View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12447_low_1 (Length: 402)

Name: NF12447_low_1
Description: NF12447
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12447_low_1
NF12447_low_1
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (15-384)||(17716230-17716599)
chr3 (15-384)||(19017459-19017828)
chr3 (47-351)||(37145597-37145901)
chr3 (31-359)||(53606200-53606528)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (15-384)||(8684618-8684987)
chr6 (190-384)||(8639256-8639450)
chr6 (31-383)||(1297360-1297712)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (26-379)||(16781446-16781797)
chr5 (73-351)||(42689698-42689976)
chr5 (209-351)||(23946878-23947020)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (224-384)||(42604092-42604252)
chr7 (31-359)||(46831346-46831674)
chr7 (127-350)||(48953557-48953781)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (137-370)||(44567139-44567371)
chr4 (112-375)||(30961051-30961315)
chr4 (15-379)||(11240088-11240452)
chr4 (91-351)||(33805960-33806220)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (31-379)||(721464-721812)
chr1 (32-351)||(38880689-38881007)
chr1 (209-242)||(40053689-40053722)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (91-351)||(45210730-45210990)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 17716599 - 17716230
Alignment:
Q  15 ggacatcctgctggcagagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctcctt 114  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17716599 ggacatactgctggcagagctaacagctatctaccaagggctgaatatggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctactcggattctctcctt 17716500  T
Q  115 gctgttaagctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttc 214  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17716499 gctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctatgccgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttc 17716400  T
Q  215 atcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctga 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  17716399 atcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtccaccaatcgcccccagctga 17716300  T
Q  315 cctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgtttctctt 384  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  17716299 cctccttcctatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctatttgtttttctt 17716230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 19017828 - 19017459
Alignment:
Q  15 ggacatcctgctggcagagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctcctt 114  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19017828 ggacatactgctggcagagctaacagctatctaccaagggctgaatatggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctactcggattctctcctt 19017729  T
Q  115 gctgttaagctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttc 214  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19017728 gctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctatgccgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttc 19017629  T
Q  215 atcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctga 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  19017628 atcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtccaccaatcgcccccagctga 19017529  T
Q  315 cctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgtttctctt 384  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19017528 cctccttcctatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctatttgtttttctt 19017459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 47 - 351
Target Start/End: Original strand, 37145597 - 37145901
Alignment:
Q  47 accaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatcatgaatgatacaccgag 146  Q
    ||||||| ||| || ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || |||||    
T  37145597 accaaggtctgcatatggttattgacttgaatatgaatgacgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgag 37145696  T
Q  147 attccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgct-agtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgc 245  Q
    ||  |||| |||||| || || ||||| ||||| || |||||||| ||| | ||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  37145697 atatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagt-gttcgaaatatcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgc 37145795  T
Q  246 agattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgcttaaagctgatgcgata 345  Q
     ||||  ||||| || |||||||| | |||||| | |||  || | |||||||||| | | |||||||||||||| ||| |||||| || |||||| |||    
T  37145796 ggatttctttgccaagttgggtgctaattcagaagttcatcttgtcgtccaccaattgccgccagctgacctcctccctctgcttagagatgatgctata 37145895  T
Q  346 ggcact 351  Q
    ||||||    
T  37145896 ggcact 37145901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 31 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 53606528 - 53606200
Alignment:
Q  31 gagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatca 130  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||  ||| || ||| |||||  |||||||  | ||||||||| ||||||| || || |||||||| || ||      
T  53606528 gagctaacagctattcaccaaggactgaaattggttacggatttgaatgtgaatgagataatgtgctactcggattcccttctagctgttaatcttattg 53606429  T
Q  131 tgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagaga 230  Q
     |||||| || || |||| |||||||||||| | |||||| || || || |||||  |||||   ||  ||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  53606428 cgaatgacactcctagataccacatctacgccgctcttatccagaatatcaaagacctgctaaatgacaggaacatttccctccaccacactttaagaga 53606329  T
Q  231 gggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgctt 330  Q
    ||| ||||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||||||||||    || | ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||  |||||    
