View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12448_high_2 (Length: 757)

Name: NF12448_high_2
Description: NF12448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12448_high_2
NF12448_high_2
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (21-745)||(48911684-48912408)
chr4 (334-741)||(48958264-48958671)
chr4 (300-748)||(48965442-48965887)
chr4 (318-525)||(48962627-48962834)
chr4 (365-693)||(48951399-48951727)
chr4 (587-741)||(48961413-48961567)
[»] scaffold0536 (4 HSPs)
scaffold0536 (24-741)||(5853-6570)
scaffold0536 (24-745)||(9837-10556)
scaffold0536 (35-171)||(812-948)
scaffold0536 (381-536)||(1164-1319)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (300-741)||(12589787-12590231)
chr6 (381-695)||(12483163-12483477)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (333-695)||(13440363-13440725)
chr2 (334-745)||(13448479-13448887)
chr2 (334-538)||(13455154-13455358)
chr2 (605-692)||(13455000-13455087)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (321-709)||(28385483-28385871)
chr5 (321-695)||(12540848-12541222)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (323-695)||(12641122-12641494)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (486-709)||(3417334-3417557)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 745
Target Start/End: Original strand, 48911684 - 48912408
Alignment:
Q  21 caaccatccaacacttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtcgctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911684 caaccatccaacacttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtggctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcc 48911783  T
Q  121 tagacttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaattcctcat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911784 tagacttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaattcctcat 48911883  T
Q  221 cttcctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911884 cttcctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattattggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttg 48911983  T
Q  321 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911984 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 48912083  T
Q  421 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 520  Q
    || ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912084 cagaactattcaagagaaggctgagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 48912183  T
Q  521 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 620  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912184 tacatatgctttggaagccaatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 48912283  T
Q  621 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgat 720  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912284 ctgaaaagaaacggacggagaatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgat 48912383  T
Q  721 tattaagggttgggctccacaggtt 745  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  48912384 tattaagggttgggctccacaggtt 48912408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 334 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 48958671 - 48958264
Alignment:
Q  334 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 433  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||    
T  48958671 tgaacttgatggtgaagagtgcatcgaacactacaagaaaatcacgggtcacaaggtttggcatcttggtcctgcttctcttattcgccaaaccattcaa 48958572  T
Q  434 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 533  Q
    |||||| || |||| ||| | |||| |||||| |||||||| |  ||| |||||||||| |||| |||   | ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  48958571 gagaaatcagagaggggaaatgagaatgttgttagtgtgcatggttgtctgagttggctcaacttgaagagacataactcagtgttgtacatatgctttg 48958472  T
Q  534 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 633  Q
    |||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  48958471 gaagcatatgttatttatctgataaacaactttatgagattgcgtgtgggatagaagcatcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagg 48958372  T
Q  634 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 733  Q
    ||  ||  | || | |||||||||||||| ||| |||||||| || || || ||||||||||  || ||||||||||| | | |||| |||| ||| |||    
T  48958371 gaaagaagacgagagtgaagaggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgg 48958272  T
Q  734 gctccaca 741  Q
    || |||||    
T  48958271 gccccaca 48958264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 300 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 48965887 - 48965442
Alignment:
Q  300 tcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatct 399  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||  || | || | ||  |  ||  |||| || |||||||||||    
T  48965887 tcaaaagtaatggactcattgtcaacaatttcgctgagcttgacggggaagagtacattaaatattatgtgagtagcacgggtcataaggcttggcatct 48965788  T
Q  400 tggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 499  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||     
T  48965787 tggtccagcttctcttattcgtaaaactgttcaagagaaagcagagaggggacaagagagtgcagtgagcgtgcaagagtgtttgagttggctcaattcc 48965688  T
Q  500 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 599  Q
    || | | ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||| || |  ||||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||    
