View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12450_high_2 (Length: 539)

Name: NF12450_high_2
Description: NF12450
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12450_high_2
NF12450_high_2
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (20-529)||(7457908-7458417)
chr4 (20-529)||(7411829-7412339)
chr4 (452-526)||(13031387-13031461)
chr4 (32-112)||(44919976-44920056)
chr4 (448-526)||(7419361-7419439)
chr4 (195-231)||(44920148-44920184)
[»] scaffold0105 (5 HSPs)
scaffold0105 (27-519)||(3433-3925)
scaffold0105 (27-519)||(48767-49259)
scaffold0105 (27-519)||(9515-10007)
scaffold0105 (27-519)||(35167-35659)
scaffold0105 (200-519)||(15580-15899)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (27-519)||(3320-3812)
[»] scaffold1330 (1 HSPs)
scaffold1330 (27-458)||(1566-1997)
[»] scaffold0496 (1 HSPs)
scaffold0496 (27-386)||(2764-3123)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 529
Target Start/End: Original strand, 7457908 - 7458417
Alignment:
Q  20 tgttcgggtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaaga 119  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7457908 tgttcgggtgtatttatggatgaaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaaga 7458007  T
Q  120 gaaaagaatggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7458008 gaaaagaatggcgtgaaatacccaacatgttcccaatgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcccttgattgcagttgtaaa 7458107  T
Q  220 aaatgtattgtataatgctgattacgcaacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagcc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458108 aaatgtattgtataatgctgattacgcaacaaaggaagtaaagaagtatgataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagcc 7458207  T
Q  320 acttcaatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatca 419  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7458208 acctcaatgaaaggttggggattagcttttcgtgcatgtggagatatgctaatttttcttggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatca 7458307  T
Q  420 atgcttgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatgttgatg 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7458308 atgcttgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcaagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcactgtgatgggatgttgatg 7458407  T
Q  520 atgttctctg 529  Q
    ||||||||||    
T  7458408 atgttctctg 7458417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 529
Target Start/End: Original strand, 7411829 - 7412339
Alignment:
Q  20 tgttcgggtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaaga 119  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7411829 tgttggggtgtatttatggatgaaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaaga 7411928  T
Q  120 gaaaagaatggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7411929 gaaaagaatggcgtgaaatacccaacatgttcccaatgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcccttgattgcagttgtaaa 7412028  T
Q  220 aaatgtattgtataatgctgattacgcaacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagcc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7412029 aaatgtattgtataatgctgattacgcaacaaaggaagtaaagaagtatgataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagcc 7412128  T
Q  320 acttcaatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatca 419  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7412129 acctcaatgaaaggttggggattagcttttcgtgcatgtggagatatgctaatttttcttggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatca 7412228  T
Q  420 atgcttgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatg-ttgat 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  7412229 atgcttgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcaagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcactgtgatgggatgtttgat 7412328  T
Q  519 gatgttctctg 529  Q
    |||||||||||    
T  7412329 gatgttctctg 7412339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 452 - 526
Target Start/End: Original strand, 13031387 - 13031461
Alignment:
Q  452 tggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatgttgatgatgttct 526  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  13031387 tggaatcaacttgcgagaaagcaatcagggagctttgtgcataactgcactgtgatgggatgttgatgttgttct 13031461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 112
Target Start/End: Original strand, 44919976 - 44920056
Alignment:
Q  32 tttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgat 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||||    