T  53606328 ggggaatcaatgtgcggacttctttgctaaatttggtgctaattcagatgctgctcttgtcgtccatcaatcgcctccagctgatctcctccccttgctt 53606229  T
Q  331 aaagctgatgcgataggcacttattttgt 359  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||||    
T  53606228 agagctgatgcgctaggcatttattttgt 53606200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 15 - 384
Target Start/End: Original strand, 8684618 - 8684987
Alignment:
Q  15 ggacatcctgctggcagagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctcctt 114  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  8684618 ggacatactgctggcagagctaacagctatctaccaagggctgaatatggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctactcagattctctcctt 8684717  T
Q  115 gctgttaagctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttc 214  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  8684718 gctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaatttctctcttc 8684817  T
Q  215 atcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctga 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  8684818 atcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcaatttattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtccaccaatcgcccccaactga 8684917  T
Q  315 cctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgtttctctt 384  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  8684918 cctccttcctatgcttagagctgatgcgatgggcacttattttgttagaagctagttgtttgtttttctt 8684987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 190 - 384
Target Start/End: Original strand, 8639256 - 8639450
Alignment:
Q  190 ctagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagttta 289  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  8639256 ctagttgatcggaacatctctcttcatcacgcttcaagagaggggaatcaatgtgcagattactttgctaaattgggtgctagttcagatgctcatttta 8639355  T
Q  290 ttgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgtttctctt 384  Q
    | |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8639356 tcgtccaccaatcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgcgataggcacttactttgttagaagctagctgtttgtttttctt 8639450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 1297712 - 1297360
Alignment:
Q  31 gagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatca 130  Q
    ||||||||||||||  |||||||  ||||  ||| |||||| |||||  |||||||  | ||||||||| ||||||| || || |||||||| || ||      
T  1297712 gagctaacagctattcaccaaggaatgaaattggttatggatttgaatgtgaatgagataatgtgctactcggattcccttctagctgttaatcttattg 1297613  T
Q  131 tgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagaga 230  Q
     |||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||  | || ||  ||||  |||||   ||||||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  1297612 cgaatgacactcctagataccacatctacgccgttcttatcgagaatatcgaagacctgctaaatgatcggaacatttccctccaccacactttaagaga 1297513  T
Q  231 gggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgctt 330  Q
     || ||||||||||| || |  | ||||||||| ||||| | |||||||| | |  || | ||||| || ||| | |||||||| ||||| || ||||||    
T  1297512 agggaatcaatgtgcggacttctctgctaaatttggtgctaattcagatgttgatcttgtcgtccatcattcgcctccagctgatctcctccccatgctt 1297413  T
Q  331 aaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgtttctct 383  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1297412 agagctgatgcgctaggcatttattttgttaggagctagctgtttgtttctct 1297360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 26 - 379
Target Start/End: Original strand, 16781446 - 16781797
Alignment:
Q  26 tggcagagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctccttgctgttaagct 125  Q
    |||| ||||||||| ||||  |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||    
T  16781446 tggccgagctaacaactattcaccaagggctgaatatggttattgacttgaacatgaatgatcttatgtgctactcagattccctccttgctgttaatct 16781545  T
Q  126 catcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttcatcacacctta 225  Q
     |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16781546 tatcatgaatgatat-ccgagattccacatctacgccgttctcattcgaat-attaaagacttgctagttgatcggaacatctctcttcatcacacctta 16781643  T
Q  226 agagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttccta 325  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||| | || ||| ||||| ||| |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  16781644 agagaggggaatcaatgtgtggattactttgctaaattggatgctaatttagacgctcattttgtcctccaccaatcgcctccagctgacctccttcctc 16781743  T
Q  326 tgcttaaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgttt 379  Q
    |||||| |  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  16781744 tgcttagaattgatgcgataggcacttactttgttataagctagttgtttgttt 16781797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 73 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 42689976 - 42689698
Alignment:
Q  73 ttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattc 172  Q
    ||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || |||||||  |||| |||||| || || ||||    
T  42689976 ttgaatatgaatgacgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattc 42689877  T
Q  173 aaaacattaaagatttgct-agtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgcca 271  Q
    | ||||| || |||||||| ||| | ||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||  ||||| || |||||||| |    
T  42689876 agaacataaaggatttgcttagt-gttcgaaatatctctctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgcta 42689778  T
Q  272 cttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcact 351  Q
     |||||||| |||  || | |||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42689777 attcagatgttcatcttgtcgtccaccaatcgccgccagctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcact 42689698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 209 - 351
Target Start/End: Original strand, 23946878 - 23947020
Alignment:
Q  209 ctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtcccc 308  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||  ||||| || |||||||| | |||||||| |||  || | |||||||||||  | ||    
T  23946878 ctctccatcacactttaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtccaccaatcaccacc 23946977  T
Q  309 agctgacctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcact 351  Q
    |||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  23946978 agctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcact 23947020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 224 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 42604252 - 42604092
Alignment:
Q  224 taagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcc 323  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42604252 taagagagggaaatcaatgtgcggattactttgctaaattgggtgctatttcagatgctcagtttgttgtccaccaatcgcccccagctgacctccttcc 42604153  T
Q  324 tatgcttaaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgtttctctt 384  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42604152 tatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgtttttctt 42604092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 31 - 359
Target Start/End: Original strand, 46831346 - 46831674
Alignment:
Q  31 gagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatca 130  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||  ||| || ||| |||||  |||||||  | ||||||||| ||||||| || || |||||||| || ||      
T  46831346 gagctaacagctattcaccaaggactgaaattggttacggatttgaatgtgaatgagataatgtgctactcggattcccttctagctgttaatcttattg 46831445  T
Q  131 tgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagaga 230  Q
     |||||| || || |||| |||||||||||| | |||||| || || || |||||  |||||   ||  ||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  46831446 cgaatgacactcctagataccacatctacgccgctcttatccagaatatcaaagacctgctaaatgacaggaacatttccctccaccacactttaagaga 46831545  T
Q  231 gggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgctt 330  Q
    ||| ||||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||||||||||    || | ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||  |||||    
T  46831546 ggggaatcaatgtgcggacttctttgctaaatttggtgctaattcagatgctgctcttgtcgtccatcaatcgcctccagctgatctcctccccttgctt 46831645  T
Q  331 aaagctgatgcgataggcacttattttgt 359  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||||    
T  46831646 agagctgatgcgctaggcatttattttgt 46831674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 127 - 350
Target Start/End: Original strand, 48953557 - 48953781
Alignment:
Q  127 atcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaa 226  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| || || || || ||||||||||   | |||||||||||||||||||||||  |||    
T  48953557 atcatgaatgataccccgagatatcacatctacgcagttcttatccacaatatcaaggatttgctagctaaccggaacatctctcttcatcacactctaa 48953656  T
Q  227 gagagggaaatcaatgtgcaga-ttattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttccta 325  Q
    ||||||| |||||| ||||| | || |||||||||||| |  || | |||||||||| |  || | ||||| |||||| |  || |||| ||||||||      
T  48953657 gagaggggaatcaacgtgcaaactttttttgctaaattcgaagctatttcagatgctgatcttgtcgtccatcaatcgcctacaactgatctccttcccc 48953756  T
Q  326 tgcttaaagctgatgcgataggcac 350  Q
    |||||| |||||||||  |||||||    
T  48953757 tgcttagagctgatgctctaggcac 48953781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 137 - 370
Target Start/End: Original strand, 44567139 - 44567371
Alignment:
Q  137 atacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagagggaaa 236  Q
    |||| |||||||||||||||||    ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44567139 ataccccgagattccacatctatatcgttctcattcagaatattaaagacttgctagttgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggggaa 44567238  T
Q  237 tcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgcttaaagct 336  Q
    | |||||| |||||| ||| ||||||| ||||| | |||| |||||||  |||| |||||||||||||| || |||| |||||||||| | |||| ||||    
T  44567239 tgaatgtggagattactttactaaattaggtgctaattcatatgctcatcttatcgtccaccaatcgtctccggctgtcctccttcctcttcttagagct 44567338  T
Q  337 gatgcgataggcacttattttgttagaagctagc 370  Q
    | |||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  44567339 g-tgcgatagacactttctttgttagaagctagc 44567371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 112 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 30961315 - 30961051
Alignment:
Q  112 cttgctgttaagctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctc 211  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| || || || || || || || || |||||| | | ||||||||||||||    
T  30961315 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgttcggaacatctctc 30961216  T
Q  212 ttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtcca-ccaatcgtccccag 310  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| | || || ||| ||| | ||||    
T  30961215 ttcatcacaccttaagagaggggaaccaatgtgtggatttctttgctaaattgggtgctaattcagatgctcattttgtagtgcacccattcgcctccag 30961116  T
Q  311 ctgacctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgttt 375  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||| ||||||| ||||    
T  30961115 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgatagacactttctttgttaggagctagcggttt 30961051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 15 - 379
Target Start/End: Original strand, 11240088 - 11240452
Alignment:
Q  15 ggacatcctgctggcagagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctcctt 114  Q
    |||||| |||||||| ||||||||   |||| | ||||  |||||| ||||||| || |||||| ||| |||  | ||||||||| ||||||| ||  ||    
T  11240088 ggacatactgctggctgagctaactattatccatcaagatctgaatttggctattgaattgaacgtgactgacctcatgtgctactcggattccctgatt 11240187  T
Q  115 gctgttaagctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttc 214  Q
