View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1243_low_30 (Length: 402)

Name: NF1243_low_30
Description: NF1243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1243_low_30
NF1243_low_30
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (29-390)||(2293596-2293957)
chr3 (32-383)||(17778860-17779217)
chr3 (32-383)||(19080161-19080518)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (32-377)||(12861196-12861541)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (32-382)||(9506058-9506408)
chr8 (32-387)||(290988-291343)
chr8 (32-397)||(267794-268159)
chr8 (32-397)||(647762-648127)
chr8 (32-397)||(833497-833862)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (36-377)||(19822588-19822929)
chr6 (36-377)||(19887678-19888019)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (29-271)||(18213884-18214126)
chr1 (32-396)||(165497-165861)
chr1 (32-268)||(140103-140339)
chr1 (304-353)||(140375-140424)
chr1 (324-396)||(18213765-18213837)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (32-377)||(18598707-18599052)
chr2 (32-271)||(19387598-19387837)
chr2 (32-388)||(29559999-29560355)
chr2 (32-81)||(18604498-18604547)
chr2 (128-175)||(18604404-18604451)
chr2 (311-396)||(19387473-19387558)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (44-96)||(56231285-56231337)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 2293957 - 2293596
Alignment:
Q  29 agtaatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcc 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2293957 agtaatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttataacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcc 2293858  T
Q  129 tgcagtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtga 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2293857 tgcagtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaactggatcattaaaaaattcagcggcatatggaacaccaagagagacagtga 2293758  T
Q  229 taacgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactagatcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatcct 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2293757 taacgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaattagatcaccactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatcct 2293658  T
Q  329 tgaagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacacccttca 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2293657 tgaagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagctcacacccttca 2293596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 32 - 383
Target Start/End: Original strand, 17778860 - 17779217
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||   ||||   |||||   ||| ||||||||||| || |||||     
T  17778860 aatgaattgacgatctatgctagttgcagcaacactaactaaccaaggtgctccactacaaacactacttgggatagggccaaagtttccggcagcctgt 17778959  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
      ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| || | || |  |     |||||||||||| ||||| |    
T  17778960 gttgtgagtattcctttctccatggcatgaaaagaaccaatggcaataggatcattcagaaaatcggaggcatgttcgggaccaagagagactgtgatga 17779059  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactag-atcactactgcatatacc---acctaa---gatgcatactttgtatacagcaa 324  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||| ||||   | |||    |  ||||| ||||||| ||||||    
T  17779060 cgtcaactccatcagaaattgcatcatcaaatgccgctaaaa-tagcatcaccactgcatctaccgttatctatatcgccgcatattttgtatgcagcaa 17779158  T
Q  325 tccttgaagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcaca 383  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||| |||||    
T  17779159 tccttgaagatggaactccacctcttgcagtgccttttgcaaaaccataaaagctcaca 17779217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 32 - 383
Target Start/End: Original strand, 19080161 - 19080518
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||   ||||   |||||   ||| ||||||||||| || |||||     
T  19080161 aatgaattgacgatctatgctagttgcagcaacactaactaaccaaggtgctccactacaaacactacttgggatagggccaaagtttccggcagcctgt 19080260  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
      ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| || | || |  |     |||||||||||| ||||| |    
T  19080261 gttgtgagtattcctttctccatggcatgaaaagaaccaatggcaataggatcattcagaaaatcggaggcatgttcgggaccaagagagactgtgatga 19080360  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactag-atcactactgcatatacc---acctaa---gatgcatactttgtatacagcaa 324  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||| ||||   | |||    |  ||||| ||||||| ||||||    
