View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1244_low_26 (Length: 370)

Name: NF1244_low_26
Description: NF1244
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1244_low_26
NF1244_low_26
[»] scaffold0729 (1 HSPs)
scaffold0729 (13-320)||(5994-6301)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (13-320)||(6792328-6792635)
chr4 (14-293)||(6593065-6593350)
chr4 (14-287)||(6769453-6769726)
chr4 (37-314)||(6811780-6812057)
chr4 (14-288)||(6647048-6647322)
chr4 (13-295)||(6832317-6832596)
chr4 (93-319)||(6748804-6749027)
chr4 (14-289)||(6626645-6626917)
chr4 (116-307)||(6502233-6502424)
chr4 (13-286)||(6550253-6550526)
chr4 (105-295)||(6665454-6665644)
chr4 (93-307)||(6503463-6503675)
chr4 (89-287)||(6522528-6522726)
chr4 (89-299)||(6541377-6541587)
chr4 (93-289)||(4322822-4323018)
chr4 (180-289)||(4126244-4126353)
chr4 (183-289)||(4343028-4343134)
chr4 (16-56)||(6665690-6665730)


Alignment Details
Target: scaffold0729 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: scaffold0729
Description:

Target: scaffold0729; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 13 - 320
Target Start/End: Original strand, 5994 - 6301
Alignment:
Q  13 cagaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcact 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5994 cagaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcact 6093  T
Q  113 ttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaac 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6094 ttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccatgctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaac 6193  T
Q  213 catttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttgaaggctttgttttaacatct 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6194 catttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttgaaggctttgttttaacatct 6293  T
Q  313 ctgctcct 320  Q
    ||| ||||    
T  6294 ctgttcct 6301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 13 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 6792635 - 6792328
Alignment:
Q  13 cagaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcact 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6792635 cagaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcact 6792536  T
Q  113 ttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaac 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6792535 ttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccatgctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaac 6792436  T
Q  213 catttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttgaaggctttgttttaacatct 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6792435 catttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttgaaggctttgttttaacatct 6792336  T
Q  313 ctgctcct 320  Q
    ||| ||||    
T  6792335 ctgttcct 6792328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Original strand, 6593065 - 6593350
Alignment:
Q  14 agaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcactt 113  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||  || ||  ||| ||||  | ||| |||||||||    
T  6593065 agaataagcaactagctgtctagaaagttcactaaaatcttcttgtggagttgttgcttggctgaatgcagctaaattaaaaactttaagtgattcactt 6593164  T
Q  114 tcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaacc 213  Q
    || || | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| | |||||||    
T  6593165 tcatccaattctttcactctatatatatggtcaattccatgcttcttgagtagatgtctatctcttgttgtgatgattattttgctaccttcaccaaacc 6593264  T
Q  214 atttccgacttct------gcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttga 293  Q
    |||| ||||||||      ||  ||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  6593265 atttacgacttcttcgtaggcccaaaacatccaactgctccaatttatcaatattatcaagtacaagaagtaccctatgatgttga 6593350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 6769726 - 6769453
Alignment:
Q  14 agaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcactt 113  Q
    |||||||||||||   ||||| || || ||| ||||||||||| |||||  ||||| ||||| |||  |||    ||||||||| |||||||||||||||    
T  6769726 agaataagcaactctctgtctggatagatcaacaaaatcttctggaggacgtgttgtttggctgaatgcactgcaattcaaaagatcaagcgattcactt 6769627  T
