View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12448_high_5 (Length: 449)

Name: NF12448_high_5
Description: NF12448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12448_high_5
NF12448_high_5
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (3-196)||(5482345-5482538)
chr2 (35-423)||(5467677-5468065)
chr2 (15-435)||(5496199-5496619)
chr2 (15-424)||(5490414-5490823)
chr2 (15-435)||(5501231-5501648)
chr2 (3-432)||(5485432-5485868)
chr2 (35-435)||(5477309-5477709)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 3 - 196
Target Start/End: Original strand, 5482345 - 5482538
Alignment:
Q  3 gatgactggtataattcctgaatgtataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcat 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5482345 gatgactggtataattcctgaatgtatcagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcat 5482444  T
Q  103 tttaataatctcacaaacctagtgagtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccacctttta 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5482445 tttaataatctcacaaacctagtgagtttaactctgtcataaaaaaacaacacatttgcattgaaattgacaaatgactgggttccacctttta 5482538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 35 - 423
Target Start/End: Original strand, 5467677 - 5468065
Alignment:
Q  35 aacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacctagtgagtttaac 134  Q
    |||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||  | ||||||||||||||| | |||||| |    
T  5467677 aactaaccaatttgtattttctagacctacttgagaatcattgggaaggtactatgacaaatattcatttccacaatctcacaaacctactcagtttatc 5467776  T
Q  135 tatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcgaaatgcatgattgtcaagtt 234  Q
    | ||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||    |||| |||||   | |||||||||||    
T  5467777 tgtgtcatctaaacaaaactcatttgctttgaaagtgacaaatgactgggttccaacttttaagggtttgtaccatgttgaaatttgtaattgtcaagtt 5467876  T
Q  235 ggcccagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacgagataccccactggctttaca 334  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||| || |||  | ||||| |   ||||||||| ||| || ||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  5467877 ggcccagcatttcctaactggtttagagacttaaattccttgactgatatattcctagaaagtgctggaatttctgaggagatacctcactggctttaca 5467976  T
Q  335 atatgtcctcccaaattagcaatctagatctttcacacaataaaataagtggttaccttcccaaagaaatgaacttcactttctcaaat 423  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5467977 atatgtcctcccaaatttcgaatctagatctttctcacaacaaaataagtggttaccttcccaaagaaatgaacttcacttcctcaaat 5468065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 15 - 435
Target Start/End: Original strand, 5496199 - 5496619
Alignment:
Q  15 aattcctgaatgtataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctc 114  Q
    |||||||||| ||||  ||||||| ||||| |||| ||  ||| | |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  5496199 aattcctgaaagtattggtcaactaaccaaattgttttccctacacctacttgagaatgattggaaaggtataatgacaaatattcattttcataatctt 5496298  T
Q  115 acaaacctagtgagtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcg 214  Q
    ||||||||||| |||||  || ||||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||   ||||| |    
T  5496299 acaaacctagtcagtttctctgtgtcatctaaaaagagcacacttgctttgaaagtgacaaataactgggttccaccttttaaggatttgcaatatgttg 5496398  T
Q  215 aaatgcatgattgtcaagttggcccagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacga 314  Q
    |||| | |||||||||| |||| ||   ||||||| | ||||| ||||||| ||    |||||    |||| |||||||||||||||||||||  |  ||    
T  5496399 aaattcgtgattgtcaaattggtccgatatttcctaattggcttagaaaccaaatccccttgacggagataatcctaaaaaatgttggaatttttgggga 5496498  T
Q  315 gataccccactggctttacaatatgtcctcccaaattagcaatctagatctttcacacaataaaataagtggttaccttcccaaagaaatgaacttcact 414  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5496499 gataccccattggctttacaatatgtcctcccaaattcagaacctagatctttctcacaacaaattaagtggttaccttcccaaagaaatgaacttcact 5496598  T
Q  415 ttctcaaattcacctacagtt 435  Q
    | |||||| |  |||||||||    
T  5496599 tcctcaaagtatcctacagtt 5496619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 424
Target Start/End: Original strand, 5490414 - 5490823
Alignment:
Q  15 aattcctgaatgtataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctc 114  Q
    |||||||||| ||||  ||||||| ||  |||||| || ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5490414 aattcctgaaagtatcggtcaactaacagatttgttttctctaaacttacttgacaattattgggaaggtataatgacaaatattcattttcataatctc 5490513  T
Q  115 acaaacctagtgagtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcg 214  Q
     ||||||||   |||||| || ||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||    
T  5490514 tcaaacctacgtagtttatctgtgtcatctaaaaagaatacacttgctttgaaagtgacaaatgactgggttccagcttttaagaatttgtcttatgtcg 5490613  T
Q  215 aaatgcatgattgtcaagttggcccagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacga 314  Q
    |||| | ||||||| ||||||| ||  | |||||| | ||||| | ||||| |    | || | |   ||| ||||| |||||| ||||||||| |  ||    
T  5490614 aaattcgtgattgtaaagttggtccgacctttcctaattggctcacaaaccaagtccagttaaatgacataatcctagaaaatgctggaatttccggtga 5490713  T