T  44919976 tttatggatgaaaaattttatgtccttggcggagttggagttgacaaaacaacacaactaacttgtggtgaagagtttgat 44920056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 448 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 7419439 - 7419361
Alignment:
Q  448 acaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatgttgatgatgttct 526  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  7419439 acaatggaatcagcttgcgagaaagcaatcagggagctttgtgcataactgcactgtgatgggatattgatgttgttct 7419361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 195 - 231
Target Start/End: Original strand, 44920148 - 44920184
Alignment:
Q  195 cacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgtattgta 231  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  44920148 cacctcctttaattgcagttgtaaaagatgtattgta 44920184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 173; Significance: 9e-93; HSPs: 5)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 27 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 3925 - 3433
Alignment:
Q  27 gtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaagagaaaaga 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| |    
T  3925 gtgtattcatggatggaaaattttatgtccttggtgggatagcagctgacaaaaaaacacagcttacatgtggggaggagtttgatatgaagacaaaaaa 3826  T
Q  127 atggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 226  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3825 atggcgtgaaatacctaacatgttccccgtacgaactggagtgtttgagacaccaccttcttttgggtcacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 3726  T
Q  227 ttgtataatgctgattacg--caacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagccacttc 324  Q
    ||||||  ||| ||||| |  |||||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  3725 ttgtatgctgcagattatggacaacaaa--aagtaaagaagtatgataaagacaacaactcttgggtcatcattggaagctttcccgagcaagctacttc 3628  T
Q  325 aatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatcaatgct 424  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||| | ||||| ||||||||  || ||||| || ||   ||| ||||||||||||||    
T  3627 gatgaatggttggggattagcctttcgagcatgcggagatcatctattatttcttggaggtcctgttattcatggtggaataatgatggaaatcaatgct 3528  T
Q  425 tgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatgttgatg 519  Q
    ||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||  |||||  ||||  ||  |||| | |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  3527 tggatcccaaatgaaggagagccacaatggaatcggcttgcaggaaatcaatcagggggttttgtgcataattgtactgtgatgggatgttgatg 3433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 27 - 519
Target Start/End: Original strand, 48767 - 49259
Alignment:
Q  27 gtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaagagaaaaga 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| |    
T  48767 gtgtattcatggatggaaaattttatgtccttggtgggatagcagctgaaaaaaaaacacagcttacatgtggggaggagtttgatatgaagacaaaaaa 48866  T
Q  127 atggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 226  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48867 atggcgtgaaatacctaacatgttccccgtacgaactggagtgtttgagacaccaccttcttttgggtcacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 48966  T
Q  227 ttgtataatgctgattacg--caacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagccacttc 324  Q
    ||||||  ||| ||||| |  |||||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  48967 ttgtatgctgcagattatggacaacaaa--aagtaaagaagtatgataaagacaacaactcttgggtcatcattggaagctttcccgagcaagctacttc 49064  T
Q  325 aatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatcaatgct 424  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||| | ||||| ||||||||  || ||||| || ||   ||| ||||||||||||||    
T  49065 gatgaatggttggggattagcctttcgagcatgcggagatcatctattatttcttggaggtcctgttattcatggtggaataatgatggaaatcaatgct 49164  T
Q  425 tgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatgttgatg 519  Q
    ||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||  |||||  ||||  ||  |||| | |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  49165 tggatcccaaatgaaggagagccacaatggaatcggcttgcaggaaatcaatcagggggttttgtgcataattgtactgtgatgggatgttgatg 49259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 27 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 10007 - 9515
Alignment:
Q  27 gtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaagagaaaaga 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| |    
T  10007 gtgtattcatggatggaaaattttatgtccttggtgggatagcagctgacaaaaaaacacagcttacatgtggggaggagtttgatatgaagacaaaaaa 9908  T