T  19080361 cgtcaactccatcagaaattgcatcatcaaatgccgctaaaa-tagcatcaccactgcatctaccgttatctatatcgccgcatattttgtatgcagcaa 19080459  T
Q  325 tccttgaagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcaca 383  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||| |||||    
T  19080460 tccttgaagatggaactccacctcttgcagtgccttttgcaaaaccataaaagctcaca 19080518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 32 - 377
Target Start/End: Original strand, 12861196 - 12861541
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||     |||  ||||||||||||||||||| || |||    
T  12861196 aatgaattgacgatctatagtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgccacactagaaacactatatggggcaggaccaaagtttcctgcagcttgc 12861295  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |  |||||||||  |     | |  | |||| ||| |  |||||||    
T  12861296 actgtgagtattcccttctccatggcatgaaatgaaccaatggcaagaggatcttggaaaaattcaaagacttgttgtgccccaatagatattgtgataa 12861395  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactagatcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttga 331  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||| ||||| |      ||||||||||||||||| | |||||||    
T  12861396 tatcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaatatcctcactactgcatctaccatcaccaccgcatactttgtatacagaagtccttga 12861495  T
Q  332 agatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaag 377  Q
    ||| |||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  12861496 agaaggaactcctcctcttgcagtgccttcagcaagaccataaaag 12861541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 32 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 9506408 - 9506058
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || | ||| | ||||   ||||||| |||||||  ||| ||||| ||||||    
T  9506408 aatgatttgacgatctatggtagttgcggcaatactaaataaccaaggcgctatactagaaacactacttggtttaggaccactgttccctgcagcctgc 9506309  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    |  || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||  | | |  |||    ||||  ||||  |||||||    
T  9506308 accgtgagtattcccttttccatggcatgaaaagaaccaatggcaataggatcttttagaaattctacagcaattgggttcccaattgagattgtgataa 9506209  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactagatcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttga 331  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||  | | ||||  ||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9506208 tgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaatatcatttccattgcaagtaccatctgtgttgcatactttgtatacagcaatccttga 9506109  T
Q  332 agatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcac 382  Q
    |||||| ||| |||||||||| || |||| |||||||||| ||||| ||||    
T  9506108 agatgggactccacctcttgcggtgccttttgcaagaccataaaagctcac 9506058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 32 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 291343 - 290988
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||   ||||||| ||||||   ||||||||| ||||||    
T  291343 aatgaattgacgatctacggtagttgcagcaatactaaataaccaaggtgctacactagaaacactacttggtttaggaccgctgtttcctgcagcctgc 291244  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    |  || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||  | | |  | |    ||||  ||||  |||||||    
T  291243 accgtgagtattcccttttccatggcatgaaaagaaccaatggcaataggatcttttagaaattctacagcaatttggcttccaattgagattgtgataa 291144  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactagatcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttga 331  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |  |  |||||  ||||| ||  |  |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  291143 tgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaatatcctttccgctgcagttaccatctttgtcgcatactttgtatacaacaatctttga 291044  T
Q  332 agatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacaccct 387  Q
    ||| |||||| |||||||||| || |||| ||||||| || ||||| |||| ||||    
T  291043 agacggaactccacctcttgcggtgccttttgcaagatcataaaagctcactccct 290988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 268159 - 267794
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||| | ||||  ||||| |  ||||||   |||||||| ||||||    
T  268159 aatgaattgacgatctatggtagtggcagcaacactaaatacccaaggtgctatacttttcacagtacttggatttggaccatcatttcctgcagcctgc 268060  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||  | ||| |||   |    |||   ||| | |||||||||||| |    
T  268059 actgtcagtattccattctccatggcatgaaaagaaccaatggcaaaagcatcatccacaaactcataagcttgtggtttacccatagagacagtgatga 267960  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactag-atcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttg 330  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||  |  ||| |||||      | ||||   ||||||| ||||||| ||||    
