q  234 ataggaagcataccacc 250  Q
      |||||||||||||||    
T  6762 tcaggaagcataccacc 6778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 35 - 259
Target Start/End: Original strand, 12850 - 13074
Alignment:
Q  35 gagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgtac 134  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  ||| | |||||| |  |||| ||| | || ||||||||||||||  |||||||||| |||||| | |||  |    
T  12850 gagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggtc 12949  T
Q  135 tacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaaaaatctcacaggcctaaaaatctccaataataatttaa 234  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| |||||||| || |||||| | ||  |||||||||| ||||||||||    
T  12950 tacatggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaa 13049  T
Q  235 taggaagcataccaccagaactagg 259  Q
      ||||||||||| | |||||||||    
T  13050 ctggaagcataccgcaagaactagg 13074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 193
Target Start/End: Original strand, 16102309 - 16102468
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgta 133  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||  ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |   |||| |||| |||||||| ||| |    
T  16102309 agagtttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttactggaaatataacacaagattttagtgtttatccaaatttgaa 16102408  T
Q  134 ctacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtg 193  Q
     ||||| ||||||||||| || |||||||| || || |||||  | ||||||||||||||    
T  16102409 ttacatagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattggggaaagtg 16102468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 193
Target Start/End: Original strand, 16171987 - 16172146
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgta 133  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||  ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |   |||| |||| |||||||| ||| |    
T  16171987 agagtttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttactggaaatataacacaagattttagtgtttatccaaatttgaa 16172086  T
Q  134 ctacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtg 193  Q
     ||||| ||||||||||| || |||||||| || || |||||  | ||||||||||||||    
T  16172087 ttacatagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattggggaaagtg 16172146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 166
Target Start/End: Original strand, 17847959 - 17848090
Alignment:
Q  35 gagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgtac 134  Q
    |||||||||||||||||||||| ||   ||| | |||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||    |||||||||||||| || ||| |     
T  17847959 gagtttgaagaattgctcaagcattgtaagaattaggcttgaacaaaaccaactttctggaaatataacagatttctttggtgtgtatccgaatttggat 17848058  T
Q  135 tacatggacttaagtgataataatttttatgg 166  Q
    |||||| | || ||| | ||||||||||||||    
T  17848059 tacatgcatttgagtcaaaataatttttatgg 17848090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 108
Target Start/End: Original strand, 14605325 - 14605399
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagaga 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||  ||  | || ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  14605325 agagtttgaagaattgctctagcattattaggattagacttgaacaaaaccaacttactggaaatataacagaga 14605399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 192
Target Start/End: Original strand, 16024508 - 16024666
Alignment:
Q  34 agagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgatcaaaaccaactgacgggaaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttgta 133  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||  |||||  | ||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||    |||||||| |||||| | |||      
T  16024508 agagtttgaagaattgctctagcattataagacttcgacttgaacaaaaccaacttactggaaatataaccgaagactttggtgtatatccagatttggt 16024607  T
Q  134 ctacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagt 192  Q
     |||||| | |||||| | || ||||||||||| || |||||  | ||||||| |||||    
T  16024608 ttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattgggaaaagt 16024666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 111 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 17826689 - 17826625
Alignment:
Q  111 tttggtgtgtatccaaacttgtactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttc 175  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| | || ||||| ||| |||||||||| || |||||    
T  17826689 tttggtgtgcatccaaatttgtactacatgcagttgagtgaaaatcatttttatggccacctttc 17826625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University