View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12448_low_4 (Length: 650)

Name: NF12448_low_4
Description: NF12448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12448_low_4
NF12448_low_4
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (19-634)||(36403992-36404607)
chr4 (19-634)||(36425472-36426087)
chr4 (19-634)||(36397059-36397674)
chr4 (19-627)||(36373317-36373928)
chr4 (19-634)||(36411306-36411921)
chr4 (19-634)||(36416637-36417252)
chr4 (23-634)||(36368705-36369316)
chr4 (19-634)||(36387276-36387895)
chr4 (19-630)||(36433329-36433940)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 524; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 524; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 634
Target Start/End: Original strand, 36403992 - 36404607
Alignment:
Q  19 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 118  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |     
T  36403992 ccttcaatcctggaagacagatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaaccataac 36404091  T
Q  119 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaag 218  Q
     |||  |  ||||||| |||||||||||| |||||| | || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36404092 cttccatggtggcgtgctggacattggaatggagaactgtttgcaggtgtacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcttttgtggaag 36404191  T
Q  219 atgaaaactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtgggg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404192 atgaaaactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtgggg 36404291  T
Q  319 gaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgacccttttaac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404292 gaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgacccttttaac 36404391  T
Q  419 tttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaaga 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404392 tttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaaga 36404491  T
Q  519 aaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagttt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404492 aaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagttt 36404591  T
Q  619 ggaagaatgtgagaaa 634  Q
    ||||||||||||||||    
T  36404592 ggaagaatgtgagaaa 36404607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 634
Target Start/End: Original strand, 36425472 - 36426087
Alignment:
Q  19 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425472 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcaccgtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 36425571  T
Q  119 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaag 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |  ||||||||| || || ||||    
T  36425572 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggccgttcgtaacgtttctttcgttgaag 36425671  T
Q  219 atgaaaactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtgggg 318  Q
    |||| ||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||  ||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  36425672 atgacaactatgtagcactctcatataacatgtttaataagtatgtcattactagggtagtggttcagcaatctggtttctttcaaacattcacgtggga 36425771  T
Q  319 gaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgacccttttaac 418  Q
     | | ||||||  ||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  36425772 cagtcaaaagagccaatggagccggtactggtctgaaccaacagaccaatgtgctaactacggaacatgtggatcaaatagtaattgtgaccctttgaac 36425871  T
Q  419 tttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaaga 518  Q
    |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||| ||||    
T  36425872 tttgagaactttaagtgtacttgtttacttggtttcgaaccaaaatttccacgagattggtatgagagtcgagatgggtcaggtggatgtgtaagaaaga 36425971  T
Q  519 aaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagttt 618  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||| |  |||   |||||||||||||||||||||| |||    
T  36425972 aaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaattt 36426071  T
Q  619 ggaagaatgtgagaaa 634  Q
    ||| ||||||||||||    
T  36426072 ggatgaatgtgagaaa 36426087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 634
Target Start/End: Original strand, 36397059 - 36397674
Alignment:
Q  19 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 118  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || || | ||| ||||||||||||||||||| | |     
T  36397059 ccttcaatcctggaagacagaagatgaccctggaaaaggtgcattcacggtgaaattcagcagcataggtatacctcagttgtttatgtacaaccataac 36397158  T