T  267959 catcaactccatcagcaatggcatcatcgaatgcagataaaa-tagcatcatcagagcacatacctagattgttgcaggttttgtatgcagcaattcttg 267861  T
Q  331 aagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacacccttcatctcact 397  Q
    |||||||  || ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||    
T  267860 aagatggtgctccacctcttgcagtgccttttgcaagaccataaaagcttacacccttcacctcact 267794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 397
Target Start/End: Original strand, 647762 - 648127
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||| | ||||  ||||| |  ||||||   |||||||| ||||||    
T  647762 aatgaattgacgatctatggtagtggcagcaacactaaatacccaaggtgctatacttttcacagtacttggatttggaccatcatttcctgcagcctgc 647861  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||  | ||| |||   |    |||   ||| | |||||||||||| |    
T  647862 actgtcagtattccattctccatggcatgaaaagaaccaatggcaaaagcatcatccacaaactcataagcttgtggtttacccatagagacagtgatga 647961  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactag-atcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttg 330  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||  |  ||| |||||      | ||||   ||||||| ||||||| ||||    
T  647962 catcaactccatcagcaatggcatcatcgaatgcagataaaa-tagcatcatcagagcacatacctagattgttgcaggttttgtatgcagcaattcttg 648060  T
Q  331 aagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacacccttcatctcact 397  Q
    |||||||  || ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||    
T  648061 aagatggtgctccacctcttgcagtgccttttgcaagaccataaaagcttacacccttcacctcact 648127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 397
Target Start/End: Original strand, 833497 - 833862
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||| | ||||  ||||| |  ||||||   |||||||| ||||||    
T  833497 aatgaattgacgatctatggtagtggcagcaacactaaatacccaaggtgctatacttttcacagtacttggatttggaccatcatttcctgcagcctgc 833596  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||  | ||| |||   |    |||   ||| | |||||||||||| |    
T  833597 actgtcagtattccattctccatggcatgaaaagaaccaatggcaaaagcatcatccacaaactcataagcttgtggtttacccatagagacagtgatga 833696  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactag-atcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttg 330  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||  |  ||| |||||      | ||||   ||||||| ||||||| ||||    
T  833697 catcaactccatcagcaatggcatcatcgaatgcagataaaa-tagcatcatcagagcacatacctagattgttgcaggttttgtatgcagcaattcttg 833795  T
Q  331 aagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacacccttcatctcact 397  Q
    |||||||  || ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||    
T  833796 aagatggtgctccacctcttgcagtgccttttgcaagaccataaaagcttacacccttcacctcact 833862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 36 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 19822929 - 19822588
Alignment:
Q  36 aatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgcagtg 135  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   || ||  |||||   ||  |||  ||||||||| |  ||   ||    
T  19822929 aattgacgatctatggtagttgcagcaacactaactaaccaaggtgctacactgcgaatagtacttggggtagagccatcgtttcctgcagagtgtgttg 19822830  T
Q  136 ttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataacgtc 235  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |  | ||| || | ||   ||     ||||| |||| ||||||| | |||    
T  19822829 tgagtatacccttctccatggcatgaaaagaaccaatggcaatagtatcttgtagaaaatcgggggtgtatatgggaccaacagaggcagtgatgatgtc 19822730  T
Q  236 aactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactaga-tcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttgaaga 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  ||||||| ||  || | | || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19822729 aactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaata-tagagtcagaactgcatttaagacttgatatacatactttgtatacagcaattcttgaaga 19822631  T
Q  335 tggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaag 377  Q
    ||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  19822630 tgggactccacctcttgcagtgccttttgcaagaccataaaag 19822588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 36 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 19888019 - 19887678
Alignment:
Q  36 aatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgcagtg 135  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||||   |||||    || |||  ||||||| | |  |||  ||    
T  19888019 aattgacgatctatggtagttgcagcaacactaactaaccaaggtgctccacttaaaacactacttggggtcgggccatcgtttcctacagagtgcgttg 19887920  T