Q  127 atggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 226  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9907 atggcgtgaaatacctaacatgttccccgtacgaactggagtgtttgagacaccaccttcttttgggtcacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 9808  T
Q  227 ttgtataatgctgattacg--caacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagccacttc 324  Q
    ||||||  ||| ||||| |  |||||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  9807 ttgtatgctgcagattatggacaacaaa--aagtaaagaagtatgataaagacaacaactcttgggtcatcattggaagctttcccgagcaagctacttc 9710  T
Q  325 aatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatcaatgct 424  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||| | ||||| ||||||||  || ||||| ||  |   ||| ||||||||||||||    
T  9709 gatgaatggttggggattagcctttcgagcatgcggagatcatctattatttcttggaggtcctgttattcatggtgcaataatgatggaaatcaatgct 9610  T
Q  425 tgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatgttgatg 519  Q
    ||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||  |||||  ||||  ||  |||| | |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  9609 tggatcccaaatgaaggagagccacaatggaatcggcttgcaggaaatcaatcagggggttttgtgcataattgtactgtgatgggatgttgatg 9515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 27 - 519
Target Start/End: Original strand, 35167 - 35659
Alignment:
Q  27 gtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaagagaaaaga 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| |    
T  35167 gtgtattcatggatggaaaattttatgtccttggtgggatagcagctgacaaaaaaacacagcttacatgtggggaggagtttgatatgaagacaaaaaa 35266  T
Q  127 atggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 226  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35267 atggtgtgaaatacctaacatgttccccgtacgaactggagtgtttgagacaccaccttcttttgggtcacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 35366  T
Q  227 ttgtataatgctgattacg--caacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagccacttc 324  Q
    ||||||  ||| ||||| |  |||||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  35367 ttgtatgctgcagattatggacaacaaa--aagtaaagaagtatgataaagacaacaactcttgggtcatcattggaagctttcccgagcaagctacttc 35464  T
Q  325 aatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatcaatgct 424  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||| | ||||| ||||||||  || ||||| || ||   ||| ||||||||||||||    
T  35465 gatgaatggttggggattagcctttcgagcatgcggagatcatctattatttcttggaggtcctgttattcatggtggaataatgatggaaatcaatgct 35564  T
Q  425 tgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatgttgatg 519  Q
    ||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||  |||||  ||||  ||  |||| | |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  35565 tggatcccaaatgaaggagagccacaatggaatcggcttgcaggaaatcaatcagggggttttgtgcataattgtactgtgatgggatgttgatg 35659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 200 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 15899 - 15580
Alignment:
Q  200 cctttgattgcagttgtaaaaaatgtattgtataatgctgattacg--caacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccat 297  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||| ||||| |  |||||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| | |||    
T  15899 cctttgattgcggttgtaaaaaatgtattggatgctgcagattatggacaacaaa--aagtaaagaagtatgataaagacaacaactcttgggtcatcat 15802  T
Q  298 tggaagatttcctgagcaagccacttcaatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcat 397  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||| | ||||| ||||||||  || |||||    
T  15801 tggaagctttcccgagcaagctacttcgatgaatggttggggattagcctttcgagcatgcggagatcatctattatttcttggaggtcctgttattcat 15702  T
Q  398 tgtagaggcatgttggaaatcaatgcttgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagtt 497  Q
     || ||   ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||  |||||  ||||  ||  |||| | |||||| ||| ||    
T  15701 ggtggaataatgatggaaatcaatgcttggatcccaaatgaaggagagccacaatggaatcggcttgcaggaaatcaatcagggggttttgtgcataatt 15602  T
Q  498 gcattgtgatgggatgttgatg 519  Q
    | | ||||||||||||||||||    
T  15601 gtactgtgatgggatgttgatg 15580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 27 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 3812 - 3320
Alignment:
Q  27 gtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaagagaaaaga 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| |    
T  3812 gtgtattcatggatggaaaattttatgtccttggtgggatagcagctgacaaaaaaacacagcttacatgtggggaggagtttgatatgaagacaaaaaa 3713  T