T  48965687 aagcgacataactcagtgttgtacataagctttggaagcctctgtcgttatcaggataaacagctttatgagattgcgtgtgcaatagaagcatcgggtc 48965588  T
Q  600 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 699  Q
    | || || ||||||||| ||||    || ||  |||  ||| |||| | ||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||    
T  48965587 atgattttatatgggttattccccttaataacgggaaagaggatgagagtgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacat 48965488  T
Q  700 cggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttctg 748  Q
     |||   ||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  48965487 tgga---aagaagggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctg 48965442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 318 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 48962834 - 48962627
Alignment:
Q  318 ttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttat 417  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  48962834 ttgtcaacaacttcgctgaacttgacggtgaagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttat 48962735  T
Q  418 tcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtg 517  Q
    ||||| | |  |||||||||||||| | || ||| | |||||||||||| | || || |||||| || | |||||||| || || | | ||||||| |||    
T  48962734 tcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtggtggcttaattcaaagcgacataactcagtg 48962635  T
Q  518 gtgtacat 525  Q
     |||||||    
T  48962634 ttgtacat 48962627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 365 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 48951727 - 48951399
Alignment:
Q  365 tacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttg 464  Q
    ||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| | |||||||  || || |       
T  48951727 tacgagaaaaccatcggtcacaaggcttggcatcttggtccggcctctcttgttcgcaaaactactcaagagaaggcaaatagaggaggggaaagcgaaa 48951628  T
Q  465 tgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaact 564  Q
    |||| |||||  ||| ||||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||| | |||||  |||||||||     ||| | ||  | ||||| ||| |    
T  48951627 tgagcgtgcaaaagtatttgaattggttgaactcgaagcaagataactcagtgctttacattagctttggaacaatttgttacttcccagataagcaatt 48951528  T
Q  565 ttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaa 664  Q
     |||||||||||  ||| ||| |||| |||  || | ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||| | || | ||| |||||||| |||    
T  48951527 gtatgagattgcaagcgcgatagaagaatcaggttatgaattcatatgggttgtcccagaaaagaaggggaaggagaacgagagtgatgaggagaaggaa 48951428  T
Q  665 aaatggttgccaaaggggtttgaagagag 693  Q
    |||||||| || | || ||||||||||||    
T  48951427 aaatggttacccagggagtttgaagagag 48951399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 587 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 48961567 - 48961413
Alignment:
Q  587 gaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttg 686  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||  | | |||| |  |||||||||||||| || |||||||| || || ||||    
T  48961567 gaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaaaaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttg 48961468  T
Q  687 aagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 741  Q
    |||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||||    
T  48961467 aagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccaca 48961413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 741
Target Start/End: Original strand, 5853 - 6570
Alignment:
Q  24 ccatccaacacttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtcgctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctag 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5853 ccatccaacacttcgtggagcagcacccaccggattgcattgtggcggatttcttgtttccttgggttgatgaacttgcaaacaagcttcaaattcctag 5952  T
Q  124 acttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaattcctcatctt 223  Q
    |||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  5953 actcagtttcaacggtttctctctgtttgcaatttgtgccatagaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcatttgtaattcctggtctt 6052  T
Q  224 cctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtca 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | || |||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |    
T  6053 cctcattctattgccatgaatgcagctccgccgaagcagatgagtgacttattggaagcgcttttggagacggttttcaaaagcaacggaatcattgtta 6152  T
Q  324 acaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcac 423  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |     
T  6153 acaatttttctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacaggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtag 6252  T
Q  424 aactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtac 523  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||| ||| |||||    
T  6253 aactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggctagactcgaagccagataactcagtgttgtac 6352  T
Q  524 atatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctg 623  Q
    |||||||||||||||  ||| | |||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  6353 atatgctttggaagcttatgccttttcccggataaacaactttacgagattgcatgtgggatagaagcatcgggtcacaaattcatatgggttgttcctg 6452  T
Q  624 aaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattat 723  Q