Q  114 tcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaacc 213  Q
    |  || || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| || ||||   ||||||    
T  6769626 ttatccagctctttcactctataaatatggtcaactccatgctccttgagtagatgtctatccctagtcgtgatgattattttgcttcctggagcaaacc 6769527  T
Q  214 atttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtaccctttta 287  Q
    ||||||||||||  || |||||||| | |||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  6769526 atttccgacttccacacaaagcatttagctgctccaatttatcaacgttttcgagtacaagaagtaccctttta 6769453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 37 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 6812057 - 6811780
Alignment:
Q  37 aaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcactttcgtctagttctttcactctata 136  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |  ||| || |||| |||  ||||  | ||||||| |||||| || ||| | | ||| ||||||||||| |||||    
T  6812057 aaagttcaacaaaatcttctggagtaattgtagcctggctgaatgcaccccggttcaaaacctcaagtgactcagtgttgtcaagttctttcaccctata 6811958  T
Q  137 tatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaaccatttccgacttctgcataaagca 236  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||||||  ||||||| ||| |||||     
T  6811957 tatatggtccactccatgctccttgagtagatgtctatctcttgttgtgatgattattttgctaccggtgccaaaccattcacgacttccgcacaaagcg 6811858  T
Q  237 ttcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttgaaggctttgttttaacatctct 314  Q
    || | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||    
T  6811857 tttagctgctccaatttattaacatcgtcaagtacaagaagtacccttttatgtcgaaatctttcttttaaaatctct 6811780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 6647322 - 6647048
Alignment:
Q  14 agaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcactt 113  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||  |||  || |   ||| ||||| ||||  |||||||||    
T  6647322 agaataagcaactaattgtcttgaaagttcaccaaaaccttctcgagaagttgttgcttggttgaatgcagcccaattaaaaagttcaattgattcactt 6647223  T
Q  114 tcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaacc 213  Q
    || || | |||||||||| ||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  6647222 tcatccaattctttcactttatatatatggtcaactctgtgctccttgagtagatgcctatctctggtagtgatgattattttgctacctggaccaaacc 6647123  T
Q  214 atttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttat 288  Q
    | | |||| |||  || ||||  || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6647122 aatcccgatttccacacaaagactttaactgctccagcttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttat 6647048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 6832596 - 6832317
Alignment:
Q  13 cagaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcact 112  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    || ||   ||||||| | |||  ||||   ||| ||||||||||||||||||||    
T  6832596 cagaataagcaactacttgtctcgaaagttcaacaaaatctttaccagaag---ttgcttgtctgaatgcacccaaattaaaaagctcaagcgattcact 6832500  T
Q  113 ttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaac 212  Q
    |||||| |||| ||||||||  || |||| |||||||||||  |  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||   ||||||    
T  6832499 ttcgtccagttgtttcactccgtagatatagtcaactccatgtttcttgagtagatgtctatctcttgttgtgatgattattttgcttcctcgaccaaac 6832400  T
Q  213 catttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttgaag 295  Q
    |||| |||| |||  || ||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  6832399 cattcccgatttccacacaaagcctttagctgatccaatttatcaacattgtcaagtataagaagtacccttttatgtcgaag 6832317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 93 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 6749027 - 6748804
Alignment:
Q  93 aaaagctcaagcgattcactttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgatta 192  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||    
T  6749027 aaaagcacaagtgattcactttcgtccagttctttcactctatagatatggtcaacaacatactccttgagtagttgtctatctcttgtcaagatgatta 6748928  T
Q  193 ttttactacctgctccaaaccatttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttg 292  Q
    |||| |||||| | ||||||||||  ||||||| ||| || ||||| | |||||||||||||||||||    |||||| || ||||||| ||||||||||    
T  6748927 ttttgctaccttcaccaaaccattcacgacttccgcacaaggcatttagctgctccaatttatcaaca---ccaagtataaaaagtacctttttatgttg 6748831  T
