View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12441_high_8 (Length: 384)

Name: NF12441_high_8
Description: NF12441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12441_high_8
NF12441_high_8
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (14-359)||(31189202-31189547)
chr6 (14-370)||(31171446-31171802)
chr6 (14-360)||(31145143-31145489)
chr6 (14-359)||(31201009-31201354)
chr6 (23-360)||(31224611-31224948)
chr6 (14-349)||(30992579-30992914)
chr6 (14-360)||(30961097-30961443)
chr6 (23-347)||(31214342-31214663)
chr6 (14-347)||(31229882-31230215)
chr6 (243-347)||(30945318-30945422)
chr6 (243-347)||(30955578-30955682)
chr6 (26-125)||(30955364-30955463)
chr6 (26-106)||(30945104-30945184)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (278-342)||(44036041-44036105)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 14 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 31189547 - 31189202
Alignment:
Q  14 agaggggctatgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttgg 113  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||  | |||||||||||||||| |||||||| || |||    
T  31189547 agagggacaatgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctgg 31189448  T
Q  114 aaatggttggagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacactta 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| | | |||| ||||||| |||| |    
T  31189447 aaatggttggtgggaggaaaaacattattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaa 31189348  T
Q  214 tatgagacctgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgataga 313  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31189347 tctgagacctgatggggttatggatacagaagaagacgagattgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacatttccaagtgataga 31189248  T
Q  314 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagttaatatgaatt 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31189247 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagttaacatgaatt 31189202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 14 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 31171802 - 31171446
Alignment:
Q  14 agaggggctatgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttgg 113  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||  | |||||||||||||||| |||||||| || | |    
T  31171802 agagggacaatgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctag 31171703  T
Q  114 aaatggttggagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacactta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| | | |||| ||||||| |||| |    
T  31171702 aaatggttggagggaggaaaaacatcattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaa 31171603  T
Q  214 tatgagacctgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgataga 313  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31171602 tctgagacctgatggggttatggatacagaagaagatgagattgcaaggagaatgactattgtgggtttatggtgcattcaaacatttccaagtgataga 31171503  T
Q  314 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagttaatatgaattccctgaaaatg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||    
T  31171502 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagttacaatgaattcactggaaatg 31171446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 14 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 31145489 - 31145143
Alignment:
Q  14 agaggggctatgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttgg 113  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||  | |||||||||||||||| |||||||| || | |    
T  31145489 agagggacaatgggatatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaaatctgatgtttatagttatggaatgatgttgctag 31145390  T
Q  114 aaatggttggagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacactta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| | | |||| ||||||| |||| |    
T  31145389 aaatggttggagggaggaaaaacatcattgctgatgcaagtcacactagtgagatatactttccacattgggtatacaataggctagagcttggcactaa 31145290  T
Q  214 tatgagacctgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgataga 313  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31145289 tctgagacctgatggggttatggatacagaagaagatgagattgcaaggagaatgactattgtgggtttatggtgcattcaaacatttccaagtgataga 31145190  T
Q  314 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagttaatatgaattc 360  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31145189 cctacaatgagtaaagttattgaaatgttagaagttaacatgaattc 31145143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 31201354 - 31201009
Alignment:
Q  14 agaggggctatgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttgg 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||| || |||    
T  31201354 agagggactatgggatatgtagctccagaaatgtggaatagacattttggaggagtttcatacaagtccgatgtttatagttatggaatgatgttgctgg 31201255  T
Q  114 aaatggttggagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacactta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||  | |||| ||| | | ||||||||||||  | | |    
T  31201254 aaatggttggagggaggaaaaacattaatgctgatgcaagtctcacaagtgagatatactttcctcactgggtatacaataggcttgagcttggtagtaa 31201155  T
Q  214 tatgagacctgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgataga 313  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31201154 tttgagacctgatggagttatggatacagaagaagacaagattgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacatttccaagtgataga 31201055  T
Q  314 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagttaatatgaatt 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31201054 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagttaacatgaatt 31201009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 360
Target Start/End: Original strand, 31224611 - 31224948
Alignment:
Q  23 atgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttggaaatggttg 122  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||    
T  31224611 atggggtatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatattgctggaaatggttg 31224710  T
Q  123 gagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacacttatatgagacc 222  Q
    |||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| ||| |   ||||||||||||  | | || | |||||    
T  31224711 gagggaggaaaaacattaatgctgatgcaagtcgcacaagtgagatatattttcctcattgggtatacaaaaggcttgagcttgctagtgattttagacc 31224810  T
Q  223 tgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgatagacctacaatg 322  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||  |||| | |||||| |||||||||    
T  31224811 tgatggaataatggatacagaagaagataagattgcaaggagaatgaccattgtaggtttgtggtgtattcaaacgtttcctaatgataggcctacaatg 31224910  T
Q  323 agtaaagtgattgaaatgttagaagttaatatgaattc 360  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  31224911 agtaaagtgattgaaatgttagatgttagcatgaattc 31224948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 349
Target Start/End: Original strand, 30992579 - 30992914
Alignment:
Q  14 agaggggctatgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttgg 113  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||| |||| |    