Q  119 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaag 218  Q
     |||  |  ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  36397159 cttccatggtggcgtggtggacattggaacggagcactatttgtaggtatacctaatatgaaacgagatttgcaaacttttaatgcttcttttgtggaag 36397258  T
Q  219 atgaaaactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtgggg 318  Q
    | || ||||  |||||| | |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||      
T  36397259 aagataactatgtagcactttcatacgacatgtttgataagtctgtcatagctaggttagttgttcagcaatctggtttcattcaaatattcacttggaa 36397358  T
Q  319 gaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgacccttttaac 418  Q
     ||| |||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36397359 caatcaaaagagtcaatggaacaggttctggtcagaaccaacaaaccaatgtgataactatggaacgtgtggatcaaacagtaattgtgaccctttgaac 36397458  T
Q  419 tttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaaga 518  Q
    |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36397459 tttgagaactttaagtgcacgtgtttacttggttttgaaccaaaatttccaagcgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaaga 36397558  T
Q  519 aaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagttt 618  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  36397559 aaggtgcatctgtctgtgggaatggcgaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatatatctggggcagttaccatagatggtttgagttt 36397658  T
Q  619 ggaagaatgtgagaaa 634  Q
    ||| ||||||||||||    
T  36397659 ggatgaatgtgagaaa 36397674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 19 - 627
Target Start/End: Original strand, 36373317 - 36373928
Alignment:
Q  19 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 118  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||  |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  36373317 ccttcaatcctggaagacagatgatgaccctggaaatggtgcattcacagtgaaattcaacagcattgtcaaacctcagttgtttatgtacaaccatgat 36373416  T
Q  119 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaag 218  Q
     |||  |  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||  | ||| || ||||| ||||||||||    
T  36373417 tttccatggtggcgtggtggacattggaacggagcaatcttagtaggtgcacctaatatgaaacgagatatggcgattttgaatgtttcttttgtggaag 36373516  T
Q  219 atgaa---aactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtg 315  Q
    ||||    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36373517 atgatgataactatgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatagctaggatagttgttcagcaatctggtttctttcaaatattcacttg 36373616  T
Q  316 ggggaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgaccctttt 415  Q
    |   ||| |||| | |||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||     
T  36373617 gaacaatcaaaaaagtcaatggaacaggttctggtctgaaccaacaaaccaatgtgataactatggaacctgtggatcaaacagtaactgtgaccctttg 36373716  T
Q  416 aactttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaagga 515  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36373717 aactttgaggactttaagtgtacttgtctaccaggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagaagagatgggtcaggagggtgtgtaagga 36373816  T
Q  516 agaaaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgag 615  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||| ||||||||||||  |||||| | | || |||| ||||    
T  36373817 agaaaggcgcatctatttgtcggaatggagaagggtttatcaaagttgcaagcttgaaagttcctgatatatctgtggcagttactaaaggtggtctgag 36373916  T
Q  616 tttggaagaatg 627  Q
    ||||||||||||    
T  36373917 tttggaagaatg 36373928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 19 - 634
Target Start/End: Original strand, 36411306 - 36411921
Alignment:
Q  19 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 118  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||    
T  36411306 ccttcaatcctggaagacagatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcaccattggcaaaccacaattgtttatgtacaaccatgat 36411405  T
Q  119 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaag 218  Q
      || ||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||| |  |  ||| ||||| |  || ||||    
T  36411406 cgtccttggtggcgtggtggacattggaatggagcaatattagtaggcctacctcatatgataggagatatggcagttcgtaatgtttcttgggttgaag 36411505  T
Q  219 atgaaaactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtgggg 318  Q
    |||| ||||  ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  36411506 atgacaactatgtatcactctcatataacatgtttaataagtctgtcattacaaggatagtggttcagcaatctggtttctttcaaacattcatgtggga 36411605  T
Q  319 gaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgacccttttaac 418  Q