    | |||||| |||  ||  |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  6453 agaagaaagggaaagaagatgagagtgaagaggagaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattat 6552  T
Q  724 taagggttgggctccaca 741  Q
    || |||||||||||||||    
T  6553 taggggttgggctccaca 6570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 745
Target Start/End: Original strand, 9837 - 10556
Alignment:
Q  24 ccatccaacacttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtcgctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctag 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  9837 ccatccaacacttcgtggagcagcacccaccggattgcatcgtgacagattttttgtttccttgggttgatgaacttgcaaacaagcttcaaattccaag 9936  T
Q  124 acttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaattcctcatctt 223  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||  ||||    
T  9937 actctctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactcactttatggatatgcttcttttgtaattcctggtctt 10036  T
Q  224 cctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtca 323  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||| ||||| || | |||| || || | | ||||  |||||||||||| | || ||||||||||    
T  10037 cctcattctattgtcatgaatgcaacaccgcctaagcagatgagtgaaatcttgggagagcgtttggagatggttttcaaaagtcaagggatccttgtca 10136  T
Q  324 acaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcac 423  Q
    | |||||||  |||||||||||| || || | |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |     
T  10137 ataattttgtagaacttgacggtaaatagcacatcgaacactacaagaaaactacgggtcagaaagcttggcatcttagtccagcttatcttgttcgtag 10236  T
Q  424 aactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtac 523  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| | |||||  || ||| |||||    
T  10237 aactgttcaagagaaaacagagagaggagaacagagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggcttaacttgaagcgagata--tcagtgttgtac 10334  T
Q  524 atatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctg 623  Q
    || ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||  |||| ||||||||||    
T  10335 atttgctttggaagcctatgttatttttcagataaacaactttatgagattgcgtgcagggtagaagcatcgggttacgaatttgtatgagttgttcctg 10434  T
Q  624 aaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattat 723  Q
    | |||||| |||  ||| |||| | | |||||||||||||||||||| | || || || |||||||| ||| |||| | ||||||||||| | |||||||    
T  10435 agaagaaagggaaagagaatgagagtcaagaggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagagttattgcaaagaagaagggtttgattat 10534  T
Q  724 taagggttgggctccacaggtt 745  Q
    |||||||||||| || ||||||    
T  10535 taagggttgggcccctcaggtt 10556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 171
Target Start/End: Original strand, 812 - 948
Alignment:
Q  35 ttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtcgctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttca 134  Q
    |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||  | |  ||||||||  |||| || ||||||||||| || ||||| ||| |||| ||||    
T  812 ttcgtggaacaggaaccacctgattgcatcgtagcggattttttattcccttgggtggatgagctggcaaacaagcttcacattccgagatttgccttca 911  T
Q  135 acggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatc 171  Q
    |||||||||| || ||| | || ||||||||||||||    
T  912 acggtttctcactatttaccatatgtgccatggaatc 948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 381 - 536
Target Start/End: Original strand, 1164 - 1319
Alignment:
Q  381 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 480  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||| | ||||||||||||| | || |||||| ||||     ||||||||||  |||     
T  1164 gtcacaaggcttggcttcttggcccagcatctcttgttcgcaaaaccactcaagagaaagcaaataggggagaaaagagcacgttgagtgtgcaaaagtt 1263  T
Q  481 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaa 536  Q
     || | |||||| ||||| || | ||||||||| ||  | ||||||||||||||||    
T  1264 cttaacttggctcaactcaaagcgagataactcagtactctacatatgctttggaa 1319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 6e-70; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 300 - 741
Target Start/End: Original strand, 12589787 - 12590231
Alignment:
Q  300 tcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatct 399  Q
    |||||||||| ||| || |||| ||||| || ||||||||||| ||  |||||| | || ||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||||    
T  12589787 tcaaaagtaatggactcattgttaacaacttcgctgaacttgatggccaagagtgtgtcaaacactatgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatct 12589886  T
Q  400 tggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 499  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| | || ||| | |||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  12589887 tggtccagcttctcttattcacaaaactgttcaagagaaagcagataggggaaatgagagtgttgtgaacgtgcaagagtgtctgagttggctaaactcg 12589986  T
Q  500 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 599  Q
    || | ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||  |||  |||| || ||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||  | |    
T  12589987 aagcgagataactctgtgttgtacatatgctttgggagcatatgctatttctcagataaacaactttatgagatttcgtgtggcatagaagcatcaggcc 12590086  T
Q  600 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 699  Q
    |||||||| |||||||| |||| || || ||| ||| |||  |||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||||||||  ||    
T  12590087 acgaattcgtatgggttattcccgagaaaaaagggaaggaagatgagagtgatgaggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacat 12590186  T
