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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1243_low_11 (Length: 495)
Name: NF1243_low_11
Description: NF1243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1243_low_11 |
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| [»] chr1 (1 HSPs) |
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| [»] chr4 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 39211524 - 39211089
Alignment:
| Q |
63 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgtacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
162 |
Q |
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| T |
39211524 |
ataatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
39211425 |
T |
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| Q |
163 |
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262 |
Q |
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| T |
39211424 |
atatagctgatagcataaatttgtttcatttttttctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
39211325 |
T |
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| Q |
263 |
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360 |
Q |
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| T |
39211324 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataagggagaataatatattccaaat |
39211225 |
T |
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| Q |
361 |
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459 |
Q |
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| T |
39211224 |
ctcataattataagaattgatctcagatgcaggaactcaaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccaaa |
39211125 |
T |
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| Q |
460 |
gataatgataatatttcctcaatacccaacttggta |
495 |
Q |
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| T |
39211124 |
gataatgataatatttcctcaatacccaacttggta |
39211089 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 491
Target Start/End: Original strand, 27509416 - 27509843
Alignment:
| Q |
63 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgtacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
162 |
Q |
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| T |
27509416 |
ataatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtactagagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcaggggaaaaact |
27509515 |
T |
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| Q |
163 |
atatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattaacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
262 |
Q |
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| T |
27509516 |
atataactgatagtataaatttgtttcatttttttctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattgacacatgttcttaattgtaacagatgcag |
27509615 |
T |
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| Q |
263 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataaggg-agaataatattccaaatc |
361 |
Q |
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| T |
27509616 |
gatgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactatttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataagggaagaataatattccaaatc |
27509715 |
T |
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| Q |
362 |
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461 |
Q |
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| T |
27509716 |
tcataattatgagaatttaactcatatgcatgaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagaaagcatatcaaagac--tactcataccaaaga |
27509813 |
T |
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| Q |
462 |
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491 |
Q |
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| T |
27509814 |
taatgatagtatttccttaatacccaactt |
27509843 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 64 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 27271994 - 27271559
Alignment:
| Q |
64 |
taatactataaagcatagtcataagaaagtataatgtacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
163 |
Q |
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| T |
27271994 |
taatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtatttaagtctatttcactgtgtctaattgaatcttcacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
27271895 |
T |
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| Q |
164 |
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260 |
Q |
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| T |
27271894 |
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27271796 |
T |
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| Q |
261 |
agga--tgaaaattgatagcttatgaagtacataactgaagcactgtttttcttatatgcaaagaattgaaaaagttcataaggga-gaataatattcca |
357 |
Q |
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| T |
27271795 |
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27271696 |
T |
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| Q |
358 |
aatctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaac-aaatagatagcatatcaaagactatactcatacc |
456 |
Q |
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| T |
27271695 |
aatgtcataattatgagaattgaattcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaaatggataacatatcgaagactatacttatacc |
27271596 |
T |
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| Q |
457 |
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493 |
Q |
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| T |
27271595 |
aaagataatgataatttttccttaatgccgaacttgg |
27271559 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 64 - 495
Target Start/End: Original strand, 29706863 - 29707299
Alignment:
| Q |
64 |
taatactataaagcatagtcataagaaagtataatgtacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
163 |
Q |
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| T |
29706863 |
taatacaataaagcatagtcataagaaagtataatgtatttaagtctatttcactgtgtctaattgaatcttcacaacagatgttgcagtggaaaaacta |
29706962 |
T |
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| Q |
164 |
tatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnctacttaaattggatgtaacagctgcagggcaa--ttaaca-catgttcttaattgtaacagatgc |
260 |
Q |
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| T |
29706963 |
tatagctgatagtataaatatgttt-aattttttctacctaaattagatgtaacaactgcagtgaatgtttttcatcatcttcttaattgtaacagatgc |
29707061 |
T |
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| Q |
261 |
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357 |
Q |
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| T |
29707062 |
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29707161 |
T |
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| Q |
358 |
aatctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcataccg |
457 |
Q |
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| T |
29707162 |
aatctcataattatgagaattgaattcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagataacatatcgaagactatacttatacca |
29707261 |
T |
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| Q |
458 |
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495 |
Q |
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| T |
29707262 |
aagataatgataatttttccttaatacccaacttggta |
29707299 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 63 - 489
Target Start/End: Original strand, 42092950 - 42093380
Alignment:
| Q |
63 |
ataatactataaagcatagtcataagaaagtataatgtacttaagtcaatttcactatgtctaattgaatcttgacaacagatgttgcagtggaaaaact |
162 |
Q |
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| T |
42092950 |
ataatacagtaaagtatagtcataagaaggtataatatatttaagtctatttcactatgtttaattgaatcttgacaacatgtgctgcagtggaaaaact |
42093049 |
T |
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| Q |
163 |
atatagctgatatcataaatttgtttcannnnnnnc-tacttaaattggatgtaacagctgcagggcaattaacac--atgttcttaattgtaacagatg |
259 |
Q |
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| T |
42093050 |
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42093149 |
T |
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| Q |
260 |
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356 |
Q |
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| T |
42093150 |
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42093249 |
T |
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| Q |
357 |
aaatctcataattatgagaattgatctcagatgcaggaactcaaaattgatagcatatgaagtaacaaatagatagcatatcaaagactatactcatacc |
456 |
Q |
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| T |
42093250 |
aaatctcataattatgagaaatgaactcagatgcaggaactcaaaattgatagcataagaagtaacaaatagatagcatatcaaagac--tacttctacc |
42093347 |
T |
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| Q |
457 |
gaagataatgataatatttcctcaatacccaac |
489 |
Q |
| |
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| T |
42093348 |
aaagataatgataatttttccttaatacccaac |
42093380 |
T |
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