Q  136 ttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataacgtc 235  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| |  | ||| || | ||  | |||   ||||  ||||| |||||| | |||    
T  19887919 tgagtatacctttctccatggcatgaaaagaaccaatggcaataacatcttgtagaaaatcgggggcgcgtgggggaccagcagagatagtgatgatgtc 19887820  T
Q  236 aactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactaga-tcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttgaaga 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  | ||||  || |||   | || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19887819 aactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaata-tagagtcagaaatgcacttaacactcgatatacatactttgtatacagcaattcttgaaga 19887721  T
Q  335 tggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaag 377  Q
    ||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||    
T  19887720 tgggactccacctcttgcagtgccttttgcaagaccataaaag 19887678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 29 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 18214126 - 18213884
Alignment:
Q  29 agtaatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcc 128  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | |||||  |||||   ||| |||   |||||||| ||     
T  18214126 agtaatgaattgtcgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgctttactagaaacagtacttggaatagggccaccatttcctgcagct 18214027  T
Q  129 tgcagtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtga 228  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| |||||||||  || |   || | ||| |  |||| ||| |    
T  18214026 tgcactgtgagtattcccttctccatggcatgaaaagaaccaattgcaatagtatcattcaaaaattcaatggaattagggaaacccattgagatagtaa 18213927  T
Q  229 taacgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaa 271  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18213926 tgacatcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgctgctaa 18213884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 396
Target Start/End: Original strand, 165497 - 165861
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||   ||||   ||| |   ||| ||| | |||||||| ||||||    
T  165497 aatgaattgtcgatctatggtagttccagcaacactaaataaccaaggtgatacactacaaacactacttcgggtagggccagaatttcctgcagcctgc 165596  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||| ||||| ||||| |||      |  ||  ||| || ||||| ||| || |    
T  165597 actgtgagtattcccttctccatggcatgaaaagaaccgatagcaatagggtcattcaaaaaatcataaaatctaggggcacaaatagagatagtaatga 165696  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactagatcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |    | ||  ||| |||| |||   |    |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  165697 catcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgctgccaatataccaacaggactacataaacctgattttgtgcaaactttgtatgcagcaatccttga 165796  T
Q  332 agatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacacccttcatctcac 396  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||  |||| ||||| | ||||| |||| |||||    
T  165797 agatggaactccacctcttgcaattccttttgcataaccataaaagcttacacctttcacctcac 165861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 268
Target Start/End: Original strand, 140103 - 140339
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||   |||||  ||||||  ||| ||| | |||||| |  |||||    
T  140103 aatgaattgtcgatctatggtagttccagcaacactaaataaccaaggtgatacactacaaacagtacttggtctagggccagaatttcctacaccctgc 140202  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||| | ||||| |||     |   || |||| || ||||| ||| || |    
T  140203 actgtgagtattcctttctccatggcatgaaaagaaccaatagcaatagggtcaatcaaaaaatcataaaaagtagggacacaaatagagatagtaatga 140302  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagc 268  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  140303 catcaactccatcatcaatggcatcatcaaatgcagc 140339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 304 - 353
Target Start/End: Original strand, 140375 - 140424
Alignment:
Q  304 tgcatactttgtatacagcaatccttgaagatggaactgcacctcttgca 353  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  140375 tgcaaactttgtatgcagcaatccttgaagatggaactccacctcttgca 140424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 324 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 18213837 - 18213765
Alignment:
Q  324 atccttgaagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacacccttcatctcac 396  Q
    ||||||||||||||| || |||||| |||| | |||| ||||| |||| ||||| ||||||| |||| |||||    
T  18213837 atccttgaagatggagctccacctcgtgcaatgccttttgcaataccataaaagctcacacctttcacctcac 18213765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 18599052 - 18598707