     | | || ||| |||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  36411606 cagtcaagagagtcaatggagccggtactggtctgaaccaacagaccaatgtgctaactacggaacatgtggaccaaacagtaattgtgaccctttgaac 36411705  T
Q  419 tttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaaga 518  Q
    |||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |    
T  36411706 tttgagagctttaagtgtacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggttgggaggatgtgtaagaaaaa 36411805  T
Q  519 aaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagttt 618  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  36411806 gaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgacttt 36411905  T
Q  619 ggaagaatgtgagaaa 634  Q
    ||||||||||||||||    
T  36411906 ggaagaatgtgagaaa 36411921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 19 - 634
Target Start/End: Original strand, 36416637 - 36417252
Alignment:
Q  19 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 118  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||    
T  36416637 ccttcaatcctggaagacagatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcaccattggcaaaccacaattgtttatgtacaaccatgat 36416736  T
Q  119 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaag 218  Q
      || ||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||| |  |  ||| ||||| |  || ||||    
T  36416737 cgtccttggtggcgtggtggacattggaatggagcaatattagtaggcctacctcatatgataggagatatggcagttcgtaatgtttcttgggttgaag 36416836  T
Q  219 atgaaaactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtgggg 318  Q
    |||| ||||  ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  36416837 atgacaactatgtatcactctcatataacatgtttaataagtctgtcattacaaggatagtggttcagcaatctggtttctttcaaacattcatgtggga 36416936  T
Q  319 gaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgacccttttaac 418  Q
     | | || ||| |||||||| ||||| ||  || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  36416937 cagtcaagagagtcaatggagccggtactggtctgaaccaacagaccaatgtgctaactacggaacatgtggaccaaacagtaattgtgaccctttgaac 36417036  T
Q  419 tttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaaga 518  Q
    |||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |    
T  36417037 tttgagagctttaagtgtacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggttgggaggatgtgtaagaaaaa 36417136  T
Q  519 aaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagttt 618  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  36417137 gaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgacttt 36417236  T
Q  619 ggaagaatgtgagaaa 634  Q
    ||||||||||||||||    
T  36417237 ggaagaatgtgagaaa 36417252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 23 - 634
Target Start/End: Original strand, 36368705 - 36369316
Alignment:
Q  23 caatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgatgttc 122  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||    
T  36368705 caatcatggaagacagatgatgaccctggaaaaggcgcattcacattgaaattcagcagcattggaaaacctcagttgtttatgtacaaccatgatcttc 36368804  T
Q  123 gtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaagatga 222  Q
     ||  |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| || || ||||||||    
T  36368805 cttggtggcgtggtggacactggaacggagaattatttgtaggtatacctaatatgaaacgagatatgaccacttttaatgtttctttggttgaagatga 36368904  T
Q  223 aaactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtgggggaat 322  Q
     ||||  |||||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||  |||| | ||  ||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||  | |    
T  36368905 caactatgtagcacttacgtataacatgttcgataagtctgtcattactagaatagcggttcagcaatctggtttctttcaaacattcatgtgggacagt 36369004  T
Q  323 gaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgacccttttaactttg 422  Q
     ||||||  ||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36369005 caaaagagccaatggaaccggtactggtctgaaccaacagaccaatgtgataactatggaacctgtggatcaaacagtaattgtgacctttttaactttg 36369104  T
Q  423 acgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaa-ccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaag 521  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369105 aagactttaagtgcacttgtttacttggttttgaagcaaaaatttccacgtgattggtatgaga-tagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaag 36369203  T
Q  522 gtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagtttgga 621  Q
    ||| |||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||  |||||||| | |||| |||||  || ||||| | || |||||||||||||||    