T  30992579 agagggacaatggggtatgtagctccagaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttag 30992678  T
Q  114 aaatggttggagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacactta 213  Q
    ||||||| || ||  ||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| | | ||||||| ||||  | |||    
T  30992679 aaatggtgggtggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagtta 30992778  T
Q  214 tatgagacctgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgataga 313  Q
    | ||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||||||| |||| | ||  |||    
T  30992779 tttgagacctgatggggtaatggatacggaagaagatgagattgcaaagaggatgaccattgtgagtttgtggtgtattcaaacatttcctaatggcaga 30992878  T
Q  314 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagtt 349  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  30992879 cctacaatgagtaaagtagttgaaatgttagaagtt 30992914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 360
Target Start/End: Original strand, 30961097 - 30961443
Alignment:
Q  14 agaggggctatgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttgg 113  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||| |||| |    
T  30961097 agagggacaatggggtatgtagctcctgaagtgtggaatagacattttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgttgttag 30961196  T
Q  114 aaatggttggagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacactta 213  Q
    ||||||| || ||  ||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| | | ||||||| ||||  | | |    
T  30961197 aaatggtgggtggacggaaaaatattaatgcggatgcaagtcacacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaataggcttgaacttggtagtga 30961296  T
Q  214 tatgagacctgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgataga 313  Q
    | ||||||||||||| || |  |||||| ||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||| | ||  ||     
T  30961297 tttgagacctgatggggtaactgatacagaagaaaatgagattgcaaagagaatgaccattgtgggtttgtggtgtattcaaacatttcctaatggcagg 30961396  T
Q  314 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaagttaatatgaattc 360  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30961397 cctacaatgagtaaagtagttgaaatgttagaagttaacatgaattc 30961443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 347
Target Start/End: Original strand, 31214342 - 31214663
Alignment:
Q  23 atgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttggaaatggttg 122  Q
    |||||||||||||||||  |  ||||||||||| | || ||| | ||||| |||| || |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  | |    
T  31214342 atgggatatgtagctcctgagttgtggaatagaaactttggaggcgtttcgtacaagtctgatgtttatagttacggaatgatgttgttggaaataatcg 31214441  T
Q  123 gagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacacttatatgagacc 222  Q
    |||| ||||||||||||| ||    ||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| ||| |   || |||| || |||||| || ||||||     
T  31214442 gaggaaggaaaaacattagtgccaatgcaagtcatacaagtgagaaatactttcctgattgggtatacaaaaggtttgatctagacactgatttgagaca 31214541  T
Q  223 tgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgatagacctacaatg 322  Q
     |||| ||| || |  |||   || ||||| ||||||| ||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  31214542 cgatgaagtgattgccaca---gatgatgacatcgcaaagagaatgaccatagtaggattatggtgcattcaaacacttccaaatgatagacctgcaatg 31214638  T
Q  323 agtaaagtgattgaaatgttagaag 347  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||    
T  31214639 agtagagttattgaaatgttagaag 31214663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 347
Target Start/End: Original strand, 31229882 - 31230215
Alignment:
Q  14 agaggggctatgggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttgg 113  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||  |  | ||||||| | |||| |||||||||||  ||| || ||| |||||||||||| |||||||| || | |    
T  31229882 agagggacaatggggtatgtagctcctgagttatggaatataaattttggatgagtttcgcacaagtctgacgtttatagttatggaatgatgttgctag 31229981  T
Q  114 aaatggttggagggaggaaaaacattattgttgttgcaagtcacacaagtgagatatactttccaaattgggcatatagttggcttgagcttgacactta 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  |  | ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||| |     ||||| ||   || | |    
T  31229982 aaatggttggtgggaggaaaaacattaacgccgatgcaagtcaaacaagtgagatatactttcctcattgggtatacaagaatcttgatctacgcaatga 31230081  T
Q  214 tatgagacctgatggagttatggatacataagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgataga 313  Q
    | ||||||| || | ||| || |   |  |||||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  31230082 tttgagaccggacgaagtgattgtctcggaagaagatgaaattgcaaggagattgaccattgtaggtttatggtgcattcaaacatttccaaatgataga 31230181  T
Q  314 cctacaatgagtaaagtgattgaaatgttagaag 347  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31230182 ccaacaatgagtagagtgattgaaatgttagaag 31230215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 347
Target Start/End: Original strand, 30945318 - 30945422
Alignment:
Q  243 aagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgatagacctacaatgagtaaagtgattgaaatgtt 342  Q
    ||||| ||||||| ||||   ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  30945318 aagaaaatgagattgcaaaaggaatgactattgttggtttatggtgcattcaaacattgccaaatgatcgaccaacaatgagtagagtgattgaaatgtt 30945417  T
Q  343 agaag 347  Q
     ||||    
T  30945418 ggaag 30945422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 347
Target Start/End: Original strand, 30955578 - 30955682
Alignment:
Q  243 aagaagatgagatcgcaaggagaatgacaattgtgggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgatagacctacaatgagtaaagtgattgaaatgtt 342  Q
    ||||| ||||||| ||||   ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  30955578 aagaaaatgagattgcaaaaggaatgaccattgttggtttatggtgcattcaaacattgccaaatgatcgaccaacaatgagtagagtgattgaaatgtt 30955677  T
Q  343 agaag 347  Q
     ||||    
T  30955678 ggaag 30955682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 125
Target Start/End: Original strand, 30955364 - 30955463
Alignment:
Q  26 ggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatgatgttggaaatggttggag 125  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||| | || || ||||||||||    
T  30955364 ggatatgtagctccagaagtatggaatagacaatttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatgcttttagagatggttggag 30955463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 106
Target Start/End: Original strand, 30945104 - 30945184
Alignment:
Q  26 ggatatgtagctccaaaagtgtggaatagacatttcggatgagtttcatacaggtttgatgtttatagttatcgaatgatg 106  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  30945104 ggatatgtagctccagaagtatggaatagacaatttggaggagtttcacacaagtctgatgtttatagttatggaatgatg 30945184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 278 - 342
Target Start/End: Original strand, 44036041 - 44036105
Alignment:
Q  278 ggtttatggtgcattcaaacacttccaagtgatagacctacaatgagtaaagtgattgaaatgtt 342  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  44036041 ggtttgtggtgcattcaaacaattcctactcatagacctacaataagtaaagtgattgatatgtt 44036105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University