Q  315 gataccccactggctttacaatatgtcctcccaaattagcaatctagatctttcacacaataaaataagtggttaccttcccaaagaaatgaacttcact 414  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| | | |||||||||||| | ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5490714 gataccccattggctttacaatatatcctcccgaattggaattctagatctttctcgcaacaaaataagcgattatcttcccaaagaaatgaatttcact 5490813  T
Q  415 ttctcaaatt 424  Q
    | ||||||||    
T  5490814 tcctcaaatt 5490823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 435
Target Start/End: Original strand, 5501231 - 5501648
Alignment:
Q  15 aattcctgaatgtataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctc 114  Q
    |||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||||| |||| | |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||   |||    
T  5501231 aattccagaaagtattggtcaactaaccaatttgtattctctacacctacttggtaattattgggaaggtataatgacaaatattcatttcaat---ctc 5501327  T
Q  115 acaaacctagtgagtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcg 214  Q
    ||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | |||    
T  5501328 acaaagctagtcagtttcactgtgtcatctaaaaataacaaactttctttgaaagtgacaaatgattgggttcccccttttaagtatttgagtcgtatcg 5501427  T
Q  215 aaatgcatgattgtcaagttggcccagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacga 314  Q
    |||| ||   |||| | |||||||||||||||||| | ||||| |||  || ||   | |||  |  |||| ||||| |||||| ||||||||| |  ||    
T  5501428 aaattcacagttgtaatgttggcccagcatttcctaattggctcagattccaaatccaattggatgagatagtcctagaaaatgctggaatttctgggga 5501527  T
Q  315 gataccccactggctttacaatatgtcctcccaaatt-agcaatctagatctttcacacaataaaataagtggttaccttcccaaagaaatgaacttcac 413  Q
     |||||| | |||||||||||||  || ||||||||| ||| ||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  5501528 tataccctattggctttacaataaatcttcccaaattgagc-atctaaatctttctcataacaaaataagtggttaccttcccagagaaatgaatttcac 5501626  T
Q  414 tttctcaaattcacctacagtt 435  Q
    || ||||||||  |||||||||    
T  5501627 ttcctcaaattttcctacagtt 5501648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 432
Target Start/End: Original strand, 5485432 - 5485868
Alignment:
Q  3 gatgactggtataattcctgaatgtataagtcaacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcat 102  Q
    ||||| ||| |||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  5485432 gatgaatgggataattcctgaaagtattggtcaactaaccaatttgaattctctaaacctacttgacaattattgggaaggtacaatgacaaatactcat 5485531  T
Q  103 tttaataatctcacaaacctagtgagtttaactatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatt 202  Q
    || |||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||   ||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  5485532 ttcaataatctcacaaacctaattagtttatctatttcatctaaactaaactcatttgctttgaaagtgacaaatgattgggttccaccttttaagaatt 5485631  T
Q  203 tgagttatgtcgaaatgcatgattgtcaagttggcccagc--------atttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaa 294  Q
    ||  | |||| || || | || |||||||||||||||| |        ||||||| ||||||| | | ||| ||  | ||||||    |||   ||| ||    
T  5485632 tgtttcatgttgatattcgtggttgtcaagttggcccaacttgacaaaatttcctaactggctca-agaccaaatttccttgagcgaaataactctacaa 5485730  T
Q  295 aatgttggaatttcggacgagataccccactggctttacaatatgtcctcccaaattagcaatctagatctttcacacaataaaataagtggttaccttc 394  Q
    ||||  |||||||| |  | |||| || | |||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||| ||||| || ||||||||| || |||    
T  5485731 aatgcgggaatttctggggtgataaccaattggctttacaatatgtcctcccaaattttgaaactagatctttctcacaacaatataagtggtcactttc 5485830  T
Q  395 ccaaagaaatgaacttcactttctcaaattcacctaca 432  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  5485831 ccaaagaaatgaactttacttcctcaaattcacctaca 5485868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 35 - 435
Target Start/End: Original strand, 5477309 - 5477709
Alignment:
Q  35 aacttaccaatttgtattatctaaaactacttgagaattattgggagggtataatgacaaatattcattttaataatctcacaaacctagtgagtttaac 134  Q
    |||| ||||||||| ||| |||| | ||||  |||||||||||||| |||| | | |||||  | |||||  |||||||||||||||| ||   |||| |    
T  5477309 aactaaccaatttgcattctctacacctacgcgagaattattgggaaggtacacttacaaacttacatttccataatctcacaaacctggtatatttatc 5477408  T
Q  135 tatgtcatctaaaaataacacatttgctttgaaattgacaaatgactgggttccaccttttaagtatttgagttatgtcgaaatgcatgattgtcaagtt 234  Q
    | ||||||||||||| ||  || || |||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||   | || | |||||   || |||| | |||    
T  5477409 tgtgtcatctaaaaaaaattcactttctttcaaagtgacgaatgattgggttccaccttttaagaatttatttcatcttgaaatcagtggttgtgatgtt 5477508  T
Q  235 ggcccagcatttcctcactggctgagaaacctaaggtacttgagtatgatattcctaaaaaatgttggaatttcggacgagataccccactggctttaca 334  Q
    || ||| |||||||| ||||||| ||| | ||||  | ||||| |   ||| |||||||||||| ||||||||| |     |||||||| ||||||||||    
T  5477509 ggtccaacatttcctaactggcttagagagctaaattccttgaatgacataatcctaaaaaatgctggaatttctgggataataccccattggctttaca 5477608  T
Q  335 atatgtcctcccaaattagcaatctagatctttcacacaataaaataagtggttaccttcccaaagaaatgaacttcactttctcaaattcacctacagt 434  Q
    |||||||||||||||||    | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  5477609 atatgtcctcccaaatttcgcagctagatctttctcacaacaaaataagtggttactttcccaaaaaaatgaacttcacttcctcaaatttacctagagt 5477708  T
Q  435 t 435  Q
    |    
T  5477709 t 5477709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University