Q  127 atggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 226  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3712 atggcgtgaaatacctaacatgttccccgtacgaactggagtgtttgagacaccaccttcttttgggtcacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 3613  T
Q  227 ttgtataatgctgattacg--caacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagccacttc 324  Q
    ||||||  ||| ||||| |  |||||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  3612 ttgtatgctgcagattatggacaacaaa--aagtaaagaagtatgataaagacaacaactcttgggtcatcattggaagctttcccgagcaagctacttc 3515  T
Q  325 aatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatcaatgct 424  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||| | ||||| ||||||||  || ||||| ||  |   ||| ||||||||||||||    
T  3514 gatgaatggttggggattagcctttcgagcatgcggagatcatctattatttcttggaggtcctgttattcatggtgcaataatgatggaaatcaatgct 3415  T
Q  425 tgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatcaacttgcgagaaagaaaatagggagctttgtgtatagttgcattgtgatgggatgttgatg 519  Q
    ||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||  |||||  ||||  ||  |||| | |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  3414 tggatcccaaatgaaggagagccacaatggaatcggcttgcaggaaatcaatcagggggttttgtgcataattgtactgtgatgggatgttgatg 3320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1330 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold1330
Description:

Target: scaffold1330; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 27 - 458
Target Start/End: Original strand, 1566 - 1997
Alignment:
Q  27 gtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaagagaaaaga 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| |    
T  1566 gtgtattcatggatggaaaattttatgtccttggtgggatagcagctgacaaaaaaacacagcttacatgtggggaggagtttgatatgaagacaaaaaa 1665  T
Q  127 atggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 226  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1666 atggcgtgaaatacctaacatgttccccgtacgaactggagtgtttgagacaccaccttcttttgggtcacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 1765  T
Q  227 ttgtataatgctgattacg--caacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagccacttc 324  Q
    ||||||  ||| ||||| |  |||||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  1766 ttgtatgctgcagattatggacaacaaa--aagtaaagaagtatgataaagacaacaactcttgggtcatcattggaagctttcccgagcaagctacttc 1863  T
Q  325 aatgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtcccattcttcattgtagaggcatgttggaaatcaatgct 424  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||   ||| | ||||| ||||||||  || ||||| ||  |   ||| ||||||||||||||    
T  1864 gatgaatggttggggattagcctttcgagcatgcggagatcatctattatttcttggaggtcctgttattcatggtgcaataatgatggaaatcaatgct 1963  T
Q  425 tgggtcccaaatgaaagagcgatacaatggaatc 458  Q
    ||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  1964 tggatcccaaatgaaggagagccacaatggaatc 1997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0496 (Bit Score: 148; Significance: 7e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0496
Description:

Target: scaffold0496; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 27 - 386
Target Start/End: Original strand, 2764 - 3123
Alignment:
Q  27 gtgtatttatggatggaaaattttatgtccttggtggaattggagctgataaaacaacaccacttacatgtggtgaggaatttgatataaagagaaaaga 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |    
T  2764 gtgtatttatggatggaaaattttacgtccttggtgggatagcagctgacaaaaaaacacaacttacatgtggtgaggagtttgatataaagaataaaaa 2863  T
Q  127 atggcgtgaaatacccaacatgttcccagtgccaactggagtattggaggcaccaccatcttatggaccacctcctttgattgcagttgtaaaaaatgta 226  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |  ||| ||||||| |||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2864 atggcgtgaaatacccaacatgctcccagtacgaactggagtgtctgagacaccaccttcttttgggtcacctcccttgattgcagttgtaaaaaatgta 2963  T
Q  227 ttgtataatgctgattacgcaacaaaggaagtaaaaaagtataataaaaacaataactcttgggttaccattggaagatttcctgagcaagccacttcaa 326  Q
    ||||||  ||| ||||| | || | | |||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||| || ||      
T  2964 ttgtatgctgcagattatggaaaacaagaagtaaagaagtatgataaagacaacaactattgggtcatcattggaagctttcctgagcaagctacatcgg 3063  T
Q  327 tgaaaggttggggattagcctttcgtgcatgtggagatatgctaatttttctgggaggtc 386  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||  ||||||||||||  ||| | ||||| |||||||    
T  3064 tgaatggttggggactagcatttcgatcatgtggagataaactattatttcttggaggtc 3123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University