Q  293 aaggctttgttttaacatctctgctcc 319  Q
    ||| |||| |||||| |||||| ||||    
T  6748830 aagtctttcttttaaaatctcttctcc 6748804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 289
Target Start/End: Original strand, 6626645 - 6626917
Alignment:
Q  14 agaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcactt 113  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||   |||||| ||||||||||| |||  ||||   ||| |||||||||| ||||||||||    
T  6626645 agaataagcaactaattgcctagaaagttcactaaaacctt---gaggagttgttgcttggctgaatgcaccccaattaaaaagctcaatcgattcactt 6626741  T
Q  114 tcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaacc 213  Q
    || || | || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||||||||| | ||  | ||||||||||| |||||||  |||||||    
T  6626742 tcttccaattgtttcactttatatatatggtcaactccatgctccataagtagatgtctatctctggtgataatgattattttgctacctggaccaaacc 6626841  T
Q  214 atttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatg 289  Q
    | | |||| |||  || ||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  6626842 aatcccgatttccacacaaagacttcagctgctccaatttattaacatcgtcaagtataagaagtacacttttatg 6626917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 116 - 307
Target Start/End: Original strand, 6502233 - 6502424
Alignment:
Q  116 gtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaaccat 215  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||   |||| |||||||||||||| || ||||  ||||||||     
T  6502233 gtctagttctttcactctatgtatatggtcaactccatgctccttgagcagatgtctattgcttgttgtgatgattatttttctgcctgggccaaaccaa 6502332  T
Q  216 ttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttgaaggctttgttttaa 307  Q
    | ||||||||  || ||||| || |  ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  6502333 tcccgacttccacacaaagcctttagttgctccaatttgtcaacattgtaaagtagaagaagtacccttttatgttgaagtctttcttttaa 6502424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 286
Target Start/End: Original strand, 6550253 - 6550526
Alignment:
Q  13 cagaataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttcttgaggagctgttgcttggccgaacacaccttgattcaaaagctcaagcgattcact 112  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||| |||  |||||||| |||||||  ||||| ||| | |||  |||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  6550253 cagaataagcaactacctgtttggaaagatcaagaaaatcttattgaggatgtgttgtttgcctgaatgcaccgtaattaaaaagctcaagcgattcact 6550352  T
Q  113 ttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctgctccaaac 212  Q
    | |||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||   | |  |||||||||||||| || ||| | ||||||    
T  6550353 tccgtccaattctttgactctatatatatggtcaaatccatgctccttgaggagatgtctattcctagatgtgatgattattttgcttcctacaccaaac 6550452  T
Q  213 catttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtaccctttt 286  Q
    ||||   || ||   || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  6550453 cattcaggattttcacacaaagcatttagctgctccaatttatcaacattgtcaagaacaagaagtatcctttt 6550526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 105 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 6665644 - 6665454
Alignment:
Q  105 gattcactttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgattattttactacctg 204  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||| |||||| || |||     
T  6665644 gattcactttcttccaattctttcactctatatacatggtcaactccatgctccttgagaagatgtctatctgtggtcatgatgaatattttgctgcctt 6665545  T
Q  205 ctccaaaccatttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttgaag 295  Q
    | ||||||||||   ||||||  || ||||| |  | |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6665544 caccaaaccattcatgacttccacacaaagcctgtagctgctccaatctataaacattgtcaagtagaagaagtacccttttatgttgaag 6665454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 93 - 307
Target Start/End: Original strand, 6503463 - 6503675
Alignment:
Q  93 aaaagctcaagcgattcactttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgatta 192  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||||| ||   |||| || ||||| |   |||| ||||||||||    
T  6503463 aaaagttcaagcgattcactttcgtctagttctttcactgtgtatat--ggtcaactccatgctgcgtgagcagttgtctgttgcttgttgtgatgatta 6503560  T
Q  193 ttttactacctgctccaaaccatttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatgttg 292  Q