    | |||| |  | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||  || || |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |    
T  11240188 gttgttcattttatcaagaatgataccccgagattccacatctacgtcgtgctcattcaaaatattaaagacttgttagttgatcggaacatctctctcc 11240287  T
Q  215 atcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctga 314  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||   ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||  |  | || ||||| ||| | | ||||||    
T  11240288 atcacaccttaagagaggggaaccaatgtttggattactttgctaaattaggtgctagttcagattctcatatgctcgttcaccattcgcctctagctga 11240387  T
Q  315 cctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgttt 379  Q
    |||| ||||| | |||| |||||||||||||||  |||  ||| |||||||||||| || |||||    
T  11240388 cctcattcctcttcttagagctgatgcgataggagcttgctttcttagaagctagcagtctgttt 11240452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 91 - 351
Target Start/End: Original strand, 33805960 - 33806220
Alignment:
Q  91 atgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgc 190  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || |||||||  |||| |||||| || || ||||| ||||| || |||||||    
T  33805960 atgtgctactcggattcacttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgc 33806059  T
Q  191 tagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttat 290  Q
    |    | ||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||  ||||| || |||||||| | |||||||| |||  || |    
T  33806060 ttaatgttcgaaatatcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgt 33806159  T
Q  291 tgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcact 351  Q
     |||||||||||  | |||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||| |||||||||    
T  33806160 cgtccaccaatcaccgccagctgacctcctccctctgcttagagcggatgctataggcact 33806220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 379
Target Start/End: Original strand, 721464 - 721812
Alignment:
Q  31 gagctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatca 130  Q
    ||||||||||| ||  |||||||| ||||| ||  ||| || ||||| ||||||||  | |||||||||  |||||| || ||||  ||||| || || |    
T  721464 gagctaacagcgattcaccaagggttgaatatgattattgatttgaatatgaatgacgtcatgtgctacttggattcccttcttgtagttaatcttatta 721563  T
Q  131 tgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagaga 230  Q
    ||||||| || ||||||| ||||| |||||| || || ||||| || || || ||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  721564 tgaatgacactccgagataccacacctacgccgtcctcattcagaatataaaggatttgctaattgttcggaacttctctctccatcacacattaagaga 721663  T
Q  231 gggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgctt 330  Q
    ||| |  ||||| || ||||  |||||||| |||||||| | ||||||||||||  || | |||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||    
T  721664 ggggagccaatgcgcggatttctttgctaagttgggtgctaattcagatgctcatcttgtcgtccaccaatcgcctccagctgacctcctccctctgctt 721763  T
Q  331 aaagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagctgtttgttt 379  Q
    | ||||||||| |||||||||  |||| |||| || |||||| ||||||    
T  721764 agagctgatgccataggcactgtttttattaggagatagctgcttgttt 721812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 32 - 351
Target Start/End: Original strand, 38880689 - 38881007
Alignment:
Q  32 agctaacagctatctaccaagggctgaatctggctatggacttgaacatgaatgattttatgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatcat 131  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||| ||  ||| || ||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || || ||    
T  38880689 agctaacagcgattcaccaagggctgaatatgattattgatttgaatatgaatgacgtcatgtgctactcggattcccttcttgcagttaatcttattat 38880788  T
Q  132 gaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagag 231  Q
    |||||| || | ||||| ||||| |||||  || || ||||| || || || ||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||    
T  38880789 gaatgacactc-gagataccacacctacgtcgtcctcattcagaatataaaggatttgctaattgttcggaacatctctctccatcacacattaagatag 38880887  T
Q  232 ggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagtttattgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgctta 331  Q
     | || ||||| || ||||  |||||||| |||||||  | ||||||||||||  || | |||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||    
T  38880888 aggaaccaatgcgcggatttctttgctaagttgggtgttaattcagatgctcatcttgtcgtccaccaatcgcctccagctgacctcctccctctgctta 38880987  T
Q  332 aagctgatgcgataggcact 351  Q
     | ||||||| |||| ||||    
T  38880988 gaactgatgccatagacact 38881007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 40053722 - 40053689
Alignment:
Q  209 ctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40053722 ctcttcatcacaccttaagagagggaaaccaatg 40053689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 91 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 45210990 - 45210730
Alignment:
Q  91 atgtgctacacggattctctccttgctgttaagctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgc 190  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || |||||||  |||| |||||| || || ||||| ||||| || |||||||    
T  45210990 atgtgctactcggattcacttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgc 45210891  T
Q  191 t-agtcgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccacttcagatgctcagttta 289  Q
    | ||| | ||| || ||| |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||  ||||| || |||||||| | |||||||| |||  ||     
T  45210890 ttagt-gttcgaaatatcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttg 45210792  T
Q  290 ttgtccaccaatcgtccccagctgacctccttcctatgcttaaagctgatgcgataggcact 351  Q
    | |||||||||||  | |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  45210791 tcgtccaccaatcaccgccagctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcact 45210730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University