Q  700 cg---gaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 741  Q
     |   |||||||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||    
T  12590187 tgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccaca 12590231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 381 - 695
Target Start/End: Original strand, 12483163 - 12483477
Alignment:
Q  381 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 480  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||  ||| |||||| |   |||| ||||||| || ||| |||| ||| | |||||||||||||| ||||| |||||    
T  12483163 gtcacaaggcttggcatttaggtccacattcacttatttgtgaaactgttcaagaaaaggcagagaggggaaacgagagtgttgtgagcgtgcatgagtg 12483262  T
Q  481 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgc 580  Q
    |   |||||||| ||||| || ||||| || || ||| |||||||||||||||| |||| |||  |||| || |||||||| ||||| || ||| | |||    
T  12483263 tcaaagttggctaaactcaaagcaagaaaattcagtgttgtacatatgctttgggagcctatgcaatttctctgataaacagctttacgaaatttcatgc 12483362  T
Q  581 gggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaagg 680  Q
    || || ||||||||| || |  |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||  |||| |  || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12483363 ggaatagaagcatcgggtaaaaaattcatatgggttgttcctgagaaaaaagggaaggaagatgagagcgatgaggagaaagaaaagtggttgccgaagg 12483462  T
Q  681 ggtttgaagagagaa 695  Q
    | ||||| |||||||    
T  12483463 gatttgaggagagaa 12483477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 333 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 13440725 - 13440363
Alignment:
Q  333 ctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattca 432  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||| ||||||| |||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||    
T  13440725 ctgaacttgacggagaagagtgcatccaacactatgagaaaaccacgggtcacaaggtttggcatctcggtccaacttctcttattcgtaaaaccattca 13440626  T
Q  433 agagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgcttt 532  Q
    |||||||||| |||| ||| | ||| ||| |||||   ||||||| ||  ||||||||||  ||||  |  ||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  13440625 agagaaagcagagaggggaaaggagggtgatgtgaacatgcacgaatgcatgagttggctcgactcagagaaagttaactcggtgttgtacatatgtttt 13440526  T
Q  533 ggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaac 632  Q
    ||||||       |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  13440525 ggaagcatcaactatttctctgataaacaactatatgagatggcgtgcgcaatagaagcatctagtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaag 13440426  T
Q  633 ggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 695  Q
    |||  ||  |||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  13440425 ggaaagaagatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaa 13440363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 334 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 13448887 - 13448479
Alignment:
Q  334 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 433  Q
    ||||||||| || |||||||  ||  |||||||||||||| | ||  ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||    
T  13448887 tgaacttgatggagaagagtgcatacaacactacgagaaagccacgggtcacaaggtttggcatcttggtccaacttctcttattcgcaaaactgctcaa 13448788  T
Q  434 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 533  Q
    |||||| || |||| ||| | ||| ||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||  | ||  |   || |||||| ||| |||||||||| ||||    
T  13448787 gagaaatcagagaggggaaatgagggtgctgtgaatgtgcacgagagcctgagttggctcgattcagagagagttaactcagtgttgtacatatgttttg 13448688  T
Q  534 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 633  Q
    |||||       ||||||| ||||||||||| || ||||| || || | ||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13448687 gaagcatcaactatttttctgataaacaactatacgagatggcatgtgcgatagaagcatccggtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaagg 13448588  T
Q  634 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 733  Q
    ||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | |||| |||| |||||||    
T  13448587 gaaagaagatgagagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgg 13448491  T
Q  734 gctccacaggtt 745  Q
    || |||||||||    
T  13448490 gccccacaggtt 13448479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 334 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 13455358 - 13455154
Alignment:
Q  334 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 433  Q
    |||| |||| || |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||  |||||    
T  13455358 tgaatttgatggagaagagtgcatccaacactacgaaaaaacaacaggtcacaaggtttggcatattggtccaacttctcttatttgcagaaccgttcaa 13455259  T
Q  434 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 533  Q
    || ||| || |||| ||| | |||  | |||||| ||| ||||||||  |||| |||||| |||| ||   || |||||| ||  |||||||||| ||||    
T  13455258 gaaaaatcagagaggggaaacgaggtttttgtgaatgtacacgagtgcctgagctggcttgactcaaagagagttaactcagtattgtacatatgttttg 13455159  T
Q  534 gaagc 538  Q
    |||||    
T  13455158 gaagc 13455154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 605 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 13455087 - 13455000
Alignment:
Q  605 ttcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagaga 692  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||  ||  |||| |  |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  13455087 ttcatatgggttgttccggagaagaaagggaaagaagatgagagcgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagaga 13455000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 7e-45; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 321 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 28385871 - 28385483
Alignment:
Q  321 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 420  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  28385871 tcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtcaaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcctttattcg 28385772  T
Q  421 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 520  Q
     | |||| |||||||||||||| |||  ||| |  |||||| |||||| | |||||||||  |||  ||||| || ||  | | || |||||| || |||    
T  28385771 taaaactgttcaagagaaagcagagaagggaaacaagagtgatgtgagcgagcacgagtgcctgaactggctcaaatcacagcgagttaactcagttgtg 28385672  T
Q  521 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 620  Q
    |||||||| |||||||||  |   ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||  |||||  |||||||||||||||||    
T  28385671 tacatatgttttggaagcataaaccatttctctgataaacaactatatgagattgcatgcgcagtagaagcatcaggtcacccattcatatgggttgttc 28385572  T
Q  621 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaag 709  Q
    |||| |||||| |||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||    
T  28385571 ctgagaagaaagggaaagaagatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag 28385483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 321 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 12541222 - 12540848
Alignment:
Q  321 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 420  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||     
T  12541222 tcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtccaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcttttattca 12541123  T
Q  421 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 520  Q
     | ||  |||||||||||||||  ||| ||| | ||| ||| || ||| | ||||||||   | || ||||| |||||  | |||| |||||| ||||||    
T  12541122 gaaaaacattcaagagaaagcagggaggggaaatgagggtgctgcgagcgagcacgagtcccttagctggctcaactcacagcaagttaactcagtggtg 12541023  T
Q  521 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 620  Q
    |||||||| |||||||||  |  |||||| |  || |||||||| ||||||||||| || |   | |||| |  | |||||  |||||||||||||||||    
T  12541022 tacatatgttttggaagcataaatcatttctttgacaaacaactatatgagattgcatgtgcagtagaaggaatgggtcacccattcatatgggttgttc 12540923  T
Q  621 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 695  Q
    |||| |||| | |||  ||  |||| | |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  12540922 ctgagaagagagggaaagaagatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaa 12540848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 9e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 323 - 695
Target Start/End: Original strand, 12641122 - 12641494
Alignment:
Q  323 aacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgca 422  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||| |  ||| ||||||| |||||||| |   || |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  12641122 aacaactttgttgaacttgatggtgaagattgcatcaaacactatgagaaaaccatgggttacaaggcttggcatcttggtccaacttgtcttattcgca 12641221  T
Q  423 caactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgta 522  Q
     |||| || |||||||| |   ||| ||  | |||||||| || || | |||  ||||| |  ||||||| || || || |||||||| || ||| | ||    
T  12641222 aaacttttgaagagaaatctatgaggggcaatgagagtgtggttagcgcgcataagtgtctaggttggctcaattcaaagcaagataattcagtgttata 12641321  T
Q  523 catatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcct 622  Q
    |||||| ||||| |||   | | |||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||   ||  ||||||||||  ||||||||||||||    
T  12641322 catatgttttgggagcatctcttatttctctgataaacaactttacgagattgcgagcggaatagaaaattcaggtcacgaatttgtatgggttgttcct 12641421  T
Q  623 gaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 695  Q
    || |||||| |||   |  |||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||    
T  12641422 gagaagaaagggaaaaaagatgagagtgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaa 12641494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 8e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 486 - 709
Target Start/End: Original strand, 3417334 - 3417557
Alignment:
Q  486 gttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggat 585  Q
    ||||||| |||||  |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||  |    |||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||  ||    
T  3417334 gttggctcaactcacaacaagttaactcagtgttgtacatatgttttggaagcttaaactatttctctgataaacaactatatgagattgcatacgcaat 3417433  T
Q  586 tgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggttt 685  Q
     ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| | |  ||  |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  3417434 agaagcatcgggtcacccattcatatgggttgttcttgagaagaaaggaaaagaagatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggattt 3417533  T
Q  686 gaagagagaattatcggaaagaag 709  Q
    || |||||||  || |||||||||    
T  3417534 gaggagagaaacattggaaagaag 3417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University