T  36369204 gtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcccgatacatctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttgga 36369303  T
Q  622 agaatgtgagaaa 634  Q
    |||||||||||||    
T  36369304 agaatgtgagaaa 36369316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 634
Target Start/End: Original strand, 36387276 - 36387895
Alignment:
Q  19 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 118  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||||    
T  36387276 ccttcaatcctggaagacggatgatgaccctggaaatggtgcattcacagtgaaattcagcaccattggcaaacctcaagtgttaatgtacaaccatgat 36387375  T
Q  119 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaag 218  Q
     ||| ||  ||||| ||||||||||||||||||| ||  ||| |||||  |||| ||||||||||||||||||  | ||| || ||||| ||| ||||||    
T  36387376 cttccttggtggcgcggtggacattggaacggagcaaccttaataggtgcacctgatatgaaacgagatatggcgattttgaatgtttcttttttggaag 36387475  T
Q  219 atgaa---aactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtg 315  Q
    ||||    ||||  |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||  |||  || | |||||||||||| |||||| ||||| |||    
T  36387476 atgatgataactatgtagcattctcatataacatgttcgctaagtctgtcataactagggtagtgattcagcaatctggtttccttcaaacattcaggtg 36387575  T
Q  316 ggggaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgaccctttt 415  Q
    ||  | | ||| |   ||||||| ||||| ||  || |||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  36387576 ggacagtcaaacgggccaatggagccggtgctggtctgaaccatctgacgaatgtggtaactatggaacatgtggatcaaatggtaattgtgaccctttt 36387675  T
Q  416 aactttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtag-agatgggtcgggagggtgtgtaagg 514  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  36387676 aactttgatgactttaagtgttcttgtttacttggttatgaacccaaatttccacgtgattggtatcagaatagaagatgggacgggagggtgtgtaagg 36387775  T
Q  515 aagaaaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttga 614  Q
    ||||||||  | ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||| |||||  |||||||| | |  ||||||||    
T  36387776 aagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatacatctgtggcagttgctaaaagtggtttga 36387875  T
Q  615 gtttggaagaatgtgagaaa 634  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  36387876 gtttggaagaatgtgagaaa 36387895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 630
Target Start/End: Original strand, 36433329 - 36433940
Alignment:
Q  19 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 118  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||| ||| | ||| | ||||||||||| | | |     
T  36433329 ccttcaatcctggaagacagaggatgaccctggaaaaggtgccttcacgttgaaattcagcaccgttggtaaaactcagctttttatgtacaaacataac 36433428  T
Q  119 gttcgtttctggcgtggtggacattggaacggagaaatattagtaggtctacctaatatgaaacgagatatggaaacttttaacgtttcctttgtggaag 218  Q
     |||  |  |||||||||| || |||||| |||| | |||||  |||| | ||||||  ||||||| ||| ||| ||||||||| |||| |||||  |||    
T  36433429 cttccctggtggcgtggtgaaccttggaatggagcactattatcaggtgtgcctaatgcgaaacgaaatagggacacttttaacatttcttttgttcaag 36433528  T
Q  219 atgaaaactccgtagcaatctcatataacatgtttgataagtctgtcatcgctaggaaagttgttaatcaatctggtttctttcaaatattcacgtgggg 318  Q
    |||| |||   |||||| || | ||||||||| |||||||||||||| |  ||||||  || ||| | ||||||||||||||||||||||| | |||||     
T  36433529 atgacaacaatgtagcactcacgtataacatggttgataagtctgtcgttactaggatggtggttcagcaatctggtttctttcaaatattaatgtggga 36433628  T
Q  319 gaatgaaaagaatcaatggaaccggttctattcagaaccaacagaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgacccttttaac 418  Q
     ||| |||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  36433629 caataaaaaaagtcaatggaaccagttctattcacaaccaacaaaccaatgtgataactatggaacatgtggatcaaacagtaattgtgaccctatgaac 36433728  T
Q  419 tttgacgactttaagtgcacttgtttacttggttttgaaccaaaatttccacgtgattggtatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaaga 518  Q
    ||||  ||||| || ||  ||||||||| |||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36433729 tttgcggacttcaaatgtgcttgtttacctggttttgaacccaaatctccaggcgattggtatgagagtggagatgggtcaggagggtgtgtaaggaaga 36433828  T
Q  519 aaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagttt 618  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||  |||||||| |||||| |||    |||  ||||| || ||||||||||||    
T  36433829 acggttcatctgtttgtgggaatggagaagggtttatcaaaattgtcagcttgaaagttcctgatacatcgatggcaaatgccaaaggtggtttgagttt 36433928  T
Q  619 ggaagaatgtga 630  Q
    ||||||||||||    
T  36433929 ggaagaatgtga 36433940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University