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||   ||||   ||||    ||| |||   |||||||| | ||||    
T  18599052 aatgaattttcgatctatggtagttgcggcaacagtaaataaccaaggtgatacactacaaacactacttgagatagggccagcatttcctgcagactgc 18598953  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | || |||| | ||||| |||  || |   ||  || ||||||||| |||||| |    
T  18598952 actgtgagtattcccttctccatggcatgaaaagaaccgatggcgatagaatcactcaaaaaatcaatggcattaggggcatcaagagagatagtgatga 18598853  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactagatcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttga 331  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||| || |||||  ||||   |   |||| | ||||||| || ||||||||||    
T  18598852 cgtcaactccatcggcaatggcatcatcaaatgcagctaatacaacatcattagtgcatgcaccaaaaacattgcaaattttgtatgcatcaatccttga 18598753  T
Q  332 agatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaag 377  Q
    |||||| | | ||||||||||| |||| | ||| |||||| |||||    
T  18598752 agatgggattccacctcttgcaattccatttgcgagaccataaaag 18598707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 19387837 - 19387598
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||   ||||   |||||  |||| |||   |||||  | |  |||    
T  19387837 aatgaattttcgatctgtggtagttgcggcaacactaaataaccaaggtgatacactacaaacactacttgggacagggccagtatttccaacagaatgc 19387738  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggac-atggaacaccaagagagacagtgata 230  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |  | || |||  | ||||| |||  || |  ||||  |||||||||||| ||||||     
T  19387737 actgtgagtattccattctccatggcatgaaaagaaccaattgatatagaatcgctcaaaaaatcaatggcattatggg-caccaagagagatagtgatg 19387639  T
Q  231 acgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaa 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19387638 acgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaa 19387598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 29560355 - 29559999
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacagagcttggttcaggaccaaagtttcctgctgcctgc 131  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| |||||  ||| ||||||||||||  ||||   ||||   |||||   ||| ||||||||||| || | |||     
T  29560355 aatgaattgacgatctatgctagttgctgcaaccgtaactaaccaaggtgctccactacaaacactacttggggtagggccaaagtttccggcagactgt 29560256  T
Q  132 agtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggcaacaggatcattaaaaaattcagcgggacatggaacaccaagagagacagtgataa 231  Q
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| || ||||| ||  ||| | |     ||| || ||||| |||||| |    
T  29560255 gttgtgagtattcccttctccatggcatgaaaagagccaatgacaataggatctttcaaaaaatctacggcataaccgtcacaaatagagatagtgatga 29560156  T
Q  232 cgtcaactccatcagcaatggcatcatcaaatgcagctaaaactagatcactactgcatataccacctaagatgcatactttgtatacagcaatccttga 331  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| ||||||| |||       |   || | |||||||  ||||||||||||    
T  29560155 tgtcaactccatcagcaattgcatcatcaaatgctgctaaaataacatcaccactgcatgtactgttgccgcgacaaattttgtatgtagcaatccttga 29560056  T
Q  332 agatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacaccctt 388  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  29560055 agatgggactccacctcttgcagtgcctttagcaagaccataaaagctcacatcctt 29559999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 18604547 - 18604498
Alignment:
Q  32 aatgaatttacgatctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtg 81  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  18604547 aatgaattttcgatctatggtagttgcggcaacagtaaataaccaaggtg 18604498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 18604451 - 18604404
Alignment:
Q  128 ctgcagtgttagtattcccttctccatggcatgaaaagcaccaatggc 175  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18604451 ctgcactgtgagtattcccttctccatggcatgaaaagaaccaatggc 18604404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 19387558 - 19387473
Alignment:
Q  311 tttgtatacagcaatccttgaagatggaactgcacctcttgcagttccttctgcaagaccaaaaaagttcacacccttcatctcac 396  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| | | ||||||||||| |||| |  ||||||||| ||||| ||||| | |||| |||||    
T  19387558 tttgtatgcagtaatccttgaagatgggattccacctcttgcaattccattcgcaagaccataaaagctcacatcattcacctcac 19387473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 56231337 - 56231285
Alignment:
Q  44 atctatggtagttgcagcaacactaaataaccaaggtgcaacacttgtaacag 96  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  56231337 atctatggtacttgcagcaacagttaatatccaaggtgcaacatttgaaacag 56231285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University