    |||| || ||||  |||||||| | |||| |||  || ||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6503561 ttttgctgcctggaccaaaccaatcccgatttccacacaaagcctttagttgctccaatttatcaacattgtcaagtagaagaagtacccttttatgttg 6503660  T
Q  293 aaggctttgttttaa 307  Q
    ||| |||| ||||||    
T  6503661 aagcctttcttttaa 6503675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 89 - 287
Target Start/End: Original strand, 6522528 - 6522726
Alignment:
Q  89 attcaaaagctcaagcgattcactttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatg 188  Q
    |||||||||  |||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||| ||  |||||| |||| ||||||    
T  6522528 attcaaaagtgcaagagattcattttcacctagttctttcactctatatatatggtcgactccatgtttcttaagtacatacctatctcttgttgtgatg 6522627  T
Q  189 attattttactacctgctccaaaccatttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtaccctttta 287  Q
    |||||||| ||||||   |||||| |||  |||| |   ||||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  6522628 attattttgctaccttgaccaaactattggcgacgttcacataaagtatctagctgctccattttatcaacattgtcaaatataagaagtgccctttta 6522726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 89 - 299
Target Start/End: Original strand, 6541377 - 6541587
Alignment:
Q  89 attcaaaagctcaagcgattcactttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatg 188  Q
    |||||||||  |||| ||||||| |||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||  || || ||| | ||||||  ||| ||||||    
T  6541377 attcaaaagtgcaagagattcacgttcgttcagttctttcacgctgtatatatggtcaactccatgctgcttaagcagacgcctatctcgtgtggtgatg 6541476  T
Q  189 attattttactacctgctccaaaccatttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttat 288  Q
    |||||||| || || || |||||||| |  |||||||  || ||| | || ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||    
T  6541477 attattttgctcccagcaccaaaccaatatcgacttccacacaaaacttttaactgatccaacttatcaacatcgtcaagtacaatgagtactcttttat 6541576  T
Q  289 gttgaaggctt 299  Q
    | |||| ||||    
T  6541577 gctgaaagctt 6541587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 93 - 289
Target Start/End: Original strand, 4322822 - 4323018
Alignment:
Q  93 aaaagctcaagcgattcactttcgtctagttctttcactctatatatatggtcaactccattctctttgagtagatgtctatctgttgtcgtgatgatta 192  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || | |||||||| | | ||||| | |||||| | |||  || | |||| |||  ||||| | || ||||||||||    
T  4322822 aaaagctcaagagattcactttcatccatttctttcattatgtatattttgtcaaccctatttcctctaagtatatgcttatctctagttgtgatgatta 4322921  T
Q  193 ttttactacctgctccaaaccatttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtacccttttatg 289  Q
    || |||||||||   |||||||||| | |||||  || |||||||| | ||| |||| |||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  4322922 ttctactacctggagcaaaccatttacaacttccacacaaagcatttagctggtccagtttattcacatcgtcaagtacaagaagtactcttttatg 4323018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 289
Target Start/End: Original strand, 4126244 - 4126353
Alignment:
Q  180 gtcgtgatgattattttactacctgctccaaaccatttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagta 279  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||   |||||||||| | |||||  || |||||||| |  || ||||||||||  |||| ||||||||||||||| |    
T  4126244 gtcgtgatgattattctactccctggagcaaaccatttacaacttccacacaaagcattgagttggtccaatttattcacatcgtcaagtacaagaagaa 4126343  T
Q  280 cccttttatg 289  Q
    | ||||||||    
T  4126344 ctcttttatg 4126353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 4343134 - 4343028
Alignment:
Q  183 gtgatgattattttactacctgctccaaaccatttccgacttctgcataaagcattcaactgctccaatttatcaacattgtcaagtacaagaagtaccc 282  Q
    |||||||||||| |||| ||||   |||||||| | |||||||  || |||||||| |  || ||||||||||  |||| ||||||||||||||| || |    
T  4343134 gtgatgattattctactccctggagcaaaccatctacgacttccacacaaagcatttagttgatccaatttattcacatcgtcaagtacaagaagaactc 4343035  T
Q  283 ttttatg 289  Q
    |||||||    
T  4343034 ttttatg 4343028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 6665730 - 6665690
Alignment:
Q  16 aataagcaactacttgtctagaaagttcaccaaaatcttct 56  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6665730 aataagcaactacctgtctagaaagttcagcaaaaccttct 6665690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University